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Titre : ANALYSE GENETIQUE DU ROTAVIRUS GROUPE A ISOLES CHEZ L’HOMME, LES BOVINS ET LES CAPRINS AU MAROC PROUVE L'EMERGENCE DE NOUVEAUX GENOTYPES HUMAINS : PREUVES DE TRANSMISSION INTER ESPECES DES GENES DU ROTAVIRUS Type de document : thèse Auteurs : ALAOUI AMINE Sanaâ, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Français (fre) Mots-clés : Rotavirus groupe A Analyse phylogénétique Réassortiment Transmission inter
espèces Population nomade Marocaine انز رٔفٛز صٔ يج ػًٕخ أ، انزحهٛم انجٛ ُٙ، إػبدح انفزس، الا زَمبل ثٛ الأ إَع انسكب انزحم Rotavirus group A Phylogenetic analysis Reassortment Inter-species
transmission Moroccan nomadic population.
ان غًبرثخRésumé : Le rotavirus est l’agent pathogène le plus fréquent des gastro-entérites de l’enfant de moins de 2 ans dans le monde, il est également responsable d’une morbidité et d’une mortalité importante chez les jeunes animaux d’espèces différentes.
Les rotavirus sont généralement spécifiques à une espèce, mais la transmission inter-espèces est possible. La surveillance des rotavirus en circulation dans la population humaine a révélé la présence de plusieurs génotypes peu communs.
C’est dans ce contexte que le présent travail fourni, pour la première fois, d’une part des données génétiques sur le génome complet de trois souches marocaines de rotavirus groupe A (RVA) d’origine animale et humaine avec établissement de leur constellation complète et leur phylogénie moléculaire. D’autre part, ce travail examine le potentiel de transmission zoonotique des rotavirus dans une perspective marocaine.
La première partie de ce travail rapporte le séquençage complet du génome d’une souche inhabituelle Marocaine (ma31). L'analyse a révélé la constellation G8-P[14]-I2-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3, présente chez d'autres souches zoonotiques. L'analyse phylogénétique révèle une configuration génétique mixte provenant d'animaux et d'humains, ainsi que son potentiel zoonotique de transmission.
La deuxième partie consiste à identifier le RVA chez des chèvres et des veaux de nomades lors de deux épidémies de diarrhée sévère survenues en 2012 et 2014 à Bouaarfa. La caractérisation de la constellation génomique complète de deux souches bovines et caprines (S18 et S19) a permis d’établir leur parenté génétique avec la souche humaine Marocaine ma31. L’analyse phylogénétique a révélé une similarité partagée avec des souches d’origine animale et humaine. Nos résultats ont révélé des cas de transmission zoonotique et confirmé le risque d'émergence de nouveaux génotypes dans les régions nomades.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0202021 Président : Nadia TOUIL Directeur : Elmostafa EL FAHIME Juge : Mostapha EL OUANNAS Juge : Khalid ENNIBI Juge : Mohamed BELLAOUI ; Hassan AGUENAOU ANALYSE GENETIQUE DU ROTAVIRUS GROUPE A ISOLES CHEZ L’HOMME, LES BOVINS ET LES CAPRINS AU MAROC PROUVE L'EMERGENCE DE NOUVEAUX GENOTYPES HUMAINS : PREUVES DE TRANSMISSION INTER ESPECES DES GENES DU ROTAVIRUS [thèse] / ALAOUI AMINE Sanaâ, Auteur . - 2021.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Rotavirus groupe A Analyse phylogénétique Réassortiment Transmission inter
espèces Population nomade Marocaine انز رٔفٛز صٔ يج ػًٕخ أ، انزحهٛم انجٛ ُٙ، إػبدح انفزس، الا زَمبل ثٛ الأ إَع انسكب انزحم Rotavirus group A Phylogenetic analysis Reassortment Inter-species
transmission Moroccan nomadic population.
ان غًبرثخRésumé : Le rotavirus est l’agent pathogène le plus fréquent des gastro-entérites de l’enfant de moins de 2 ans dans le monde, il est également responsable d’une morbidité et d’une mortalité importante chez les jeunes animaux d’espèces différentes.
Les rotavirus sont généralement spécifiques à une espèce, mais la transmission inter-espèces est possible. La surveillance des rotavirus en circulation dans la population humaine a révélé la présence de plusieurs génotypes peu communs.
C’est dans ce contexte que le présent travail fourni, pour la première fois, d’une part des données génétiques sur le génome complet de trois souches marocaines de rotavirus groupe A (RVA) d’origine animale et humaine avec établissement de leur constellation complète et leur phylogénie moléculaire. D’autre part, ce travail examine le potentiel de transmission zoonotique des rotavirus dans une perspective marocaine.
La première partie de ce travail rapporte le séquençage complet du génome d’une souche inhabituelle Marocaine (ma31). L'analyse a révélé la constellation G8-P[14]-I2-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3, présente chez d'autres souches zoonotiques. L'analyse phylogénétique révèle une configuration génétique mixte provenant d'animaux et d'humains, ainsi que son potentiel zoonotique de transmission.
La deuxième partie consiste à identifier le RVA chez des chèvres et des veaux de nomades lors de deux épidémies de diarrhée sévère survenues en 2012 et 2014 à Bouaarfa. La caractérisation de la constellation génomique complète de deux souches bovines et caprines (S18 et S19) a permis d’établir leur parenté génétique avec la souche humaine Marocaine ma31. L’analyse phylogénétique a révélé une similarité partagée avec des souches d’origine animale et humaine. Nos résultats ont révélé des cas de transmission zoonotique et confirmé le risque d'émergence de nouveaux génotypes dans les régions nomades.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0202021 Président : Nadia TOUIL Directeur : Elmostafa EL FAHIME Juge : Mostapha EL OUANNAS Juge : Khalid ENNIBI Juge : Mohamed BELLAOUI ; Hassan AGUENAOU Réservation
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Titre : GENOMIC ANALYSIS OF XBB VARIANT OF SARS-CoV-2 IN MOROCCO Type de document : thèse Auteurs : ELAMINE HANANE, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : SARS-CoV-2 XBB variant Genomic analysis Phylogenetic analysis substitutions molecular mechanisms variant XBB analyse génomique analyse phylogénétique substitutions mécanismes moléculaires فيروس سارس-كوف،2- المتحور إكس بي بي، تحليل الجينوم تحليل فيلوجيني استبداالت آليات
جزئيةRésumé : The global spread of SARS-CoV-2 variants has created significant public health challenges,
prompting the need for vigilant surveillance and monitoring of emerging mutations. In this
study, we conducted a comprehensive genomic analysis of four sequences of the XBB variant
of SARS-CoV-2, classified as a variant of concern by the World Health Organization (WHO),
collected in Morocco and sequenced in Medbiotech laboratory using the Ion S5 System. Our
aim was to characterize the mutational profile of this variant in Morocco, and investigate its
possible sources of introduction by a comparative analysis with 140 worldwide sequences
retrieved from GISAID. Through our genomic analysis, we identified common mutations
between the four Moroccan sequences and the 140 worldwide sequences, Our analysis revealed
transmissions of the synonymous mutation C14178T/T237T and the C14362T/I298I mutations
in the NSP12b, as well as the synonymous mutation C22792A/I410I in the S protein from three
Moroccan XBB sequences to the USA sequences, in addition to the introduction of the
synonymous mutations C5869T/Y1050Y in the NSP3, C16887T/Y217Y in the NSP13, and the
non-synonymous mutation T76I in the S protein from the USA to a Moroccan sequence. Also,
we identified the following unique non-synonymous mutations in the four Moroccan
sequences, in the Spike protein twelve substitutions in the Spike protein (F86S, N87K, D88G,
G89V, V90F, T430A, C432S, V433L, I434K, W436K, N437A, and S438T), three deletions
(P85-, F429-, S494-), two deletion-frame-shift mutations (I434-, G431-), and one insertion (-
90H), deletion in the membrane protein (F28-), as well as substitutions in NSP3 (T942I) and
NSP16 (I219L), highlighting the presence of genetic diversity within the Moroccan sequences.
Furthermore, through prediction analysis, we assessed the impact of the observed unique
substitutions in the spike protein in the Moroccan XBB sequences, we found that they
significantly affect the structure and potentially can affect the function of the protein.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0162023 Président : AANNIZ Tarik Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : LOUATI Sara GENOMIC ANALYSIS OF XBB VARIANT OF SARS-CoV-2 IN MOROCCO [thèse] / ELAMINE HANANE, Auteur . - 2023.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : SARS-CoV-2 XBB variant Genomic analysis Phylogenetic analysis substitutions molecular mechanisms variant XBB analyse génomique analyse phylogénétique substitutions mécanismes moléculaires فيروس سارس-كوف،2- المتحور إكس بي بي، تحليل الجينوم تحليل فيلوجيني استبداالت آليات
جزئيةRésumé : The global spread of SARS-CoV-2 variants has created significant public health challenges,
prompting the need for vigilant surveillance and monitoring of emerging mutations. In this
study, we conducted a comprehensive genomic analysis of four sequences of the XBB variant
of SARS-CoV-2, classified as a variant of concern by the World Health Organization (WHO),
collected in Morocco and sequenced in Medbiotech laboratory using the Ion S5 System. Our
aim was to characterize the mutational profile of this variant in Morocco, and investigate its
possible sources of introduction by a comparative analysis with 140 worldwide sequences
retrieved from GISAID. Through our genomic analysis, we identified common mutations
between the four Moroccan sequences and the 140 worldwide sequences, Our analysis revealed
transmissions of the synonymous mutation C14178T/T237T and the C14362T/I298I mutations
in the NSP12b, as well as the synonymous mutation C22792A/I410I in the S protein from three
Moroccan XBB sequences to the USA sequences, in addition to the introduction of the
synonymous mutations C5869T/Y1050Y in the NSP3, C16887T/Y217Y in the NSP13, and the
non-synonymous mutation T76I in the S protein from the USA to a Moroccan sequence. Also,
we identified the following unique non-synonymous mutations in the four Moroccan
sequences, in the Spike protein twelve substitutions in the Spike protein (F86S, N87K, D88G,
G89V, V90F, T430A, C432S, V433L, I434K, W436K, N437A, and S438T), three deletions
(P85-, F429-, S494-), two deletion-frame-shift mutations (I434-, G431-), and one insertion (-
90H), deletion in the membrane protein (F28-), as well as substitutions in NSP3 (T942I) and
NSP16 (I219L), highlighting the presence of genetic diversity within the Moroccan sequences.
Furthermore, through prediction analysis, we assessed the impact of the observed unique
substitutions in the spike protein in the Moroccan XBB sequences, we found that they
significantly affect the structure and potentially can affect the function of the protein.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0162023 Président : AANNIZ Tarik Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : LOUATI Sara Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0162023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Mémoires de Masters Disponible
