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Titre : EVOLUTIONARY DYNAMICS OF SARS-COV-2 DELTA AND OMICRON VARIANTS IN MOROCCO: WHOLE GENOME SEQUENCING AND GENOMIC ANALYSIS Type de document : thèse Auteurs : EL MAZOURI SAFAE, Auteur Année de publication : 2024 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : SARS-CoV-2 Variants Genomic Surveillance Evolutionary Dynamics Spike
Protein Pandemic Variants du SARS-CoV-2 Surveillance Génomique Dynamique Évolutive Protéine Spike Pandémie سالالت فيروس سارس-كوف2- مراقبة جينية ديناميات تطورية بروتين سبايك جائحةRésumé : The COVID-19 pandemic, caused by the novel coronavirus SARS-CoV-2, has posed
unprecedented global health challenges. This thesis provides a comprehensive monitoring of
the genetic characteristics and evolutionary patterns of the Delta and Omicron variants of
SARS-CoV-2 in Morocco. Employing the Ion Torrent S5 Prime for Next Generation
Sequencing, we have sequenced 415 of SARS-CoV-2 genomes, submitted to the GISAID
database, from March 2020 to November 2022. The dataset specifically emphasizes the analysis
of 164 Delta and 937 Omicron genomes originating from Morocco. For the Delta variant, our
research detects at least four separate introductions into Morocco, linked to international
sources. The Delta sub-lineage AY.33 was found to be dominant in the region. This study also
uncovers three mutations in the Spike protein's N-terminal domain (NTD) specific to Moroccan
AY.33 isolates: T29A, T250I, and T299I. These mutations may affect the Spike protein's
function and have implications for the variant's behavior. In studying the Omicron variant, our
analysis identifies a distinctive genetic diversity in Moroccan SARS-CoV-2 genomes,
diverging from other global strains. This variant was introduced into Morocco through multiple
sources, as evidenced by the genomic data. Among the Omicron lineages, certain clades
demonstrated higher transmissibility, with clade 22E becoming globally dominant. Notably,
mutations in the Receptor-Binding Domain (RBD) of the Spike protein, such as K444T and
N460K, were identified. These mutations potentially enhance the variant's ability to evade
immunity conferred by vaccines. The findings from this research emphasize the importance of
continuous genomic surveillance to understand local and global genomic dynamics of SARS-
CoV-2. This approach is vital for effective pandemic response and for preparing public health
measures to mitigate the spread of current and future variants. This thesis not only enhances
our understanding of the COVID-19 pandemic in Morocco but also offers valuable insights for
international public health considerations.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0052024 Président : Abdelilah LARAQUI Directeur : Mouna OUADGHIRI Juge : Abdenbi EL KARKOURI Juge : Hicham EL ANNAZ Juge : Yassir BOUSLIMAN ; Abdelhakim BOUYAHYA ; Tarik AANNIZ EVOLUTIONARY DYNAMICS OF SARS-COV-2 DELTA AND OMICRON VARIANTS IN MOROCCO: WHOLE GENOME SEQUENCING AND GENOMIC ANALYSIS [thèse] / EL MAZOURI SAFAE, Auteur . - 2024.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : SARS-CoV-2 Variants Genomic Surveillance Evolutionary Dynamics Spike
Protein Pandemic Variants du SARS-CoV-2 Surveillance Génomique Dynamique Évolutive Protéine Spike Pandémie سالالت فيروس سارس-كوف2- مراقبة جينية ديناميات تطورية بروتين سبايك جائحةRésumé : The COVID-19 pandemic, caused by the novel coronavirus SARS-CoV-2, has posed
unprecedented global health challenges. This thesis provides a comprehensive monitoring of
the genetic characteristics and evolutionary patterns of the Delta and Omicron variants of
SARS-CoV-2 in Morocco. Employing the Ion Torrent S5 Prime for Next Generation
Sequencing, we have sequenced 415 of SARS-CoV-2 genomes, submitted to the GISAID
database, from March 2020 to November 2022. The dataset specifically emphasizes the analysis
of 164 Delta and 937 Omicron genomes originating from Morocco. For the Delta variant, our
research detects at least four separate introductions into Morocco, linked to international
sources. The Delta sub-lineage AY.33 was found to be dominant in the region. This study also
uncovers three mutations in the Spike protein's N-terminal domain (NTD) specific to Moroccan
AY.33 isolates: T29A, T250I, and T299I. These mutations may affect the Spike protein's
function and have implications for the variant's behavior. In studying the Omicron variant, our
analysis identifies a distinctive genetic diversity in Moroccan SARS-CoV-2 genomes,
diverging from other global strains. This variant was introduced into Morocco through multiple
sources, as evidenced by the genomic data. Among the Omicron lineages, certain clades
demonstrated higher transmissibility, with clade 22E becoming globally dominant. Notably,
mutations in the Receptor-Binding Domain (RBD) of the Spike protein, such as K444T and
N460K, were identified. These mutations potentially enhance the variant's ability to evade
immunity conferred by vaccines. The findings from this research emphasize the importance of
continuous genomic surveillance to understand local and global genomic dynamics of SARS-
CoV-2. This approach is vital for effective pandemic response and for preparing public health
measures to mitigate the spread of current and future variants. This thesis not only enhances
our understanding of the COVID-19 pandemic in Morocco but also offers valuable insights for
international public health considerations.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0052024 Président : Abdelilah LARAQUI Directeur : Mouna OUADGHIRI Juge : Abdenbi EL KARKOURI Juge : Hicham EL ANNAZ Juge : Yassir BOUSLIMAN ; Abdelhakim BOUYAHYA ; Tarik AANNIZ Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0052024 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2024 Disponible 
Titre : IMPACT DE LA PANDEMIE DE COVID-19 SUR LA FORMATION DES RESIDENTS EN ANESTHESIE-REANIMATION Type de document : thèse Auteurs : Firas ELLOUMI, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Pandémie COVID 19 formation Résidents Pandemic COVID 19 training Residents جائحة كوفيد 19 تدريب الأطباء المقيمين Résumé : Introduction Les résidents en anesthésie-réanimation ont joué un rôle essentiel dans la gestion de la crise sanitaire au cours de la pandémie COVID 19. Mais l'impact psychoaffectif, sur leur formation, la rotation de leurs stages, et les évaluations reste inconnu.
Matériels et Méthodes
Nous avons mené une enquête auprès des résidents en anesthésie-réanimation des CHU marocains. Les participants ont répondu à un questionnaire de 35 questions sur 3 items publié sur la plateforme Google Forms et envoyé aux médecins résidents concernés
Résultats
142 résidents ont répondu au questionnaire dont la majorité pense que la pandémie a eu un impact important sur leur formation, principalement par la baisse importante de l'activité au bloc opératoire. 89 % des résidents étaient directement impliqués dans les soins des patients gravement malades atteints de COVID-19, dont 93 % ont trouvé que le stress lié à la peur d'infecter un proche avait un impact énorme sur leur formation pratique, et 58 % réalisaient que leur temps de formation sera prolongé en raison de la pandémie.
Discussion
La revue de la littérature trouve que le COVID-19 a eu un grave impact sur la formation des résidents en anesthésie réanimation, tant sur le plan professionnel que psychoaffectif. En dépit de l'impression qu'ils ont eu d'être insuffisamment préparés à gerer la crise du COVID-19, une écrasante majorité des résidents participants étaient prêts à contribuer à la gestion du COVID-19.
Conclusion
Des mesures préventives visant à limiter au maximum cet impact sont a prendre p très tôt. Organisation et rotation des équipes, respect maximal des différents cours et stages que le résident doit effectuer. La promotion de l'enseignement en ligne et l’apprentissage par simulation.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M3952022 Président : Abdelouehab BAITE Directeur : Khalil ABOUELALAA Juge : Mustapha BENSGHIR Juge : Nezha OUDGHIRI Juge : Abdelhamid JAAFARI Juge IMPACT DE LA PANDEMIE DE COVID-19 SUR LA FORMATION DES RESIDENTS EN ANESTHESIE-REANIMATION [thèse] / Firas ELLOUMI, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Pandémie COVID 19 formation Résidents Pandemic COVID 19 training Residents جائحة كوفيد 19 تدريب الأطباء المقيمين Résumé : Introduction Les résidents en anesthésie-réanimation ont joué un rôle essentiel dans la gestion de la crise sanitaire au cours de la pandémie COVID 19. Mais l'impact psychoaffectif, sur leur formation, la rotation de leurs stages, et les évaluations reste inconnu.
Matériels et Méthodes
Nous avons mené une enquête auprès des résidents en anesthésie-réanimation des CHU marocains. Les participants ont répondu à un questionnaire de 35 questions sur 3 items publié sur la plateforme Google Forms et envoyé aux médecins résidents concernés
Résultats
142 résidents ont répondu au questionnaire dont la majorité pense que la pandémie a eu un impact important sur leur formation, principalement par la baisse importante de l'activité au bloc opératoire. 89 % des résidents étaient directement impliqués dans les soins des patients gravement malades atteints de COVID-19, dont 93 % ont trouvé que le stress lié à la peur d'infecter un proche avait un impact énorme sur leur formation pratique, et 58 % réalisaient que leur temps de formation sera prolongé en raison de la pandémie.
Discussion
La revue de la littérature trouve que le COVID-19 a eu un grave impact sur la formation des résidents en anesthésie réanimation, tant sur le plan professionnel que psychoaffectif. En dépit de l'impression qu'ils ont eu d'être insuffisamment préparés à gerer la crise du COVID-19, une écrasante majorité des résidents participants étaient prêts à contribuer à la gestion du COVID-19.
Conclusion
Des mesures préventives visant à limiter au maximum cet impact sont a prendre p très tôt. Organisation et rotation des équipes, respect maximal des différents cours et stages que le résident doit effectuer. La promotion de l'enseignement en ligne et l’apprentissage par simulation.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M3952022 Président : Abdelouehab BAITE Directeur : Khalil ABOUELALAA Juge : Mustapha BENSGHIR Juge : Nezha OUDGHIRI Juge : Abdelhamid JAAFARI Juge Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M3952022 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMed2022 Disponible Documents numériques
M3952022URL
Titre : "IMPACT DE LA PANDEMIE DU COVID 19 SUR LE RESSENTI DES PARENTS D’ENFANTS MALADES OU TESTES POSITIF OU CONTACTS SUR UNE SERIE DE 100 CAS " Type de document : thèse Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : COVID 19 Impact Parents Enfants Pandémie COVID-19 impact parents children pandemic كوفید 19 الأثر الآباء الأطفال الجائحة Résumé : Objectif : l’évaluation de l’impact de la pandémie de covid 19 sur le ressenti des
parents des enfants positifs ou contacts via un questionnaire.
Ce travail présente une étude épidémiologique descriptive analytique du ressenti des
parents vis-à-vis de leurs enfants dont les résultats sont les suivants ; la population étudiée est
composée de 38 hommes et 62 femmes. Les sources d’information sur le covid 19 émanaient
des programmes télévisés ou radiophoniques dans 19% des cas, réseaux sociaux (40%) et des
professionnels de la santé dans 41% des cas.
En effet, 94,15% des parents et leurs enfants ont respecté les gestes barrières. En outre,
le traitement médical associé à l’isolement représentait 46,70% et le traitement traditionnel
constituait 3,30% des cas. De plus, 53,70% de parents d’enfant positifs contre 78% de ceux
du contact ont notés une surconsommation des écrans durant la pandémie et 1,70% de ceux du
contact ont signalé une addiction au tabac.
En post covid, 35% des parents ont rapporté la pratique du sport par leurs enfants et une
baisse des activités de distraction (22%). Une énurésie secondaire a affecté 2,40% d’enfants,
cauchemars (7,30%) et un attachement important à leurs parents (56,10%). Egalement,
57,58% des enfants avaient un niveau scolaire moyen et 92,40% étaient content de reprendre
l’école après l’enseignement à distance.
Par ailleurs, 48% des parents ont adopté du télétravail et 33% avaient des
difficultés financières.De même, 53,70% des parents ont signalé une anxiété, dépression
(36,60%), idées suicidaires (2,40%) et TSPT dans 26,80% des cas.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M4692022 Président : Amal THIMOU IZGUA Directeur : Badr Sououd BENJELLOUN DAKHAMA Juge : Nour MEKAOUI "IMPACT DE LA PANDEMIE DU COVID 19 SUR LE RESSENTI DES PARENTS D’ENFANTS MALADES OU TESTES POSITIF OU CONTACTS SUR UNE SERIE DE 100 CAS " [thèse] . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : COVID 19 Impact Parents Enfants Pandémie COVID-19 impact parents children pandemic كوفید 19 الأثر الآباء الأطفال الجائحة Résumé : Objectif : l’évaluation de l’impact de la pandémie de covid 19 sur le ressenti des
parents des enfants positifs ou contacts via un questionnaire.
Ce travail présente une étude épidémiologique descriptive analytique du ressenti des
parents vis-à-vis de leurs enfants dont les résultats sont les suivants ; la population étudiée est
composée de 38 hommes et 62 femmes. Les sources d’information sur le covid 19 émanaient
des programmes télévisés ou radiophoniques dans 19% des cas, réseaux sociaux (40%) et des
professionnels de la santé dans 41% des cas.
En effet, 94,15% des parents et leurs enfants ont respecté les gestes barrières. En outre,
le traitement médical associé à l’isolement représentait 46,70% et le traitement traditionnel
constituait 3,30% des cas. De plus, 53,70% de parents d’enfant positifs contre 78% de ceux
du contact ont notés une surconsommation des écrans durant la pandémie et 1,70% de ceux du
contact ont signalé une addiction au tabac.
En post covid, 35% des parents ont rapporté la pratique du sport par leurs enfants et une
baisse des activités de distraction (22%). Une énurésie secondaire a affecté 2,40% d’enfants,
cauchemars (7,30%) et un attachement important à leurs parents (56,10%). Egalement,
57,58% des enfants avaient un niveau scolaire moyen et 92,40% étaient content de reprendre
l’école après l’enseignement à distance.
Par ailleurs, 48% des parents ont adopté du télétravail et 33% avaient des
difficultés financières.De même, 53,70% des parents ont signalé une anxiété, dépression
(36,60%), idées suicidaires (2,40%) et TSPT dans 26,80% des cas.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M4692022 Président : Amal THIMOU IZGUA Directeur : Badr Sououd BENJELLOUN DAKHAMA Juge : Nour MEKAOUI Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M4692022 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMed2022 Disponible Documents numériques
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