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Titre : DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC Type de document : thèse Année de publication : 2020 Langues : Français (fre) Mots-clés : séquençage SARS-CoV2 mutations D614G sequencing SARS-CoV2 mutations D614G Résumé : La pandémie de COVID-19 causée par l'agent pathogène : le SRAS-CoV-2, a entraîné des millions d'infections et de décès dans le monde, le Maroc n’en était pas épargné. Le virus est-il le même que celui originaire de Wuhan ou y a-t-il des variations ?
Trente et deux échantillons d’ARN provenant des patients au Maroc ont été recueillis, convertis en ADNc puis séquencés à l’aide de l’Ion GeneStudio S5. La séquence a ensuite été aligné avec la séquence de référence de Wuhan. Quatre échantillons parmi les trente et deux ont été pris du lot pour étudier de près les variations. Ils comportent quatre et vingt mutations, situées sur les gènes ORF1ab, ORF3a, ORF8, ORF10 et les gènes des protéines structurales S, M et N. Deux types de mutations ont été observés, il s’agit du SNP (Single Nucleotide polymorphism) et du MNP (Multiple Nucleotide Polymorphism. Ces mutations peuvent être silencieuse, mutation faux sens et mutation touchant l’extrémité 5’ et 3’ du génome. L’effet de ces mutations peuvent être classé en trois niveaux : modéré, faible et modificateur . Nos échantillons présentent la mutation D614G, détectée à la position 23 403 (A›G), remplaçant l’acide aspartique par la glycine .Trois autres mutations : une mutation C en T en 5 ’UTR (position 241 par rapport à la séquence de référence de Wuhan), une mutation silencieuse C ›T en position 3 037 ;et une mutation de C›T en position 14 408 entraînant un changement d'acide aminé dans l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp P323L) ont également été observées. La souche de SARS-CoV-2 isolé au Maroc est différente de la souche référence de Wuhan. La présence du D614G suggère que la souche est probablement d'origine européenne, le D614G étant la forme la plus répandue en Europe.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0422020 Président : Azeddine Ibrahimi Directeur : Mouna Ouadghiri Juge : AANNIZ TARIK DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC [thèse] . - 2020.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : séquençage SARS-CoV2 mutations D614G sequencing SARS-CoV2 mutations D614G Résumé : La pandémie de COVID-19 causée par l'agent pathogène : le SRAS-CoV-2, a entraîné des millions d'infections et de décès dans le monde, le Maroc n’en était pas épargné. Le virus est-il le même que celui originaire de Wuhan ou y a-t-il des variations ?
Trente et deux échantillons d’ARN provenant des patients au Maroc ont été recueillis, convertis en ADNc puis séquencés à l’aide de l’Ion GeneStudio S5. La séquence a ensuite été aligné avec la séquence de référence de Wuhan. Quatre échantillons parmi les trente et deux ont été pris du lot pour étudier de près les variations. Ils comportent quatre et vingt mutations, situées sur les gènes ORF1ab, ORF3a, ORF8, ORF10 et les gènes des protéines structurales S, M et N. Deux types de mutations ont été observés, il s’agit du SNP (Single Nucleotide polymorphism) et du MNP (Multiple Nucleotide Polymorphism. Ces mutations peuvent être silencieuse, mutation faux sens et mutation touchant l’extrémité 5’ et 3’ du génome. L’effet de ces mutations peuvent être classé en trois niveaux : modéré, faible et modificateur . Nos échantillons présentent la mutation D614G, détectée à la position 23 403 (A›G), remplaçant l’acide aspartique par la glycine .Trois autres mutations : une mutation C en T en 5 ’UTR (position 241 par rapport à la séquence de référence de Wuhan), une mutation silencieuse C ›T en position 3 037 ;et une mutation de C›T en position 14 408 entraînant un changement d'acide aminé dans l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp P323L) ont également été observées. La souche de SARS-CoV-2 isolé au Maroc est différente de la souche référence de Wuhan. La présence du D614G suggère que la souche est probablement d'origine européenne, le D614G étant la forme la plus répandue en Europe.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0422020 Président : Azeddine Ibrahimi Directeur : Mouna Ouadghiri Juge : AANNIZ TARIK Réservation
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Titre : IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE Type de document : thèse Auteurs : KARTTI SOUAD, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE [thèse] / KARTTI SOUAD, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa Réservation
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Titre : INTERET DE NGS DANS LES THALASSEMIE Type de document : thèse Auteurs : HACHRI ADIB, Auteur Année de publication : 2024 Langues : Français (fre) Mots-clés : NGS Thalassémie Hémoglobine Séquencage Mutation Hémolyse NGS thalassemia hemoglobin sequencing mutation hemolysis الثلاسيويا؛ انْحِلاَلُ الدَّم؛ التسلسل؛ طفرة؛ الهيووجلوبين Résumé : Ce travail explore en profondeur le séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le domaine médical, soulignant son potentiel pour la détection précoce des anomalies génétiques et son rôle essentiel dans la compréhension et le traitement de la thalassémie, tout en notant les limitations des méthodes de diagnostic traditionnelles. L'objectif est d'analyser les différentes plateformes de séquençage, notamment Illumina et PacBio, en assurant la fiabilité et la précision des résultats, tout en respectant les considérations éthiques. Le NGS propose diverses techniques telles que le séquençage complet du génome (WGS) et l'enrichissement exomique, utilisant des méthodes chimiques spécifiques à chaque plateforme. Illumina, par exemple, recourt à des matrices clonales et à un terminateur réversible pour le séquençage à grande échelle, suivi de l'analyse des lectures par rapport à une séquence de référence à l'aide d'outils spécialisés pour identifier les variants génétiques.
D'autre part, Le séquençage de troisième génération (TGS), tel que celui de PacBio, repose sur le séquençage de molécules individuelles sans amplification clonale préalable. Cette méthode utilise une ADN polymérase continue qui incorpore des dNTP marqués par fluorescence, produisant des lectures longues et très précises (HiFi reads) via la technologie Iso-Seq.
En conclusion, Cette étude montre l'efficacité supérieure du séquençage de troisième génération (TGS) par rapport aux méthodes classiques pour détecter des variants génétiques rares liés à la thalassémie, notamment dans les gènes HBA1 et HBA2. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est validé comme une méthode prometteuse pour le dépistage des porteurs. Bien que NGS et TGS soient efficaces, la PCR reste nécessaire dans les cas complexes. Une approche multidisciplinaire combinant données cliniques, hématologiques et génomiques, avec une infrastructure bioinformatique solide, est essentielle pour garantir des résultats fiables.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2752024 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Azlarab MASRAR Juge : Hafid ZAHID INTERET DE NGS DANS LES THALASSEMIE [thèse] / HACHRI ADIB, Auteur . - 2024.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : NGS Thalassémie Hémoglobine Séquencage Mutation Hémolyse NGS thalassemia hemoglobin sequencing mutation hemolysis الثلاسيويا؛ انْحِلاَلُ الدَّم؛ التسلسل؛ طفرة؛ الهيووجلوبين Résumé : Ce travail explore en profondeur le séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le domaine médical, soulignant son potentiel pour la détection précoce des anomalies génétiques et son rôle essentiel dans la compréhension et le traitement de la thalassémie, tout en notant les limitations des méthodes de diagnostic traditionnelles. L'objectif est d'analyser les différentes plateformes de séquençage, notamment Illumina et PacBio, en assurant la fiabilité et la précision des résultats, tout en respectant les considérations éthiques. Le NGS propose diverses techniques telles que le séquençage complet du génome (WGS) et l'enrichissement exomique, utilisant des méthodes chimiques spécifiques à chaque plateforme. Illumina, par exemple, recourt à des matrices clonales et à un terminateur réversible pour le séquençage à grande échelle, suivi de l'analyse des lectures par rapport à une séquence de référence à l'aide d'outils spécialisés pour identifier les variants génétiques.
D'autre part, Le séquençage de troisième génération (TGS), tel que celui de PacBio, repose sur le séquençage de molécules individuelles sans amplification clonale préalable. Cette méthode utilise une ADN polymérase continue qui incorpore des dNTP marqués par fluorescence, produisant des lectures longues et très précises (HiFi reads) via la technologie Iso-Seq.
En conclusion, Cette étude montre l'efficacité supérieure du séquençage de troisième génération (TGS) par rapport aux méthodes classiques pour détecter des variants génétiques rares liés à la thalassémie, notamment dans les gènes HBA1 et HBA2. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est validé comme une méthode prometteuse pour le dépistage des porteurs. Bien que NGS et TGS soient efficaces, la PCR reste nécessaire dans les cas complexes. Une approche multidisciplinaire combinant données cliniques, hématologiques et génomiques, avec une infrastructure bioinformatique solide, est essentielle pour garantir des résultats fiables.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2752024 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Azlarab MASRAR Juge : Hafid ZAHID Réservation
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Titre : MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AND SARS-COV-2 GENOMIC ANALYSIS: INPUT INTO OUTBREAKS AND SURVEILLANCE INVESTIGATIONS Type de document : thèse Auteurs : Mariem LAAMARTI, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Genomic analysis Phylogeny drug resistance phylodynamic sequencing Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Analyse genomique Phylogenie resistance aux antibiotique , phylodynamique sequencage التحلیل الجینومي النشوء والتطور المقاومة الدینامیكا النباتیة SARS-CoV- المتفطرة السلیة 2 التسلسل Résumé : Comparative microbial genomics is increasingly used for high-resolution epidemiological
investigation of infectious agents' sources, transmission dynamics and antimicrobial
resistance.
In Chapter II, We performed the sequencing and genomic characterization of M.
Tuberculosis strains from Morocco to get insight into their genomic diversity, drug resistance,
population structure and identify potential mutations associated with drug resistance.
We conducted a whole-genome analysis of nine Morrocan M. tuberculosis isolates;
we identi ed 25 known mutations and 14 novel mutations in drug-associated genes and
provided experimental support for them. We found that all resistance and susceptible
strains clustered with LAM9 and Haarlem, respectively, belonging to the Euro-American
clade. The modelling of GyrA/GyrB mutations showed a decrease in the binding anity
with levo
oxacin.
Chapter III addresses the comparative genomic of SARS-CoV-2 from Morocco to
identify genetic variants as a crucial step in evaluating the spread in Morocco. This
study revealed 108 mutations in their genomes. The analysis haplotype network suggests
di erent sources of SARS-CoV-2 infection in Morocco.
In Chapter IV, we collected SARS-CoV-2 genomes isolated from 80 countries.The results
showed genotypes speci c to geographic location. Moreover, evolution over time has
demonstrated a mechanism of mutation co-accumulation, which might a ect the severity
and spread of the SARS-CoV-2 suggesting that a universal vaccine is more likely to be
ecient for all strains.
On the other hand, the selective pressure analysis revealed negatively selected residues
that could be considered therapeutic targets. We have also created an inclusive uni ed
database that lists all of the genetic variants of the SARS-CoV-2 genomes found in this
study.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0112021 Président : Abdallah BADOU Directeur : Azeddine IBRAHIMI ; Samir SIAH Juge : Rachid ELJAOUDI Juge : Laila SBABOU ; Mohammed EL AZAMI EL IDRISSI ; Juge : Lahcen BELYAMANI ; Mouna OUAD MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AND SARS-COV-2 GENOMIC ANALYSIS: INPUT INTO OUTBREAKS AND SURVEILLANCE INVESTIGATIONS [thèse] / Mariem LAAMARTI, Auteur . - 2021.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Genomic analysis Phylogeny drug resistance phylodynamic sequencing Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Analyse genomique Phylogenie resistance aux antibiotique , phylodynamique sequencage التحلیل الجینومي النشوء والتطور المقاومة الدینامیكا النباتیة SARS-CoV- المتفطرة السلیة 2 التسلسل Résumé : Comparative microbial genomics is increasingly used for high-resolution epidemiological
investigation of infectious agents' sources, transmission dynamics and antimicrobial
resistance.
In Chapter II, We performed the sequencing and genomic characterization of M.
Tuberculosis strains from Morocco to get insight into their genomic diversity, drug resistance,
population structure and identify potential mutations associated with drug resistance.
We conducted a whole-genome analysis of nine Morrocan M. tuberculosis isolates;
we identi ed 25 known mutations and 14 novel mutations in drug-associated genes and
provided experimental support for them. We found that all resistance and susceptible
strains clustered with LAM9 and Haarlem, respectively, belonging to the Euro-American
clade. The modelling of GyrA/GyrB mutations showed a decrease in the binding anity
with levo
oxacin.
Chapter III addresses the comparative genomic of SARS-CoV-2 from Morocco to
identify genetic variants as a crucial step in evaluating the spread in Morocco. This
study revealed 108 mutations in their genomes. The analysis haplotype network suggests
di erent sources of SARS-CoV-2 infection in Morocco.
In Chapter IV, we collected SARS-CoV-2 genomes isolated from 80 countries.The results
showed genotypes speci c to geographic location. Moreover, evolution over time has
demonstrated a mechanism of mutation co-accumulation, which might a ect the severity
and spread of the SARS-CoV-2 suggesting that a universal vaccine is more likely to be
ecient for all strains.
On the other hand, the selective pressure analysis revealed negatively selected residues
that could be considered therapeutic targets. We have also created an inclusive uni ed
database that lists all of the genetic variants of the SARS-CoV-2 genomes found in this
study.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0112021 Président : Abdallah BADOU Directeur : Azeddine IBRAHIMI ; Samir SIAH Juge : Rachid ELJAOUDI Juge : Laila SBABOU ; Mohammed EL AZAMI EL IDRISSI ; Juge : Lahcen BELYAMANI ; Mouna OUAD Réservation
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