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Titre : CARACTERISATION VIROLOGIQUE, MOLECULAIRE, ET IMMUNOGENIQUE DES DIFFERENTES SOUCHES DE ROTAVIRUS CHEZ LES ENFANTS VACCINES AU MAROC Type de document : thèse Auteurs : BOULAHYAOUI HASSAN, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Rotavirus Vaccin Efficacité Génotype Phylogénie réassortiment génétique Rotavirus Vaccine Efficacy Genotype Phylogeny genetic reassortment الفيروسات العجلية اللقاح الفاعلية النمط الجيني التطور الوراثي اعادة التصنيف الجيني Résumé : "Les rotavirus du groupe A (RVA) sont les principaux pathogènes responsables des gastroentérites aiguës chez les enfants de moins de cinq ans. Plusieurs sérotypes et génotypes des RVA existent et la vaccination reste le moyen le plus effectif pour réduire la morbidité et la mortalité provoquées par les RVA. Deux vaccins sont mis sur le marché depuis 2006 ; le Rotarix (RV-1) et le RotaTeq (RV-5) et sont introduits au Maroc, respectivement depuis 2010 et 2014.
Dans le contexte actuel de la vaccination contre les rotavirus, la connaissance de l’épidémiologie moléculaire des rotavirus circulants, de leurs dérives antigéniques, et/ou de leurs réassortiments avec des souches humaines ou animales est nécessaire, pour assurer la pertinence et l’efficacité des différentes formules vaccinales disponibles dans notre pays.
Nos résultats ont permis de montrer que les souches de RVA isolées chez les jeunes enfants vaccinés sont différentes de celle contenue dans le vaccin RV-1. Les souches sont de génotypes G2P[4], G9P[8] et GNP[14].
L’analyse phylogénique et antigénique des souches isolées est discutée dans ce travail.
Les souches P[14] présentent une identité étroite avec les souches zoonotiques de chèvre et de bovins marocains. Ce rapport suggère un éventuel événement de réassortiment entre les rotavirus humains et animaux domestiques.
L’évaluation in vitro de l’efficacité des deux vaccins démontre que les deux vaccins semblent assurer une protection maximale contre les antigènes du RVA du même génogroupe. Par contre, les deux vaccins ne semblent pas protéger in vitro contre les autres antigènes du génogroupe SGI tels que G2P[4] et G8P[14].
Nos essais ont prouvé l’efficacité in vitro des deux vaccins contre la majorité des souches de RVA en circulation au Maroc. Toutefois, une surveillance post-vaccinale semble nécessaire pour identifier les souches inhabituelles de rotavirus qui pourraient ne pas être totalement contrastées par les vaccins actuels."
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0222021 Président : ZOUHDI MIMOUN Directeur : El MOSTAFA EL FAHIME ; Nadia TOUIL Juge : EL HAFIDI NAIMA Juge : BELMEKKI ABDELKADER Juge : MRANI SAAD ; JALILA EL BAKKOURI CARACTERISATION VIROLOGIQUE, MOLECULAIRE, ET IMMUNOGENIQUE DES DIFFERENTES SOUCHES DE ROTAVIRUS CHEZ LES ENFANTS VACCINES AU MAROC [thèse] / BOULAHYAOUI HASSAN, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Rotavirus Vaccin Efficacité Génotype Phylogénie réassortiment génétique Rotavirus Vaccine Efficacy Genotype Phylogeny genetic reassortment الفيروسات العجلية اللقاح الفاعلية النمط الجيني التطور الوراثي اعادة التصنيف الجيني Résumé : "Les rotavirus du groupe A (RVA) sont les principaux pathogènes responsables des gastroentérites aiguës chez les enfants de moins de cinq ans. Plusieurs sérotypes et génotypes des RVA existent et la vaccination reste le moyen le plus effectif pour réduire la morbidité et la mortalité provoquées par les RVA. Deux vaccins sont mis sur le marché depuis 2006 ; le Rotarix (RV-1) et le RotaTeq (RV-5) et sont introduits au Maroc, respectivement depuis 2010 et 2014.
Dans le contexte actuel de la vaccination contre les rotavirus, la connaissance de l’épidémiologie moléculaire des rotavirus circulants, de leurs dérives antigéniques, et/ou de leurs réassortiments avec des souches humaines ou animales est nécessaire, pour assurer la pertinence et l’efficacité des différentes formules vaccinales disponibles dans notre pays.
Nos résultats ont permis de montrer que les souches de RVA isolées chez les jeunes enfants vaccinés sont différentes de celle contenue dans le vaccin RV-1. Les souches sont de génotypes G2P[4], G9P[8] et GNP[14].
L’analyse phylogénique et antigénique des souches isolées est discutée dans ce travail.
Les souches P[14] présentent une identité étroite avec les souches zoonotiques de chèvre et de bovins marocains. Ce rapport suggère un éventuel événement de réassortiment entre les rotavirus humains et animaux domestiques.
L’évaluation in vitro de l’efficacité des deux vaccins démontre que les deux vaccins semblent assurer une protection maximale contre les antigènes du RVA du même génogroupe. Par contre, les deux vaccins ne semblent pas protéger in vitro contre les autres antigènes du génogroupe SGI tels que G2P[4] et G8P[14].
Nos essais ont prouvé l’efficacité in vitro des deux vaccins contre la majorité des souches de RVA en circulation au Maroc. Toutefois, une surveillance post-vaccinale semble nécessaire pour identifier les souches inhabituelles de rotavirus qui pourraient ne pas être totalement contrastées par les vaccins actuels."
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0222021 Président : ZOUHDI MIMOUN Directeur : El MOSTAFA EL FAHIME ; Nadia TOUIL Juge : EL HAFIDI NAIMA Juge : BELMEKKI ABDELKADER Juge : MRANI SAAD ; JALILA EL BAKKOURI Réservation
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Titre : Etude épidemio-moléculaire des virus émergents (influenza virus A(H1N1)pdm09 et West Nile Virus) dans la population marocaine (2009-2012) Type de document : thèse Auteurs : Hicham EL RHAFFOULI, Auteur Année de publication : 2015 Langues : Français (fre) Mots-clés : Virus influenza A(H1N1)pdm09, West Nile virus inhibition de l’hémagglutination séroneutralisation RT-PCR séquençage phylogénie Maroc. Résumé : Dans cette étude, nous nous sommes proposés d’étudier les caractéristiques épidémiomoléculaire
de deux virus émergents au Maroc, le virus influenza A(H1N1)pdm09 et le West
Nile virus (WNV).
Concernant la première partie de notre travail, nous avons commencé par l’étude des
caractéristiques épidémio-cliniques de l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 chez les
patients consultants à l’Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V de Rabat. Cette étude a
été complétée par une enquête sérologique dans les régions de Rabat et de Meknès par
inhibition de l’hémagglutination (IHA) ainsi que le séquençage de la partie HA1 du gène de
l’hémagglutinine d’une sélection représentative de souches marocaines. Les données du
séquençage ont également été utilisées pour réaliser l’analyse phylogénétique. Les résultats
obtenus ont montré que l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 a concerné principalement
des jeunes patients âgés de moins de 40 ans avec 76% des cas. Les signes cliniques de
l’infection étaient comparables à ceux de la grippe saisonnière avec une prédominance de la
toux (83%) et de la fièvre (81%). L’étude sérologique a démontré que La prévalence globale
des anticorps inhibant l’hémagglutination au niveau de la région de Rabat (67 %) est
significativement plus élevée que celle de Meknès (53 %). Les sujets âgés de moins de 25 ans
issus de la région de Rabat présentaient le taux d’infection le plus élevé avec un Odds Ratio
de 2,45. Le taux de vaccination anti-A(H1N1)pdm09 dans la région de Rabat est de 7 %.La
comparaison des séquences des souches a démontré que les virus qui ont circulé entre 2009 et
2011 présentent une grande homologie avec la souche vaccinale
A/California/07/2009(H1N1). L’analyse phylogénétique a révélé la co-circulation de 3
groupes génétiques bien identifiés avec des proportions de 64%, 32% et 4% pour les groupes
A/England/676/2010(H1N1), A/Astrakhan/1/2011(H1N1) et A/Christchurch/16/2010(H1N1)
respectivement.
Concernant la deuxième partie de notre travail, nous avons réalisé des enquêtes sérologiques
pour la recherche des anticorps anti-WNV par séroneutralisation chez la population humaine
au niveau de 4 régions du Maroc. Ces études ont été complétées par la mise au point de
techniques de diagnostic moléculaire par RT-PCR conventionnelle et en temps réel. Les
résultats obtenus ont confirmé la circulation du WNV chez la population marocaine avec des
prévalences variables en fonction des régions. Ainsi les prévalences les plus élevées ont été
détectées au niveau des régions de Kénitra et de Rabat avec des taux de 18,8% et de 12%
respectivement. Par contre, cette prévalence n’est que de 4,7% au niveau de l’intérieur du
pays (région de Meknès) et de 5,2% au niveau des provinces du Sud (région de Dakhla). Par
ailleurs, Les protocoles de RT-PCR développés au niveau du Laboratoire de Recherche et de
Biosécurité P3, permettent la détection des souches marocaines à partir de plusieurs types de
prélèvements et offre une bonne alternative au techniques commerciales en terme de
disponibilité, d’économie et praticité.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0082014 Président : LOUZI.L Directeur : LAHLOU AMINE.I Juge : FASSI FIHRI.O Juge : SEKHSOKH.Y Juge : RABHI.M Etude épidemio-moléculaire des virus émergents (influenza virus A(H1N1)pdm09 et West Nile Virus) dans la population marocaine (2009-2012) [thèse] / Hicham EL RHAFFOULI, Auteur . - 2015.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Virus influenza A(H1N1)pdm09, West Nile virus inhibition de l’hémagglutination séroneutralisation RT-PCR séquençage phylogénie Maroc. Résumé : Dans cette étude, nous nous sommes proposés d’étudier les caractéristiques épidémiomoléculaire
de deux virus émergents au Maroc, le virus influenza A(H1N1)pdm09 et le West
Nile virus (WNV).
Concernant la première partie de notre travail, nous avons commencé par l’étude des
caractéristiques épidémio-cliniques de l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 chez les
patients consultants à l’Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V de Rabat. Cette étude a
été complétée par une enquête sérologique dans les régions de Rabat et de Meknès par
inhibition de l’hémagglutination (IHA) ainsi que le séquençage de la partie HA1 du gène de
l’hémagglutinine d’une sélection représentative de souches marocaines. Les données du
séquençage ont également été utilisées pour réaliser l’analyse phylogénétique. Les résultats
obtenus ont montré que l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 a concerné principalement
des jeunes patients âgés de moins de 40 ans avec 76% des cas. Les signes cliniques de
l’infection étaient comparables à ceux de la grippe saisonnière avec une prédominance de la
toux (83%) et de la fièvre (81%). L’étude sérologique a démontré que La prévalence globale
des anticorps inhibant l’hémagglutination au niveau de la région de Rabat (67 %) est
significativement plus élevée que celle de Meknès (53 %). Les sujets âgés de moins de 25 ans
issus de la région de Rabat présentaient le taux d’infection le plus élevé avec un Odds Ratio
de 2,45. Le taux de vaccination anti-A(H1N1)pdm09 dans la région de Rabat est de 7 %.La
comparaison des séquences des souches a démontré que les virus qui ont circulé entre 2009 et
2011 présentent une grande homologie avec la souche vaccinale
A/California/07/2009(H1N1). L’analyse phylogénétique a révélé la co-circulation de 3
groupes génétiques bien identifiés avec des proportions de 64%, 32% et 4% pour les groupes
A/England/676/2010(H1N1), A/Astrakhan/1/2011(H1N1) et A/Christchurch/16/2010(H1N1)
respectivement.
Concernant la deuxième partie de notre travail, nous avons réalisé des enquêtes sérologiques
pour la recherche des anticorps anti-WNV par séroneutralisation chez la population humaine
au niveau de 4 régions du Maroc. Ces études ont été complétées par la mise au point de
techniques de diagnostic moléculaire par RT-PCR conventionnelle et en temps réel. Les
résultats obtenus ont confirmé la circulation du WNV chez la population marocaine avec des
prévalences variables en fonction des régions. Ainsi les prévalences les plus élevées ont été
détectées au niveau des régions de Kénitra et de Rabat avec des taux de 18,8% et de 12%
respectivement. Par contre, cette prévalence n’est que de 4,7% au niveau de l’intérieur du
pays (région de Meknès) et de 5,2% au niveau des provinces du Sud (région de Dakhla). Par
ailleurs, Les protocoles de RT-PCR développés au niveau du Laboratoire de Recherche et de
Biosécurité P3, permettent la détection des souches marocaines à partir de plusieurs types de
prélèvements et offre une bonne alternative au techniques commerciales en terme de
disponibilité, d’économie et praticité.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0082014 Président : LOUZI.L Directeur : LAHLOU AMINE.I Juge : FASSI FIHRI.O Juge : SEKHSOKH.Y Juge : RABHI.M Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0082014 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2015 Disponible D0082014-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2015 Disponible 
Titre : SEQUENÇAGE « LONG READS », ASSEMBLAGE ET CARACTERISATION D’UNE SOUCHE BACTERIENNE : CAS ENTEROBACTER CLOACAE Type de document : thèse Auteurs : JABAL Imane, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Français (fre) Mots-clés : Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies séquençage « long reads » assemblage annotation phylogénie orthologues MLST Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies long reads sequencing assembly annotation phylogeny orthologs MLST Résumé : L’espèce Enterobacter cloacae est généralement connue pour être un agent pathogène opportuniste de l’Homme. Cependant, elle est très répandue dans l’environnement (eaux, sols) et peut aussi coloniser les plantes (agents phythopathogènes ou endophytes). L’objectif du présent travail était de caractériser une souche endophite d’Enterobacter cloacae « INRA-E3 » isolée à partir de racines d’arganier (Argania spinosa). Le séquençage du génome complet de cette souche a été réalisé à l’aide de la technologie Nanopore Oxford en utilisant le MinION. Le séquençage a généré 180,000 reads qui ont été assemblé à l’aide des programmes Pomoxis et Flye générant un seul contig d’une taille de 4, 839,657 pb et 4, 827,541 pb respectivement. L’annotation réalisée à l’aide des programmes Prokka et RAST a révélé la présence de gènes liés à l’assimilation et à l’échange de nutriments, au chimiotactisme et à l’adhésion aux plantes. D’autres gènes de résistance aux antibiotiques, aux substances toxiques, et aux stress (osmotique, périplasmique, manque de carbone, etc.). Des gènes liés à la production de sidérophores et de bactériocines ont aussi été identifiés, révélant un caractère endophyte de cette souche capable de vivre et de s’adapter à la rhizosphère de cette plante endémique. La phylogénie de la souche INRA-E3 a été également déterminée en la comparant à vingt-deux autres souches appartenant au complexe Enterobacter cloacae et ceci en s’appuyant sur deux analyses à savoir une analyse des orthologues et une analyse des gènes de ménages (MLST). Les deux arbres générés ont pu distinguer la souche INRA-E3 comme étant une nouvelle souche et l’ont associé à une espèce endophyte. Cependant toutes les espèces n’ont pu être regroupées selon leur mode de vie. Ceci s’explique par le fait que les deux analyses utilisent des gènes communément présents chez toutes les espèces et ne prennent pas en considération les plasmides ni les régions variables responsables de la virulence ou de la formation de fimbriaes. Ces résultats illustrent d’une part, la grande complexité de la taxonomie des entérobactéries et permettent d’autre part, de mieux comprendre les interactions plantes-bactéries. En effet, la caractérisation génomique de cette souche met bien en valeur les capacités endophyte de cet isolat et son éventuelle utilisation à titre d’agent favorisant la croissance des plantes et/ou agent de biocontrôle. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0462020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : MENTAG Rachid Juge : KHAYI Slimane Juge : KARTI Souad SEQUENÇAGE « LONG READS », ASSEMBLAGE ET CARACTERISATION D’UNE SOUCHE BACTERIENNE : CAS ENTEROBACTER CLOACAE [thèse] / JABAL Imane, Auteur . - 2020.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies séquençage « long reads » assemblage annotation phylogénie orthologues MLST Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies long reads sequencing assembly annotation phylogeny orthologs MLST Résumé : L’espèce Enterobacter cloacae est généralement connue pour être un agent pathogène opportuniste de l’Homme. Cependant, elle est très répandue dans l’environnement (eaux, sols) et peut aussi coloniser les plantes (agents phythopathogènes ou endophytes). L’objectif du présent travail était de caractériser une souche endophite d’Enterobacter cloacae « INRA-E3 » isolée à partir de racines d’arganier (Argania spinosa). Le séquençage du génome complet de cette souche a été réalisé à l’aide de la technologie Nanopore Oxford en utilisant le MinION. Le séquençage a généré 180,000 reads qui ont été assemblé à l’aide des programmes Pomoxis et Flye générant un seul contig d’une taille de 4, 839,657 pb et 4, 827,541 pb respectivement. L’annotation réalisée à l’aide des programmes Prokka et RAST a révélé la présence de gènes liés à l’assimilation et à l’échange de nutriments, au chimiotactisme et à l’adhésion aux plantes. D’autres gènes de résistance aux antibiotiques, aux substances toxiques, et aux stress (osmotique, périplasmique, manque de carbone, etc.). Des gènes liés à la production de sidérophores et de bactériocines ont aussi été identifiés, révélant un caractère endophyte de cette souche capable de vivre et de s’adapter à la rhizosphère de cette plante endémique. La phylogénie de la souche INRA-E3 a été également déterminée en la comparant à vingt-deux autres souches appartenant au complexe Enterobacter cloacae et ceci en s’appuyant sur deux analyses à savoir une analyse des orthologues et une analyse des gènes de ménages (MLST). Les deux arbres générés ont pu distinguer la souche INRA-E3 comme étant une nouvelle souche et l’ont associé à une espèce endophyte. Cependant toutes les espèces n’ont pu être regroupées selon leur mode de vie. Ceci s’explique par le fait que les deux analyses utilisent des gènes communément présents chez toutes les espèces et ne prennent pas en considération les plasmides ni les régions variables responsables de la virulence ou de la formation de fimbriaes. Ces résultats illustrent d’une part, la grande complexité de la taxonomie des entérobactéries et permettent d’autre part, de mieux comprendre les interactions plantes-bactéries. En effet, la caractérisation génomique de cette souche met bien en valeur les capacités endophyte de cet isolat et son éventuelle utilisation à titre d’agent favorisant la croissance des plantes et/ou agent de biocontrôle. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0462020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : MENTAG Rachid Juge : KHAYI Slimane Juge : KARTI Souad Réservation
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