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Titre : CARACTERISATION VIROLOGIQUE, MOLECULAIRE, ET IMMUNOGENIQUE DES DIFFERENTES SOUCHES DE ROTAVIRUS CHEZ LES ENFANTS VACCINES AU MAROC Type de document : thèse Auteurs : BOULAHYAOUI HASSAN, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Rotavirus Vaccin Efficacité Génotype Phylogénie réassortiment génétique Rotavirus Vaccine Efficacy Genotype Phylogeny genetic reassortment الفيروسات العجلية اللقاح الفاعلية النمط الجيني التطور الوراثي اعادة التصنيف الجيني Résumé : "Les rotavirus du groupe A (RVA) sont les principaux pathogènes responsables des gastroentérites aiguës chez les enfants de moins de cinq ans. Plusieurs sérotypes et génotypes des RVA existent et la vaccination reste le moyen le plus effectif pour réduire la morbidité et la mortalité provoquées par les RVA. Deux vaccins sont mis sur le marché depuis 2006 ; le Rotarix (RV-1) et le RotaTeq (RV-5) et sont introduits au Maroc, respectivement depuis 2010 et 2014.
Dans le contexte actuel de la vaccination contre les rotavirus, la connaissance de l’épidémiologie moléculaire des rotavirus circulants, de leurs dérives antigéniques, et/ou de leurs réassortiments avec des souches humaines ou animales est nécessaire, pour assurer la pertinence et l’efficacité des différentes formules vaccinales disponibles dans notre pays.
Nos résultats ont permis de montrer que les souches de RVA isolées chez les jeunes enfants vaccinés sont différentes de celle contenue dans le vaccin RV-1. Les souches sont de génotypes G2P[4], G9P[8] et GNP[14].
L’analyse phylogénique et antigénique des souches isolées est discutée dans ce travail.
Les souches P[14] présentent une identité étroite avec les souches zoonotiques de chèvre et de bovins marocains. Ce rapport suggère un éventuel événement de réassortiment entre les rotavirus humains et animaux domestiques.
L’évaluation in vitro de l’efficacité des deux vaccins démontre que les deux vaccins semblent assurer une protection maximale contre les antigènes du RVA du même génogroupe. Par contre, les deux vaccins ne semblent pas protéger in vitro contre les autres antigènes du génogroupe SGI tels que G2P[4] et G8P[14].
Nos essais ont prouvé l’efficacité in vitro des deux vaccins contre la majorité des souches de RVA en circulation au Maroc. Toutefois, une surveillance post-vaccinale semble nécessaire pour identifier les souches inhabituelles de rotavirus qui pourraient ne pas être totalement contrastées par les vaccins actuels."
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0222021 Président : ZOUHDI MIMOUN Directeur : El MOSTAFA EL FAHIME ; Nadia TOUIL Juge : EL HAFIDI NAIMA Juge : BELMEKKI ABDELKADER Juge : MRANI SAAD ; JALILA EL BAKKOURI CARACTERISATION VIROLOGIQUE, MOLECULAIRE, ET IMMUNOGENIQUE DES DIFFERENTES SOUCHES DE ROTAVIRUS CHEZ LES ENFANTS VACCINES AU MAROC [thèse] / BOULAHYAOUI HASSAN, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Rotavirus Vaccin Efficacité Génotype Phylogénie réassortiment génétique Rotavirus Vaccine Efficacy Genotype Phylogeny genetic reassortment الفيروسات العجلية اللقاح الفاعلية النمط الجيني التطور الوراثي اعادة التصنيف الجيني Résumé : "Les rotavirus du groupe A (RVA) sont les principaux pathogènes responsables des gastroentérites aiguës chez les enfants de moins de cinq ans. Plusieurs sérotypes et génotypes des RVA existent et la vaccination reste le moyen le plus effectif pour réduire la morbidité et la mortalité provoquées par les RVA. Deux vaccins sont mis sur le marché depuis 2006 ; le Rotarix (RV-1) et le RotaTeq (RV-5) et sont introduits au Maroc, respectivement depuis 2010 et 2014.
Dans le contexte actuel de la vaccination contre les rotavirus, la connaissance de l’épidémiologie moléculaire des rotavirus circulants, de leurs dérives antigéniques, et/ou de leurs réassortiments avec des souches humaines ou animales est nécessaire, pour assurer la pertinence et l’efficacité des différentes formules vaccinales disponibles dans notre pays.
Nos résultats ont permis de montrer que les souches de RVA isolées chez les jeunes enfants vaccinés sont différentes de celle contenue dans le vaccin RV-1. Les souches sont de génotypes G2P[4], G9P[8] et GNP[14].
L’analyse phylogénique et antigénique des souches isolées est discutée dans ce travail.
Les souches P[14] présentent une identité étroite avec les souches zoonotiques de chèvre et de bovins marocains. Ce rapport suggère un éventuel événement de réassortiment entre les rotavirus humains et animaux domestiques.
L’évaluation in vitro de l’efficacité des deux vaccins démontre que les deux vaccins semblent assurer une protection maximale contre les antigènes du RVA du même génogroupe. Par contre, les deux vaccins ne semblent pas protéger in vitro contre les autres antigènes du génogroupe SGI tels que G2P[4] et G8P[14].
Nos essais ont prouvé l’efficacité in vitro des deux vaccins contre la majorité des souches de RVA en circulation au Maroc. Toutefois, une surveillance post-vaccinale semble nécessaire pour identifier les souches inhabituelles de rotavirus qui pourraient ne pas être totalement contrastées par les vaccins actuels."
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0222021 Président : ZOUHDI MIMOUN Directeur : El MOSTAFA EL FAHIME ; Nadia TOUIL Juge : EL HAFIDI NAIMA Juge : BELMEKKI ABDELKADER Juge : MRANI SAAD ; JALILA EL BAKKOURI Réservation
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Exemplaires
Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0222021 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2021 Disponible 
Titre : MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AND SARS-COV-2 GENOMIC ANALYSIS: INPUT INTO OUTBREAKS AND SURVEILLANCE INVESTIGATIONS Type de document : thèse Auteurs : Mariem LAAMARTI, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Genomic analysis Phylogeny drug resistance phylodynamic sequencing Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Analyse genomique Phylogenie resistance aux antibiotique , phylodynamique sequencage التحلیل الجینومي النشوء والتطور المقاومة الدینامیكا النباتیة SARS-CoV- المتفطرة السلیة 2 التسلسل Résumé : Comparative microbial genomics is increasingly used for high-resolution epidemiological
investigation of infectious agents' sources, transmission dynamics and antimicrobial
resistance.
In Chapter II, We performed the sequencing and genomic characterization of M.
Tuberculosis strains from Morocco to get insight into their genomic diversity, drug resistance,
population structure and identify potential mutations associated with drug resistance.
We conducted a whole-genome analysis of nine Morrocan M. tuberculosis isolates;
we identi ed 25 known mutations and 14 novel mutations in drug-associated genes and
provided experimental support for them. We found that all resistance and susceptible
strains clustered with LAM9 and Haarlem, respectively, belonging to the Euro-American
clade. The modelling of GyrA/GyrB mutations showed a decrease in the binding anity
with levo
oxacin.
Chapter III addresses the comparative genomic of SARS-CoV-2 from Morocco to
identify genetic variants as a crucial step in evaluating the spread in Morocco. This
study revealed 108 mutations in their genomes. The analysis haplotype network suggests
di erent sources of SARS-CoV-2 infection in Morocco.
In Chapter IV, we collected SARS-CoV-2 genomes isolated from 80 countries.The results
showed genotypes speci c to geographic location. Moreover, evolution over time has
demonstrated a mechanism of mutation co-accumulation, which might a ect the severity
and spread of the SARS-CoV-2 suggesting that a universal vaccine is more likely to be
ecient for all strains.
On the other hand, the selective pressure analysis revealed negatively selected residues
that could be considered therapeutic targets. We have also created an inclusive uni ed
database that lists all of the genetic variants of the SARS-CoV-2 genomes found in this
study.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0112021 Président : Abdallah BADOU Directeur : Azeddine IBRAHIMI ; Samir SIAH Juge : Rachid ELJAOUDI Juge : Laila SBABOU ; Mohammed EL AZAMI EL IDRISSI ; Juge : Lahcen BELYAMANI ; Mouna OUAD MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AND SARS-COV-2 GENOMIC ANALYSIS: INPUT INTO OUTBREAKS AND SURVEILLANCE INVESTIGATIONS [thèse] / Mariem LAAMARTI, Auteur . - 2021.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Genomic analysis Phylogeny drug resistance phylodynamic sequencing Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Analyse genomique Phylogenie resistance aux antibiotique , phylodynamique sequencage التحلیل الجینومي النشوء والتطور المقاومة الدینامیكا النباتیة SARS-CoV- المتفطرة السلیة 2 التسلسل Résumé : Comparative microbial genomics is increasingly used for high-resolution epidemiological
investigation of infectious agents' sources, transmission dynamics and antimicrobial
resistance.
In Chapter II, We performed the sequencing and genomic characterization of M.
Tuberculosis strains from Morocco to get insight into their genomic diversity, drug resistance,
population structure and identify potential mutations associated with drug resistance.
We conducted a whole-genome analysis of nine Morrocan M. tuberculosis isolates;
we identi ed 25 known mutations and 14 novel mutations in drug-associated genes and
provided experimental support for them. We found that all resistance and susceptible
strains clustered with LAM9 and Haarlem, respectively, belonging to the Euro-American
clade. The modelling of GyrA/GyrB mutations showed a decrease in the binding anity
with levo
oxacin.
Chapter III addresses the comparative genomic of SARS-CoV-2 from Morocco to
identify genetic variants as a crucial step in evaluating the spread in Morocco. This
study revealed 108 mutations in their genomes. The analysis haplotype network suggests
di erent sources of SARS-CoV-2 infection in Morocco.
In Chapter IV, we collected SARS-CoV-2 genomes isolated from 80 countries.The results
showed genotypes speci c to geographic location. Moreover, evolution over time has
demonstrated a mechanism of mutation co-accumulation, which might a ect the severity
and spread of the SARS-CoV-2 suggesting that a universal vaccine is more likely to be
ecient for all strains.
On the other hand, the selective pressure analysis revealed negatively selected residues
that could be considered therapeutic targets. We have also created an inclusive uni ed
database that lists all of the genetic variants of the SARS-CoV-2 genomes found in this
study.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0112021 Président : Abdallah BADOU Directeur : Azeddine IBRAHIMI ; Samir SIAH Juge : Rachid ELJAOUDI Juge : Laila SBABOU ; Mohammed EL AZAMI EL IDRISSI ; Juge : Lahcen BELYAMANI ; Mouna OUAD Réservation
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D0112021URL
Titre : SEQUENÇAGE « LONG READS », ASSEMBLAGE ET CARACTERISATION D’UNE SOUCHE BACTERIENNE : CAS ENTEROBACTER CLOACAE Type de document : thèse Auteurs : JABAL Imane, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Français (fre) Mots-clés : Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies séquençage « long reads » assemblage annotation phylogénie orthologues MLST Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies long reads sequencing assembly annotation phylogeny orthologs MLST Résumé : L’espèce Enterobacter cloacae est généralement connue pour être un agent pathogène opportuniste de l’Homme. Cependant, elle est très répandue dans l’environnement (eaux, sols) et peut aussi coloniser les plantes (agents phythopathogènes ou endophytes). L’objectif du présent travail était de caractériser une souche endophite d’Enterobacter cloacae « INRA-E3 » isolée à partir de racines d’arganier (Argania spinosa). Le séquençage du génome complet de cette souche a été réalisé à l’aide de la technologie Nanopore Oxford en utilisant le MinION. Le séquençage a généré 180,000 reads qui ont été assemblé à l’aide des programmes Pomoxis et Flye générant un seul contig d’une taille de 4, 839,657 pb et 4, 827,541 pb respectivement. L’annotation réalisée à l’aide des programmes Prokka et RAST a révélé la présence de gènes liés à l’assimilation et à l’échange de nutriments, au chimiotactisme et à l’adhésion aux plantes. D’autres gènes de résistance aux antibiotiques, aux substances toxiques, et aux stress (osmotique, périplasmique, manque de carbone, etc.). Des gènes liés à la production de sidérophores et de bactériocines ont aussi été identifiés, révélant un caractère endophyte de cette souche capable de vivre et de s’adapter à la rhizosphère de cette plante endémique. La phylogénie de la souche INRA-E3 a été également déterminée en la comparant à vingt-deux autres souches appartenant au complexe Enterobacter cloacae et ceci en s’appuyant sur deux analyses à savoir une analyse des orthologues et une analyse des gènes de ménages (MLST). Les deux arbres générés ont pu distinguer la souche INRA-E3 comme étant une nouvelle souche et l’ont associé à une espèce endophyte. Cependant toutes les espèces n’ont pu être regroupées selon leur mode de vie. Ceci s’explique par le fait que les deux analyses utilisent des gènes communément présents chez toutes les espèces et ne prennent pas en considération les plasmides ni les régions variables responsables de la virulence ou de la formation de fimbriaes. Ces résultats illustrent d’une part, la grande complexité de la taxonomie des entérobactéries et permettent d’autre part, de mieux comprendre les interactions plantes-bactéries. En effet, la caractérisation génomique de cette souche met bien en valeur les capacités endophyte de cet isolat et son éventuelle utilisation à titre d’agent favorisant la croissance des plantes et/ou agent de biocontrôle. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0462020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : MENTAG Rachid Juge : KHAYI Slimane Juge : KARTI Souad SEQUENÇAGE « LONG READS », ASSEMBLAGE ET CARACTERISATION D’UNE SOUCHE BACTERIENNE : CAS ENTEROBACTER CLOACAE [thèse] / JABAL Imane, Auteur . - 2020.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies séquençage « long reads » assemblage annotation phylogénie orthologues MLST Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies long reads sequencing assembly annotation phylogeny orthologs MLST Résumé : L’espèce Enterobacter cloacae est généralement connue pour être un agent pathogène opportuniste de l’Homme. Cependant, elle est très répandue dans l’environnement (eaux, sols) et peut aussi coloniser les plantes (agents phythopathogènes ou endophytes). L’objectif du présent travail était de caractériser une souche endophite d’Enterobacter cloacae « INRA-E3 » isolée à partir de racines d’arganier (Argania spinosa). Le séquençage du génome complet de cette souche a été réalisé à l’aide de la technologie Nanopore Oxford en utilisant le MinION. Le séquençage a généré 180,000 reads qui ont été assemblé à l’aide des programmes Pomoxis et Flye générant un seul contig d’une taille de 4, 839,657 pb et 4, 827,541 pb respectivement. L’annotation réalisée à l’aide des programmes Prokka et RAST a révélé la présence de gènes liés à l’assimilation et à l’échange de nutriments, au chimiotactisme et à l’adhésion aux plantes. D’autres gènes de résistance aux antibiotiques, aux substances toxiques, et aux stress (osmotique, périplasmique, manque de carbone, etc.). Des gènes liés à la production de sidérophores et de bactériocines ont aussi été identifiés, révélant un caractère endophyte de cette souche capable de vivre et de s’adapter à la rhizosphère de cette plante endémique. La phylogénie de la souche INRA-E3 a été également déterminée en la comparant à vingt-deux autres souches appartenant au complexe Enterobacter cloacae et ceci en s’appuyant sur deux analyses à savoir une analyse des orthologues et une analyse des gènes de ménages (MLST). Les deux arbres générés ont pu distinguer la souche INRA-E3 comme étant une nouvelle souche et l’ont associé à une espèce endophyte. Cependant toutes les espèces n’ont pu être regroupées selon leur mode de vie. Ceci s’explique par le fait que les deux analyses utilisent des gènes communément présents chez toutes les espèces et ne prennent pas en considération les plasmides ni les régions variables responsables de la virulence ou de la formation de fimbriaes. Ces résultats illustrent d’une part, la grande complexité de la taxonomie des entérobactéries et permettent d’autre part, de mieux comprendre les interactions plantes-bactéries. En effet, la caractérisation génomique de cette souche met bien en valeur les capacités endophyte de cet isolat et son éventuelle utilisation à titre d’agent favorisant la croissance des plantes et/ou agent de biocontrôle. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0462020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : MENTAG Rachid Juge : KHAYI Slimane Juge : KARTI Souad Réservation
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Exemplaires
Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0462020 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMed2022 Disponible Documents numériques
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