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Titre : ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON Type de document : thèse Auteurs : LAHLOU Lamiaa, Auteur Année de publication : 2019 Langues : Français (fre) Mots-clés : Bio-informatique séquençage de nouvelle génération génomique transcriptomique Tuberculose Maladie de Parkinson Résistance microRNAs biomarqueurs Résumé : Le séquençage de nouvelle génération des acides nucléiques génère une grande quantité de données brutes en un temps record. Le besoin d’analyse de ces big data a entrainé le développement de la bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire permettant de transformer le matériel biologique issu du monde médical, en smart data, ce qui rend la bio-informatique incontournable pour le développement de la médecine de précision. Deux approches ont été utilisées dans le contexte de deux pathologies complexes, l’approche génomique pour la tuberculose et l’approche transcriptomique pour la MP. Des souches de M.Tuberculosis de quatre patients marocains atteints de la tuberculose ont été isolées, séquencées et analysées en utilisant un pipeline spécifique afin d’identifier les éléments génétiques. L’analyse génomique réalisée a permis d’identifier des mutations différentes au niveau du gène rpoB associé à la Rifampicine et du gène katG lié à l’isoniazide pour les quatre souches, ainsi que des mutations des gènes gyrA, gyrB associés à la fluoroquinolone et des mutations du gène tlyA associé au Capreomycine connues comme résistances de deuxième ligne. Une approche transcriptomique a été utilisée pour déterminer les mécanismes moléculaires de la MP et d’identifier des biomarqueurs associés en étudiant l’expression de différents microRNAs chez deux modèles animaux de la maladie. Les résultats obtenus ont permis de valider les deux modèles sur le plan comportemental et lésionnel en se basant sur l’analyse biochimique des monoamines dans différentes structures cérébrales. Ensuite, en utilisant un pipeline d’analyse transcriptomique spécifique pour l’identification et la validation des miRNAs, nous avons identifié quelques miRNAs impliqués dans la MP, dont le miR-34b et miR-34c qui jouent deux rôles différents. D'autre part, miR-34b et miR-34c ciblent directement l'α-syn en inhibant son expression et sa formation d'agrégation. Les miRNAs identifiés vont permettre de prédire de nouveau biomarqueurs associés à cette pathologie.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0012019 Président : DAKKA.T Directeur : IBRAHIMI.A ;BENAZZOUZ.A ; FAVEREAUX.A Juge : EL JAOUDI.R Juge : REGRAGUI.W Juge : SBABOU.L ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON [thèse] / LAHLOU Lamiaa, Auteur . - 2019.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Bio-informatique séquençage de nouvelle génération génomique transcriptomique Tuberculose Maladie de Parkinson Résistance microRNAs biomarqueurs Résumé : Le séquençage de nouvelle génération des acides nucléiques génère une grande quantité de données brutes en un temps record. Le besoin d’analyse de ces big data a entrainé le développement de la bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire permettant de transformer le matériel biologique issu du monde médical, en smart data, ce qui rend la bio-informatique incontournable pour le développement de la médecine de précision. Deux approches ont été utilisées dans le contexte de deux pathologies complexes, l’approche génomique pour la tuberculose et l’approche transcriptomique pour la MP. Des souches de M.Tuberculosis de quatre patients marocains atteints de la tuberculose ont été isolées, séquencées et analysées en utilisant un pipeline spécifique afin d’identifier les éléments génétiques. L’analyse génomique réalisée a permis d’identifier des mutations différentes au niveau du gène rpoB associé à la Rifampicine et du gène katG lié à l’isoniazide pour les quatre souches, ainsi que des mutations des gènes gyrA, gyrB associés à la fluoroquinolone et des mutations du gène tlyA associé au Capreomycine connues comme résistances de deuxième ligne. Une approche transcriptomique a été utilisée pour déterminer les mécanismes moléculaires de la MP et d’identifier des biomarqueurs associés en étudiant l’expression de différents microRNAs chez deux modèles animaux de la maladie. Les résultats obtenus ont permis de valider les deux modèles sur le plan comportemental et lésionnel en se basant sur l’analyse biochimique des monoamines dans différentes structures cérébrales. Ensuite, en utilisant un pipeline d’analyse transcriptomique spécifique pour l’identification et la validation des miRNAs, nous avons identifié quelques miRNAs impliqués dans la MP, dont le miR-34b et miR-34c qui jouent deux rôles différents. D'autre part, miR-34b et miR-34c ciblent directement l'α-syn en inhibant son expression et sa formation d'agrégation. Les miRNAs identifiés vont permettre de prédire de nouveau biomarqueurs associés à cette pathologie.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0012019 Président : DAKKA.T Directeur : IBRAHIMI.A ;BENAZZOUZ.A ; FAVEREAUX.A Juge : EL JAOUDI.R Juge : REGRAGUI.W Juge : SBABOU.L Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0012019 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2019 Disponible D0012019-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2019 Disponible Documents numériques
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Titre : ANALYSES BIO-INFORMATIQUES DES DONNEES GENOMIQUES, TRANSCRIPTOMIQUES ET EPIGENETIQUES DES GLIOMES GRADE II ET III Type de document : thèse Auteurs : Mohammed Amine BENDAHOU, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Français (fre) Mots-clés : Génomique Transcriptomique Épigénétique Bio-informatique Gliome de bas grade Résumé : L’utilisation des approches omiques a révolutionné la biologie et elle a conduit à l’émergence d’approches
systémiques y compris la génomique, la transcriptomique et l’épigénétique. Dans le premier chapitre, nous
avons ciblé des mutations impliquées dans les gliomes, suivi d’une analyse bio-informatique pour étudier
l’impact de ces mutations sur la structure et la fonction des 3 protéines IDH1, IDH2 et p53. Nous avons
obtenu une mutation qui a un effet sur le site catalytique de la protéine IDH1 comme R132H. D’autres
mutations de la p53 ont été identifiées comme K305N, qui est une mutation pathogène ; R175H, qui est une
mutation bénigne ; et R158G, qui perturbe la conformation structurelle de la protéine suppresseur de tumeur.
Dans le 2ème chapitre, on a identifié des biomarqueurs spécifiques pour les gliomes en analysant des données
génomiques et épigénomiques. La prévalence des mutations IDH dans le gliome de bas grade nous a guidé à
cibler leurs conséquences épigénomiques en aval, telles que G-CIMP. On a trouvé que les astrocytomes sont
caractérisés par une hyperméthylation au niveau du gène MYT1L, et les oligodendrogliomes au niveau du
gène PLCG1. Dans le 3eme chapitre, on a identifié les gènes et les miRNAs différentiellement exprimés au
niveau des gliomes. Ces biomarqueurs sont sélectionnés sur la base d’une combinaison de seuil de
changement d’expression et de seuil de score, et nous avons proposé un nouveau réseau de miARNs qui
combinent à la fois des gènes et des lncARNs spécifique pour les gliomes de bas grade. Dans le chapitre 4
on a démontré que les gliomes présentent également des altérations épigénétiques, parmi eux on trouve la
méthylation de l’ADN et leur interaction avec les modifications d’histones. Enfin, on a réussi a caractérisé
les gliomes de bas grade en analysant les diffèrents donnés omiques et on a mis en place un workflow bioinformatique précis et efficace pour analyser ces données et avoir une stratégie prometteuse pour mieux
comprendre le développement du gliomeNuméro (Thèse ou Mémoire) : D0022020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : BADOU Abdallah Juge : OUADGHIRI Mouna Juge : SBABOU Laila-BENKABBOU Amine-BOUTARBOUH Mahjouba ANALYSES BIO-INFORMATIQUES DES DONNEES GENOMIQUES, TRANSCRIPTOMIQUES ET EPIGENETIQUES DES GLIOMES GRADE II ET III [thèse] / Mohammed Amine BENDAHOU, Auteur . - 2021.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Génomique Transcriptomique Épigénétique Bio-informatique Gliome de bas grade Résumé : L’utilisation des approches omiques a révolutionné la biologie et elle a conduit à l’émergence d’approches
systémiques y compris la génomique, la transcriptomique et l’épigénétique. Dans le premier chapitre, nous
avons ciblé des mutations impliquées dans les gliomes, suivi d’une analyse bio-informatique pour étudier
l’impact de ces mutations sur la structure et la fonction des 3 protéines IDH1, IDH2 et p53. Nous avons
obtenu une mutation qui a un effet sur le site catalytique de la protéine IDH1 comme R132H. D’autres
mutations de la p53 ont été identifiées comme K305N, qui est une mutation pathogène ; R175H, qui est une
mutation bénigne ; et R158G, qui perturbe la conformation structurelle de la protéine suppresseur de tumeur.
Dans le 2ème chapitre, on a identifié des biomarqueurs spécifiques pour les gliomes en analysant des données
génomiques et épigénomiques. La prévalence des mutations IDH dans le gliome de bas grade nous a guidé à
cibler leurs conséquences épigénomiques en aval, telles que G-CIMP. On a trouvé que les astrocytomes sont
caractérisés par une hyperméthylation au niveau du gène MYT1L, et les oligodendrogliomes au niveau du
gène PLCG1. Dans le 3eme chapitre, on a identifié les gènes et les miRNAs différentiellement exprimés au
niveau des gliomes. Ces biomarqueurs sont sélectionnés sur la base d’une combinaison de seuil de
changement d’expression et de seuil de score, et nous avons proposé un nouveau réseau de miARNs qui
combinent à la fois des gènes et des lncARNs spécifique pour les gliomes de bas grade. Dans le chapitre 4
on a démontré que les gliomes présentent également des altérations épigénétiques, parmi eux on trouve la
méthylation de l’ADN et leur interaction avec les modifications d’histones. Enfin, on a réussi a caractérisé
les gliomes de bas grade en analysant les diffèrents donnés omiques et on a mis en place un workflow bioinformatique précis et efficace pour analyser ces données et avoir une stratégie prometteuse pour mieux
comprendre le développement du gliomeNuméro (Thèse ou Mémoire) : D0022020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : BADOU Abdallah Juge : OUADGHIRI Mouna Juge : SBABOU Laila-BENKABBOU Amine-BOUTARBOUH Mahjouba Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0022020 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2020 Disponible D0022020-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2020 Disponible Documents numériques
D0022020URL
Titre : LES ANOMALIES GÉNIQUES RÉCURRENTES DANS LES LEUCÉMIES AIGUËS MYÉLOÏDES Type de document : thèse Auteurs : EL BOURAQADI ABDERRAZAK, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Leucémie myéloïde aiguë néoplasmes myéloïdes génomique séquençage de nouvelle génération cytogénétique Acute myeloid leukemia myeloid neoplasms genomics next generation sequencing cytogenetics بيضاض دم نخاعي ا لأ م نخاعي ع م جينوم تس سل جيل قا م ع م و ث خ و Résumé : Objectif : Rapporter les anomalies géniques récurrentes dans les leucémies aigues myéloïdes en insistants sur leur apports diagnostique et pronostique.
Les leucémies aiguës de l’adulte représentent un groupe d’hémopathies issues de la transformation oncogénique des progéniteurs hématopoïétiques. Même si leur mode de révélation est relativement stéréotypé, marqué au premier plan par l’insuffisance médullaire plus rarement par un syndrome tumoral, il s’agit d’un ensemble d’entités très hétérogènes. Le diagnostic nécessite un bilan sophistiqué combinant des études cytogénétiques, immunophénotypiques et moléculaires basées sur la nouvelle classification de l’OMS. La cytogénétique et le typage moléculaire sont particulièrement importants pour le pronostic des leucémies aiguës myéloïdes permettant de guider les stratégies de consolidation, notamment les indications de la greffe de cellules souches hématopoïétiques. Le niveau de réponse à la chimiothérapie est également mieux apprécié par la biologie moléculaire qui permet de détecter jusqu’à une cellule leucémique résiduelle parmi 10 000 à 100 000 cellules normales. Les stratégies thérapeutiques, adaptées aux risques de rechute, reposent sur la chimiothérapie intensive et les greffes de cellules souches hématopoïétiques selon le sous type de proliférations myéloïdes. Chez les sujets les plus âgés, le pronostic reste très sombre car ils présentent des hémopathies plus résistantes aux chimiothérapies par ailleurs mal tolérées. Les scores de comorbidités oncogériatriques peuvent aider à la décision thérapeutique. Enfin, le décryptage génétique et épigénétique des leucémies aiguës a mis en évidence des anomalies oncogéniques récurrentes accessibles à des thérapies ciblées laissant présager des progrès thérapeutiques significatifs dans un futur proche.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2832023 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Anas JAIDI Juge : Hafid ZAHID LES ANOMALIES GÉNIQUES RÉCURRENTES DANS LES LEUCÉMIES AIGUËS MYÉLOÏDES [thèse] / EL BOURAQADI ABDERRAZAK, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Leucémie myéloïde aiguë néoplasmes myéloïdes génomique séquençage de nouvelle génération cytogénétique Acute myeloid leukemia myeloid neoplasms genomics next generation sequencing cytogenetics بيضاض دم نخاعي ا لأ م نخاعي ع م جينوم تس سل جيل قا م ع م و ث خ و Résumé : Objectif : Rapporter les anomalies géniques récurrentes dans les leucémies aigues myéloïdes en insistants sur leur apports diagnostique et pronostique.
Les leucémies aiguës de l’adulte représentent un groupe d’hémopathies issues de la transformation oncogénique des progéniteurs hématopoïétiques. Même si leur mode de révélation est relativement stéréotypé, marqué au premier plan par l’insuffisance médullaire plus rarement par un syndrome tumoral, il s’agit d’un ensemble d’entités très hétérogènes. Le diagnostic nécessite un bilan sophistiqué combinant des études cytogénétiques, immunophénotypiques et moléculaires basées sur la nouvelle classification de l’OMS. La cytogénétique et le typage moléculaire sont particulièrement importants pour le pronostic des leucémies aiguës myéloïdes permettant de guider les stratégies de consolidation, notamment les indications de la greffe de cellules souches hématopoïétiques. Le niveau de réponse à la chimiothérapie est également mieux apprécié par la biologie moléculaire qui permet de détecter jusqu’à une cellule leucémique résiduelle parmi 10 000 à 100 000 cellules normales. Les stratégies thérapeutiques, adaptées aux risques de rechute, reposent sur la chimiothérapie intensive et les greffes de cellules souches hématopoïétiques selon le sous type de proliférations myéloïdes. Chez les sujets les plus âgés, le pronostic reste très sombre car ils présentent des hémopathies plus résistantes aux chimiothérapies par ailleurs mal tolérées. Les scores de comorbidités oncogériatriques peuvent aider à la décision thérapeutique. Enfin, le décryptage génétique et épigénétique des leucémies aiguës a mis en évidence des anomalies oncogéniques récurrentes accessibles à des thérapies ciblées laissant présager des progrès thérapeutiques significatifs dans un futur proche.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2832023 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Anas JAIDI Juge : Hafid ZAHID Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M2832023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2023 Disponible
Titre : LES ANOMALIES GÉNIQUES RÉCURRENTES DANS LES LEUCÉMIES AIGUËS MYÉLOÏDES Type de document : thèse Auteurs : EL BOURAQADI ABDERRAZAK, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Leucémie myéloïde aiguë néoplasmes myéloïdes génomique séquençage
de nouvelle génération cytogénétique Acute myeloid leukemia myeloid neoplasms genomics next generation
sequencing cytogenetics بيضاض دم نخاعي ا أل م نخاعي ع م جينوم تس سل جيل قا م ع م
و ث خ وRésumé : Objectif : Rapporter les anomalies géniques récurrentes dans les leucémies aigues myéloïdes
en insistants sur leur apports diagnostique et pronostique.
Les leucémies aiguës de l’adulte représentent un groupe d’hémopathies issues de la
transformation oncogénique des progéniteurs hématopoïétiques. Même si leur mode de
révélation est relativement stéréotypé, marqué au premier plan par l’insuffisance médullaire
plus rarement par un syndrome tumoral, il s’agit d’un ensemble d’entités très hétérogènes. Le
diagnostic nécessite un bilan sophistiqué combinant des études cytogénétiques,
immunophénotypiques et moléculaires basées sur la nouvelle classification de l’OMS. La
cytogénétique et le typage moléculaire sont particulièrement importants pour le pronostic des
leucémies aiguës myéloïdes permettant de guider les stratégies de consolidation, notamment les
indications de la greffe de cellules souches hématopoïétiques. Le niveau de réponse à la
chimiothérapie est également mieux apprécié par la biologie moléculaire qui permet de détecter
jusqu’à une cellule leucémique résiduelle parmi 10 000 à 100 000 cellules normales. Les
stratégies thérapeutiques, adaptées aux risques de rechute, reposent sur la chimiothérapie
intensive et les greffes de cellules souches hématopoïétiques selon le sous type de proliférations
myéloïdes. Chez les sujets les plus âgés, le pronostic reste très sombre car ils présentent des
hémopathies plus résistantes aux chimiothérapies par ailleurs mal tolérées. Les scores de
comorbidités oncogériatriques peuvent aider à la décision thérapeutique. Enfin, le décryptage
génétique et épigénétique des leucémies aiguës a mis en évidence des anomalies oncogéniques
récurrentes accessibles à des thérapies ciblées laissant présager des progrès thérapeutiques
significatifs dans un futur proche.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2832023 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Anas JAIDI Juge : Hafid ZAHID Juge : M LES ANOMALIES GÉNIQUES RÉCURRENTES DANS LES LEUCÉMIES AIGUËS MYÉLOÏDES [thèse] / EL BOURAQADI ABDERRAZAK, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Leucémie myéloïde aiguë néoplasmes myéloïdes génomique séquençage
de nouvelle génération cytogénétique Acute myeloid leukemia myeloid neoplasms genomics next generation
sequencing cytogenetics بيضاض دم نخاعي ا أل م نخاعي ع م جينوم تس سل جيل قا م ع م
و ث خ وRésumé : Objectif : Rapporter les anomalies géniques récurrentes dans les leucémies aigues myéloïdes
en insistants sur leur apports diagnostique et pronostique.
Les leucémies aiguës de l’adulte représentent un groupe d’hémopathies issues de la
transformation oncogénique des progéniteurs hématopoïétiques. Même si leur mode de
révélation est relativement stéréotypé, marqué au premier plan par l’insuffisance médullaire
plus rarement par un syndrome tumoral, il s’agit d’un ensemble d’entités très hétérogènes. Le
diagnostic nécessite un bilan sophistiqué combinant des études cytogénétiques,
immunophénotypiques et moléculaires basées sur la nouvelle classification de l’OMS. La
cytogénétique et le typage moléculaire sont particulièrement importants pour le pronostic des
leucémies aiguës myéloïdes permettant de guider les stratégies de consolidation, notamment les
indications de la greffe de cellules souches hématopoïétiques. Le niveau de réponse à la
chimiothérapie est également mieux apprécié par la biologie moléculaire qui permet de détecter
jusqu’à une cellule leucémique résiduelle parmi 10 000 à 100 000 cellules normales. Les
stratégies thérapeutiques, adaptées aux risques de rechute, reposent sur la chimiothérapie
intensive et les greffes de cellules souches hématopoïétiques selon le sous type de proliférations
myéloïdes. Chez les sujets les plus âgés, le pronostic reste très sombre car ils présentent des
hémopathies plus résistantes aux chimiothérapies par ailleurs mal tolérées. Les scores de
comorbidités oncogériatriques peuvent aider à la décision thérapeutique. Enfin, le décryptage
génétique et épigénétique des leucémies aiguës a mis en évidence des anomalies oncogéniques
récurrentes accessibles à des thérapies ciblées laissant présager des progrès thérapeutiques
significatifs dans un futur proche.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2832023 Président : Souad BENKIRANE Directeur : Azlarab MASRAR Juge : Anas JAIDI Juge : Hafid ZAHID Juge : M Exemplaires
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Titre : DU GÈNE À LA PROTÉINE : APPROCHES "MULTI-OMIQUES" EN PRATIQUE MÉDICALE Type de document : thèse Auteurs : DRISSI KAMILI MARIA, Auteur Année de publication : 2024 Langues : Français (fre) Mots-clés : Multi-omique omics génomique épigénomique bio-informatique Multi-omics omics genomics epigenomics bioinformatics علم الأوميكس المتعدد علم الأوميكس علم الجينوم ؛ علم البجينوم ؛ المعلوماتية الحيوية ؛ Résumé : Objectif : Description de douze disciplines « omiques » et présentation de la « multi-omique » comme approche d’analyse novatrice dans l’étude du cancer.
Méthodes et résultats : Mise en pratique d'une méthodologie rigoureuse pour la recherche de références bibliographiques portant sur les chapitres à traiter. Celle-ci a abouti à la sélection de 433 références.
Discussion et conclusion : Les progrès des technologies à haut débit ont rendu possible la mesure de plusieurs paramètres d'un système biologique, comme les données de la séquence d'ADN (génomique), les niveaux d'expression de l'ARN (transcriptomique), les protéines exprimées (protéomique) et les taux de différents métabolites (métabolomique, glycomique, lipidomique) pour ne citer que cela. Les données obtenues sont traitées via la bio-informatique afin de les interpréter de manière biologiquement significative.
Ces mégadonnées « omiques » sont intégrées dans des études dites « multi-omiques » pour comprendre les fondements moléculaires de maladies complexes comme le cancer. Elles sont intégrées au moyen d'approches statistiques ou d'apprentissage automatique avancées. Néanmoins, l'analyse intégrative de ces ensembles de données se révèle complexe en raison de la quantité, de l’hétérogénéité des données et de l’absence de protocoles d’analyse normalisés.
L'approche « multi-omique » traite différentes problématiques biologiques, à savoir la classification des pathologies à partir de profils « multi-omiques », la mise en évidence de biomarqueurs diagnostiques, l'identification de gènes et de molécules associés à des pathologies spécifiques et la compréhension de la physiopathologie des maladies grâce aux interactions « inter-omiques ». Ainsi, l'objectif de la « multi-omique » est d'améliorer le pronostic, le diagnostic et le traitement des maladies.
De ce fait, l'approche « omique » et l'analyse bio-informatique des données biologiques permettront de mieux comprendre les pathologies complexes et, à terme, de développer la médecine personnalisée de demain.Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0592024 Président : Balouch Lhoucine Directeur : Bouabdellah Mounya Juge : Nouini Yassine Juge : El Jaoudi Rachid Juge : Benkirane Souad DU GÈNE À LA PROTÉINE : APPROCHES "MULTI-OMIQUES" EN PRATIQUE MÉDICALE [thèse] / DRISSI KAMILI MARIA, Auteur . - 2024.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Multi-omique omics génomique épigénomique bio-informatique Multi-omics omics genomics epigenomics bioinformatics علم الأوميكس المتعدد علم الأوميكس علم الجينوم ؛ علم البجينوم ؛ المعلوماتية الحيوية ؛ Résumé : Objectif : Description de douze disciplines « omiques » et présentation de la « multi-omique » comme approche d’analyse novatrice dans l’étude du cancer.
Méthodes et résultats : Mise en pratique d'une méthodologie rigoureuse pour la recherche de références bibliographiques portant sur les chapitres à traiter. Celle-ci a abouti à la sélection de 433 références.
Discussion et conclusion : Les progrès des technologies à haut débit ont rendu possible la mesure de plusieurs paramètres d'un système biologique, comme les données de la séquence d'ADN (génomique), les niveaux d'expression de l'ARN (transcriptomique), les protéines exprimées (protéomique) et les taux de différents métabolites (métabolomique, glycomique, lipidomique) pour ne citer que cela. Les données obtenues sont traitées via la bio-informatique afin de les interpréter de manière biologiquement significative.
Ces mégadonnées « omiques » sont intégrées dans des études dites « multi-omiques » pour comprendre les fondements moléculaires de maladies complexes comme le cancer. Elles sont intégrées au moyen d'approches statistiques ou d'apprentissage automatique avancées. Néanmoins, l'analyse intégrative de ces ensembles de données se révèle complexe en raison de la quantité, de l’hétérogénéité des données et de l’absence de protocoles d’analyse normalisés.
L'approche « multi-omique » traite différentes problématiques biologiques, à savoir la classification des pathologies à partir de profils « multi-omiques », la mise en évidence de biomarqueurs diagnostiques, l'identification de gènes et de molécules associés à des pathologies spécifiques et la compréhension de la physiopathologie des maladies grâce aux interactions « inter-omiques ». Ainsi, l'objectif de la « multi-omique » est d'améliorer le pronostic, le diagnostic et le traitement des maladies.
De ce fait, l'approche « omique » et l'analyse bio-informatique des données biologiques permettront de mieux comprendre les pathologies complexes et, à terme, de développer la médecine personnalisée de demain.Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0592024 Président : Balouch Lhoucine Directeur : Bouabdellah Mounya Juge : Nouini Yassine Juge : El Jaoudi Rachid Juge : Benkirane Souad Réservation
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Titre : GENOMIQUE ET METAGENOMQUE: IMPORTANCE ET APPLICATION DANS LES INFECTIONS BACTERIENNES Type de document : thèse Auteurs : TOUIJER GHIZLAN, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Français (fre) Mots-clés : Génomique Infection Métagénomique Résistance Séquençage Résumé :
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est une nouvelle méthode qui a pour but l’amélioration de la capacité du diagnostic, l’interrogation et le suivi des maladies infectieuses, il a développé l’analyse génomique par l’inauguration de nouveau moyen de détection des agents pathogènes, surtout que la plupart de ces agents contiennent des génomes d’ADN ou d’ARN.
D’une part, La métagénomique est une technique indépendante de la culture, basée sur les progrès récents dans le domaine des NGS, son avantage réside dans sa capacité à détecter directement le microbe pathogène responsable dans un échantillon humain clinique ainsi que de détecter de nouveaux agents pathogènes. Son efficacité était affirmée dans l’identification du COVID-19 par séquençage métagénomique viral dans les laboratoires de diagnostic sans avoir besoin d’amorces PCR spécifiques aux agents pathogènes.
D’une autre part, l’adaptation génomique et protéique des bactéries ont causé la résistance aux antibiotiques dont la surveillance représente une contribution essentielle pour la santé publique. Pourtant, la génomique était la source pour identifier exhaustivement et rapidement les facteurs de virulence et/ou les déterminants de la résistance aux antibiotiques d’une souche pathogène. Prochainement, il serait peut être possible de séquencer le génome de toute bactérie engendrant une infection sévère afin de faire des prises en charge personnalisées
Pour conclure, l’objectif de cette thèse est l’application du séquençage métagénomique de nouvelle génération au diagnostic clinique des maladies infectieuses, surtout l’infection par coronavirus, les infections bactériennes et la résistance aux antibiotiques.
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Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0452021 Président : ZOUHDI MIMOUN Directeur : SEKHSOKH YASSINE Juge : CHADLI MARIAMA Juge : GAOUZI AHMED GENOMIQUE ET METAGENOMQUE: IMPORTANCE ET APPLICATION DANS LES INFECTIONS BACTERIENNES [thèse] / TOUIJER GHIZLAN, Auteur . - 2021.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Génomique Infection Métagénomique Résistance Séquençage Résumé :
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est une nouvelle méthode qui a pour but l’amélioration de la capacité du diagnostic, l’interrogation et le suivi des maladies infectieuses, il a développé l’analyse génomique par l’inauguration de nouveau moyen de détection des agents pathogènes, surtout que la plupart de ces agents contiennent des génomes d’ADN ou d’ARN.
D’une part, La métagénomique est une technique indépendante de la culture, basée sur les progrès récents dans le domaine des NGS, son avantage réside dans sa capacité à détecter directement le microbe pathogène responsable dans un échantillon humain clinique ainsi que de détecter de nouveaux agents pathogènes. Son efficacité était affirmée dans l’identification du COVID-19 par séquençage métagénomique viral dans les laboratoires de diagnostic sans avoir besoin d’amorces PCR spécifiques aux agents pathogènes.
D’une autre part, l’adaptation génomique et protéique des bactéries ont causé la résistance aux antibiotiques dont la surveillance représente une contribution essentielle pour la santé publique. Pourtant, la génomique était la source pour identifier exhaustivement et rapidement les facteurs de virulence et/ou les déterminants de la résistance aux antibiotiques d’une souche pathogène. Prochainement, il serait peut être possible de séquencer le génome de toute bactérie engendrant une infection sévère afin de faire des prises en charge personnalisées
Pour conclure, l’objectif de cette thèse est l’application du séquençage métagénomique de nouvelle génération au diagnostic clinique des maladies infectieuses, surtout l’infection par coronavirus, les infections bactériennes et la résistance aux antibiotiques.
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Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0452021 Président : ZOUHDI MIMOUN Directeur : SEKHSOKH YASSINE Juge : CHADLI MARIAMA Juge : GAOUZI AHMED Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M0452021 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2021 Disponible M0452021-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2021 Disponible Documents numériques
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Titre : IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE Type de document : thèse Auteurs : KARTTI SOUAD, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE [thèse] / KARTTI SOUAD, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0122023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2023 Disponible
Titre : Le séquençage de l’ADN et médecine personnalisée Type de document : thèse Auteurs : Mohamed EN-NOUALI, Auteur Année de publication : 2017 Langues : Français (fre) Mots-clés : Génomique NGS Médecine individualisée Médecine personnalisée Résumé : L’évolution technique du séquençage des ADN s’est faite avec une rapidité exponentielle au cours des dernières années. La diffusion dans les laboratoires hospitaliers des nouveaux appareils de séquençage à haut débit (ou NGS) permet de passer de l’étude ponctuelle d’un gène à une analyse globale portant sur des dizaines ou centaines de gènes ou sur l’ensemble de l’exome ; elle modifie de ce fait les concepts médicaux et les conditions d’exercice, notamment en génétique et en cancérologie.Cette possibilité d’une recherche simultanée de mutations dans la séquence d’un grand nombre de gènes trouve aujourd’hui ses applications dans le diagnostic, éventuellement néonatal, dans le dépistage systématique des hétérozygotes et le diagnostic préconceptionnel généralisé.En oncogénétique constitutionnelle, les NGS réalisent également l’analyse simultanée des gènes impliqués dans les formes « héréditaires » de cancers. Par ailleurs dans l’ensemble des affections malignes, les NGS identifient l’ensemble des anomalies génomiques affectant le tissu malade, en s’efforçant de faire la distinction entre mutations « drivers » importantes pour la progression tumorale et mutations « passengers » ou accessoires; en s’efforçant également d’identifier des mutations « druggable » susceptibles de faire l’objet de thérapeutiques ciblées. Enfin le séquençage systématique de l’ensemble des gènes impliqués dans le métabolisme et la réponse aux médicaments est le support d’une pharmacogénétique individuelle. En définitive, le séquençage des génomes tumoraux et constitutionnels,l’identification des mutations somatiques, la détermination des variants pharmacogénétiques, sont les éléments déterminants d’une médecine dite personnalisée. Les premiers résultats de ces indications thérapeutiques ciblées montrent un gain en termes de durée de rémission et de survie; reste néanmoins posée la question du coût de ces traitements. Ces énormes capacités de séquençage des génomes soulèvent également un grand nombre de questions réglementaires et éthiques. Numéro (Thèse ou Mémoire) : M4342017 Président : DAKKA.T Directeur : CHOKAIRI.O Juge : ZOUAIDIA.F Juge : RAHALI.Y Le séquençage de l’ADN et médecine personnalisée [thèse] / Mohamed EN-NOUALI, Auteur . - 2017.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Génomique NGS Médecine individualisée Médecine personnalisée Résumé : L’évolution technique du séquençage des ADN s’est faite avec une rapidité exponentielle au cours des dernières années. La diffusion dans les laboratoires hospitaliers des nouveaux appareils de séquençage à haut débit (ou NGS) permet de passer de l’étude ponctuelle d’un gène à une analyse globale portant sur des dizaines ou centaines de gènes ou sur l’ensemble de l’exome ; elle modifie de ce fait les concepts médicaux et les conditions d’exercice, notamment en génétique et en cancérologie.Cette possibilité d’une recherche simultanée de mutations dans la séquence d’un grand nombre de gènes trouve aujourd’hui ses applications dans le diagnostic, éventuellement néonatal, dans le dépistage systématique des hétérozygotes et le diagnostic préconceptionnel généralisé.En oncogénétique constitutionnelle, les NGS réalisent également l’analyse simultanée des gènes impliqués dans les formes « héréditaires » de cancers. Par ailleurs dans l’ensemble des affections malignes, les NGS identifient l’ensemble des anomalies génomiques affectant le tissu malade, en s’efforçant de faire la distinction entre mutations « drivers » importantes pour la progression tumorale et mutations « passengers » ou accessoires; en s’efforçant également d’identifier des mutations « druggable » susceptibles de faire l’objet de thérapeutiques ciblées. Enfin le séquençage systématique de l’ensemble des gènes impliqués dans le métabolisme et la réponse aux médicaments est le support d’une pharmacogénétique individuelle. En définitive, le séquençage des génomes tumoraux et constitutionnels,l’identification des mutations somatiques, la détermination des variants pharmacogénétiques, sont les éléments déterminants d’une médecine dite personnalisée. Les premiers résultats de ces indications thérapeutiques ciblées montrent un gain en termes de durée de rémission et de survie; reste néanmoins posée la question du coût de ces traitements. Ces énormes capacités de séquençage des génomes soulèvent également un grand nombre de questions réglementaires et éthiques. Numéro (Thèse ou Mémoire) : M4342017 Président : DAKKA.T Directeur : CHOKAIRI.O Juge : ZOUAIDIA.F Juge : RAHALI.Y Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M4342017 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2017 Disponible M4342017-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2017 Disponible
