| Titre : | ANALYSES BIO-INFORMATIQUES DES DONNEES GENOMIQUES, TRANSCRIPTOMIQUES ET EPIGENETIQUES DES GLIOMES GRADE II ET III | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | Mohammed Amine BENDAHOU, Auteur | | Année de publication : | 2021 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | Génomique Transcriptomique Épigénétique Bio-informatique Gliome de bas grade | | Résumé : | L’utilisation des approches omiques a révolutionné la biologie et elle a conduit à l’émergence d’approches
systémiques y compris la génomique, la transcriptomique et l’épigénétique. Dans le premier chapitre, nous
avons ciblé des mutations impliquées dans les gliomes, suivi d’une analyse bio-informatique pour étudier
l’impact de ces mutations sur la structure et la fonction des 3 protéines IDH1, IDH2 et p53. Nous avons
obtenu une mutation qui a un effet sur le site catalytique de la protéine IDH1 comme R132H. D’autres
mutations de la p53 ont été identifiées comme K305N, qui est une mutation pathogène ; R175H, qui est une
mutation bénigne ; et R158G, qui perturbe la conformation structurelle de la protéine suppresseur de tumeur.
Dans le 2ème chapitre, on a identifié des biomarqueurs spécifiques pour les gliomes en analysant des données
génomiques et épigénomiques. La prévalence des mutations IDH dans le gliome de bas grade nous a guidé à
cibler leurs conséquences épigénomiques en aval, telles que G-CIMP. On a trouvé que les astrocytomes sont
caractérisés par une hyperméthylation au niveau du gène MYT1L, et les oligodendrogliomes au niveau du
gène PLCG1. Dans le 3eme chapitre, on a identifié les gènes et les miRNAs différentiellement exprimés au
niveau des gliomes. Ces biomarqueurs sont sélectionnés sur la base d’une combinaison de seuil de
changement d’expression et de seuil de score, et nous avons proposé un nouveau réseau de miARNs qui
combinent à la fois des gènes et des lncARNs spécifique pour les gliomes de bas grade. Dans le chapitre 4
on a démontré que les gliomes présentent également des altérations épigénétiques, parmi eux on trouve la
méthylation de l’ADN et leur interaction avec les modifications d’histones. Enfin, on a réussi a caractérisé
les gliomes de bas grade en analysant les diffèrents donnés omiques et on a mis en place un workflow bioinformatique précis et efficace pour analyser ces données et avoir une stratégie prometteuse pour mieux
comprendre le développement du gliome | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0022020 | | Président : | IBRAHIMI Azeddine | | Directeur : | IBRAHIMI Azeddine | | Juge : | BADOU Abdallah | | Juge : | OUADGHIRI Mouna | | Juge : | SBABOU Laila-BENKABBOU Amine-BOUTARBOUH Mahjouba |
ANALYSES BIO-INFORMATIQUES DES DONNEES GENOMIQUES, TRANSCRIPTOMIQUES ET EPIGENETIQUES DES GLIOMES GRADE II ET III [thèse] / Mohammed Amine BENDAHOU, Auteur . - 2021. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | Génomique Transcriptomique Épigénétique Bio-informatique Gliome de bas grade | | Résumé : | L’utilisation des approches omiques a révolutionné la biologie et elle a conduit à l’émergence d’approches
systémiques y compris la génomique, la transcriptomique et l’épigénétique. Dans le premier chapitre, nous
avons ciblé des mutations impliquées dans les gliomes, suivi d’une analyse bio-informatique pour étudier
l’impact de ces mutations sur la structure et la fonction des 3 protéines IDH1, IDH2 et p53. Nous avons
obtenu une mutation qui a un effet sur le site catalytique de la protéine IDH1 comme R132H. D’autres
mutations de la p53 ont été identifiées comme K305N, qui est une mutation pathogène ; R175H, qui est une
mutation bénigne ; et R158G, qui perturbe la conformation structurelle de la protéine suppresseur de tumeur.
Dans le 2ème chapitre, on a identifié des biomarqueurs spécifiques pour les gliomes en analysant des données
génomiques et épigénomiques. La prévalence des mutations IDH dans le gliome de bas grade nous a guidé à
cibler leurs conséquences épigénomiques en aval, telles que G-CIMP. On a trouvé que les astrocytomes sont
caractérisés par une hyperméthylation au niveau du gène MYT1L, et les oligodendrogliomes au niveau du
gène PLCG1. Dans le 3eme chapitre, on a identifié les gènes et les miRNAs différentiellement exprimés au
niveau des gliomes. Ces biomarqueurs sont sélectionnés sur la base d’une combinaison de seuil de
changement d’expression et de seuil de score, et nous avons proposé un nouveau réseau de miARNs qui
combinent à la fois des gènes et des lncARNs spécifique pour les gliomes de bas grade. Dans le chapitre 4
on a démontré que les gliomes présentent également des altérations épigénétiques, parmi eux on trouve la
méthylation de l’ADN et leur interaction avec les modifications d’histones. Enfin, on a réussi a caractérisé
les gliomes de bas grade en analysant les diffèrents donnés omiques et on a mis en place un workflow bioinformatique précis et efficace pour analyser ces données et avoir une stratégie prometteuse pour mieux
comprendre le développement du gliome | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0022020 | | Président : | IBRAHIMI Azeddine | | Directeur : | IBRAHIMI Azeddine | | Juge : | BADOU Abdallah | | Juge : | OUADGHIRI Mouna | | Juge : | SBABOU Laila-BENKABBOU Amine-BOUTARBOUH Mahjouba |
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