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4 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'Klebsiella pneumoniae' 
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Titre : COMPARATIVE GENOMIC ANALYSIS OF FOUR MOROCCAN CLINICAL STRAINS OF KLEBSIELLA PNEUMONIAE DISPLAYING DIFFERENT ANTIBIOTIC RESISTANCE PROFILES Type de document : thèse Auteurs : Zineb KABBAJ, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Klebsiella pneumoniae outbreak comparative genomic antimicrobial resistance MLST Plasmids Pan-genome Klebsiella pneumoniae épidémie génomique comparative résistance aux
antimicrobiens MLST Plasmides Pan-génomeRésumé : Klebsiella Pneumoniae is now recognized as a major threat to human health globally because
of the emergence of multidrug-resistant strains associated with hospital outbreaks and
hypervirulent strains associated with severe community-acquired infections. However, very
little research work has been carried out concerning the sequencing of the complete genome of
K. pneumoniae.
The objective of this study is to carry out a genomic analysis of four strains of K. Pneumoniae
with different AMR profiles from different Moroccan patients in order to identify the resistance
genes and perform a genomic comparison.
Four strains of K. Pneumoniae were subjects of a de Novo assembly followed by an annotation
in order to identify the genetic elements (resistance genes, plasmids...) of the strains. This
genomic analysis pipeline made it possible to identify 31 resistance genes from different
antimicrobial classes (β-lactam, aminoglycosides, Fosfomycin, fluoroquinolone…), 8
plasmids of different types (IncF, IncX, IncR, IncC, Col), 4 sequence types using MLST
(ST664, ST13, ST2695, ST35) and a pan-genome of 4299 core genes and 1946 unique genes.
Our study provided a global view of the information carried in the genome of K. Pneumoniae.
There are multiple resistance genes across diverse Kp genomes and plasmids in circulation that
are capable of carrying this resistance. Unless appropriate interventions are rapidly placed,
these may lead to a massive problem of untreatable infection in vulnerable populations.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0492020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Tarek ALOUANE ; Latefa BISKRI Juge : Mouna OUADGHIRI Juge : Souad KARTTI COMPARATIVE GENOMIC ANALYSIS OF FOUR MOROCCAN CLINICAL STRAINS OF KLEBSIELLA PNEUMONIAE DISPLAYING DIFFERENT ANTIBIOTIC RESISTANCE PROFILES [thèse] / Zineb KABBAJ, Auteur . - 2020.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Klebsiella pneumoniae outbreak comparative genomic antimicrobial resistance MLST Plasmids Pan-genome Klebsiella pneumoniae épidémie génomique comparative résistance aux
antimicrobiens MLST Plasmides Pan-génomeRésumé : Klebsiella Pneumoniae is now recognized as a major threat to human health globally because
of the emergence of multidrug-resistant strains associated with hospital outbreaks and
hypervirulent strains associated with severe community-acquired infections. However, very
little research work has been carried out concerning the sequencing of the complete genome of
K. pneumoniae.
The objective of this study is to carry out a genomic analysis of four strains of K. Pneumoniae
with different AMR profiles from different Moroccan patients in order to identify the resistance
genes and perform a genomic comparison.
Four strains of K. Pneumoniae were subjects of a de Novo assembly followed by an annotation
in order to identify the genetic elements (resistance genes, plasmids...) of the strains. This
genomic analysis pipeline made it possible to identify 31 resistance genes from different
antimicrobial classes (β-lactam, aminoglycosides, Fosfomycin, fluoroquinolone…), 8
plasmids of different types (IncF, IncX, IncR, IncC, Col), 4 sequence types using MLST
(ST664, ST13, ST2695, ST35) and a pan-genome of 4299 core genes and 1946 unique genes.
Our study provided a global view of the information carried in the genome of K. Pneumoniae.
There are multiple resistance genes across diverse Kp genomes and plasmids in circulation that
are capable of carrying this resistance. Unless appropriate interventions are rapidly placed,
these may lead to a massive problem of untreatable infection in vulnerable populations.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0492020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Tarek ALOUANE ; Latefa BISKRI Juge : Mouna OUADGHIRI Juge : Souad KARTTI Réservation
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MM0492020URL
Titre : Etude de la sensibilité des isolats de Klebsiella pneumoniae aux antiseptiques et désinfectants; comparaison entre isolats cliniques et environnementaux. Type de document : thèse Auteurs : OWUSU Emmanuel Millbank, Auteur Année de publication : 2017 Langues : Français (fre) Mots-clés : Klebsiella pneumoniae Sensibilité Antiseptiques Désinfectants Micromethode Résumé : Introduction: Bien que les antiseptiques soient les substances antibactériennes les plus employées dans les hôpitaux, il existe très peu d'informations sur la susceptibilité réduite à ces biocides et leur relation avec la résistance aux antibiotiques.
Objectif : Notre travail avait comme objectif d’évaluer la susceptibilité des isolats clinques et environnementaux de K. pneumoniae et comparer une éventuelle différence de susceptibilité significative aussi bien entre les isolats environnementaux et cliniques qu’entre les isolats sensible et multi-résistants.
Méthodes: Une étude prospective de sensibilité a été réalisée pour 3 antiseptiques et 1 désinfectant pour 66 isolats cliniques et 31 isolats environnementaux de Klebsiella pneumoniae du 20 Mars 2017 au 25 Juin et 2017 dans l'Hôpital Militaire Mohammed V de Rabat. La susceptibilité à tous les biocides a été testée par microméthode. Les antiseptiques testés étaient; polyvinylpyrrolidione iode 4% (Bétadine Scrub®), Di-gluconate de Chlorhexidine 0,3% (Septeal®) et alcool éthylique 70˚. Le désinfectant était le chlorure de didécyldiméthylammonium (Surfanios®).
Résultats: Tous les isolats étaient sensibles aux biocides à l’état non dilué. Les isolats cliniques et environnementaux ont montré une susceptibilité réduite similaire à la dilution recommandée de Bétadine Scrub® 4% et Surfanios®. Aucune différence significative n'a été observée dans les niveaux de sensibilité entre isolats cliniques et environnementaux.
Conclusion: Les isolats ont montré une susceptibilité réduite aux dilutions recommandées pour Bétadine Scrub® 4% et Surfanios®. Le mécanisme impliqué dans cette susceptibilité réduite pourrait être différent du mécanisme de résistance aux antibiotiques chez K. pneumoniae. La susceptibilité réduite chez K. pneumoniae serait indépendante de l’origine de la souche.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P1132017 Président : BAITE.A Directeur : ELOUENNASS.M Juge : LEMNOUER.A Juge : IBRAHIMI.A Juge : ABOUELALAA.K Etude de la sensibilité des isolats de Klebsiella pneumoniae aux antiseptiques et désinfectants; comparaison entre isolats cliniques et environnementaux. [thèse] / OWUSU Emmanuel Millbank, Auteur . - 2017.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Klebsiella pneumoniae Sensibilité Antiseptiques Désinfectants Micromethode Résumé : Introduction: Bien que les antiseptiques soient les substances antibactériennes les plus employées dans les hôpitaux, il existe très peu d'informations sur la susceptibilité réduite à ces biocides et leur relation avec la résistance aux antibiotiques.
Objectif : Notre travail avait comme objectif d’évaluer la susceptibilité des isolats clinques et environnementaux de K. pneumoniae et comparer une éventuelle différence de susceptibilité significative aussi bien entre les isolats environnementaux et cliniques qu’entre les isolats sensible et multi-résistants.
Méthodes: Une étude prospective de sensibilité a été réalisée pour 3 antiseptiques et 1 désinfectant pour 66 isolats cliniques et 31 isolats environnementaux de Klebsiella pneumoniae du 20 Mars 2017 au 25 Juin et 2017 dans l'Hôpital Militaire Mohammed V de Rabat. La susceptibilité à tous les biocides a été testée par microméthode. Les antiseptiques testés étaient; polyvinylpyrrolidione iode 4% (Bétadine Scrub®), Di-gluconate de Chlorhexidine 0,3% (Septeal®) et alcool éthylique 70˚. Le désinfectant était le chlorure de didécyldiméthylammonium (Surfanios®).
Résultats: Tous les isolats étaient sensibles aux biocides à l’état non dilué. Les isolats cliniques et environnementaux ont montré une susceptibilité réduite similaire à la dilution recommandée de Bétadine Scrub® 4% et Surfanios®. Aucune différence significative n'a été observée dans les niveaux de sensibilité entre isolats cliniques et environnementaux.
Conclusion: Les isolats ont montré une susceptibilité réduite aux dilutions recommandées pour Bétadine Scrub® 4% et Surfanios®. Le mécanisme impliqué dans cette susceptibilité réduite pourrait être différent du mécanisme de résistance aux antibiotiques chez K. pneumoniae. La susceptibilité réduite chez K. pneumoniae serait indépendante de l’origine de la souche.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P1132017 Président : BAITE.A Directeur : ELOUENNASS.M Juge : LEMNOUER.A Juge : IBRAHIMI.A Juge : ABOUELALAA.K Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité P1132017 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2017 Disponible P1132017-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2017 Disponible
Titre : PREVALENCE ET ANTIBIORESISTANCE DE KLEBSIELLA PNEUMONIAE PRODUCTRICE DE BETA- LACTAMASES A SPECTRE ETENDU ET SON IMPACT VIS-A-VIS D’AUTRES FAMILLES D’ANTIBIOTIQUES Type de document : thèse Auteurs : NDOG BATJECK ROLAND, Auteur Année de publication : 2010 Langues : Français (fre) Mots-clés : ANTIBIORESISTANCE BLSE KLEBSIELLA PNEUMONIAE PREVALENCE Index. décimale : WA SANTE PUBLIQUE - PROFESSION MEDICALE Résumé : Introduction : L’émergence des résistances bactériennes chez les entérobactéries est en 2010 une véritable gangrène dans le monde médical. Les antibiotiques, qui longtemps faisaient la gloire de la médecine semblent devenir inefficaces face aux nouvelles résistances des bactéries multirésistante. Ces résistances peuvent aboutir à de véritables impasses thérapeutiques. Faire le point sur l’émergence des souches de Klebsiella pneumoniae productrices de β-lactamases à spectre étendu (BLSE) au sein de l’Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V (HMIMV) et sur l’antibiorésistance que confèrent ces souches à d’autres familles d’antibiotiques, sera les objectifs de notre étude.
Matériel et Méthodes : Il s’agit d’une étude rétrospective couvrant la période allant du 02 janvier 2008 au 29 août 2010. Notre étude inclue, tous les patients hospitalisés ou non à l’HMIMV de Rabat, tous les prélèvements à visée diagnostique analysés au niveau du laboratoire de bactériologie de l’hôpital et se révélant positif à Klebsiella pneumoniae. En revanche, sont exclus de cette étude, tous les prélèvements et souches à visée de dépistage, d’environnement, écologique, ainsi que les doublons épidémiologiques. Le recueil et l’uniformisation des données ont été faits sur le logiciel Microsoft Office Excel®, l’exploitation sur le logiciel SPSS® version 17.
Résultats et Discussion : Nous avons recensé 410 souches de Klebsiella pneumoniae non redondantes, parmi lesquelles 154 Kp BLSE soit 37,6% dont 80% provenaient des cathéters, 70% des hémocultures et 57,10% des pus. Parmi les 37,6% de Kp BLSE, 90,90% provenaient des services de réanimation les plus pourvoyeurs, 80% en hémato-clinique et 63,60% en traumatologie. Aucune souche ne s’est révélée résistante à l’imipenème et à la colistine, mais vis-à-vis des antibiotiques suivants, nous avons noté : 2,9% pour l’ertapénème, 12,8% pour la fosfomycine, 16,3% pour l’amikacine, 16,7% pour la céfoxitine, 50% pour les furanes, 76,1% pour la ciprofloxacine, 83,7% pour la norfloxacine, 87,9% pour l’acide nalidixique, 85% pour le cotrimoxazole, enfin 83%pour la gentamicine.
Conclusion : La prévalence de Kp BLSE à l’HMIMV de Rabat est très inquiétante. Il est donc urgent de passer par une sensibilisation et formation du personnel, à l’établissement des isolements techniques et géographiques des patients porteurs de souches à BLSE, une application des procédures d’hygiène surtout au niveau des services de soins intensifs tels que la réanimation, l’hémato-clinique, la traumatologie et la chirurgie, ainsi que la mise en place d’un réseau de surveillance des résistances bactériennes à l’échelle nationale. Enfin, une étroite collaboration entre cliniciens et biologistes est souhaitable pour une rationalisation de la gestion des antibiotiques surtout ceux ayant un large spectre d’action
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0812010 Président : MIMOUN ZOUHDI Directeur : SAKINA EL HAMZAOUI Juge : FOUAD BENARIBA PREVALENCE ET ANTIBIORESISTANCE DE KLEBSIELLA PNEUMONIAE PRODUCTRICE DE BETA- LACTAMASES A SPECTRE ETENDU ET SON IMPACT VIS-A-VIS D’AUTRES FAMILLES D’ANTIBIOTIQUES [thèse] / NDOG BATJECK ROLAND, Auteur . - 2010.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : ANTIBIORESISTANCE BLSE KLEBSIELLA PNEUMONIAE PREVALENCE Index. décimale : WA SANTE PUBLIQUE - PROFESSION MEDICALE Résumé : Introduction : L’émergence des résistances bactériennes chez les entérobactéries est en 2010 une véritable gangrène dans le monde médical. Les antibiotiques, qui longtemps faisaient la gloire de la médecine semblent devenir inefficaces face aux nouvelles résistances des bactéries multirésistante. Ces résistances peuvent aboutir à de véritables impasses thérapeutiques. Faire le point sur l’émergence des souches de Klebsiella pneumoniae productrices de β-lactamases à spectre étendu (BLSE) au sein de l’Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V (HMIMV) et sur l’antibiorésistance que confèrent ces souches à d’autres familles d’antibiotiques, sera les objectifs de notre étude.
Matériel et Méthodes : Il s’agit d’une étude rétrospective couvrant la période allant du 02 janvier 2008 au 29 août 2010. Notre étude inclue, tous les patients hospitalisés ou non à l’HMIMV de Rabat, tous les prélèvements à visée diagnostique analysés au niveau du laboratoire de bactériologie de l’hôpital et se révélant positif à Klebsiella pneumoniae. En revanche, sont exclus de cette étude, tous les prélèvements et souches à visée de dépistage, d’environnement, écologique, ainsi que les doublons épidémiologiques. Le recueil et l’uniformisation des données ont été faits sur le logiciel Microsoft Office Excel®, l’exploitation sur le logiciel SPSS® version 17.
Résultats et Discussion : Nous avons recensé 410 souches de Klebsiella pneumoniae non redondantes, parmi lesquelles 154 Kp BLSE soit 37,6% dont 80% provenaient des cathéters, 70% des hémocultures et 57,10% des pus. Parmi les 37,6% de Kp BLSE, 90,90% provenaient des services de réanimation les plus pourvoyeurs, 80% en hémato-clinique et 63,60% en traumatologie. Aucune souche ne s’est révélée résistante à l’imipenème et à la colistine, mais vis-à-vis des antibiotiques suivants, nous avons noté : 2,9% pour l’ertapénème, 12,8% pour la fosfomycine, 16,3% pour l’amikacine, 16,7% pour la céfoxitine, 50% pour les furanes, 76,1% pour la ciprofloxacine, 83,7% pour la norfloxacine, 87,9% pour l’acide nalidixique, 85% pour le cotrimoxazole, enfin 83%pour la gentamicine.
Conclusion : La prévalence de Kp BLSE à l’HMIMV de Rabat est très inquiétante. Il est donc urgent de passer par une sensibilisation et formation du personnel, à l’établissement des isolements techniques et géographiques des patients porteurs de souches à BLSE, une application des procédures d’hygiène surtout au niveau des services de soins intensifs tels que la réanimation, l’hémato-clinique, la traumatologie et la chirurgie, ainsi que la mise en place d’un réseau de surveillance des résistances bactériennes à l’échelle nationale. Enfin, une étroite collaboration entre cliniciens et biologistes est souhaitable pour une rationalisation de la gestion des antibiotiques surtout ceux ayant un large spectre d’action
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0812010 Président : MIMOUN ZOUHDI Directeur : SAKINA EL HAMZAOUI Juge : FOUAD BENARIBA Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité P0812010 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2010 Disponible
Titre : RECHERCHE DE CARBAPENEMASES CHEZ KLEBSIELLA PNEUMONIAE A L’HMIMV DE RABAT Type de document : thèse Auteurs : ABDOU KARIMOU AÏCHATOU, Auteur Année de publication : 2010 Langues : Français (fre) Mots-clés : CARBAPENEMASE KLEBSIELLA PNEUMONIAE Index. décimale : WA SANTE PUBLIQUE - PROFESSION MEDICALE Résumé : Introduction : Les carbapénèmes représentent les molécules de choix pour le traitement des infections nosocomiales. Depuis 1996, on assiste à une émergence et une dissémination de souches d’entérobactéries résistantes à ces molécules. La résistance est due à un ou plusieurs mécanismes dont la production de carbapénèmases par les souches bactériennes. L’objectif de notre travail est de rechercher par des méthodes phénotypiques la production de carbapénèmases chez Klebsiella pneumoniae au laboratoire de Microbiologie de l’HMIMV de Rabat.
Matériel et méthode : Il s’agit d’une étude prospective réalisée de mai à octobre 2010 au Laboratoire de Microbiologie de l’HMIMV de Rabat. Notre étude inclut les souches de Klebsiella pneumoniae collectées lors de la période d’étude et celles provenant du souchier du laboratoire. Ces souches furent analysées afin de déterminer leur diamètre de sensibilité vis-à-vis de l’imipénème (IMP) et de l’ertapénème (ETP). Pour celles présentant une sensibilité diminuée, la CMI (IMP et ETP) par la technique de l’E-test fut effectuée. Par la suite, les souches dont la résistance aux carbapénèmes est confirmée, subissent le test de Hodge. L’interprétation des résultats a été réalisée selon les recommandations du Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM).
Résultats : 211 souches de Klebsiella pneumoniae ont été analysées. Elles provenaient pour la plupart de service de longue durée de séjour et d’hospitalisation de malades à risque élevé de morbidité : les services de médecine (40,9%) suivis des services de chirurgie (24,4%) et de réanimation (11,8%). Les prélèvements les plus fréquents étaient représentés par les urines (63,8%) suivie des pus (16,5%) et des hémocultures (11,8%). 27% des souches ont exprimé un phénotype de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE). 03 souches était résistantes à l’ertapénème. Ces mêmes souches étaient résistantes à l’issue de l’E-test (ETP) et positives au test de Hodge. Ceci correspond à un taux de 1,42% de Klebsiella pneumoniae productrices de carbapénèmases de type KPC.
Conclusion : A l’issue de notre étude, trois souches de type Klebsiella pneumoniae carbapénèmase (KPC) ont été mis en évidence, ce qui confirme l’existence de ce phénotype au sein de l’HMIMV de Rabat. Cependant le gène codant pour ce type de résistance ne pourra être déterminé que par des méthodes moléculaires.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0932010 Président : MIMOUN ZOUHDI Directeur : SAKINA EL HAMZAOUI Juge : NAZHA MESSAOUDI Juge : SOUAD AZELMAT RECHERCHE DE CARBAPENEMASES CHEZ KLEBSIELLA PNEUMONIAE A L’HMIMV DE RABAT [thèse] / ABDOU KARIMOU AÏCHATOU, Auteur . - 2010.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : CARBAPENEMASE KLEBSIELLA PNEUMONIAE Index. décimale : WA SANTE PUBLIQUE - PROFESSION MEDICALE Résumé : Introduction : Les carbapénèmes représentent les molécules de choix pour le traitement des infections nosocomiales. Depuis 1996, on assiste à une émergence et une dissémination de souches d’entérobactéries résistantes à ces molécules. La résistance est due à un ou plusieurs mécanismes dont la production de carbapénèmases par les souches bactériennes. L’objectif de notre travail est de rechercher par des méthodes phénotypiques la production de carbapénèmases chez Klebsiella pneumoniae au laboratoire de Microbiologie de l’HMIMV de Rabat.
Matériel et méthode : Il s’agit d’une étude prospective réalisée de mai à octobre 2010 au Laboratoire de Microbiologie de l’HMIMV de Rabat. Notre étude inclut les souches de Klebsiella pneumoniae collectées lors de la période d’étude et celles provenant du souchier du laboratoire. Ces souches furent analysées afin de déterminer leur diamètre de sensibilité vis-à-vis de l’imipénème (IMP) et de l’ertapénème (ETP). Pour celles présentant une sensibilité diminuée, la CMI (IMP et ETP) par la technique de l’E-test fut effectuée. Par la suite, les souches dont la résistance aux carbapénèmes est confirmée, subissent le test de Hodge. L’interprétation des résultats a été réalisée selon les recommandations du Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM).
Résultats : 211 souches de Klebsiella pneumoniae ont été analysées. Elles provenaient pour la plupart de service de longue durée de séjour et d’hospitalisation de malades à risque élevé de morbidité : les services de médecine (40,9%) suivis des services de chirurgie (24,4%) et de réanimation (11,8%). Les prélèvements les plus fréquents étaient représentés par les urines (63,8%) suivie des pus (16,5%) et des hémocultures (11,8%). 27% des souches ont exprimé un phénotype de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE). 03 souches était résistantes à l’ertapénème. Ces mêmes souches étaient résistantes à l’issue de l’E-test (ETP) et positives au test de Hodge. Ceci correspond à un taux de 1,42% de Klebsiella pneumoniae productrices de carbapénèmases de type KPC.
Conclusion : A l’issue de notre étude, trois souches de type Klebsiella pneumoniae carbapénèmase (KPC) ont été mis en évidence, ce qui confirme l’existence de ce phénotype au sein de l’HMIMV de Rabat. Cependant le gène codant pour ce type de résistance ne pourra être déterminé que par des méthodes moléculaires.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0932010 Président : MIMOUN ZOUHDI Directeur : SAKINA EL HAMZAOUI Juge : NAZHA MESSAOUDI Juge : SOUAD AZELMAT Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité P0932010 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2010 Disponible
