Documents disponibles écrits par cet auteur

Analyse génomique de souches multi-résistantes de Staphylococcus capitis isolées dans des services néonataux de plusieurs pays du monde / Hajar LEMRISS

Public ISBD Titre : Analyse génomique de souches multi-résistantes de Staphylococcus capitis isolées dans des services néonataux de plusieurs pays du monde Type de document : thèse Auteurs : Hajar LEMRISS, Auteur Année de publication : 2017 Langues : Français (fre) Résumé : La prévalence des infections staphylococciques, nosocomiales et communautaires, augmente régulièrement. Le traitement de ces infections est devenu de plus en plus difficile à cause de l’émergence de souches multirésistantes. Les Staphylocoques ont la capacité d'acquérir des déterminants de la résistance aux antimicrobiens rapidement, en particulier après l'introduction de nouveaux agents antimicrobiens dans la pratique clinique. Récemment, de nombreuses études ont décrit l’émergence dans les hôpitaux de plusieurs pays, et particulièrement dans les unités de soins intensifs néonatales (USIN), des isolats de Staphylococcus capitis résistantes à la méthicilline et ayant une sensibilité réduites à la vancomycine. Ces isolats de S. capitis ont causé des septicémies mortelles chez les nourrissons de faible poids (<1500 g), ce qui a entraîné une vague d'échecs thérapeutiques et des problèmes socio-économiques. Une étude de séquençage de haut débit (NGS), d’assemblage, d’analyse bioinformatique des données NGS, de typage moléculaire et de comparaison des génomes complets de neuf souches de S. capitis isolées de différents USIN dans le monde à différentes périodes a été mis en place afin de contribuer à améliorer et à approfondir les connaissances sur le génome complet de cet espèce peu étudié dans le monde. Les objectifs étaient d'analyser et de comparer les éléments génétiques communs de ces neuf souches aux six génomes de l’espèce S. capitis isolés chez des adultes et d'autres souches de staphylocoques d’une part et de caractériser le clone NRCS-A et de comprendre les origines de son succès d’autre part. Les résultats de cette analyse et de comparaison de génomes ont permis d’avoir un premier génome de référence de la souche S. capitis CR01 et l’identification des transferts horizontaux des éléments génétiques mobiles (SCCmec-SCCcad / ars / cop et l’élément CRIPR, plasmide et phage), des gènes de résistance aux antibiotiques, des déterminants de virulences associés à la pathogénicité, de transposon, des séquences d’insertions et un gène nsr trouvé exclusivement dans les souches de S. capitis appartenant au clone NRCS-A fonctionnel et confère une résistance à la nisine. Les caractéristiques génomiques trouvées mettent l'accent sur la contribution des éléments génétiques mobiles à l'émergence de la résistance multiple du clone de S. capitis NRCS-A et sur l'unicité du clone NRCS-A en ce qui concerne la résistance aux antibiotiques, les facteurs de virulence et les éléments génétiques. Aucun déterminant de virulence connu spécifique à NRCS-A n'a été détecté, ce qui ne soutient pas le rôle de la virulence en tant que force motrice de l'émergence du NRCS-A dans les USIN du monde entier. En conclusion, notre étude a permis de caractériser, d’élucidé et d’enrichir les connaissances sur les génomes de S.capitis, ainsi que les mécanismes génétique impliqués à l’émergence, l’évolution, l’adaptation et la dissémination du clone endémique NRCS-A. Mots-clés : Staphylococcus capitis, NGS, bioinformatique, élément mobile, cassette SCCmec-SCCcad / ars / cop, résistance aux antibiotiques, virulence, phage, plasmide, transposon, évolution et dissémination clonale, NRCS-A. Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0222016 Directeur : IBRAHIMI.A Juge : NEJJARI.C Juge : KETTANI.A Juge : EL JAOUDI.R Analyse génomique de souches multi-résistantes de Staphylococcus capitis isolées dans des services néonataux de plusieurs pays du monde [thèse] / Hajar LEMRISS, Auteur . - 2017. Langues : Français (fre) Résumé : La prévalence des infections staphylococciques, nosocomiales et communautaires, augmente régulièrement. Le traitement de ces infections est devenu de plus en plus difficile à cause de l’émergence de souches multirésistantes. Les Staphylocoques ont la capacité d'acquérir des déterminants de la résistance aux antimicrobiens rapidement, en particulier après l'introduction de nouveaux agents antimicrobiens dans la pratique clinique. Récemment, de nombreuses études ont décrit l’émergence dans les hôpitaux de plusieurs pays, et particulièrement dans les unités de soins intensifs néonatales (USIN), des isolats de Staphylococcus capitis résistantes à la méthicilline et ayant une sensibilité réduites à la vancomycine. Ces isolats de S. capitis ont causé des septicémies mortelles chez les nourrissons de faible poids (<1500 g), ce qui a entraîné une vague d'échecs thérapeutiques et des problèmes socio-économiques. Une étude de séquençage de haut débit (NGS), d’assemblage, d’analyse bioinformatique des données NGS, de typage moléculaire et de comparaison des génomes complets de neuf souches de S. capitis isolées de différents USIN dans le monde à différentes périodes a été mis en place afin de contribuer à améliorer et à approfondir les connaissances sur le génome complet de cet espèce peu étudié dans le monde. Les objectifs étaient d'analyser et de comparer les éléments génétiques communs de ces neuf souches aux six génomes de l’espèce S. capitis isolés chez des adultes et d'autres souches de staphylocoques d’une part et de caractériser le clone NRCS-A et de comprendre les origines de son succès d’autre part. Les résultats de cette analyse et de comparaison de génomes ont permis d’avoir un premier génome de référence de la souche S. capitis CR01 et l’identification des transferts horizontaux des éléments génétiques mobiles (SCCmec-SCCcad / ars / cop et l’élément CRIPR, plasmide et phage), des gènes de résistance aux antibiotiques, des déterminants de virulences associés à la pathogénicité, de transposon, des séquences d’insertions et un gène nsr trouvé exclusivement dans les souches de S. capitis appartenant au clone NRCS-A fonctionnel et confère une résistance à la nisine. Les caractéristiques génomiques trouvées mettent l'accent sur la contribution des éléments génétiques mobiles à l'émergence de la résistance multiple du clone de S. capitis NRCS-A et sur l'unicité du clone NRCS-A en ce qui concerne la résistance aux antibiotiques, les facteurs de virulence et les éléments génétiques. Aucun déterminant de virulence connu spécifique à NRCS-A n'a été détecté, ce qui ne soutient pas le rôle de la virulence en tant que force motrice de l'émergence du NRCS-A dans les USIN du monde entier. En conclusion, notre étude a permis de caractériser, d’élucidé et d’enrichir les connaissances sur les génomes de S.capitis, ainsi que les mécanismes génétique impliqués à l’émergence, l’évolution, l’adaptation et la dissémination du clone endémique NRCS-A. Mots-clés : Staphylococcus capitis, NGS, bioinformatique, élément mobile, cassette SCCmec-SCCcad / ars / cop, résistance aux antibiotiques, virulence, phage, plasmide, transposon, évolution et dissémination clonale, NRCS-A. Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0222016 Directeur : IBRAHIMI.A Juge : NEJJARI.C Juge : KETTANI.A Juge : EL JAOUDI.R

Réservation

Réserver ce document

Exemplaires

Code barre	Cote	Support	Localisation	Section	Disponibilité
D0222016	WA	Thèse imprimé	Unité des Thèses et Mémoires	Doctorat SVS 2016	Disponible
D0222016-1	WA	Thèse imprimé	Unité des Thèses et Mémoires	Doctorat SVS 2016	Disponible