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Titre : ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON Type de document : thèse Auteurs : LAHLOU Lamiaa, Auteur Année de publication : 2019 Langues : Français (fre) Mots-clés : Bio-informatique séquençage de nouvelle génération génomique transcriptomique Tuberculose Maladie de Parkinson Résistance microRNAs biomarqueurs Résumé : Le séquençage de nouvelle génération des acides nucléiques génère une grande quantité de données brutes en un temps record. Le besoin d’analyse de ces big data a entrainé le développement de la bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire permettant de transformer le matériel biologique issu du monde médical, en smart data, ce qui rend la bio-informatique incontournable pour le développement de la médecine de précision. Deux approches ont été utilisées dans le contexte de deux pathologies complexes, l’approche génomique pour la tuberculose et l’approche transcriptomique pour la MP. Des souches de M.Tuberculosis de quatre patients marocains atteints de la tuberculose ont été isolées, séquencées et analysées en utilisant un pipeline spécifique afin d’identifier les éléments génétiques. L’analyse génomique réalisée a permis d’identifier des mutations différentes au niveau du gène rpoB associé à la Rifampicine et du gène katG lié à l’isoniazide pour les quatre souches, ainsi que des mutations des gènes gyrA, gyrB associés à la fluoroquinolone et des mutations du gène tlyA associé au Capreomycine connues comme résistances de deuxième ligne. Une approche transcriptomique a été utilisée pour déterminer les mécanismes moléculaires de la MP et d’identifier des biomarqueurs associés en étudiant l’expression de différents microRNAs chez deux modèles animaux de la maladie. Les résultats obtenus ont permis de valider les deux modèles sur le plan comportemental et lésionnel en se basant sur l’analyse biochimique des monoamines dans différentes structures cérébrales. Ensuite, en utilisant un pipeline d’analyse transcriptomique spécifique pour l’identification et la validation des miRNAs, nous avons identifié quelques miRNAs impliqués dans la MP, dont le miR-34b et miR-34c qui jouent deux rôles différents. D'autre part, miR-34b et miR-34c ciblent directement l'α-syn en inhibant son expression et sa formation d'agrégation. Les miRNAs identifiés vont permettre de prédire de nouveau biomarqueurs associés à cette pathologie.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0012019 Président : DAKKA.T Directeur : IBRAHIMI.A ;BENAZZOUZ.A ; FAVEREAUX.A Juge : EL JAOUDI.R Juge : REGRAGUI.W Juge : SBABOU.L ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON [thèse] / LAHLOU Lamiaa, Auteur . - 2019.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Bio-informatique séquençage de nouvelle génération génomique transcriptomique Tuberculose Maladie de Parkinson Résistance microRNAs biomarqueurs Résumé : Le séquençage de nouvelle génération des acides nucléiques génère une grande quantité de données brutes en un temps record. Le besoin d’analyse de ces big data a entrainé le développement de la bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire permettant de transformer le matériel biologique issu du monde médical, en smart data, ce qui rend la bio-informatique incontournable pour le développement de la médecine de précision. Deux approches ont été utilisées dans le contexte de deux pathologies complexes, l’approche génomique pour la tuberculose et l’approche transcriptomique pour la MP. Des souches de M.Tuberculosis de quatre patients marocains atteints de la tuberculose ont été isolées, séquencées et analysées en utilisant un pipeline spécifique afin d’identifier les éléments génétiques. L’analyse génomique réalisée a permis d’identifier des mutations différentes au niveau du gène rpoB associé à la Rifampicine et du gène katG lié à l’isoniazide pour les quatre souches, ainsi que des mutations des gènes gyrA, gyrB associés à la fluoroquinolone et des mutations du gène tlyA associé au Capreomycine connues comme résistances de deuxième ligne. Une approche transcriptomique a été utilisée pour déterminer les mécanismes moléculaires de la MP et d’identifier des biomarqueurs associés en étudiant l’expression de différents microRNAs chez deux modèles animaux de la maladie. Les résultats obtenus ont permis de valider les deux modèles sur le plan comportemental et lésionnel en se basant sur l’analyse biochimique des monoamines dans différentes structures cérébrales. Ensuite, en utilisant un pipeline d’analyse transcriptomique spécifique pour l’identification et la validation des miRNAs, nous avons identifié quelques miRNAs impliqués dans la MP, dont le miR-34b et miR-34c qui jouent deux rôles différents. D'autre part, miR-34b et miR-34c ciblent directement l'α-syn en inhibant son expression et sa formation d'agrégation. Les miRNAs identifiés vont permettre de prédire de nouveau biomarqueurs associés à cette pathologie.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0012019 Président : DAKKA.T Directeur : IBRAHIMI.A ;BENAZZOUZ.A ; FAVEREAUX.A Juge : EL JAOUDI.R Juge : REGRAGUI.W Juge : SBABOU.L Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0012019 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2019 Disponible D0012019-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2019 Disponible Documents numériques
D0012019URL
Titre : ANALYSES BIO-INFORMATIQUES DES DONNEES GENOMIQUES, TRANSCRIPTOMIQUES ET EPIGENETIQUES DES GLIOMES GRADE II ET III Type de document : thèse Auteurs : Mohammed Amine BENDAHOU, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Français (fre) Mots-clés : Génomique Transcriptomique Épigénétique Bio-informatique Gliome de bas grade Résumé : L’utilisation des approches omiques a révolutionné la biologie et elle a conduit à l’émergence d’approches
systémiques y compris la génomique, la transcriptomique et l’épigénétique. Dans le premier chapitre, nous
avons ciblé des mutations impliquées dans les gliomes, suivi d’une analyse bio-informatique pour étudier
l’impact de ces mutations sur la structure et la fonction des 3 protéines IDH1, IDH2 et p53. Nous avons
obtenu une mutation qui a un effet sur le site catalytique de la protéine IDH1 comme R132H. D’autres
mutations de la p53 ont été identifiées comme K305N, qui est une mutation pathogène ; R175H, qui est une
mutation bénigne ; et R158G, qui perturbe la conformation structurelle de la protéine suppresseur de tumeur.
Dans le 2ème chapitre, on a identifié des biomarqueurs spécifiques pour les gliomes en analysant des données
génomiques et épigénomiques. La prévalence des mutations IDH dans le gliome de bas grade nous a guidé à
cibler leurs conséquences épigénomiques en aval, telles que G-CIMP. On a trouvé que les astrocytomes sont
caractérisés par une hyperméthylation au niveau du gène MYT1L, et les oligodendrogliomes au niveau du
gène PLCG1. Dans le 3eme chapitre, on a identifié les gènes et les miRNAs différentiellement exprimés au
niveau des gliomes. Ces biomarqueurs sont sélectionnés sur la base d’une combinaison de seuil de
changement d’expression et de seuil de score, et nous avons proposé un nouveau réseau de miARNs qui
combinent à la fois des gènes et des lncARNs spécifique pour les gliomes de bas grade. Dans le chapitre 4
on a démontré que les gliomes présentent également des altérations épigénétiques, parmi eux on trouve la
méthylation de l’ADN et leur interaction avec les modifications d’histones. Enfin, on a réussi a caractérisé
les gliomes de bas grade en analysant les diffèrents donnés omiques et on a mis en place un workflow bioinformatique précis et efficace pour analyser ces données et avoir une stratégie prometteuse pour mieux
comprendre le développement du gliomeNuméro (Thèse ou Mémoire) : D0022020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : BADOU Abdallah Juge : OUADGHIRI Mouna Juge : SBABOU Laila-BENKABBOU Amine-BOUTARBOUH Mahjouba ANALYSES BIO-INFORMATIQUES DES DONNEES GENOMIQUES, TRANSCRIPTOMIQUES ET EPIGENETIQUES DES GLIOMES GRADE II ET III [thèse] / Mohammed Amine BENDAHOU, Auteur . - 2021.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Génomique Transcriptomique Épigénétique Bio-informatique Gliome de bas grade Résumé : L’utilisation des approches omiques a révolutionné la biologie et elle a conduit à l’émergence d’approches
systémiques y compris la génomique, la transcriptomique et l’épigénétique. Dans le premier chapitre, nous
avons ciblé des mutations impliquées dans les gliomes, suivi d’une analyse bio-informatique pour étudier
l’impact de ces mutations sur la structure et la fonction des 3 protéines IDH1, IDH2 et p53. Nous avons
obtenu une mutation qui a un effet sur le site catalytique de la protéine IDH1 comme R132H. D’autres
mutations de la p53 ont été identifiées comme K305N, qui est une mutation pathogène ; R175H, qui est une
mutation bénigne ; et R158G, qui perturbe la conformation structurelle de la protéine suppresseur de tumeur.
Dans le 2ème chapitre, on a identifié des biomarqueurs spécifiques pour les gliomes en analysant des données
génomiques et épigénomiques. La prévalence des mutations IDH dans le gliome de bas grade nous a guidé à
cibler leurs conséquences épigénomiques en aval, telles que G-CIMP. On a trouvé que les astrocytomes sont
caractérisés par une hyperméthylation au niveau du gène MYT1L, et les oligodendrogliomes au niveau du
gène PLCG1. Dans le 3eme chapitre, on a identifié les gènes et les miRNAs différentiellement exprimés au
niveau des gliomes. Ces biomarqueurs sont sélectionnés sur la base d’une combinaison de seuil de
changement d’expression et de seuil de score, et nous avons proposé un nouveau réseau de miARNs qui
combinent à la fois des gènes et des lncARNs spécifique pour les gliomes de bas grade. Dans le chapitre 4
on a démontré que les gliomes présentent également des altérations épigénétiques, parmi eux on trouve la
méthylation de l’ADN et leur interaction avec les modifications d’histones. Enfin, on a réussi a caractérisé
les gliomes de bas grade en analysant les diffèrents donnés omiques et on a mis en place un workflow bioinformatique précis et efficace pour analyser ces données et avoir une stratégie prometteuse pour mieux
comprendre le développement du gliomeNuméro (Thèse ou Mémoire) : D0022020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : BADOU Abdallah Juge : OUADGHIRI Mouna Juge : SBABOU Laila-BENKABBOU Amine-BOUTARBOUH Mahjouba Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0022020 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2020 Disponible D0022020-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2020 Disponible Documents numériques
D0022020URL
Titre : IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS USING RNA-SEQ DATA: A CASE STUDY IN MALE AND FEMALE CHILDREN WITH MEDULLOBLASTOMA Type de document : thèse Auteurs : Nihal HABIB, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : miRNA transcriptomics Gene Expression regulation Differential expression Medulloblastoma Cancer RNA-seq Bioinformatics RSubread DESeq2 miARN transcriptomique régulation de l'expression génique expression différentielle médulloblastome cancer RNA-seq bioinformatique RSubread DESeq2. Résumé : microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that contain approximately 22 nucleotides and they play important roles in regulating gene expression in animals, plants and some viruses. Their regulation has been implicated in the pathogenesis of a number of human pathologies including cancers. In the present work, we aimed to investigate expression profiles of micro-RNA (miRNA) in patients with Medulloblastoma cancer, which is the most common type of primary brain cancer in children. It starts in the lower back part of the brain, called the cerebellum which is involved in muscle coordination, balance and movement. . The number of methods and softwares for differential expression analysis from RNA-Seq data increased rapidly. In this comparative study, we identified and analysed Human sex-biased Micro-RNAs in infants by examining a transcriptome dataset of patients with Medulloblastoma. This was done using RSubread as a tool for mapping and its command “featurescounts” to quantify the miRNAs, and DESeq2 bioinformatics package to conduct a differential analysis of miRNAs between infant males and females. Consequently, 147 miRNAs were found differentially expressed with different abundances between the sexes.The results further highlight the applicability of miRNA expression patterns as potential markers of human Medulloblastoma cancer and most probably other cancers in children. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0372020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Hassan GHAZAL Juge : Mustapha CHAMEKH Juge : Said BARRIJAL Juge : Chohra TALBI IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS USING RNA-SEQ DATA: A CASE STUDY IN MALE AND FEMALE CHILDREN WITH MEDULLOBLASTOMA [thèse] / Nihal HABIB, Auteur . - 2020.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : miRNA transcriptomics Gene Expression regulation Differential expression Medulloblastoma Cancer RNA-seq Bioinformatics RSubread DESeq2 miARN transcriptomique régulation de l'expression génique expression différentielle médulloblastome cancer RNA-seq bioinformatique RSubread DESeq2. Résumé : microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that contain approximately 22 nucleotides and they play important roles in regulating gene expression in animals, plants and some viruses. Their regulation has been implicated in the pathogenesis of a number of human pathologies including cancers. In the present work, we aimed to investigate expression profiles of micro-RNA (miRNA) in patients with Medulloblastoma cancer, which is the most common type of primary brain cancer in children. It starts in the lower back part of the brain, called the cerebellum which is involved in muscle coordination, balance and movement. . The number of methods and softwares for differential expression analysis from RNA-Seq data increased rapidly. In this comparative study, we identified and analysed Human sex-biased Micro-RNAs in infants by examining a transcriptome dataset of patients with Medulloblastoma. This was done using RSubread as a tool for mapping and its command “featurescounts” to quantify the miRNAs, and DESeq2 bioinformatics package to conduct a differential analysis of miRNAs between infant males and females. Consequently, 147 miRNAs were found differentially expressed with different abundances between the sexes.The results further highlight the applicability of miRNA expression patterns as potential markers of human Medulloblastoma cancer and most probably other cancers in children. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0372020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Hassan GHAZAL Juge : Mustapha CHAMEKH Juge : Said BARRIJAL Juge : Chohra TALBI Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0372020 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Mémoires de Masters Disponible Documents numériques
MM0372020URL
