| Titre : | ACINETOBACTER BAUMANNII : Comparaison phénotypique et moléculaire des isolats colonisant et/ou infectant les patients et ceux contaminant l'environnement hospitalier | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | Jean UWINGABIYE, Auteur | | Année de publication : | 2018 | | Langues : | Français (fre) | | Résumé : | Introduction: Le but de ce travail était d’étudier la caractérisation phénotypique et génotypique des isolats d'Acinetobacter baumanniii provenant des patients colonisés et / ou infectés et des échantillons de l’environnement hospitalier.
Matériel et méthodes: Toutes les souches ont été identifiés à l'aide de techniques microbiologiques de routine et par le spectromètre de masse MALDI-TOF. L’antibiogramme a été effectué en utilisant la méthode de diffusion de disque. Les gènes codant pour la carbapénèmase ont été détectés par PCR. La diversité clonale a été analysée par PFGE et le MLST a été réalisé sur deux isolats sélectionnés de deux pulsotypes majeurs. La sensibilité aux biocides a été évaluée par la méthode de microméthode.
Résultats: Les isolats d'A. baumannii représentaient 6,94% de tous les isolats cliniques. Plus de la moitié des isolats provenaient de services de Réanimation. La résistance à la ciprofloxacine, ceftazidime, imipénème et nétilmicine était respectivement de 87%, 86%, 76%, 52%, et 32%. Tous les isolats résistant à l’imipénème étaient producteurs de blaOXA23-like.Les gènes blaNDM-1 et blaOXA 24-like ont été détectée dans 32,5% et 2,4% des isolats d'A. baumannii, respectivement. Le gène NDM-1 était significativement (p <0,05) détectés dans les échantillons environnementaux et au niveau de la marge anale. PFGE a regroupé tous les isolats en 9 pulsotypes distincts avec deux pulsotypes majeurs (0007 et 0008) contenant plus de 59% des isolats. Le pulsotype 0008 correspond à la ST 195 tandis que le pulsotype 0007 correspond à la ST 1089. La similarité génétique entre les isolats cliniques et environnementaux a été observée chez 96,4% de tous les isolats, appartenant à 7 pulsotypes.
Tous les antiseptiques et désinfectants ont été efficaces contre tous les isolats testés dans leur état pur. Les souches isolées des patients étaient plus résistantes que les souches environnementales: à une dilution de ½ pour 70% d'alcool éthylique (p = 0,007) et à une dilution de 1/10 (p <0,001) pour la povidone iodée. Le produit non enregistré était inefficace. Le taux d’incidence des infections à A. baumannii contractées dans les services de Réanimation était de 8,4%. L'analyse multivariée a identifié les facteurs de risque indépendants suivants : séjour en Réanimation ≥ 14 jours (OR = 6,4), utilisation antérieure de cathéters veineux centraux (OR = 18), ventilation mécanique (OR = 9,5), durée des procédures invasives ≥ 7 jours (OR = 7,8), exposition antérieure à l'imipénème (OR = 9,1), exposition antérieure à l'amikacine (OR = 5,2), exposition antérieure à la poly-antibiothérapie (OR = 11,8) et exposition antérieure à la corticothérapie (OR = 5). La mortalité brute chez les patients avec une infection à A. baumannii était de 74,1%. L'analyse multivariée a montré que le choc septique (OR = 19,2) et l'âge plus avancé (≥65 ans) (OR = 4,9) étaient significativement associés au risque de mortalité chez les patients infectés par A. baumannii.
Conclusion: Les résultats de cette étude ont montré que la résolution du problème de prévalence et de taux élevé des infections à A. baumannii nécessite le contrôle de l'environnement hospitalier et l'optimisation de l'utilisation des antibiotiques à l'hôpital. La dissémination clonale des isolats environnementaux d'A. baumannii multirésistant étaient génétiquement liée à celle des souches cliniques isolées des patients colonisés ou infectés et elle est associée à une forte prévalence des gènes blaOXA23-like et blaNDM-1. Ces résultats soulignent la nécessité de prioriser le bio-nettoyage de l'environnement hospitalier pour contrôler et prévenir la dissémination des lignées clonales d'A. baumannii. Les biocides testés étaient efficaces à leur état pur, soulignant la nécessité d'utiliser des désinfectants et des antiseptiques dans les dilutions recommandées par le fabricant. Les produits non enregistrés devraient être interdits. Cette étude montre aussi que le raccourcissement de la durée de séjour en Réanimation, l'utilisation rationnelle des dispositifs médicaux et l'optimisation de l’antibiothérapie pourraient réduire l'incidence de ces infections. Les patients âgés et ceux ayant un choc septique ont un mauvais pronostic, soulignent la nécessité de se concentrer sur les patients à haut risque pour prévenir ces infections et améliorer leur évolution clinique.
| | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0032018 | | Président : | Amina BENOUDA | | Directeur : | Mostafa ELOUENNASS ; Azeddine IBRAHIMI | | Juge : | Jordi VILA ESTAPE | | Juge : | Abdelouahed BAITE | | Juge : | Lhoussain LOUZI |
ACINETOBACTER BAUMANNII : Comparaison phénotypique et moléculaire des isolats colonisant et/ou infectant les patients et ceux contaminant l'environnement hospitalier [thèse] / Jean UWINGABIYE, Auteur . - 2018. Langues : Français ( fre) | Résumé : | Introduction: Le but de ce travail était d’étudier la caractérisation phénotypique et génotypique des isolats d'Acinetobacter baumanniii provenant des patients colonisés et / ou infectés et des échantillons de l’environnement hospitalier.
Matériel et méthodes: Toutes les souches ont été identifiés à l'aide de techniques microbiologiques de routine et par le spectromètre de masse MALDI-TOF. L’antibiogramme a été effectué en utilisant la méthode de diffusion de disque. Les gènes codant pour la carbapénèmase ont été détectés par PCR. La diversité clonale a été analysée par PFGE et le MLST a été réalisé sur deux isolats sélectionnés de deux pulsotypes majeurs. La sensibilité aux biocides a été évaluée par la méthode de microméthode.
Résultats: Les isolats d'A. baumannii représentaient 6,94% de tous les isolats cliniques. Plus de la moitié des isolats provenaient de services de Réanimation. La résistance à la ciprofloxacine, ceftazidime, imipénème et nétilmicine était respectivement de 87%, 86%, 76%, 52%, et 32%. Tous les isolats résistant à l’imipénème étaient producteurs de blaOXA23-like.Les gènes blaNDM-1 et blaOXA 24-like ont été détectée dans 32,5% et 2,4% des isolats d'A. baumannii, respectivement. Le gène NDM-1 était significativement (p <0,05) détectés dans les échantillons environnementaux et au niveau de la marge anale. PFGE a regroupé tous les isolats en 9 pulsotypes distincts avec deux pulsotypes majeurs (0007 et 0008) contenant plus de 59% des isolats. Le pulsotype 0008 correspond à la ST 195 tandis que le pulsotype 0007 correspond à la ST 1089. La similarité génétique entre les isolats cliniques et environnementaux a été observée chez 96,4% de tous les isolats, appartenant à 7 pulsotypes.
Tous les antiseptiques et désinfectants ont été efficaces contre tous les isolats testés dans leur état pur. Les souches isolées des patients étaient plus résistantes que les souches environnementales: à une dilution de ½ pour 70% d'alcool éthylique (p = 0,007) et à une dilution de 1/10 (p <0,001) pour la povidone iodée. Le produit non enregistré était inefficace. Le taux d’incidence des infections à A. baumannii contractées dans les services de Réanimation était de 8,4%. L'analyse multivariée a identifié les facteurs de risque indépendants suivants : séjour en Réanimation ≥ 14 jours (OR = 6,4), utilisation antérieure de cathéters veineux centraux (OR = 18), ventilation mécanique (OR = 9,5), durée des procédures invasives ≥ 7 jours (OR = 7,8), exposition antérieure à l'imipénème (OR = 9,1), exposition antérieure à l'amikacine (OR = 5,2), exposition antérieure à la poly-antibiothérapie (OR = 11,8) et exposition antérieure à la corticothérapie (OR = 5). La mortalité brute chez les patients avec une infection à A. baumannii était de 74,1%. L'analyse multivariée a montré que le choc septique (OR = 19,2) et l'âge plus avancé (≥65 ans) (OR = 4,9) étaient significativement associés au risque de mortalité chez les patients infectés par A. baumannii.
Conclusion: Les résultats de cette étude ont montré que la résolution du problème de prévalence et de taux élevé des infections à A. baumannii nécessite le contrôle de l'environnement hospitalier et l'optimisation de l'utilisation des antibiotiques à l'hôpital. La dissémination clonale des isolats environnementaux d'A. baumannii multirésistant étaient génétiquement liée à celle des souches cliniques isolées des patients colonisés ou infectés et elle est associée à une forte prévalence des gènes blaOXA23-like et blaNDM-1. Ces résultats soulignent la nécessité de prioriser le bio-nettoyage de l'environnement hospitalier pour contrôler et prévenir la dissémination des lignées clonales d'A. baumannii. Les biocides testés étaient efficaces à leur état pur, soulignant la nécessité d'utiliser des désinfectants et des antiseptiques dans les dilutions recommandées par le fabricant. Les produits non enregistrés devraient être interdits. Cette étude montre aussi que le raccourcissement de la durée de séjour en Réanimation, l'utilisation rationnelle des dispositifs médicaux et l'optimisation de l’antibiothérapie pourraient réduire l'incidence de ces infections. Les patients âgés et ceux ayant un choc septique ont un mauvais pronostic, soulignent la nécessité de se concentrer sur les patients à haut risque pour prévenir ces infections et améliorer leur évolution clinique.
| | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0032018 | | Président : | Amina BENOUDA | | Directeur : | Mostafa ELOUENNASS ; Azeddine IBRAHIMI | | Juge : | Jordi VILA ESTAPE | | Juge : | Abdelouahed BAITE | | Juge : | Lhoussain LOUZI |
|
Accueil
Faire une suggestion Affiner la rechercheACINETOBACTER BAUMANNII : Comparaison phénotypique et moléculaire des isolats colonisant et/ou infectant les patients et ceux contaminant l'environnement hospitalier / Jean UWINGABIYE
