| Titre : | ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | LAHLOU Lamiaa, Auteur | | Année de publication : | 2019 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | Bio-informatique séquençage de nouvelle génération génomique transcriptomique Tuberculose Maladie de Parkinson Résistance microRNAs biomarqueurs | | Résumé : | Le séquençage de nouvelle génération des acides nucléiques génère une grande quantité de données brutes en un temps record. Le besoin d’analyse de ces big data a entrainé le développement de la bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire permettant de transformer le matériel biologique issu du monde médical, en smart data, ce qui rend la bio-informatique incontournable pour le développement de la médecine de précision. Deux approches ont été utilisées dans le contexte de deux pathologies complexes, l’approche génomique pour la tuberculose et l’approche transcriptomique pour la MP. Des souches de M.Tuberculosis de quatre patients marocains atteints de la tuberculose ont été isolées, séquencées et analysées en utilisant un pipeline spécifique afin d’identifier les éléments génétiques. L’analyse génomique réalisée a permis d’identifier des mutations différentes au niveau du gène rpoB associé à la Rifampicine et du gène katG lié à l’isoniazide pour les quatre souches, ainsi que des mutations des gènes gyrA, gyrB associés à la fluoroquinolone et des mutations du gène tlyA associé au Capreomycine connues comme résistances de deuxième ligne. Une approche transcriptomique a été utilisée pour déterminer les mécanismes moléculaires de la MP et d’identifier des biomarqueurs associés en étudiant l’expression de différents microRNAs chez deux modèles animaux de la maladie. Les résultats obtenus ont permis de valider les deux modèles sur le plan comportemental et lésionnel en se basant sur l’analyse biochimique des monoamines dans différentes structures cérébrales. Ensuite, en utilisant un pipeline d’analyse transcriptomique spécifique pour l’identification et la validation des miRNAs, nous avons identifié quelques miRNAs impliqués dans la MP, dont le miR-34b et miR-34c qui jouent deux rôles différents. D'autre part, miR-34b et miR-34c ciblent directement l'α-syn en inhibant son expression et sa formation d'agrégation. Les miRNAs identifiés vont permettre de prédire de nouveau biomarqueurs associés à cette pathologie.
| | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0012019 | | Président : | DAKKA.T | | Directeur : | IBRAHIMI.A ;BENAZZOUZ.A ; FAVEREAUX.A | | Juge : | EL JAOUDI.R | | Juge : | REGRAGUI.W | | Juge : | SBABOU.L |
ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON [thèse] / LAHLOU Lamiaa, Auteur . - 2019. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | Bio-informatique séquençage de nouvelle génération génomique transcriptomique Tuberculose Maladie de Parkinson Résistance microRNAs biomarqueurs | | Résumé : | Le séquençage de nouvelle génération des acides nucléiques génère une grande quantité de données brutes en un temps record. Le besoin d’analyse de ces big data a entrainé le développement de la bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire permettant de transformer le matériel biologique issu du monde médical, en smart data, ce qui rend la bio-informatique incontournable pour le développement de la médecine de précision. Deux approches ont été utilisées dans le contexte de deux pathologies complexes, l’approche génomique pour la tuberculose et l’approche transcriptomique pour la MP. Des souches de M.Tuberculosis de quatre patients marocains atteints de la tuberculose ont été isolées, séquencées et analysées en utilisant un pipeline spécifique afin d’identifier les éléments génétiques. L’analyse génomique réalisée a permis d’identifier des mutations différentes au niveau du gène rpoB associé à la Rifampicine et du gène katG lié à l’isoniazide pour les quatre souches, ainsi que des mutations des gènes gyrA, gyrB associés à la fluoroquinolone et des mutations du gène tlyA associé au Capreomycine connues comme résistances de deuxième ligne. Une approche transcriptomique a été utilisée pour déterminer les mécanismes moléculaires de la MP et d’identifier des biomarqueurs associés en étudiant l’expression de différents microRNAs chez deux modèles animaux de la maladie. Les résultats obtenus ont permis de valider les deux modèles sur le plan comportemental et lésionnel en se basant sur l’analyse biochimique des monoamines dans différentes structures cérébrales. Ensuite, en utilisant un pipeline d’analyse transcriptomique spécifique pour l’identification et la validation des miRNAs, nous avons identifié quelques miRNAs impliqués dans la MP, dont le miR-34b et miR-34c qui jouent deux rôles différents. D'autre part, miR-34b et miR-34c ciblent directement l'α-syn en inhibant son expression et sa formation d'agrégation. Les miRNAs identifiés vont permettre de prédire de nouveau biomarqueurs associés à cette pathologie.
| | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0012019 | | Président : | DAKKA.T | | Directeur : | IBRAHIMI.A ;BENAZZOUZ.A ; FAVEREAUX.A | | Juge : | EL JAOUDI.R | | Juge : | REGRAGUI.W | | Juge : | SBABOU.L |
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