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Titre : APPORT DE L’ETUDE MORPHOLOGIQUE ET BIOMOLECULAIRE DU PLACENTA DANS LE DIAGNOSTIC DES CHORIOAMNIOTITES Type de document : thèse Auteurs : ZAIDI Hanaa, Auteur Année de publication : 2019 Langues : Français (fre) Mots-clés : Placenta Infection/ Inflammation Intra-amniotique Chorioamniotite Histologique RPM Examen Anatomopathologique PCR Séquençage Résumé : La chorioamniotite ou « Inflammation ou Infection Intra-amniotique ou les deux (Triple I) » est la pathologie la plus fréquente au cours de la grossesse. Elle est définie comme une inflammation aiguë des membranes amniotiques, de la plaque choriale et du cordon ombilical, le plus souvent d’origine bactérienne. C'est une cause majeure de morbidité et mortalité maternelle et néonatale. Ce processus inflammatoire est souvent cliniquement asymptomatique, d’où l’intérêt de l’étude anatomopathologique du placenta.
L’objectif de cette étude est de rechercher des facteurs prédictifs cliniques de la chorioamniotite histologique, afin d’établir une corrélation anatomoclinique, et de confirmer une infection bactérienne des placentas, et de détecter la ou les bactéries en cause.
Nous avons examiné 50 placentas de parturientes ayant un ou plusieurs signes ou facteurs de risques de chorioamniotite, et 50 placentas des parturientes admise pour grossesse et accouchement sans complication ni suspicion de l’infection. Les placentas des deux groupes d’étude, ont été analysés par la méthode d’histopathologie conventionnelle, et par des techniques de biologie moléculaire PCR et séquençage uniquement pour le groupe des cas.
Notre étude a confirmé la prédominance des lésions de chorioamniotite histologique dans le groupe des cas suspect de chorioamniotite clinique 72% Vs 22% dans la série des témoins.
La confrontation anatomoclinique a montré que la chorioamniotite histologique était associée à une rupture prématurée des membranes (RPM) remontant à plus de 12h, associé ou non aux autres signes cliniques (p=0.007) pour Alpha < 0,05.
Aussi, les résultats de l’examen moléculaire PCR, a révélé une infection bactérienne dans 69% des placentas des parturientes présentant une chorioamniotite histologique.
L’identification moléculaire par séquençage n’a pas donné de résultats probants, des mises aux points et des optimisations sont alors nécessaires pour pouvoir identifier les germes responsables.
En conclusion, l’analyse anatomo-pathologique du placenta permet de confirmer la chorioamniotite suspecté cliniquement surtout en cas de RPM>12 heures, en plus l’examen moléculaire a permet de montrer que la chorioamniotite aigue est souvent d’origine bactérienne.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0152019 Président : KHARBACH.A Directeur : LAMALMI.N Juge : BARKAT.A Juge : BOUCHIKHI.CH Juge : ALBOUZIDI.A , CHRAIBI.M , EL MZIBRI.M APPORT DE L’ETUDE MORPHOLOGIQUE ET BIOMOLECULAIRE DU PLACENTA DANS LE DIAGNOSTIC DES CHORIOAMNIOTITES [thèse] / ZAIDI Hanaa, Auteur . - 2019.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Placenta Infection/ Inflammation Intra-amniotique Chorioamniotite Histologique RPM Examen Anatomopathologique PCR Séquençage Résumé : La chorioamniotite ou « Inflammation ou Infection Intra-amniotique ou les deux (Triple I) » est la pathologie la plus fréquente au cours de la grossesse. Elle est définie comme une inflammation aiguë des membranes amniotiques, de la plaque choriale et du cordon ombilical, le plus souvent d’origine bactérienne. C'est une cause majeure de morbidité et mortalité maternelle et néonatale. Ce processus inflammatoire est souvent cliniquement asymptomatique, d’où l’intérêt de l’étude anatomopathologique du placenta.
L’objectif de cette étude est de rechercher des facteurs prédictifs cliniques de la chorioamniotite histologique, afin d’établir une corrélation anatomoclinique, et de confirmer une infection bactérienne des placentas, et de détecter la ou les bactéries en cause.
Nous avons examiné 50 placentas de parturientes ayant un ou plusieurs signes ou facteurs de risques de chorioamniotite, et 50 placentas des parturientes admise pour grossesse et accouchement sans complication ni suspicion de l’infection. Les placentas des deux groupes d’étude, ont été analysés par la méthode d’histopathologie conventionnelle, et par des techniques de biologie moléculaire PCR et séquençage uniquement pour le groupe des cas.
Notre étude a confirmé la prédominance des lésions de chorioamniotite histologique dans le groupe des cas suspect de chorioamniotite clinique 72% Vs 22% dans la série des témoins.
La confrontation anatomoclinique a montré que la chorioamniotite histologique était associée à une rupture prématurée des membranes (RPM) remontant à plus de 12h, associé ou non aux autres signes cliniques (p=0.007) pour Alpha < 0,05.
Aussi, les résultats de l’examen moléculaire PCR, a révélé une infection bactérienne dans 69% des placentas des parturientes présentant une chorioamniotite histologique.
L’identification moléculaire par séquençage n’a pas donné de résultats probants, des mises aux points et des optimisations sont alors nécessaires pour pouvoir identifier les germes responsables.
En conclusion, l’analyse anatomo-pathologique du placenta permet de confirmer la chorioamniotite suspecté cliniquement surtout en cas de RPM>12 heures, en plus l’examen moléculaire a permet de montrer que la chorioamniotite aigue est souvent d’origine bactérienne.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0152019 Président : KHARBACH.A Directeur : LAMALMI.N Juge : BARKAT.A Juge : BOUCHIKHI.CH Juge : ALBOUZIDI.A , CHRAIBI.M , EL MZIBRI.M Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0152019 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2019 Disponible D0152019-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2019 Disponible
Titre : Apport du séquençage multiplex du liquide d'aspiration bronchique dans la prise en charge diagnostique des infections respiratoires chez l’enfant moins de 5 ans (à propos de 700 cas). Type de document : thèse Auteurs : AKANOU M’barek, Auteur Année de publication : 2018 Langues : Français (fre) Mots-clés : Infections Respiratoires Séquençage Multiplex Enfant Résumé : Les infections respiratoires aiguës basses sont considérées comme la majeure cause de consultation à l’Hôpital d’Enfants de Rabat durant les saisons froides. La majorité de ces infections sont d'origine virale et spontanément résolutive, mais l'infection virale est souvent difficile à distinguer de l'infection bactérienne.
L'application d'une réaction en chaîne par polymérase multiplexpour détecter les virus dans les sécrétions respiratoires est potentiellement bénéfique, car elle pourrait aider les médecins à éviter de donner des antibiotiques inutilement. Nous décrivons dans ce travail le séquençage multiplex (Test RespiFinder®), basé sur l'amplification de la sonde multiplex ligand-dépendante, ce test est capable de détecter 15 virus respiratoires en même temps et quatre bactéries atypiques dont la bactériologie classique est incapable d’identifier sur les milieux conventionnels.
Le test RespiFinder a été réalisé suréchantillonnage de 684 cas, D’après les résultats de cette étude, la majorité des agents incriminés était des virus à un taux de 93% avec une association allant de2, 3 à 4 virus en même temps. Rhinovirus se classe en premier rang (53%) suivi de Virus Syncytial (18%), Adenovirus (17%) et en dernier rang,Metapneumovirus (9%), en plus de Mycoplasmes (1.5%) et Bordetellapertussis (0.7%).
Le séquençage multiplex est une technologie qui combine la rapidité, la haute sensibilité avec un très fort débit ce qui permet une détection simultanée des pathogènes responsables de l’infection respiratoire, d’autre part cette technologie peut être utilisée aussi dans le dépistage des infections respiratoires virales asymptomatiques permettant de mieux gérer ce type d’infection et d’étudier leur pouvoir pathogène.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0472018 Président : ZOUHDI.M Directeur : TLIGUI.H Juge : SEFFAR.M Juge : AIT OUAMAR.H Apport du séquençage multiplex du liquide d'aspiration bronchique dans la prise en charge diagnostique des infections respiratoires chez l’enfant moins de 5 ans (à propos de 700 cas). [thèse] / AKANOU M’barek, Auteur . - 2018.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Infections Respiratoires Séquençage Multiplex Enfant Résumé : Les infections respiratoires aiguës basses sont considérées comme la majeure cause de consultation à l’Hôpital d’Enfants de Rabat durant les saisons froides. La majorité de ces infections sont d'origine virale et spontanément résolutive, mais l'infection virale est souvent difficile à distinguer de l'infection bactérienne.
L'application d'une réaction en chaîne par polymérase multiplexpour détecter les virus dans les sécrétions respiratoires est potentiellement bénéfique, car elle pourrait aider les médecins à éviter de donner des antibiotiques inutilement. Nous décrivons dans ce travail le séquençage multiplex (Test RespiFinder®), basé sur l'amplification de la sonde multiplex ligand-dépendante, ce test est capable de détecter 15 virus respiratoires en même temps et quatre bactéries atypiques dont la bactériologie classique est incapable d’identifier sur les milieux conventionnels.
Le test RespiFinder a été réalisé suréchantillonnage de 684 cas, D’après les résultats de cette étude, la majorité des agents incriminés était des virus à un taux de 93% avec une association allant de2, 3 à 4 virus en même temps. Rhinovirus se classe en premier rang (53%) suivi de Virus Syncytial (18%), Adenovirus (17%) et en dernier rang,Metapneumovirus (9%), en plus de Mycoplasmes (1.5%) et Bordetellapertussis (0.7%).
Le séquençage multiplex est une technologie qui combine la rapidité, la haute sensibilité avec un très fort débit ce qui permet une détection simultanée des pathogènes responsables de l’infection respiratoire, d’autre part cette technologie peut être utilisée aussi dans le dépistage des infections respiratoires virales asymptomatiques permettant de mieux gérer ce type d’infection et d’étudier leur pouvoir pathogène.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0472018 Président : ZOUHDI.M Directeur : TLIGUI.H Juge : SEFFAR.M Juge : AIT OUAMAR.H Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M0472018-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2018 Disponible M0472018 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2018 Disponible 
Titre : DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC Type de document : thèse Année de publication : 2020 Langues : Français (fre) Mots-clés : séquençage SARS-CoV2 mutations D614G sequencing SARS-CoV2 mutations D614G Résumé : La pandémie de COVID-19 causée par l'agent pathogène : le SRAS-CoV-2, a entraîné des millions d'infections et de décès dans le monde, le Maroc n’en était pas épargné. Le virus est-il le même que celui originaire de Wuhan ou y a-t-il des variations ?
Trente et deux échantillons d’ARN provenant des patients au Maroc ont été recueillis, convertis en ADNc puis séquencés à l’aide de l’Ion GeneStudio S5. La séquence a ensuite été aligné avec la séquence de référence de Wuhan. Quatre échantillons parmi les trente et deux ont été pris du lot pour étudier de près les variations. Ils comportent quatre et vingt mutations, situées sur les gènes ORF1ab, ORF3a, ORF8, ORF10 et les gènes des protéines structurales S, M et N. Deux types de mutations ont été observés, il s’agit du SNP (Single Nucleotide polymorphism) et du MNP (Multiple Nucleotide Polymorphism. Ces mutations peuvent être silencieuse, mutation faux sens et mutation touchant l’extrémité 5’ et 3’ du génome. L’effet de ces mutations peuvent être classé en trois niveaux : modéré, faible et modificateur . Nos échantillons présentent la mutation D614G, détectée à la position 23 403 (A›G), remplaçant l’acide aspartique par la glycine .Trois autres mutations : une mutation C en T en 5 ’UTR (position 241 par rapport à la séquence de référence de Wuhan), une mutation silencieuse C ›T en position 3 037 ;et une mutation de C›T en position 14 408 entraînant un changement d'acide aminé dans l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp P323L) ont également été observées. La souche de SARS-CoV-2 isolé au Maroc est différente de la souche référence de Wuhan. La présence du D614G suggère que la souche est probablement d'origine européenne, le D614G étant la forme la plus répandue en Europe.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0422020 Président : Azeddine Ibrahimi Directeur : Mouna Ouadghiri Juge : AANNIZ TARIK DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC [thèse] . - 2020.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : séquençage SARS-CoV2 mutations D614G sequencing SARS-CoV2 mutations D614G Résumé : La pandémie de COVID-19 causée par l'agent pathogène : le SRAS-CoV-2, a entraîné des millions d'infections et de décès dans le monde, le Maroc n’en était pas épargné. Le virus est-il le même que celui originaire de Wuhan ou y a-t-il des variations ?
Trente et deux échantillons d’ARN provenant des patients au Maroc ont été recueillis, convertis en ADNc puis séquencés à l’aide de l’Ion GeneStudio S5. La séquence a ensuite été aligné avec la séquence de référence de Wuhan. Quatre échantillons parmi les trente et deux ont été pris du lot pour étudier de près les variations. Ils comportent quatre et vingt mutations, situées sur les gènes ORF1ab, ORF3a, ORF8, ORF10 et les gènes des protéines structurales S, M et N. Deux types de mutations ont été observés, il s’agit du SNP (Single Nucleotide polymorphism) et du MNP (Multiple Nucleotide Polymorphism. Ces mutations peuvent être silencieuse, mutation faux sens et mutation touchant l’extrémité 5’ et 3’ du génome. L’effet de ces mutations peuvent être classé en trois niveaux : modéré, faible et modificateur . Nos échantillons présentent la mutation D614G, détectée à la position 23 403 (A›G), remplaçant l’acide aspartique par la glycine .Trois autres mutations : une mutation C en T en 5 ’UTR (position 241 par rapport à la séquence de référence de Wuhan), une mutation silencieuse C ›T en position 3 037 ;et une mutation de C›T en position 14 408 entraînant un changement d'acide aminé dans l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp P323L) ont également été observées. La souche de SARS-CoV-2 isolé au Maroc est différente de la souche référence de Wuhan. La présence du D614G suggère que la souche est probablement d'origine européenne, le D614G étant la forme la plus répandue en Europe.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0422020 Président : Azeddine Ibrahimi Directeur : Mouna Ouadghiri Juge : AANNIZ TARIK Réservation
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MM0422020URL
Titre : Etude épidemio-moléculaire des virus émergents (influenza virus A(H1N1)pdm09 et West Nile Virus) dans la population marocaine (2009-2012) Type de document : thèse Auteurs : Hicham EL RHAFFOULI, Auteur Année de publication : 2015 Langues : Français (fre) Mots-clés : Virus influenza A(H1N1)pdm09, West Nile virus inhibition de l’hémagglutination séroneutralisation RT-PCR séquençage phylogénie Maroc. Résumé : Dans cette étude, nous nous sommes proposés d’étudier les caractéristiques épidémiomoléculaire
de deux virus émergents au Maroc, le virus influenza A(H1N1)pdm09 et le West
Nile virus (WNV).
Concernant la première partie de notre travail, nous avons commencé par l’étude des
caractéristiques épidémio-cliniques de l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 chez les
patients consultants à l’Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V de Rabat. Cette étude a
été complétée par une enquête sérologique dans les régions de Rabat et de Meknès par
inhibition de l’hémagglutination (IHA) ainsi que le séquençage de la partie HA1 du gène de
l’hémagglutinine d’une sélection représentative de souches marocaines. Les données du
séquençage ont également été utilisées pour réaliser l’analyse phylogénétique. Les résultats
obtenus ont montré que l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 a concerné principalement
des jeunes patients âgés de moins de 40 ans avec 76% des cas. Les signes cliniques de
l’infection étaient comparables à ceux de la grippe saisonnière avec une prédominance de la
toux (83%) et de la fièvre (81%). L’étude sérologique a démontré que La prévalence globale
des anticorps inhibant l’hémagglutination au niveau de la région de Rabat (67 %) est
significativement plus élevée que celle de Meknès (53 %). Les sujets âgés de moins de 25 ans
issus de la région de Rabat présentaient le taux d’infection le plus élevé avec un Odds Ratio
de 2,45. Le taux de vaccination anti-A(H1N1)pdm09 dans la région de Rabat est de 7 %.La
comparaison des séquences des souches a démontré que les virus qui ont circulé entre 2009 et
2011 présentent une grande homologie avec la souche vaccinale
A/California/07/2009(H1N1). L’analyse phylogénétique a révélé la co-circulation de 3
groupes génétiques bien identifiés avec des proportions de 64%, 32% et 4% pour les groupes
A/England/676/2010(H1N1), A/Astrakhan/1/2011(H1N1) et A/Christchurch/16/2010(H1N1)
respectivement.
Concernant la deuxième partie de notre travail, nous avons réalisé des enquêtes sérologiques
pour la recherche des anticorps anti-WNV par séroneutralisation chez la population humaine
au niveau de 4 régions du Maroc. Ces études ont été complétées par la mise au point de
techniques de diagnostic moléculaire par RT-PCR conventionnelle et en temps réel. Les
résultats obtenus ont confirmé la circulation du WNV chez la population marocaine avec des
prévalences variables en fonction des régions. Ainsi les prévalences les plus élevées ont été
détectées au niveau des régions de Kénitra et de Rabat avec des taux de 18,8% et de 12%
respectivement. Par contre, cette prévalence n’est que de 4,7% au niveau de l’intérieur du
pays (région de Meknès) et de 5,2% au niveau des provinces du Sud (région de Dakhla). Par
ailleurs, Les protocoles de RT-PCR développés au niveau du Laboratoire de Recherche et de
Biosécurité P3, permettent la détection des souches marocaines à partir de plusieurs types de
prélèvements et offre une bonne alternative au techniques commerciales en terme de
disponibilité, d’économie et praticité.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0082014 Président : LOUZI.L Directeur : LAHLOU AMINE.I Juge : FASSI FIHRI.O Juge : SEKHSOKH.Y Juge : RABHI.M Etude épidemio-moléculaire des virus émergents (influenza virus A(H1N1)pdm09 et West Nile Virus) dans la population marocaine (2009-2012) [thèse] / Hicham EL RHAFFOULI, Auteur . - 2015.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Virus influenza A(H1N1)pdm09, West Nile virus inhibition de l’hémagglutination séroneutralisation RT-PCR séquençage phylogénie Maroc. Résumé : Dans cette étude, nous nous sommes proposés d’étudier les caractéristiques épidémiomoléculaire
de deux virus émergents au Maroc, le virus influenza A(H1N1)pdm09 et le West
Nile virus (WNV).
Concernant la première partie de notre travail, nous avons commencé par l’étude des
caractéristiques épidémio-cliniques de l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 chez les
patients consultants à l’Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V de Rabat. Cette étude a
été complétée par une enquête sérologique dans les régions de Rabat et de Meknès par
inhibition de l’hémagglutination (IHA) ainsi que le séquençage de la partie HA1 du gène de
l’hémagglutinine d’une sélection représentative de souches marocaines. Les données du
séquençage ont également été utilisées pour réaliser l’analyse phylogénétique. Les résultats
obtenus ont montré que l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 a concerné principalement
des jeunes patients âgés de moins de 40 ans avec 76% des cas. Les signes cliniques de
l’infection étaient comparables à ceux de la grippe saisonnière avec une prédominance de la
toux (83%) et de la fièvre (81%). L’étude sérologique a démontré que La prévalence globale
des anticorps inhibant l’hémagglutination au niveau de la région de Rabat (67 %) est
significativement plus élevée que celle de Meknès (53 %). Les sujets âgés de moins de 25 ans
issus de la région de Rabat présentaient le taux d’infection le plus élevé avec un Odds Ratio
de 2,45. Le taux de vaccination anti-A(H1N1)pdm09 dans la région de Rabat est de 7 %.La
comparaison des séquences des souches a démontré que les virus qui ont circulé entre 2009 et
2011 présentent une grande homologie avec la souche vaccinale
A/California/07/2009(H1N1). L’analyse phylogénétique a révélé la co-circulation de 3
groupes génétiques bien identifiés avec des proportions de 64%, 32% et 4% pour les groupes
A/England/676/2010(H1N1), A/Astrakhan/1/2011(H1N1) et A/Christchurch/16/2010(H1N1)
respectivement.
Concernant la deuxième partie de notre travail, nous avons réalisé des enquêtes sérologiques
pour la recherche des anticorps anti-WNV par séroneutralisation chez la population humaine
au niveau de 4 régions du Maroc. Ces études ont été complétées par la mise au point de
techniques de diagnostic moléculaire par RT-PCR conventionnelle et en temps réel. Les
résultats obtenus ont confirmé la circulation du WNV chez la population marocaine avec des
prévalences variables en fonction des régions. Ainsi les prévalences les plus élevées ont été
détectées au niveau des régions de Kénitra et de Rabat avec des taux de 18,8% et de 12%
respectivement. Par contre, cette prévalence n’est que de 4,7% au niveau de l’intérieur du
pays (région de Meknès) et de 5,2% au niveau des provinces du Sud (région de Dakhla). Par
ailleurs, Les protocoles de RT-PCR développés au niveau du Laboratoire de Recherche et de
Biosécurité P3, permettent la détection des souches marocaines à partir de plusieurs types de
prélèvements et offre une bonne alternative au techniques commerciales en terme de
disponibilité, d’économie et praticité.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0082014 Président : LOUZI.L Directeur : LAHLOU AMINE.I Juge : FASSI FIHRI.O Juge : SEKHSOKH.Y Juge : RABHI.M Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0082014 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2015 Disponible D0082014-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2015 Disponible
Titre : GENOMIQUE ET METAGENOMQUE: IMPORTANCE ET APPLICATION DANS LES INFECTIONS BACTERIENNES Type de document : thèse Auteurs : TOUIJER GHIZLAN, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Français (fre) Mots-clés : Génomique Infection Métagénomique Résistance Séquençage Résumé :
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est une nouvelle méthode qui a pour but l’amélioration de la capacité du diagnostic, l’interrogation et le suivi des maladies infectieuses, il a développé l’analyse génomique par l’inauguration de nouveau moyen de détection des agents pathogènes, surtout que la plupart de ces agents contiennent des génomes d’ADN ou d’ARN.
D’une part, La métagénomique est une technique indépendante de la culture, basée sur les progrès récents dans le domaine des NGS, son avantage réside dans sa capacité à détecter directement le microbe pathogène responsable dans un échantillon humain clinique ainsi que de détecter de nouveaux agents pathogènes. Son efficacité était affirmée dans l’identification du COVID-19 par séquençage métagénomique viral dans les laboratoires de diagnostic sans avoir besoin d’amorces PCR spécifiques aux agents pathogènes.
D’une autre part, l’adaptation génomique et protéique des bactéries ont causé la résistance aux antibiotiques dont la surveillance représente une contribution essentielle pour la santé publique. Pourtant, la génomique était la source pour identifier exhaustivement et rapidement les facteurs de virulence et/ou les déterminants de la résistance aux antibiotiques d’une souche pathogène. Prochainement, il serait peut être possible de séquencer le génome de toute bactérie engendrant une infection sévère afin de faire des prises en charge personnalisées
Pour conclure, l’objectif de cette thèse est l’application du séquençage métagénomique de nouvelle génération au diagnostic clinique des maladies infectieuses, surtout l’infection par coronavirus, les infections bactériennes et la résistance aux antibiotiques.
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Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0452021 Président : ZOUHDI MIMOUN Directeur : SEKHSOKH YASSINE Juge : CHADLI MARIAMA Juge : GAOUZI AHMED GENOMIQUE ET METAGENOMQUE: IMPORTANCE ET APPLICATION DANS LES INFECTIONS BACTERIENNES [thèse] / TOUIJER GHIZLAN, Auteur . - 2021.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Génomique Infection Métagénomique Résistance Séquençage Résumé :
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est une nouvelle méthode qui a pour but l’amélioration de la capacité du diagnostic, l’interrogation et le suivi des maladies infectieuses, il a développé l’analyse génomique par l’inauguration de nouveau moyen de détection des agents pathogènes, surtout que la plupart de ces agents contiennent des génomes d’ADN ou d’ARN.
D’une part, La métagénomique est une technique indépendante de la culture, basée sur les progrès récents dans le domaine des NGS, son avantage réside dans sa capacité à détecter directement le microbe pathogène responsable dans un échantillon humain clinique ainsi que de détecter de nouveaux agents pathogènes. Son efficacité était affirmée dans l’identification du COVID-19 par séquençage métagénomique viral dans les laboratoires de diagnostic sans avoir besoin d’amorces PCR spécifiques aux agents pathogènes.
D’une autre part, l’adaptation génomique et protéique des bactéries ont causé la résistance aux antibiotiques dont la surveillance représente une contribution essentielle pour la santé publique. Pourtant, la génomique était la source pour identifier exhaustivement et rapidement les facteurs de virulence et/ou les déterminants de la résistance aux antibiotiques d’une souche pathogène. Prochainement, il serait peut être possible de séquencer le génome de toute bactérie engendrant une infection sévère afin de faire des prises en charge personnalisées
Pour conclure, l’objectif de cette thèse est l’application du séquençage métagénomique de nouvelle génération au diagnostic clinique des maladies infectieuses, surtout l’infection par coronavirus, les infections bactériennes et la résistance aux antibiotiques.
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Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0452021 Président : ZOUHDI MIMOUN Directeur : SEKHSOKH YASSINE Juge : CHADLI MARIAMA Juge : GAOUZI AHMED Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M0452021 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2021 Disponible M0452021-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2021 Disponible Documents numériques
M0452021URL
Titre : IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE Type de document : thèse Auteurs : KARTTI SOUAD, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE [thèse] / KARTTI SOUAD, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa Réservation
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Titre : INTERET DE NGS DANS LES THALASSEMIE Type de document : thèse Auteurs : HACHRI ADIB, Auteur Année de publication : 2024 Langues : Français (fre) Mots-clés : NGS Thalassémie Hémoglobine Séquencage Mutation Hémolyse NGS thalassemia hemoglobin sequencing mutation hemolysis الثلاسيويا؛ انْحِلاَلُ الدَّم؛ التسلسل؛ طفرة؛ الهيووجلوبين Résumé : Ce travail explore en profondeur le séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le domaine médical, soulignant son potentiel pour la détection précoce des anomalies génétiques et son rôle essentiel dans la compréhension et le traitement de la thalassémie, tout en notant les limitations des méthodes de diagnostic traditionnelles. L'objectif est d'analyser les différentes plateformes de séquençage, notamment Illumina et PacBio, en assurant la fiabilité et la précision des résultats, tout en respectant les considérations éthiques. Le NGS propose diverses techniques telles que le séquençage complet du génome (WGS) et l'enrichissement exomique, utilisant des méthodes chimiques spécifiques à chaque plateforme. Illumina, par exemple, recourt à des matrices clonales et à un terminateur réversible pour le séquençage à grande échelle, suivi de l'analyse des lectures par rapport à une séquence de référence à l'aide d'outils spécialisés pour identifier les variants génétiques.
D'autre part, Le séquençage de troisième génération (TGS), tel que celui de PacBio, repose sur le séquençage de molécules individuelles sans amplification clonale préalable. Cette méthode utilise une ADN polymérase continue qui incorpore des dNTP marqués par fluorescence, produisant des lectures longues et très précises (HiFi reads) via la technologie Iso-Seq.
En conclusion, Cette étude montre l'efficacité supérieure du séquençage de troisième génération (TGS) par rapport aux méthodes classiques pour détecter des variants génétiques rares liés à la thalassémie, notamment dans les gènes HBA1 et HBA2. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est validé comme une méthode prometteuse pour le dépistage des porteurs. Bien que NGS et TGS soient efficaces, la PCR reste nécessaire dans les cas complexes. Une approche multidisciplinaire combinant données cliniques, hématologiques et génomiques, avec une infrastructure bioinformatique solide, est essentielle pour garantir des résultats fiables.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2752024 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Azlarab MASRAR Juge : Hafid ZAHID INTERET DE NGS DANS LES THALASSEMIE [thèse] / HACHRI ADIB, Auteur . - 2024.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : NGS Thalassémie Hémoglobine Séquencage Mutation Hémolyse NGS thalassemia hemoglobin sequencing mutation hemolysis الثلاسيويا؛ انْحِلاَلُ الدَّم؛ التسلسل؛ طفرة؛ الهيووجلوبين Résumé : Ce travail explore en profondeur le séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le domaine médical, soulignant son potentiel pour la détection précoce des anomalies génétiques et son rôle essentiel dans la compréhension et le traitement de la thalassémie, tout en notant les limitations des méthodes de diagnostic traditionnelles. L'objectif est d'analyser les différentes plateformes de séquençage, notamment Illumina et PacBio, en assurant la fiabilité et la précision des résultats, tout en respectant les considérations éthiques. Le NGS propose diverses techniques telles que le séquençage complet du génome (WGS) et l'enrichissement exomique, utilisant des méthodes chimiques spécifiques à chaque plateforme. Illumina, par exemple, recourt à des matrices clonales et à un terminateur réversible pour le séquençage à grande échelle, suivi de l'analyse des lectures par rapport à une séquence de référence à l'aide d'outils spécialisés pour identifier les variants génétiques.
D'autre part, Le séquençage de troisième génération (TGS), tel que celui de PacBio, repose sur le séquençage de molécules individuelles sans amplification clonale préalable. Cette méthode utilise une ADN polymérase continue qui incorpore des dNTP marqués par fluorescence, produisant des lectures longues et très précises (HiFi reads) via la technologie Iso-Seq.
En conclusion, Cette étude montre l'efficacité supérieure du séquençage de troisième génération (TGS) par rapport aux méthodes classiques pour détecter des variants génétiques rares liés à la thalassémie, notamment dans les gènes HBA1 et HBA2. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est validé comme une méthode prometteuse pour le dépistage des porteurs. Bien que NGS et TGS soient efficaces, la PCR reste nécessaire dans les cas complexes. Une approche multidisciplinaire combinant données cliniques, hématologiques et génomiques, avec une infrastructure bioinformatique solide, est essentielle pour garantir des résultats fiables.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2752024 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Azlarab MASRAR Juge : Hafid ZAHID Réservation
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Titre : La médecine personnalisée: du séquençage de nouvelle génération à l’édition du génome. Type de document : thèse Auteurs : BOUAZIZI Abdelhakim, Auteur Année de publication : 2018 Langues : Français (fre) Mots-clés : La médecine personnalisée génome séquençage édition CRISPR-Cas9 Résumé : La médecine personnalisée constitue une approche de la maladie et du soin centrée sur le patient, en fonction de ses caractéristiques biologiques, génétiques et épigénétiques individuelles. Elle concerne tous les stades de l’acte médical, du diagnostic moléculaire à l’aide de biomarqueurs, aux modalités thérapeutiques ciblées.
Le séquençage de l’ADN constitue une méthode dont le but est de déterminer la succession linéaire des nucléotides. L'émergence de technologies de séquençage de nouvelle génération « NGS» a permis de séquencer avec des débits qui évoluent encore aujourd'hui de façon phénoménale. NGS permet un séquençage très efficace, rapide et peu coûteux de l'ADN ou de l'ARN. L’utilisation des technologies NGS pour le diagnostic, le pronostic, et le traitement des maladies est aujourd’hui considérée comme un développement prometteur. NGS rend possible l’identification précoce des facteurs qui permet de prédire à l’avance la présence d’une maladie et ainsi d’orienter et de personnaliser le suivi thérapeutique des patients.
L’une des applications thérapeutiques de la médecine personnalisée concerne l’édition du génome, par laquelle la séquence nucléotidique est précisément modifiée à l’aide des différents outils TALEN, ZFN et CRISPR-Cas9. Ce dernier est aujourd'hui considéré comme l'outil le plus simple, le plus précis et le moins coûteux, entraînant une popularité sans précédent pour ce domaine. Ses applications sont multiples et de nombreuses preuves de concepts ont été développées. Chacune des applications correspond à un contexte scientifique mais aussi médical. Ces contextes nous permettent de comprendre l'importance, les espoirs mais aussi les risques et les limites de ces applications. Un débat éthique autour des CRISPR se cristallise principalement sur la modification d’embryons humains et la transmission à la descendance.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P1002018 Président : EL JAOUDI.R Directeur : IBRAHIMI.A Juge : EL HAFIDI.N Juge : HASSANI.A La médecine personnalisée: du séquençage de nouvelle génération à l’édition du génome. [thèse] / BOUAZIZI Abdelhakim, Auteur . - 2018.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : La médecine personnalisée génome séquençage édition CRISPR-Cas9 Résumé : La médecine personnalisée constitue une approche de la maladie et du soin centrée sur le patient, en fonction de ses caractéristiques biologiques, génétiques et épigénétiques individuelles. Elle concerne tous les stades de l’acte médical, du diagnostic moléculaire à l’aide de biomarqueurs, aux modalités thérapeutiques ciblées.
Le séquençage de l’ADN constitue une méthode dont le but est de déterminer la succession linéaire des nucléotides. L'émergence de technologies de séquençage de nouvelle génération « NGS» a permis de séquencer avec des débits qui évoluent encore aujourd'hui de façon phénoménale. NGS permet un séquençage très efficace, rapide et peu coûteux de l'ADN ou de l'ARN. L’utilisation des technologies NGS pour le diagnostic, le pronostic, et le traitement des maladies est aujourd’hui considérée comme un développement prometteur. NGS rend possible l’identification précoce des facteurs qui permet de prédire à l’avance la présence d’une maladie et ainsi d’orienter et de personnaliser le suivi thérapeutique des patients.
L’une des applications thérapeutiques de la médecine personnalisée concerne l’édition du génome, par laquelle la séquence nucléotidique est précisément modifiée à l’aide des différents outils TALEN, ZFN et CRISPR-Cas9. Ce dernier est aujourd'hui considéré comme l'outil le plus simple, le plus précis et le moins coûteux, entraînant une popularité sans précédent pour ce domaine. Ses applications sont multiples et de nombreuses preuves de concepts ont été développées. Chacune des applications correspond à un contexte scientifique mais aussi médical. Ces contextes nous permettent de comprendre l'importance, les espoirs mais aussi les risques et les limites de ces applications. Un débat éthique autour des CRISPR se cristallise principalement sur la modification d’embryons humains et la transmission à la descendance.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P1002018 Président : EL JAOUDI.R Directeur : IBRAHIMI.A Juge : EL HAFIDI.N Juge : HASSANI.A Réservation
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Titre : NGS EN HEMATOLOGIE : APPLICATIONS DANS LA PRISE EN CHARGE DES HEMOPATHIES MALIGNES Type de document : thèse Auteurs : Hanane ESSAGHIR, Auteur Année de publication : 2024 Langues : Français (fre) Mots-clés : NGS Séquençage Hémopathies malignes Résumé : Le séquençage nouvelle génération (NGS) a révolutionné le diagnostic des hémopathies
malignes, offrant une approche plus précise, rapide et exhaustive de l'analyse génétique des
patients. Cette technologie a considérablement amélioré la compréhension des bases
moléculaires de ces maladies, conduisant à des avancées significatives dans la classification,
le pronostic et le traitement.
Une des principales contributions du NGS est sa capacité à détecter les mutations
génétiques élevée. En analysant simultanément de multiples gènes, le NGS permet d'identifier
des mutations spécifiques associées à différents types d'hémopathies malignes, ce qui facilite
leur classification précise. De plus, le NGS permet de détecter des mutations à faible
fréquence, qui pourraient être manquées par les méthodes conventionnelles, mais qui peuvent
avoir un impact significatif sur le diagnostic et le traitement.
Le NGS est également crucial pour prédire le pronostic des patients. En identifiant les
mutations génétiques associées à des issues cliniques spécifiques, le NGS aide les cliniciens à
évaluer le risque de progression de la maladie et à adapter le traitement en conséquence. Cette
approche personnalisée permet une prise en charge plus efficace des patients, en évitant les
traitements inutiles et en ciblant les thérapies les plus appropriées.
De plus, le NGS est essentiel pour surveiller la réponse au traitement et détecter
l'apparition de résistances. En suivant l'évolution des mutations génétiques au fil du temps, les
cliniciens peuvent ajuster rapidement les stratégies thérapeutiques pour optimiser les résultats
cliniques.
En conclusion, le NGS représente une avancée majeure dans le diagnostic et la prise en
charge des hémopathies malignes. Sa capacité à fournir des informations génétiques détaillées
et précises permet une approche personnalisée et éclairée, améliorant ainsi les perspectives de
traitement et la qualité de vie des patients.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2122024 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Anass JEAIDI Juge : Hafid ZAHID NGS EN HEMATOLOGIE : APPLICATIONS DANS LA PRISE EN CHARGE DES HEMOPATHIES MALIGNES [thèse] / Hanane ESSAGHIR, Auteur . - 2024.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : NGS Séquençage Hémopathies malignes Résumé : Le séquençage nouvelle génération (NGS) a révolutionné le diagnostic des hémopathies
malignes, offrant une approche plus précise, rapide et exhaustive de l'analyse génétique des
patients. Cette technologie a considérablement amélioré la compréhension des bases
moléculaires de ces maladies, conduisant à des avancées significatives dans la classification,
le pronostic et le traitement.
Une des principales contributions du NGS est sa capacité à détecter les mutations
génétiques élevée. En analysant simultanément de multiples gènes, le NGS permet d'identifier
des mutations spécifiques associées à différents types d'hémopathies malignes, ce qui facilite
leur classification précise. De plus, le NGS permet de détecter des mutations à faible
fréquence, qui pourraient être manquées par les méthodes conventionnelles, mais qui peuvent
avoir un impact significatif sur le diagnostic et le traitement.
Le NGS est également crucial pour prédire le pronostic des patients. En identifiant les
mutations génétiques associées à des issues cliniques spécifiques, le NGS aide les cliniciens à
évaluer le risque de progression de la maladie et à adapter le traitement en conséquence. Cette
approche personnalisée permet une prise en charge plus efficace des patients, en évitant les
traitements inutiles et en ciblant les thérapies les plus appropriées.
De plus, le NGS est essentiel pour surveiller la réponse au traitement et détecter
l'apparition de résistances. En suivant l'évolution des mutations génétiques au fil du temps, les
cliniciens peuvent ajuster rapidement les stratégies thérapeutiques pour optimiser les résultats
cliniques.
En conclusion, le NGS représente une avancée majeure dans le diagnostic et la prise en
charge des hémopathies malignes. Sa capacité à fournir des informations génétiques détaillées
et précises permet une approche personnalisée et éclairée, améliorant ainsi les perspectives de
traitement et la qualité de vie des patients.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2122024 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Anass JEAIDI Juge : Hafid ZAHID Réservation
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Titre : NOUVELLES TECHNIQUES DIAGNOSTICS ET THERAPEUTIQUE DE LA TUBERCULOSE. Type de document : thèse Auteurs : Saad OUADDIN., Auteur Année de publication : 2019 Langues : Français (fre) Mots-clés : Amplification génique Bio-détection Tuberculose Séquençage Traitement. Résumé : La tuberculose constitue un problème de santé publique et l'une des dix premières causes de décès par les maladies infectieuses, considérés ainsi comme fardeau de la maladie dans le monde. Bien que les taux de réussite des traitements s’améliorent chaque année, les taux de détection des cas augmentent plus lentement.
Le diagnostic de la tuberculose se base depuis des décennies sur la microscopie et la culture. Or ces méthodes dites conventionnelles et qui nécessitent un personnel qualifié et un temps de diagnostic prolongé est souvent à l’origine du retard de l’initiation thérapeutique. Aujourd’hui grâce aux progrès scientifiques, des nouvelles techniques comme l’amplification génique et la Bio détection ont permis un diagnostic rapide et fiable sans la nécessité d’un personnel qualifié , et la PCR qui en plus de la détection de la bactérie dans l’échantillon clinique peut déceler les mutations responsable des résistances aux anticapillaires . Encore l’une des avantages importants de ces nouvelles méthodes se concrétise dans l’accessibilité et la possibilité de leur utilisation dans les structures de soins, autrement dit des techniques de détection de la tuberculose au point de soins.
Malgré l’évolution des techniques de diagnostic de la maladie, la tuberculose constituent encore une endémie dans quelque pays, en raison de l’échec des programmes de lutte ainsi que les modalités thérapeutique qui sont en lente évolution non concomitante à l’apparition des souches résistante aux traitements conventionnelles.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M4382019 Président : ZOUHDI.M Directeur : SEKHSOKH.Y Juge : GAOUZI.A Juge : EL HAMZAOUI.S Juge : TELLAL.S NOUVELLES TECHNIQUES DIAGNOSTICS ET THERAPEUTIQUE DE LA TUBERCULOSE. [thèse] / Saad OUADDIN., Auteur . - 2019.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Amplification génique Bio-détection Tuberculose Séquençage Traitement. Résumé : La tuberculose constitue un problème de santé publique et l'une des dix premières causes de décès par les maladies infectieuses, considérés ainsi comme fardeau de la maladie dans le monde. Bien que les taux de réussite des traitements s’améliorent chaque année, les taux de détection des cas augmentent plus lentement.
Le diagnostic de la tuberculose se base depuis des décennies sur la microscopie et la culture. Or ces méthodes dites conventionnelles et qui nécessitent un personnel qualifié et un temps de diagnostic prolongé est souvent à l’origine du retard de l’initiation thérapeutique. Aujourd’hui grâce aux progrès scientifiques, des nouvelles techniques comme l’amplification génique et la Bio détection ont permis un diagnostic rapide et fiable sans la nécessité d’un personnel qualifié , et la PCR qui en plus de la détection de la bactérie dans l’échantillon clinique peut déceler les mutations responsable des résistances aux anticapillaires . Encore l’une des avantages importants de ces nouvelles méthodes se concrétise dans l’accessibilité et la possibilité de leur utilisation dans les structures de soins, autrement dit des techniques de détection de la tuberculose au point de soins.
Malgré l’évolution des techniques de diagnostic de la maladie, la tuberculose constituent encore une endémie dans quelque pays, en raison de l’échec des programmes de lutte ainsi que les modalités thérapeutique qui sont en lente évolution non concomitante à l’apparition des souches résistante aux traitements conventionnelles.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M4382019 Président : ZOUHDI.M Directeur : SEKHSOKH.Y Juge : GAOUZI.A Juge : EL HAMZAOUI.S Juge : TELLAL.S Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M4382019 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2019 Disponible M4382019-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2019 Disponible Documents numériques
M4382019URL
Titre : Séquençage de l’ADN : Principe,indications et applications Type de document : thèse Auteurs : AGHROUCH Nada, Auteur Année de publication : 2018 Langues : Français (fre) Mots-clés : Séquençage application nouvelle génération ADN Résumé : Le séquençage de l’ADN est la détermination de la succession des nucléotides. C’est aujourd'hui une technique de routine pour les laboratoires de biologie. Cette technique utilise les connaissances qui ont été acquises depuis une trentaine d'années sur les mécanismes de la réplication de l'ADN.
Le séquençage nouvelle génération (NGS)ou à haut débit, est un terme commun utilisé pour décrire différentes technologies de séquençage moderne comme :
• Illumina®
• Roche 454
• Ion torrent:
• SOLiD
Ces technologies récentes permettent de séquencer l'ADN et l'ARN beaucoup plus rapidement que les méthodes précédentes comme le séquençage de Sanger, et comme tels ont révolutionné l'étude de la génomique et de la biologie moléculaire.
Les technologies NGS présentent trois étapes communes :
• La préparation de banques : les banques sont créées en utilisant une fragmentation aléatoire de l'ADN suivie de la liaison avec des petites séquences spécifiques
• L'amplification : la banque est amplifiée grâce à des méthodes d'amplification clonale et de PCR
• Le séquençage : l'ADN est séquencé en utilisant différentes approches en fonction de la technologie utilisée
La technologie NGS la plus utilisée est la technologie Illumina®. Cette technologie utilise l'amplification clonale et la séquençage par synthèse (SBS). Le processus permet d'identifier simultanément les bases d'ADN lorsqu'elles sont incorporées dans la chaîne d'acide nucléique. Chaque base émet un signal de fluorescence unique lorsqu'elle est ajoutée au brin en cours de synthèse, ceci est utilisé pour déterminer la séquence d'ADN.
La technologie NGS peut être utilisée pour séquencer l'ADN de n'importe quel organisme,fournissant des informations précieuses en réponse à presque n'importe quelle question biologique. En tant que technologie hautement évolutive, le séquençage de l'ADN peut être appliqué à de petites régions ciblées ou à l'ensemble du génome.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P1342018 Président : ZOUHDI.M Directeur : SEKHSOKH.Y Juge : GAOUZI.A Juge : EL HAMZAOUI.S Séquençage de l’ADN : Principe,indications et applications [thèse] / AGHROUCH Nada, Auteur . - 2018.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Séquençage application nouvelle génération ADN Résumé : Le séquençage de l’ADN est la détermination de la succession des nucléotides. C’est aujourd'hui une technique de routine pour les laboratoires de biologie. Cette technique utilise les connaissances qui ont été acquises depuis une trentaine d'années sur les mécanismes de la réplication de l'ADN.
Le séquençage nouvelle génération (NGS)ou à haut débit, est un terme commun utilisé pour décrire différentes technologies de séquençage moderne comme :
• Illumina®
• Roche 454
• Ion torrent:
• SOLiD
Ces technologies récentes permettent de séquencer l'ADN et l'ARN beaucoup plus rapidement que les méthodes précédentes comme le séquençage de Sanger, et comme tels ont révolutionné l'étude de la génomique et de la biologie moléculaire.
Les technologies NGS présentent trois étapes communes :
• La préparation de banques : les banques sont créées en utilisant une fragmentation aléatoire de l'ADN suivie de la liaison avec des petites séquences spécifiques
• L'amplification : la banque est amplifiée grâce à des méthodes d'amplification clonale et de PCR
• Le séquençage : l'ADN est séquencé en utilisant différentes approches en fonction de la technologie utilisée
La technologie NGS la plus utilisée est la technologie Illumina®. Cette technologie utilise l'amplification clonale et la séquençage par synthèse (SBS). Le processus permet d'identifier simultanément les bases d'ADN lorsqu'elles sont incorporées dans la chaîne d'acide nucléique. Chaque base émet un signal de fluorescence unique lorsqu'elle est ajoutée au brin en cours de synthèse, ceci est utilisé pour déterminer la séquence d'ADN.
La technologie NGS peut être utilisée pour séquencer l'ADN de n'importe quel organisme,fournissant des informations précieuses en réponse à presque n'importe quelle question biologique. En tant que technologie hautement évolutive, le séquençage de l'ADN peut être appliqué à de petites régions ciblées ou à l'ensemble du génome.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P1342018 Président : ZOUHDI.M Directeur : SEKHSOKH.Y Juge : GAOUZI.A Juge : EL HAMZAOUI.S Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité P1342018 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2018 Disponible P1342018-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2018 Disponible Documents numériques
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