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Titre : GENOMIC ANALYSIS OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN AFRICA REVEALED LINEAGE - DRUG RESISTANCE ASSOCIATION Type de document : thèse Auteurs : EL FATHI LALAOUI YASMINE, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Mycobacterium tuberculosis Lineages Drug-resistance Genomic Analysis Africa Mycobacterium tuberculosis Lign ́ees resistance aux antibiotiques Analyse
G ́enomique Afrique المتفطرة السلية السالالت مقاومة األدوية التحليل الجيني إفريقياRésumé : Tuberculosis is a serious infectious respiratory disease caused by Mycobacterium
tuberculosis.
In this study, we used genomics, to determine the population structure of Mycobacterium
tuberculosis in Africa. Using the MTBseq pipeline, we analyzed samples from 28 different
African countries in order to determine the distribution of Mycobacterium tuberculosis
lineages as well as drug resistance in Africa and to verify the association between the two.
As a result, we have found out that the most dominant lineage is lineage 4 with a prevalence
of 54.33%, followed by lineage 3 (8.62%), 2 and 1 with a percentage of 7.41% and
7.31% respectively. West African lineages 6 and 5 have a prevalence of 3.61% and 1.25%
respectively, while lineage 7 with the lowest percentage of 0.58%.
We have also studied the association between lineages and drug resistance and the p value
for the drugs variable was 0.014 while it was 3.24*10-7
for lineages proving the presence
of an association between them.
Moreover, the number of sensitive and resistant samples was calculated and the result
showcased that the majority (12034) of samples were sensitive, 2512 samples were Multi-
Drug Resistant, 1674 samples are Mono-Drug resistant, 1198 samples are Pre-Extensively Drug
Resistant and 223 are resistant to other drugs.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0182022 Président : AANNIZ Tarik, Directeur : EL ALLALI Achraf ; LAAMARTI Mariam Co-encadrante Juge : BENTAYEBI Kaoutar GENOMIC ANALYSIS OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN AFRICA REVEALED LINEAGE - DRUG RESISTANCE ASSOCIATION [thèse] / EL FATHI LALAOUI YASMINE, Auteur . - 2022.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Mycobacterium tuberculosis Lineages Drug-resistance Genomic Analysis Africa Mycobacterium tuberculosis Lign ́ees resistance aux antibiotiques Analyse
G ́enomique Afrique المتفطرة السلية السالالت مقاومة األدوية التحليل الجيني إفريقياRésumé : Tuberculosis is a serious infectious respiratory disease caused by Mycobacterium
tuberculosis.
In this study, we used genomics, to determine the population structure of Mycobacterium
tuberculosis in Africa. Using the MTBseq pipeline, we analyzed samples from 28 different
African countries in order to determine the distribution of Mycobacterium tuberculosis
lineages as well as drug resistance in Africa and to verify the association between the two.
As a result, we have found out that the most dominant lineage is lineage 4 with a prevalence
of 54.33%, followed by lineage 3 (8.62%), 2 and 1 with a percentage of 7.41% and
7.31% respectively. West African lineages 6 and 5 have a prevalence of 3.61% and 1.25%
respectively, while lineage 7 with the lowest percentage of 0.58%.
We have also studied the association between lineages and drug resistance and the p value
for the drugs variable was 0.014 while it was 3.24*10-7
for lineages proving the presence
of an association between them.
Moreover, the number of sensitive and resistant samples was calculated and the result
showcased that the majority (12034) of samples were sensitive, 2512 samples were Multi-
Drug Resistant, 1674 samples are Mono-Drug resistant, 1198 samples are Pre-Extensively Drug
Resistant and 223 are resistant to other drugs.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0182022 Président : AANNIZ Tarik, Directeur : EL ALLALI Achraf ; LAAMARTI Mariam Co-encadrante Juge : BENTAYEBI Kaoutar Réservation
Réserver ce document
Exemplaires
Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0182022 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Mémoires de Masters Disponible Documents numériques
MM0182022URL
Titre : "MAPPING THE SITUATION OF RESEARCH ON COVID-19 IN AFRICAN COUNTRIES" Type de document : thèse Auteurs : SALAMEH FIRAS JAMAL ZAKI, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Bibliometrics Mapping Covid-19 Africa Bibliometrics Mapping Covid-19 Africa Résumé : Objectif :
La pandémie de COVID-19 a conduit à un effort de recherche mondial sans précédent pour
constituer un ensemble de connaissances pouvant éclairer les stratégies d'atténuation.
Dans cette étude, nous recherchons la littérature publiée liée au COVID-19 et incluse dans la
base de données Web Of Science (WOS). , y compris la distribution des institutions et les
points sensibles de la recherche .
Méthodes :
Les publications sur le Covid-19 de 2019 ont été rassemblées dans la Web of Science Core
Collection (WoSCC). La stratégie de recherche a été utilisée en sélectionnant uniquement les
articles originaux. Le logiciel Biblioshiny a été appliqué pour visualiser l'analyse
bibliométrique.
Résultats :
Au total, 6296 WOSCC ont été inclus dans l'analyse. Les résultats montrent que 6296 rapports
publiés sur le COVID-19 ont été produits en Afrique ; L'Égypte et l'Afrique du Sud ont
contribué à la littérature la plus publiée, suivies du Nigéria, de l'Éthiopie et du Maroc, avec
une coopération mondiale plus élevée, principalement avec les États-Unis, le Royaume-Uni et
la Chine.
La recherche africaine liée au COVID-19 a impliqué des interventions non pharmaceutiques,
l'épidémiologie, les caractéristiques cliniques, le VIH; la détection et le diagnostic, la
virologie et l'immunologie, la transmission des maladies, les vaccins et d'autres catégories. De
plus, des études psychologiques ont examiné l'état psychologique du personnel public et
médical pendant l'épidémie.
Conclusion:
Cette étude met en lumière la recherche africaine sur le COVID-19 et la capacité existante du
continent à mener des recherches qui traitent des problèmes locaux.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M3492022 Président : Redouane ABOUQAL Directeur : Jihane BELAYACHI Juge : Amina BARAKAT Juge : Rachid RAZINE Juge : Majdouline OBTEL "MAPPING THE SITUATION OF RESEARCH ON COVID-19 IN AFRICAN COUNTRIES" [thèse] / SALAMEH FIRAS JAMAL ZAKI, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Bibliometrics Mapping Covid-19 Africa Bibliometrics Mapping Covid-19 Africa Résumé : Objectif :
La pandémie de COVID-19 a conduit à un effort de recherche mondial sans précédent pour
constituer un ensemble de connaissances pouvant éclairer les stratégies d'atténuation.
Dans cette étude, nous recherchons la littérature publiée liée au COVID-19 et incluse dans la
base de données Web Of Science (WOS). , y compris la distribution des institutions et les
points sensibles de la recherche .
Méthodes :
Les publications sur le Covid-19 de 2019 ont été rassemblées dans la Web of Science Core
Collection (WoSCC). La stratégie de recherche a été utilisée en sélectionnant uniquement les
articles originaux. Le logiciel Biblioshiny a été appliqué pour visualiser l'analyse
bibliométrique.
Résultats :
Au total, 6296 WOSCC ont été inclus dans l'analyse. Les résultats montrent que 6296 rapports
publiés sur le COVID-19 ont été produits en Afrique ; L'Égypte et l'Afrique du Sud ont
contribué à la littérature la plus publiée, suivies du Nigéria, de l'Éthiopie et du Maroc, avec
une coopération mondiale plus élevée, principalement avec les États-Unis, le Royaume-Uni et
la Chine.
La recherche africaine liée au COVID-19 a impliqué des interventions non pharmaceutiques,
l'épidémiologie, les caractéristiques cliniques, le VIH; la détection et le diagnostic, la
virologie et l'immunologie, la transmission des maladies, les vaccins et d'autres catégories. De
plus, des études psychologiques ont examiné l'état psychologique du personnel public et
médical pendant l'épidémie.
Conclusion:
Cette étude met en lumière la recherche africaine sur le COVID-19 et la capacité existante du
continent à mener des recherches qui traitent des problèmes locaux.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M3492022 Président : Redouane ABOUQAL Directeur : Jihane BELAYACHI Juge : Amina BARAKAT Juge : Rachid RAZINE Juge : Majdouline OBTEL Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M3492022 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMed2022 Disponible Documents numériques
M3492022URL
