| Titre : | DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC | | Type de document : | thèse | | Année de publication : | 2020 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | séquençage SARS-CoV2 mutations D614G sequencing SARS-CoV2 mutations D614G | | Résumé : | La pandémie de COVID-19 causée par l'agent pathogène : le SRAS-CoV-2, a entraîné des millions d'infections et de décès dans le monde, le Maroc n’en était pas épargné. Le virus est-il le même que celui originaire de Wuhan ou y a-t-il des variations ?
Trente et deux échantillons d’ARN provenant des patients au Maroc ont été recueillis, convertis en ADNc puis séquencés à l’aide de l’Ion GeneStudio S5. La séquence a ensuite été aligné avec la séquence de référence de Wuhan. Quatre échantillons parmi les trente et deux ont été pris du lot pour étudier de près les variations. Ils comportent quatre et vingt mutations, situées sur les gènes ORF1ab, ORF3a, ORF8, ORF10 et les gènes des protéines structurales S, M et N. Deux types de mutations ont été observés, il s’agit du SNP (Single Nucleotide polymorphism) et du MNP (Multiple Nucleotide Polymorphism. Ces mutations peuvent être silencieuse, mutation faux sens et mutation touchant l’extrémité 5’ et 3’ du génome. L’effet de ces mutations peuvent être classé en trois niveaux : modéré, faible et modificateur . Nos échantillons présentent la mutation D614G, détectée à la position 23 403 (A›G), remplaçant l’acide aspartique par la glycine .Trois autres mutations : une mutation C en T en 5 ’UTR (position 241 par rapport à la séquence de référence de Wuhan), une mutation silencieuse C ›T en position 3 037 ;et une mutation de C›T en position 14 408 entraînant un changement d'acide aminé dans l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp P323L) ont également été observées. La souche de SARS-CoV-2 isolé au Maroc est différente de la souche référence de Wuhan. La présence du D614G suggère que la souche est probablement d'origine européenne, le D614G étant la forme la plus répandue en Europe. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0422020 | | Président : | Azeddine Ibrahimi | | Directeur : | Mouna Ouadghiri | | Juge : | AANNIZ TARIK |
DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC [thèse] . - 2020. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | séquençage SARS-CoV2 mutations D614G sequencing SARS-CoV2 mutations D614G | | Résumé : | La pandémie de COVID-19 causée par l'agent pathogène : le SRAS-CoV-2, a entraîné des millions d'infections et de décès dans le monde, le Maroc n’en était pas épargné. Le virus est-il le même que celui originaire de Wuhan ou y a-t-il des variations ?
Trente et deux échantillons d’ARN provenant des patients au Maroc ont été recueillis, convertis en ADNc puis séquencés à l’aide de l’Ion GeneStudio S5. La séquence a ensuite été aligné avec la séquence de référence de Wuhan. Quatre échantillons parmi les trente et deux ont été pris du lot pour étudier de près les variations. Ils comportent quatre et vingt mutations, situées sur les gènes ORF1ab, ORF3a, ORF8, ORF10 et les gènes des protéines structurales S, M et N. Deux types de mutations ont été observés, il s’agit du SNP (Single Nucleotide polymorphism) et du MNP (Multiple Nucleotide Polymorphism. Ces mutations peuvent être silencieuse, mutation faux sens et mutation touchant l’extrémité 5’ et 3’ du génome. L’effet de ces mutations peuvent être classé en trois niveaux : modéré, faible et modificateur . Nos échantillons présentent la mutation D614G, détectée à la position 23 403 (A›G), remplaçant l’acide aspartique par la glycine .Trois autres mutations : une mutation C en T en 5 ’UTR (position 241 par rapport à la séquence de référence de Wuhan), une mutation silencieuse C ›T en position 3 037 ;et une mutation de C›T en position 14 408 entraînant un changement d'acide aminé dans l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp P323L) ont également été observées. La souche de SARS-CoV-2 isolé au Maroc est différente de la souche référence de Wuhan. La présence du D614G suggère que la souche est probablement d'origine européenne, le D614G étant la forme la plus répandue en Europe. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0422020 | | Président : | Azeddine Ibrahimi | | Directeur : | Mouna Ouadghiri | | Juge : | AANNIZ TARIK |
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