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DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC 

Public ISBD Titre : DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC Type de document : thèse Année de publication : 2020 Langues : Français (fre) Mots-clés : séquençage  SARS-CoV2  mutations  D614G  sequencing  SARS-CoV2  mutations  D614G Résumé : La pandémie de COVID-19 causée par l'agent pathogène : le SRAS-CoV-2, a entraîné des millions d'infections et de décès dans le monde, le Maroc n’en était pas épargné. Le virus est-il le même que celui originaire de Wuhan ou y a-t-il des variations ? Trente et deux échantillons d’ARN provenant des patients au Maroc ont été recueillis, convertis en ADNc puis séquencés à l’aide de l’Ion GeneStudio S5. La séquence a ensuite été aligné avec la séquence de référence de Wuhan. Quatre échantillons parmi les trente et deux ont été pris du lot pour étudier de près les variations. Ils comportent quatre et vingt mutations, situées sur les gènes ORF1ab, ORF3a, ORF8, ORF10 et les gènes des protéines structurales S, M et N. Deux types de mutations ont été observés, il s’agit du SNP (Single Nucleotide polymorphism) et du MNP (Multiple Nucleotide Polymorphism. Ces mutations peuvent être silencieuse, mutation faux sens et mutation touchant l’extrémité 5’ et 3’ du génome. L’effet de ces mutations peuvent être classé en trois niveaux : modéré, faible et modificateur . Nos échantillons présentent la mutation D614G, détectée à la position 23 403 (A›G), remplaçant l’acide aspartique par la glycine .Trois autres mutations : une mutation C en T en 5 ’UTR (position 241 par rapport à la séquence de référence de Wuhan), une mutation silencieuse C ›T en position 3 037 ;et une mutation de C›T en position 14 408 entraînant un changement d'acide aminé dans l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp P323L) ont également été observées. La souche de SARS-CoV-2 isolé au Maroc est différente de la souche référence de Wuhan. La présence du D614G suggère que la souche est probablement d'origine européenne, le D614G étant la forme la plus répandue en Europe. Numéro (Pour les thèses) : MM0422020 Président : Azeddine Ibrahimi Rapporteur : Mouna Ouadghiri Juge : AANNIZ TARIK DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC [thèse] . - 2020. Langues : Français (fre) Mots-clés : séquençage  SARS-CoV2  mutations  D614G  sequencing  SARS-CoV2  mutations  D614G Résumé : La pandémie de COVID-19 causée par l'agent pathogène : le SRAS-CoV-2, a entraîné des millions d'infections et de décès dans le monde, le Maroc n’en était pas épargné. Le virus est-il le même que celui originaire de Wuhan ou y a-t-il des variations ? Trente et deux échantillons d’ARN provenant des patients au Maroc ont été recueillis, convertis en ADNc puis séquencés à l’aide de l’Ion GeneStudio S5. La séquence a ensuite été aligné avec la séquence de référence de Wuhan. Quatre échantillons parmi les trente et deux ont été pris du lot pour étudier de près les variations. Ils comportent quatre et vingt mutations, situées sur les gènes ORF1ab, ORF3a, ORF8, ORF10 et les gènes des protéines structurales S, M et N. Deux types de mutations ont été observés, il s’agit du SNP (Single Nucleotide polymorphism) et du MNP (Multiple Nucleotide Polymorphism. Ces mutations peuvent être silencieuse, mutation faux sens et mutation touchant l’extrémité 5’ et 3’ du génome. L’effet de ces mutations peuvent être classé en trois niveaux : modéré, faible et modificateur . Nos échantillons présentent la mutation D614G, détectée à la position 23 403 (A›G), remplaçant l’acide aspartique par la glycine .Trois autres mutations : une mutation C en T en 5 ’UTR (position 241 par rapport à la séquence de référence de Wuhan), une mutation silencieuse C ›T en position 3 037 ;et une mutation de C›T en position 14 408 entraînant un changement d'acide aminé dans l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp P323L) ont également été observées. La souche de SARS-CoV-2 isolé au Maroc est différente de la souche référence de Wuhan. La présence du D614G suggère que la souche est probablement d'origine européenne, le D614G étant la forme la plus répandue en Europe. Numéro (Pour les thèses) : MM0422020 Président : Azeddine Ibrahimi Rapporteur : Mouna Ouadghiri Juge : AANNIZ TARIK

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MM0422020	WA	Thèse imprimé	Unité des Thèses et Mémoires	Mémoires de Masters	Disponible

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MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AND SARS-COV-2 GENOMIC ANALYSIS: INPUT INTO OUTBREAKS AND SURVEILLANCE INVESTIGATIONS / Mariem LAAMARTI 

Public ISBD Titre : MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AND SARS-COV-2 GENOMIC ANALYSIS: INPUT INTO OUTBREAKS AND SURVEILLANCE INVESTIGATIONS Type de document : thèse Auteurs : Mariem LAAMARTI, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Mycobacterium Tuberculosis  SARS-Cov-2  Genomic analysis  Phylogeny  drug resistance  phylodynamic  sequencing  Mycobacterium Tuberculosis  SARS-Cov-2  Analyse genomique  Phylogenie  resistance aux antibiotique  , phylodynamique  sequencage  التحلیل الجینومي  النشوء والتطور  المقاومة  الدینامیكا النباتیة  SARS-CoV- المتفطرة السلیة  2  التسلسل Résumé : Comparative microbial genomics is increasingly used for high-resolution epidemiological investigation of infectious agents' sources, transmission dynamics and antimicrobial resistance. In Chapter II, We performed the sequencing and genomic characterization of M. Tuberculosis strains from Morocco to get insight into their genomic diversity, drug resistance, population structure and identify potential mutations associated with drug resistance. We conducted a whole-genome analysis of nine Morrocan M. tuberculosis isolates; we identied 25 known mutations and 14 novel mutations in drug-associated genes and provided experimental support for them. We found that all resistance and susceptible strains clustered with LAM9 and Haarlem, respectively, belonging to the Euro-American clade. The modelling of GyrA/GyrB mutations showed a decrease in the binding anity with levo oxacin. Chapter III addresses the comparative genomic of SARS-CoV-2 from Morocco to identify genetic variants as a crucial step in evaluating the spread in Morocco. This study revealed 108 mutations in their genomes. The analysis haplotype network suggests dierent sources of SARS-CoV-2 infection in Morocco. In Chapter IV, we collected SARS-CoV-2 genomes isolated from 80 countries.The results showed genotypes specic to geographic location. Moreover, evolution over time has demonstrated a mechanism of mutation co-accumulation, which might aect the severity and spread of the SARS-CoV-2 suggesting that a universal vaccine is more likely to be ecient for all strains. On the other hand, the selective pressure analysis revealed negatively selected residues that could be considered therapeutic targets. We have also created an inclusive unied database that lists all of the genetic variants of the SARS-CoV-2 genomes found in this study. Numéro (Pour les thèses) : D0112021 Président : Abdallah BADOU Rapporteur : Azeddine IBRAHIMI ; Samir SIAH Juge : Rachid ELJAOUDI Juge : Laila SBABOU ; Mohammed EL AZAMI EL IDRISSI ; Juge : Lahcen BELYAMANI ; Mouna OUAD MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AND SARS-COV-2 GENOMIC ANALYSIS: INPUT INTO OUTBREAKS AND SURVEILLANCE INVESTIGATIONS [thèse] / Mariem LAAMARTI, Auteur . - 2021. Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Mycobacterium Tuberculosis  SARS-Cov-2  Genomic analysis  Phylogeny  drug resistance  phylodynamic  sequencing  Mycobacterium Tuberculosis  SARS-Cov-2  Analyse genomique  Phylogenie  resistance aux antibiotique  , phylodynamique  sequencage  التحلیل الجینومي  النشوء والتطور  المقاومة  الدینامیكا النباتیة  SARS-CoV- المتفطرة السلیة  2  التسلسل Résumé : Comparative microbial genomics is increasingly used for high-resolution epidemiological investigation of infectious agents' sources, transmission dynamics and antimicrobial resistance. In Chapter II, We performed the sequencing and genomic characterization of M. Tuberculosis strains from Morocco to get insight into their genomic diversity, drug resistance, population structure and identify potential mutations associated with drug resistance. We conducted a whole-genome analysis of nine Morrocan M. tuberculosis isolates; we identied 25 known mutations and 14 novel mutations in drug-associated genes and provided experimental support for them. We found that all resistance and susceptible strains clustered with LAM9 and Haarlem, respectively, belonging to the Euro-American clade. The modelling of GyrA/GyrB mutations showed a decrease in the binding anity with levo oxacin. Chapter III addresses the comparative genomic of SARS-CoV-2 from Morocco to identify genetic variants as a crucial step in evaluating the spread in Morocco. This study revealed 108 mutations in their genomes. The analysis haplotype network suggests dierent sources of SARS-CoV-2 infection in Morocco. In Chapter IV, we collected SARS-CoV-2 genomes isolated from 80 countries.The results showed genotypes specic to geographic location. Moreover, evolution over time has demonstrated a mechanism of mutation co-accumulation, which might aect the severity and spread of the SARS-CoV-2 suggesting that a universal vaccine is more likely to be ecient for all strains. On the other hand, the selective pressure analysis revealed negatively selected residues that could be considered therapeutic targets. We have also created an inclusive unied database that lists all of the genetic variants of the SARS-CoV-2 genomes found in this study. Numéro (Pour les thèses) : D0112021 Président : Abdallah BADOU Rapporteur : Azeddine IBRAHIMI ; Samir SIAH Juge : Rachid ELJAOUDI Juge : Laila SBABOU ; Mohammed EL AZAMI EL IDRISSI ; Juge : Lahcen BELYAMANI ; Mouna OUAD

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D0112021	WA	Thèse imprimé	Unité des Thèses et Mémoires	Doctorat SVS 2021	Disponible

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