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Titre : CARACTERISATION GENOMIQUE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 CIRCULANT AU MAROC Type de document : thèse Auteurs : KHAYI RAJAE, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-CoV-2 Maroc Diversité génétique analyse phylogénique mutations SNP SARS-CoV-2 Morocco Genetic diversity phylogenic analysis mutations SNP سارس كوف 2 المغرب التنوع الوراثي الطفرات Résumé : La pandémie de COVID19 causée par le virus SARS-CoV-2 a gravement touché la plupart des
pays du monde y compris le Maroc. Dans ce travail de recherche, nous avons effectué une
analyse de génomique comparative des séquences du génome entier de 65 souches de SARSCoV-2 isolées au Maroc et 333 isolats de 20 autres pays pour prédire les voies de transmission
possibles de COVID19 au Maroc et voire les variations génétiques les plus fréquentes.
L'analyse phylogénétique a indiqué que les 65 séquences du Maroc appartenaient à trois clades
de GISAID : GRA, GK et O avec une forte dominance du clade GRA qui correspond au variant
Omicron.
La comparaison génomique des isolats avec la souche de référence a montré que la variabilité
génétique globale entre deux souches de Sars-Cov-2 est comprise entre 2 variants et 75 variants.
De plus, une moyenne de 53 mutations par souche été identifiée dans les séquences du SARSCoV-2 marocain, dont 50 % étaient non synonymes (faux-sens) et présents dans sept gènes (S,
M, N, E, ORF1ab, ORF3a, ORF6, ORF7b) à fréquences variables. D’autre part le changement
de nucléotide C>T était le plus répandu et la mutation la plus fréquente dans la région non
codante était 241C>T.
Cette étude fournit un aperçu global sur la diversité des isolats marocains du SARS-CoV-2 et
montre l’importance des outils génomique pour contrôler la dissémination des variants du
SARS-CoV-2 et la veille génomique.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0362022 Président : KANDOUSSI Ilham Directeur : MOUMNI Mohieddine Juge : KARTTI Souad CARACTERISATION GENOMIQUE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 CIRCULANT AU MAROC [thèse] / KHAYI RAJAE, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : SARS-CoV-2 Maroc Diversité génétique analyse phylogénique mutations SNP SARS-CoV-2 Morocco Genetic diversity phylogenic analysis mutations SNP سارس كوف 2 المغرب التنوع الوراثي الطفرات Résumé : La pandémie de COVID19 causée par le virus SARS-CoV-2 a gravement touché la plupart des
pays du monde y compris le Maroc. Dans ce travail de recherche, nous avons effectué une
analyse de génomique comparative des séquences du génome entier de 65 souches de SARSCoV-2 isolées au Maroc et 333 isolats de 20 autres pays pour prédire les voies de transmission
possibles de COVID19 au Maroc et voire les variations génétiques les plus fréquentes.
L'analyse phylogénétique a indiqué que les 65 séquences du Maroc appartenaient à trois clades
de GISAID : GRA, GK et O avec une forte dominance du clade GRA qui correspond au variant
Omicron.
La comparaison génomique des isolats avec la souche de référence a montré que la variabilité
génétique globale entre deux souches de Sars-Cov-2 est comprise entre 2 variants et 75 variants.
De plus, une moyenne de 53 mutations par souche été identifiée dans les séquences du SARSCoV-2 marocain, dont 50 % étaient non synonymes (faux-sens) et présents dans sept gènes (S,
M, N, E, ORF1ab, ORF3a, ORF6, ORF7b) à fréquences variables. D’autre part le changement
de nucléotide C>T était le plus répandu et la mutation la plus fréquente dans la région non
codante était 241C>T.
Cette étude fournit un aperçu global sur la diversité des isolats marocains du SARS-CoV-2 et
montre l’importance des outils génomique pour contrôler la dissémination des variants du
SARS-CoV-2 et la veille génomique.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0362022 Président : KANDOUSSI Ilham Directeur : MOUMNI Mohieddine Juge : KARTTI Souad Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0362022 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Mémoires de Masters Disponible Documents numériques
MM0362022URL
Titre : PROFIL BACTERIOLOGIQUE DES PNEUMOPATHIES NOSOCOMIALES NON TUBERCULEUSES CHEZ LES PATIENTS SARS-COV-2 DIAGNOSTIQUES AU CHU DE RABAT Type de document : thèse Auteurs : Nouhaila EL HARTI, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Covid 19 Pneumopathies nosocomiales SARS CoV 2 Prélèvements respiratoires Résistances aux antibiotiques COVID-19 nosocomial pneumonia SARS-CoV 2 respiratory samples antibiotic
resistance كوفید 19 الإعتلالات الرئویة سارس كوف 2 عینات تنفسیة،مقاومة المضادات الحیویةRésumé : La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est une pandémie en cours causée par le nouveau
coronavirus SARS-CoV-2. Les patients gravement malades sont sensibles au développement de
pneumopathies bactériennes secondaires nécessitant une admission en soins intensifs.
Il s’agit d’une étude rétrospective réalisée au sein du laboratoire de Bactériologie de l’Hôpital Ibn Sina
de Rabat, chez des patients hospitalisés ayant une infection confirmée au COVID -19.
Cette étude s’est étalée sur une période de 17 mois, elle a pour objectif d’identifier et de décrire les
bactéries isolées à partir des prélèvements respiratoires, ainsi que leurs profils de résistance aux
antibiotiques.
Sur un total de 360 pneumopathies diagnostiquées (âge moyen de 58 ans, 220 H et 140 F), 153
cultures sont positives (31,61%) avec une prédominance des bactéries non fermentant (40,35%), suivi
des entérobactéries (31.58%).
La prévalence des entérobactéries productrices de béta-lactamases à spectre élargi(BLSE) est de 50%,
alors que l’émergence des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes « ERC » est de 29,62% dont
le producteur potentiel est représenté par Klebsiella pneumoniae (42,86%), suivi d’Enterobacter
cloacae (14,28%).
Le taux de résistance des souches d’Acinetobacter baumanii et Pseudomonas aeruginosa à
l’imipénème est respectivement de 100% et 30%, alors que l’incidence de taux de résistance de
Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) est de 20%Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0972022 Président : Ahmed GAOUZI Directeur : Mimoun ZOUHDI Juge : Saida TELLAL Juge : Mariama CHADLI PROFIL BACTERIOLOGIQUE DES PNEUMOPATHIES NOSOCOMIALES NON TUBERCULEUSES CHEZ LES PATIENTS SARS-COV-2 DIAGNOSTIQUES AU CHU DE RABAT [thèse] / Nouhaila EL HARTI, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Covid 19 Pneumopathies nosocomiales SARS CoV 2 Prélèvements respiratoires Résistances aux antibiotiques COVID-19 nosocomial pneumonia SARS-CoV 2 respiratory samples antibiotic
resistance كوفید 19 الإعتلالات الرئویة سارس كوف 2 عینات تنفسیة،مقاومة المضادات الحیویةRésumé : La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est une pandémie en cours causée par le nouveau
coronavirus SARS-CoV-2. Les patients gravement malades sont sensibles au développement de
pneumopathies bactériennes secondaires nécessitant une admission en soins intensifs.
Il s’agit d’une étude rétrospective réalisée au sein du laboratoire de Bactériologie de l’Hôpital Ibn Sina
de Rabat, chez des patients hospitalisés ayant une infection confirmée au COVID -19.
Cette étude s’est étalée sur une période de 17 mois, elle a pour objectif d’identifier et de décrire les
bactéries isolées à partir des prélèvements respiratoires, ainsi que leurs profils de résistance aux
antibiotiques.
Sur un total de 360 pneumopathies diagnostiquées (âge moyen de 58 ans, 220 H et 140 F), 153
cultures sont positives (31,61%) avec une prédominance des bactéries non fermentant (40,35%), suivi
des entérobactéries (31.58%).
La prévalence des entérobactéries productrices de béta-lactamases à spectre élargi(BLSE) est de 50%,
alors que l’émergence des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes « ERC » est de 29,62% dont
le producteur potentiel est représenté par Klebsiella pneumoniae (42,86%), suivi d’Enterobacter
cloacae (14,28%).
Le taux de résistance des souches d’Acinetobacter baumanii et Pseudomonas aeruginosa à
l’imipénème est respectivement de 100% et 30%, alors que l’incidence de taux de résistance de
Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) est de 20%Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0972022 Président : Ahmed GAOUZI Directeur : Mimoun ZOUHDI Juge : Saida TELLAL Juge : Mariama CHADLI Réservation
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