| Titre : | ÉTUDE GÉNOMIQUE DE LA VARIANTE OMICRON DU SARS-COV-2 AU MAROC | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | BELHAJ SARA, Auteur | | Année de publication : | 2022 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | variante BA.1 Omicron SNP phylogénétique Sars-CoV-2 BA.1 variant Omicron SNP Phylogenetics Sars-CoV-2 متحور فيروس كورونا 2019 طفرة سارس كوف- 2 تحليل جيني. | | Résumé : | En 2020 le monde a été bouleversé par la survenue d’une pandémie liée à un nouveau coronavirus : le SARS-CoV-2, de la maladie à Coronavirus 2019 (COVID-19), qui a couté la vie à plus de 1,8 millions de personnes dans le monde à la fin de l’année. L’Organisation Mondiale de la Santé a annoncé le 30 janvier 2020 que cette nouvelle épidémie de maladie COVID-19 était classée comme une « urgence de santé publique » de portée internationale. La communauté médicale s’est depuis mobilisée pour lutter contre cette infection virale et a dû, à marche forcée, se familiariser avec cette nouvelle maladie. Certains aspects virologiques, cliniques et thérapeutiques sont rappelés ici.
On a établi lors de ce travail une analyse génomique d’une séquence d’omicron au Maroc ensuite on a réalisé une analyse phylogénétique avec 864 séquences (52 marocaine) afin de comprendre l’évolution du variant au Maroc et son origine. Le but de cette étude repose étroitement sur l’analyse de la séquence marocaine BA.1.
Lors de notre analyse de la séquence marocaine BA.1, on a identifié un total de 60 mutations avec 6 délétions et 43 non synonymes SNP (polymorphisme d'un seul nucléotide). Ce variant se distingue des autres variantes avec 32 mutations dans la protéine spike dont l'impact varie entre l'augmentation de la pathogénicité, de la transmission et/ou de la virulence du virus. L’analyse phylogénétique a regroupé les séquences du Maroc en deux différents clades ; un clade de séquence marocaine qui exprime l’évolution interne du variant au Maroc et des clades hétérogènes montrant que le profil de la variante BA.1 au Maroc est importé. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0122022 | | Président : | LOUATI Sara | | Directeur : | OUADGHIRI Mouna | | Juge : | KANDOUSSI Ilham Examinatrice |
ÉTUDE GÉNOMIQUE DE LA VARIANTE OMICRON DU SARS-COV-2 AU MAROC [thèse] / BELHAJ SARA, Auteur . - 2022. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | variante BA.1 Omicron SNP phylogénétique Sars-CoV-2 BA.1 variant Omicron SNP Phylogenetics Sars-CoV-2 متحور فيروس كورونا 2019 طفرة سارس كوف- 2 تحليل جيني. | | Résumé : | En 2020 le monde a été bouleversé par la survenue d’une pandémie liée à un nouveau coronavirus : le SARS-CoV-2, de la maladie à Coronavirus 2019 (COVID-19), qui a couté la vie à plus de 1,8 millions de personnes dans le monde à la fin de l’année. L’Organisation Mondiale de la Santé a annoncé le 30 janvier 2020 que cette nouvelle épidémie de maladie COVID-19 était classée comme une « urgence de santé publique » de portée internationale. La communauté médicale s’est depuis mobilisée pour lutter contre cette infection virale et a dû, à marche forcée, se familiariser avec cette nouvelle maladie. Certains aspects virologiques, cliniques et thérapeutiques sont rappelés ici.
On a établi lors de ce travail une analyse génomique d’une séquence d’omicron au Maroc ensuite on a réalisé une analyse phylogénétique avec 864 séquences (52 marocaine) afin de comprendre l’évolution du variant au Maroc et son origine. Le but de cette étude repose étroitement sur l’analyse de la séquence marocaine BA.1.
Lors de notre analyse de la séquence marocaine BA.1, on a identifié un total de 60 mutations avec 6 délétions et 43 non synonymes SNP (polymorphisme d'un seul nucléotide). Ce variant se distingue des autres variantes avec 32 mutations dans la protéine spike dont l'impact varie entre l'augmentation de la pathogénicité, de la transmission et/ou de la virulence du virus. L’analyse phylogénétique a regroupé les séquences du Maroc en deux différents clades ; un clade de séquence marocaine qui exprime l’évolution interne du variant au Maroc et des clades hétérogènes montrant que le profil de la variante BA.1 au Maroc est importé. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0122022 | | Président : | LOUATI Sara | | Directeur : | OUADGHIRI Mouna | | Juge : | KANDOUSSI Ilham Examinatrice |
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