| Titre : | ANALYSE BIOINFORMATIQUE DE L'ORGANISATION STRUCTURALE ET FONCTIONNELLE DES GÉNOMES DE DEUX MICRO-ORGANISMES PATHOGÈNES, LA BACTÉRIE OPPORTUNISTE ACINETOBACTER BAUMANNII ET LE CHAMPIGNON FUSARIUM GRAMINEARUM | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | ALOUANE TAREK, Auteur | | Année de publication : | 2022 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | Fusarium graminearum Acinetobacter baumannii Pangénome Génomique
comparative Diversité génomique Diversité phénotypique Fusarium graminearum Acinetobacter baumannii Pangenome Comparative
Genomics Genomic diversity Phenotypic diversity الفيوزاريوم غرامينيروم أسينيتوباكتر بوماني بان جينوم الجينوم المقارن التنوع الجيني .التنوع المظهري | | Résumé : | Les micro-organismes pathogènes sont responsables, chaque année, de maladies entraînant de
graves conséquences sanitaires et économiques, et ce, en dépit des efforts importants déployés pour
les contrôler. Parmi ceux-ci, la bactérie Acinetobacter baumannii, un pathogène nosocomial
hautement résistant aux antibiotiques, et le champignon Fusarium graminearum, responsable de la
fusariose de l'épi (FHB), une maladie dévastatrice des céréales et en particulier du blé tendre. En
dépit leur importance, les questions sur l'ampleur de la variabilité génomique intraspécifique des
génomes de ces deux micro-organismes, et la relation structure/fonction restaient encore peu
documentées. Dans le cadre de cette Thèse, nous avons développé une approche de génomique
comparative intra-espèce, basée sur le séquençage et l'analyse bioinformatique des génomes
complets de souches européennes de F. graminearum, présentant différents niveaux d'agressivité et
de souches marocaines d’A. baumannii multi-résistantes. Cette stratégie nous a permis de construire
le premier pangénome « ouvert » de l'espèce F. graminearum, élargissant (de 47 %) le répertoire de
gènes connus dans le génome de référence. En comparant la diversité génétique et phénotypique des
souches, nous avons trouvé que plus des deux tiers du total des gènes codant pour les protéines
sécrétées, contribuant potentiellement à la pathogénicité, étaient systématiquement présents dans un
core sécrétome, sans relation avec les différents niveaux d'agressivité des souches. La
surreprésentation des motifs d'adressage au chloroplaste et au noyau des cellules végétales,
identifiés dans les effecteurs fongiques, associée à leur localisation préférentielle dans les régions
génomiques en évolution rapide de ce pathogène, suggèrent fortement que ces deux organites sont
des cibles végétales clefs du processus de manipulation parasitaire. En parallèle, chez A. baumannii,
nos analyses ont révélé la présence de multiples clones coexistant en milieu hospitalier marocain,
avec la prédominance d'une lignée correspondant au clone international II. La diversité
phénotypique de résistance aux antibiotiques des souches était cohérente avec la diversité de leurs
résistomes reconstitués in silico, dont celui de la souche résistante à l'antibiotique de dernier
recour | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0092022 | | Président : | Hanae ABDELMOUMEN | | Directeur : | Ludovic BONHOMME ; Thierry LANGIN ; Azeddine IBRAHIMI | | Juge : | Diana FERNANDEZ | | Juge : | Laila SBABOU | | Juge : | Marc-Henri LEBRUN ; Mouna OUADGHIR |
ANALYSE BIOINFORMATIQUE DE L'ORGANISATION STRUCTURALE ET FONCTIONNELLE DES GÉNOMES DE DEUX MICRO-ORGANISMES PATHOGÈNES, LA BACTÉRIE OPPORTUNISTE ACINETOBACTER BAUMANNII ET LE CHAMPIGNON FUSARIUM GRAMINEARUM [thèse] / ALOUANE TAREK, Auteur . - 2022. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | Fusarium graminearum Acinetobacter baumannii Pangénome Génomique
comparative Diversité génomique Diversité phénotypique Fusarium graminearum Acinetobacter baumannii Pangenome Comparative
Genomics Genomic diversity Phenotypic diversity الفيوزاريوم غرامينيروم أسينيتوباكتر بوماني بان جينوم الجينوم المقارن التنوع الجيني .التنوع المظهري | | Résumé : | Les micro-organismes pathogènes sont responsables, chaque année, de maladies entraînant de
graves conséquences sanitaires et économiques, et ce, en dépit des efforts importants déployés pour
les contrôler. Parmi ceux-ci, la bactérie Acinetobacter baumannii, un pathogène nosocomial
hautement résistant aux antibiotiques, et le champignon Fusarium graminearum, responsable de la
fusariose de l'épi (FHB), une maladie dévastatrice des céréales et en particulier du blé tendre. En
dépit leur importance, les questions sur l'ampleur de la variabilité génomique intraspécifique des
génomes de ces deux micro-organismes, et la relation structure/fonction restaient encore peu
documentées. Dans le cadre de cette Thèse, nous avons développé une approche de génomique
comparative intra-espèce, basée sur le séquençage et l'analyse bioinformatique des génomes
complets de souches européennes de F. graminearum, présentant différents niveaux d'agressivité et
de souches marocaines d’A. baumannii multi-résistantes. Cette stratégie nous a permis de construire
le premier pangénome « ouvert » de l'espèce F. graminearum, élargissant (de 47 %) le répertoire de
gènes connus dans le génome de référence. En comparant la diversité génétique et phénotypique des
souches, nous avons trouvé que plus des deux tiers du total des gènes codant pour les protéines
sécrétées, contribuant potentiellement à la pathogénicité, étaient systématiquement présents dans un
core sécrétome, sans relation avec les différents niveaux d'agressivité des souches. La
surreprésentation des motifs d'adressage au chloroplaste et au noyau des cellules végétales,
identifiés dans les effecteurs fongiques, associée à leur localisation préférentielle dans les régions
génomiques en évolution rapide de ce pathogène, suggèrent fortement que ces deux organites sont
des cibles végétales clefs du processus de manipulation parasitaire. En parallèle, chez A. baumannii,
nos analyses ont révélé la présence de multiples clones coexistant en milieu hospitalier marocain,
avec la prédominance d'une lignée correspondant au clone international II. La diversité
phénotypique de résistance aux antibiotiques des souches était cohérente avec la diversité de leurs
résistomes reconstitués in silico, dont celui de la souche résistante à l'antibiotique de dernier
recour | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0092022 | | Président : | Hanae ABDELMOUMEN | | Directeur : | Ludovic BONHOMME ; Thierry LANGIN ; Azeddine IBRAHIMI | | Juge : | Diana FERNANDEZ | | Juge : | Laila SBABOU | | Juge : | Marc-Henri LEBRUN ; Mouna OUADGHIR |
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