| Titre : | CARACTERISATION GENOMIQUE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 CIRCULANT AU MAROC | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | KHAYI RAJAE, Auteur | | Année de publication : | 2022 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | SARS-CoV-2 Maroc Diversité génétique analyse phylogénique mutations SNP SARS-CoV-2 Morocco Genetic diversity phylogenic analysis mutations SNP سارس كوف 2 المغرب التنوع الوراثي الطفرات | | Résumé : | La pandémie de COVID19 causée par le virus SARS-CoV-2 a gravement touché la plupart des
pays du monde y compris le Maroc. Dans ce travail de recherche, nous avons effectué une
analyse de génomique comparative des séquences du génome entier de 65 souches de SARSCoV-2 isolées au Maroc et 333 isolats de 20 autres pays pour prédire les voies de transmission
possibles de COVID19 au Maroc et voire les variations génétiques les plus fréquentes.
L'analyse phylogénétique a indiqué que les 65 séquences du Maroc appartenaient à trois clades
de GISAID : GRA, GK et O avec une forte dominance du clade GRA qui correspond au variant
Omicron.
La comparaison génomique des isolats avec la souche de référence a montré que la variabilité
génétique globale entre deux souches de Sars-Cov-2 est comprise entre 2 variants et 75 variants.
De plus, une moyenne de 53 mutations par souche été identifiée dans les séquences du SARSCoV-2 marocain, dont 50 % étaient non synonymes (faux-sens) et présents dans sept gènes (S,
M, N, E, ORF1ab, ORF3a, ORF6, ORF7b) à fréquences variables. D’autre part le changement
de nucléotide C>T était le plus répandu et la mutation la plus fréquente dans la région non
codante était 241C>T.
Cette étude fournit un aperçu global sur la diversité des isolats marocains du SARS-CoV-2 et
montre l’importance des outils génomique pour contrôler la dissémination des variants du
SARS-CoV-2 et la veille génomique. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0362022 | | Président : | KANDOUSSI Ilham | | Directeur : | MOUMNI Mohieddine | | Juge : | KARTTI Souad |
CARACTERISATION GENOMIQUE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 CIRCULANT AU MAROC [thèse] / KHAYI RAJAE, Auteur . - 2022. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | SARS-CoV-2 Maroc Diversité génétique analyse phylogénique mutations SNP SARS-CoV-2 Morocco Genetic diversity phylogenic analysis mutations SNP سارس كوف 2 المغرب التنوع الوراثي الطفرات | | Résumé : | La pandémie de COVID19 causée par le virus SARS-CoV-2 a gravement touché la plupart des
pays du monde y compris le Maroc. Dans ce travail de recherche, nous avons effectué une
analyse de génomique comparative des séquences du génome entier de 65 souches de SARSCoV-2 isolées au Maroc et 333 isolats de 20 autres pays pour prédire les voies de transmission
possibles de COVID19 au Maroc et voire les variations génétiques les plus fréquentes.
L'analyse phylogénétique a indiqué que les 65 séquences du Maroc appartenaient à trois clades
de GISAID : GRA, GK et O avec une forte dominance du clade GRA qui correspond au variant
Omicron.
La comparaison génomique des isolats avec la souche de référence a montré que la variabilité
génétique globale entre deux souches de Sars-Cov-2 est comprise entre 2 variants et 75 variants.
De plus, une moyenne de 53 mutations par souche été identifiée dans les séquences du SARSCoV-2 marocain, dont 50 % étaient non synonymes (faux-sens) et présents dans sept gènes (S,
M, N, E, ORF1ab, ORF3a, ORF6, ORF7b) à fréquences variables. D’autre part le changement
de nucléotide C>T était le plus répandu et la mutation la plus fréquente dans la région non
codante était 241C>T.
Cette étude fournit un aperçu global sur la diversité des isolats marocains du SARS-CoV-2 et
montre l’importance des outils génomique pour contrôler la dissémination des variants du
SARS-CoV-2 et la veille génomique. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0362022 | | Président : | KANDOUSSI Ilham | | Directeur : | MOUMNI Mohieddine | | Juge : | KARTTI Souad |
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