| Titre : | DIAGNOSTIC MOLECULAIRE DES POLYPOSES ADENOMATEUSES LIEES AU GENE APC | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | DARDIK HOUDA, Auteur | | Année de publication : | 2022 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | Polypose adénomateuse familiale gène APC adénome cancer colorectal analyse in silico séquençage d’ADN Familial adenomatous polyposis APC gene adenoma colorectal cancer in silico
analysis DNA sequencing داء السالئل الورمي الغدي العائلي PAF جين APC السالئل، سرطان القولون والمستقيم تحليل in
silico تسلسل الحمض النووي | | Résumé : | La polypose adénomateuse familiale (PAF) est un syndrome héréditaire rare à
transmission autosomique dominante représentant 1% de tous les cancers colorectaux.
La maladie est causée par une mutation germinale du gène Adenomatous Polyposis coli (APC)
situé sur le chromosome 5 au niveau de la région 5q21-22. Le but de notre travail est de réaliser
une caractérisation moléculaire du gène APC afin d’établir un diagnostic de routine approprié
de la PAF au sein du laboratoire de génétique du CHU Hassan II de Fès.
Nous avons réalisé une étude sur 15 patients Marocains non apparentés suspectés
atteints de PAF. Pour déterminer le spectre mutationnel dans cette population, nous avons
amplifié et séquencé la totalité du gène APC. Après, nous avons recherché les variants mis en
évidence dans les bases de données afin de déterminer leur signification clinique. L’étape
suivante consistait à une analyser in silico des mutations classées VUS (variants de signification
incertaine) par le biais de 6 outils bio-informatiques (PolyPhen-2, SIFT, PROVEAN,
PANTHER, I-Mutant 3.0 et PMut) afin d’évaluer leur effet sur la protéine APC.
La caractérisation moléculaire de l’APC dans notre travail a révélé la présence de 5
mutations chez 5 patients (33%). Parmi ces 5 mutations, nous avons trouvé 2 mutations
(p.Q1131, p.E1309fs) déjà décrites dans les bases de données comme délétères, tandis que
les 3 mutations restantes (p.D1714N, p.1317Q et p.R1589C) sont classées comme des VUS.
En guise de conclusion, les résultats rapportés dans cette série d’étude constituent
une première description du paysage mutationnelle des patients PAF Marocains. Ainsi,
des études fonctionnelles profondes et élargies sont recommandées pour confirmer l’effet
pathogénique des variants VUS.
| | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0162022 | | Président : | BENTAYEBI Kaoutar | | Directeur : | LOUATI Sara ; MOUFID Fatima Zahra Co-Encadrante | | Juge : | KANDOUSSI Ilham |
DIAGNOSTIC MOLECULAIRE DES POLYPOSES ADENOMATEUSES LIEES AU GENE APC [thèse] / DARDIK HOUDA, Auteur . - 2022. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | Polypose adénomateuse familiale gène APC adénome cancer colorectal analyse in silico séquençage d’ADN Familial adenomatous polyposis APC gene adenoma colorectal cancer in silico
analysis DNA sequencing داء السالئل الورمي الغدي العائلي PAF جين APC السالئل، سرطان القولون والمستقيم تحليل in
silico تسلسل الحمض النووي | | Résumé : | La polypose adénomateuse familiale (PAF) est un syndrome héréditaire rare à
transmission autosomique dominante représentant 1% de tous les cancers colorectaux.
La maladie est causée par une mutation germinale du gène Adenomatous Polyposis coli (APC)
situé sur le chromosome 5 au niveau de la région 5q21-22. Le but de notre travail est de réaliser
une caractérisation moléculaire du gène APC afin d’établir un diagnostic de routine approprié
de la PAF au sein du laboratoire de génétique du CHU Hassan II de Fès.
Nous avons réalisé une étude sur 15 patients Marocains non apparentés suspectés
atteints de PAF. Pour déterminer le spectre mutationnel dans cette population, nous avons
amplifié et séquencé la totalité du gène APC. Après, nous avons recherché les variants mis en
évidence dans les bases de données afin de déterminer leur signification clinique. L’étape
suivante consistait à une analyser in silico des mutations classées VUS (variants de signification
incertaine) par le biais de 6 outils bio-informatiques (PolyPhen-2, SIFT, PROVEAN,
PANTHER, I-Mutant 3.0 et PMut) afin d’évaluer leur effet sur la protéine APC.
La caractérisation moléculaire de l’APC dans notre travail a révélé la présence de 5
mutations chez 5 patients (33%). Parmi ces 5 mutations, nous avons trouvé 2 mutations
(p.Q1131, p.E1309fs) déjà décrites dans les bases de données comme délétères, tandis que
les 3 mutations restantes (p.D1714N, p.1317Q et p.R1589C) sont classées comme des VUS.
En guise de conclusion, les résultats rapportés dans cette série d’étude constituent
une première description du paysage mutationnelle des patients PAF Marocains. Ainsi,
des études fonctionnelles profondes et élargies sont recommandées pour confirmer l’effet
pathogénique des variants VUS.
| | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0162022 | | Président : | BENTAYEBI Kaoutar | | Directeur : | LOUATI Sara ; MOUFID Fatima Zahra Co-Encadrante | | Juge : | KANDOUSSI Ilham |
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