Titre : | ETUDE MOLECULAIRE ET BIO-INFORMATIQUE DES MUTATIONS GERMINALES DES GENES BRCA1 ET BRCA2 CHEZ DES PATIENTES ATTEINTES DU CANCER DU SEIN HEREDITAIRE | Type de document : | thèse | Auteurs : | ZARGUAN Ilham, Auteur | Année de publication : | 2021 | Langues : | Français (fre) | Résumé : | Le cancer du sein est connu partout comme le cancer le plus fréquent chez les femmes. Nous nous sommes focalisés dans cette étude sur les gènes BRCA1 et BRCA2 qui sont les deux gènes de susceptibilité les plus considérées et ils expliquent une proportion importante des cancers du sein héréditaires. L’identification des mutations fondatrices du BRCA est cruciale pour mettre en place des tests génétiques abordables et rentables. En Afrique du Nord, plusieurs mutations de BRCA1/2 ont été identifiées et de nombreuses variantes de séquence ont été rapportées, cependant ces derniers ne conduisent pas systématiquement à une prédisposition au cancer. Sur ce projet, nous avons combiné entre les deux approches ‘wet and dry lab’ ; L’approche ‘Wet lab’ pour laboratoire humide, ou laboratoire expérimental, sur laquelle nous avons séquencé les régions hotspots des gènes BRCA1 (exons 2 et 10) et BRCA2 (exons10 et 11) chez 21 patientes, et l’approche ‘dry lab’ ou laboratoire à sec, référente aux techniques bio-informatiques qui nous a permis d’analyser et exploiter les résultats obtenus afin de conclure l'impact structurel et fonctionnel de ces variants sur les deux gènes et son implication sur les mécanismes cellulaires. Pour BRCA1 les mutations les plus fréquentes dans notre population ont été : la substitution 2614 du C>T et 2612 A>T avec un pourcentage de 82%, une substitution 2081 G>A (fréquence de 13,40%) dont la signification pathologique est incertaine sur ClinVar et BRCA exchange et l’ensemble de ces polymorphismes sont positionnés au niveau du domaine BRCT (BRCA1 C-Terminus), nous avons pu également prédire les modèles de la structure 3D de la protéine BRCA1 en utilisant I-TASSER. Or, pour BRCA2 les mutations les plus fréquentes dans notre population avaient un pourcentage de 87% (3807T>C et 3396A>G). Les 4 variants non significatifs retrouvés au niveau de ce gène avaient une fréquence de 43% pour la substitution T>C 7841, et 21% pour 3199A>G, 9340A>G, 3167A>G, avec la même fréquence pour l’allèle bénin (2971A>G). Les variants détectés sont positionnés dans les extrémités des domaines du gène BRCA2, avec une structure de type ‘coil’. SWISS-MODEL à son tour, a permis de prédire la structure tridimensionnelle de la protéine BRCA2 où nous avons remarqué que la substitution de 5 acides aminés (N372H, S384F, G637L, C1151T, A1114C ) dans les exons 10 et 11 a altéré le repliement de la protéine BRCA2. Finalement nous avons conclus que l’adoption de l’usage d’un séquenceur de nouvelle génération (NGS) est nécessaire afin d’évaluer correctement le statut mutationnel dans le cancer du sein et détecter les mutations des gènes dans plusieurs exons simultanément ainsi que leurs impacts sur les protéines traduites. | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0482021 | Président : | BENNIS Sanae | Directeur : | OUADGHIRI Mouna | Juge : | BOUGUENOUCH Laila | Juge : | AANNIZ Tarik |
ETUDE MOLECULAIRE ET BIO-INFORMATIQUE DES MUTATIONS GERMINALES DES GENES BRCA1 ET BRCA2 CHEZ DES PATIENTES ATTEINTES DU CANCER DU SEIN HEREDITAIRE [thèse] / ZARGUAN Ilham, Auteur . - 2021. Langues : Français ( fre) Résumé : | Le cancer du sein est connu partout comme le cancer le plus fréquent chez les femmes. Nous nous sommes focalisés dans cette étude sur les gènes BRCA1 et BRCA2 qui sont les deux gènes de susceptibilité les plus considérées et ils expliquent une proportion importante des cancers du sein héréditaires. L’identification des mutations fondatrices du BRCA est cruciale pour mettre en place des tests génétiques abordables et rentables. En Afrique du Nord, plusieurs mutations de BRCA1/2 ont été identifiées et de nombreuses variantes de séquence ont été rapportées, cependant ces derniers ne conduisent pas systématiquement à une prédisposition au cancer. Sur ce projet, nous avons combiné entre les deux approches ‘wet and dry lab’ ; L’approche ‘Wet lab’ pour laboratoire humide, ou laboratoire expérimental, sur laquelle nous avons séquencé les régions hotspots des gènes BRCA1 (exons 2 et 10) et BRCA2 (exons10 et 11) chez 21 patientes, et l’approche ‘dry lab’ ou laboratoire à sec, référente aux techniques bio-informatiques qui nous a permis d’analyser et exploiter les résultats obtenus afin de conclure l'impact structurel et fonctionnel de ces variants sur les deux gènes et son implication sur les mécanismes cellulaires. Pour BRCA1 les mutations les plus fréquentes dans notre population ont été : la substitution 2614 du C>T et 2612 A>T avec un pourcentage de 82%, une substitution 2081 G>A (fréquence de 13,40%) dont la signification pathologique est incertaine sur ClinVar et BRCA exchange et l’ensemble de ces polymorphismes sont positionnés au niveau du domaine BRCT (BRCA1 C-Terminus), nous avons pu également prédire les modèles de la structure 3D de la protéine BRCA1 en utilisant I-TASSER. Or, pour BRCA2 les mutations les plus fréquentes dans notre population avaient un pourcentage de 87% (3807T>C et 3396A>G). Les 4 variants non significatifs retrouvés au niveau de ce gène avaient une fréquence de 43% pour la substitution T>C 7841, et 21% pour 3199A>G, 9340A>G, 3167A>G, avec la même fréquence pour l’allèle bénin (2971A>G). Les variants détectés sont positionnés dans les extrémités des domaines du gène BRCA2, avec une structure de type ‘coil’. SWISS-MODEL à son tour, a permis de prédire la structure tridimensionnelle de la protéine BRCA2 où nous avons remarqué que la substitution de 5 acides aminés (N372H, S384F, G637L, C1151T, A1114C ) dans les exons 10 et 11 a altéré le repliement de la protéine BRCA2. Finalement nous avons conclus que l’adoption de l’usage d’un séquenceur de nouvelle génération (NGS) est nécessaire afin d’évaluer correctement le statut mutationnel dans le cancer du sein et détecter les mutations des gènes dans plusieurs exons simultanément ainsi que leurs impacts sur les protéines traduites. | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0482021 | Président : | BENNIS Sanae | Directeur : | OUADGHIRI Mouna | Juge : | BOUGUENOUCH Laila | Juge : | AANNIZ Tarik |
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