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ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON / LAHLOU Lamiaa 

Public ISBD Titre : ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON Type de document : thèse Auteurs : LAHLOU Lamiaa, Auteur Année de publication : 2019 Langues : Français (fre) Mots-clés : Bio-informatique  séquençage de nouvelle génération  génomique  transcriptomique  Tuberculose  Maladie de Parkinson  Résistance  microRNAs  biomarqueurs Résumé : Le séquençage de nouvelle génération des acides nucléiques génère une grande quantité de données brutes en un temps record. Le besoin d’analyse de ces big data a entrainé le développement de la bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire permettant de transformer le matériel biologique issu du monde médical, en smart data, ce qui rend la bio-informatique incontournable pour le développement de la médecine de précision. Deux approches ont été utilisées dans le contexte de deux pathologies complexes, l’approche génomique pour la tuberculose et l’approche transcriptomique pour la MP. Des souches de M.Tuberculosis de quatre patients marocains atteints de la tuberculose ont été isolées, séquencées et analysées en utilisant un pipeline spécifique afin d’identifier les éléments génétiques. L’analyse génomique réalisée a permis d’identifier des mutations différentes au niveau du gène rpoB associé à la Rifampicine et du gène katG lié à l’isoniazide pour les quatre souches, ainsi que des mutations des gènes gyrA, gyrB associés à la fluoroquinolone et des mutations du gène tlyA associé au Capreomycine connues comme résistances de deuxième ligne. Une approche transcriptomique a été utilisée pour déterminer les mécanismes moléculaires de la MP et d’identifier des biomarqueurs associés en étudiant l’expression de différents microRNAs chez deux modèles animaux de la maladie. Les résultats obtenus ont permis de valider les deux modèles sur le plan comportemental et lésionnel en se basant sur l’analyse biochimique des monoamines dans différentes structures cérébrales. Ensuite, en utilisant un pipeline d’analyse transcriptomique spécifique pour l’identification et la validation des miRNAs, nous avons identifié quelques miRNAs impliqués dans la MP, dont le miR-34b et miR-34c qui jouent deux rôles différents. D'autre part, miR-34b et miR-34c ciblent directement l'α-syn en inhibant son expression et sa formation d'agrégation. Les miRNAs identifiés vont permettre de prédire de nouveau biomarqueurs associés à cette pathologie. Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0012019 Président : DAKKA.T Directeur : IBRAHIMI.A ;BENAZZOUZ.A ; FAVEREAUX.A Juge : EL JAOUDI.R Juge : REGRAGUI.W Juge : SBABOU.L ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON [thèse] / LAHLOU Lamiaa, Auteur . - 2019. Langues : Français (fre) Mots-clés : Bio-informatique  séquençage de nouvelle génération  génomique  transcriptomique  Tuberculose  Maladie de Parkinson  Résistance  microRNAs  biomarqueurs Résumé : Le séquençage de nouvelle génération des acides nucléiques génère une grande quantité de données brutes en un temps record. Le besoin d’analyse de ces big data a entrainé le développement de la bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire permettant de transformer le matériel biologique issu du monde médical, en smart data, ce qui rend la bio-informatique incontournable pour le développement de la médecine de précision. Deux approches ont été utilisées dans le contexte de deux pathologies complexes, l’approche génomique pour la tuberculose et l’approche transcriptomique pour la MP. Des souches de M.Tuberculosis de quatre patients marocains atteints de la tuberculose ont été isolées, séquencées et analysées en utilisant un pipeline spécifique afin d’identifier les éléments génétiques. L’analyse génomique réalisée a permis d’identifier des mutations différentes au niveau du gène rpoB associé à la Rifampicine et du gène katG lié à l’isoniazide pour les quatre souches, ainsi que des mutations des gènes gyrA, gyrB associés à la fluoroquinolone et des mutations du gène tlyA associé au Capreomycine connues comme résistances de deuxième ligne. Une approche transcriptomique a été utilisée pour déterminer les mécanismes moléculaires de la MP et d’identifier des biomarqueurs associés en étudiant l’expression de différents microRNAs chez deux modèles animaux de la maladie. Les résultats obtenus ont permis de valider les deux modèles sur le plan comportemental et lésionnel en se basant sur l’analyse biochimique des monoamines dans différentes structures cérébrales. Ensuite, en utilisant un pipeline d’analyse transcriptomique spécifique pour l’identification et la validation des miRNAs, nous avons identifié quelques miRNAs impliqués dans la MP, dont le miR-34b et miR-34c qui jouent deux rôles différents. D'autre part, miR-34b et miR-34c ciblent directement l'α-syn en inhibant son expression et sa formation d'agrégation. Les miRNAs identifiés vont permettre de prédire de nouveau biomarqueurs associés à cette pathologie. Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0012019 Président : DAKKA.T Directeur : IBRAHIMI.A ;BENAZZOUZ.A ; FAVEREAUX.A Juge : EL JAOUDI.R Juge : REGRAGUI.W Juge : SBABOU.L

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D0012019	WA	Thèse imprimé	Unité des Thèses et Mémoires	Doctorat SVS 2019	Disponible
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LES ANOMALIES GÉNIQUES RÉCURRENTES DANS LES LEUCÉMIES AIGUËS MYÉLOÏDES / EL BOURAQADI ABDERRAZAK

Public ISBD Titre : LES ANOMALIES GÉNIQUES RÉCURRENTES DANS LES LEUCÉMIES AIGUËS MYÉLOÏDES Type de document : thèse Auteurs : EL BOURAQADI ABDERRAZAK, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Leucémie myéloïde aiguë  néoplasmes myéloïdes  génomique  séquençage de nouvelle génération  cytogénétique  Acute myeloid leukemia  myeloid neoplasms  genomics  next generation sequencing  cytogenetics  بيضاض دم نخاعي ا  لأ م نخاعي  ع م جينوم  تس سل جيل قا م ع م و ث خ و Résumé : Objectif : Rapporter les anomalies géniques récurrentes dans les leucémies aigues myéloïdes en insistants sur leur apports diagnostique et pronostique. Les leucémies aiguës de l’adulte représentent un groupe d’hémopathies issues de la transformation oncogénique des progéniteurs hématopoïétiques. Même si leur mode de révélation est relativement stéréotypé, marqué au premier plan par l’insuffisance médullaire plus rarement par un syndrome tumoral, il s’agit d’un ensemble d’entités très hétérogènes. Le diagnostic nécessite un bilan sophistiqué combinant des études cytogénétiques, immunophénotypiques et moléculaires basées sur la nouvelle classification de l’OMS. La cytogénétique et le typage moléculaire sont particulièrement importants pour le pronostic des leucémies aiguës myéloïdes permettant de guider les stratégies de consolidation, notamment les indications de la greffe de cellules souches hématopoïétiques. Le niveau de réponse à la chimiothérapie est également mieux apprécié par la biologie moléculaire qui permet de détecter jusqu’à une cellule leucémique résiduelle parmi 10 000 à 100 000 cellules normales. Les stratégies thérapeutiques, adaptées aux risques de rechute, reposent sur la chimiothérapie intensive et les greffes de cellules souches hématopoïétiques selon le sous type de proliférations myéloïdes. Chez les sujets les plus âgés, le pronostic reste très sombre car ils présentent des hémopathies plus résistantes aux chimiothérapies par ailleurs mal tolérées. Les scores de comorbidités oncogériatriques peuvent aider à la décision thérapeutique. Enfin, le décryptage génétique et épigénétique des leucémies aiguës a mis en évidence des anomalies oncogéniques récurrentes accessibles à des thérapies ciblées laissant présager des progrès thérapeutiques significatifs dans un futur proche. Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2832023 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Anas JAIDI Juge : Hafid ZAHID LES ANOMALIES GÉNIQUES RÉCURRENTES DANS LES LEUCÉMIES AIGUËS MYÉLOÏDES [thèse] / EL BOURAQADI ABDERRAZAK, Auteur . - 2023. Langues : Français (fre) Mots-clés : Leucémie myéloïde aiguë  néoplasmes myéloïdes  génomique  séquençage de nouvelle génération  cytogénétique  Acute myeloid leukemia  myeloid neoplasms  genomics  next generation sequencing  cytogenetics  بيضاض دم نخاعي ا  لأ م نخاعي  ع م جينوم  تس سل جيل قا م ع م و ث خ و Résumé : Objectif : Rapporter les anomalies géniques récurrentes dans les leucémies aigues myéloïdes en insistants sur leur apports diagnostique et pronostique. Les leucémies aiguës de l’adulte représentent un groupe d’hémopathies issues de la transformation oncogénique des progéniteurs hématopoïétiques. Même si leur mode de révélation est relativement stéréotypé, marqué au premier plan par l’insuffisance médullaire plus rarement par un syndrome tumoral, il s’agit d’un ensemble d’entités très hétérogènes. Le diagnostic nécessite un bilan sophistiqué combinant des études cytogénétiques, immunophénotypiques et moléculaires basées sur la nouvelle classification de l’OMS. La cytogénétique et le typage moléculaire sont particulièrement importants pour le pronostic des leucémies aiguës myéloïdes permettant de guider les stratégies de consolidation, notamment les indications de la greffe de cellules souches hématopoïétiques. Le niveau de réponse à la chimiothérapie est également mieux apprécié par la biologie moléculaire qui permet de détecter jusqu’à une cellule leucémique résiduelle parmi 10 000 à 100 000 cellules normales. Les stratégies thérapeutiques, adaptées aux risques de rechute, reposent sur la chimiothérapie intensive et les greffes de cellules souches hématopoïétiques selon le sous type de proliférations myéloïdes. Chez les sujets les plus âgés, le pronostic reste très sombre car ils présentent des hémopathies plus résistantes aux chimiothérapies par ailleurs mal tolérées. Les scores de comorbidités oncogériatriques peuvent aider à la décision thérapeutique. Enfin, le décryptage génétique et épigénétique des leucémies aiguës a mis en évidence des anomalies oncogéniques récurrentes accessibles à des thérapies ciblées laissant présager des progrès thérapeutiques significatifs dans un futur proche. Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2832023 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Anas JAIDI Juge : Hafid ZAHID

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M2832023	WA	Thèse imprimé	Unité des Thèses et Mémoires	ThèsesMéd2023	Disponible