| Titre : | INTERET DE NGS DANS LES THALASSEMIE | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | HACHRI ADIB, Auteur | | Année de publication : | 2024 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | NGS Thalassémie Hémoglobine Séquencage Mutation Hémolyse NGS thalassemia hemoglobin sequencing mutation hemolysis الثلاسيويا؛ انْحِلاَلُ الدَّم؛ التسلسل؛ طفرة؛ الهيووجلوبين | | Résumé : | Ce travail explore en profondeur le séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le domaine médical, soulignant son potentiel pour la détection précoce des anomalies génétiques et son rôle essentiel dans la compréhension et le traitement de la thalassémie, tout en notant les limitations des méthodes de diagnostic traditionnelles. L'objectif est d'analyser les différentes plateformes de séquençage, notamment Illumina et PacBio, en assurant la fiabilité et la précision des résultats, tout en respectant les considérations éthiques. Le NGS propose diverses techniques telles que le séquençage complet du génome (WGS) et l'enrichissement exomique, utilisant des méthodes chimiques spécifiques à chaque plateforme. Illumina, par exemple, recourt à des matrices clonales et à un terminateur réversible pour le séquençage à grande échelle, suivi de l'analyse des lectures par rapport à une séquence de référence à l'aide d'outils spécialisés pour identifier les variants génétiques.
D'autre part, Le séquençage de troisième génération (TGS), tel que celui de PacBio, repose sur le séquençage de molécules individuelles sans amplification clonale préalable. Cette méthode utilise une ADN polymérase continue qui incorpore des dNTP marqués par fluorescence, produisant des lectures longues et très précises (HiFi reads) via la technologie Iso-Seq.
En conclusion, Cette étude montre l'efficacité supérieure du séquençage de troisième génération (TGS) par rapport aux méthodes classiques pour détecter des variants génétiques rares liés à la thalassémie, notamment dans les gènes HBA1 et HBA2. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est validé comme une méthode prometteuse pour le dépistage des porteurs. Bien que NGS et TGS soient efficaces, la PCR reste nécessaire dans les cas complexes. Une approche multidisciplinaire combinant données cliniques, hématologiques et génomiques, avec une infrastructure bioinformatique solide, est essentielle pour garantir des résultats fiables. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | M2752024 | | Président : | Souad BENKIRANE | | Directeur : | Azlarab MASRAR | | Juge : | Azlarab MASRAR | | Juge : | Hafid ZAHID |
INTERET DE NGS DANS LES THALASSEMIE [thèse] / HACHRI ADIB, Auteur . - 2024. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | NGS Thalassémie Hémoglobine Séquencage Mutation Hémolyse NGS thalassemia hemoglobin sequencing mutation hemolysis الثلاسيويا؛ انْحِلاَلُ الدَّم؛ التسلسل؛ طفرة؛ الهيووجلوبين | | Résumé : | Ce travail explore en profondeur le séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le domaine médical, soulignant son potentiel pour la détection précoce des anomalies génétiques et son rôle essentiel dans la compréhension et le traitement de la thalassémie, tout en notant les limitations des méthodes de diagnostic traditionnelles. L'objectif est d'analyser les différentes plateformes de séquençage, notamment Illumina et PacBio, en assurant la fiabilité et la précision des résultats, tout en respectant les considérations éthiques. Le NGS propose diverses techniques telles que le séquençage complet du génome (WGS) et l'enrichissement exomique, utilisant des méthodes chimiques spécifiques à chaque plateforme. Illumina, par exemple, recourt à des matrices clonales et à un terminateur réversible pour le séquençage à grande échelle, suivi de l'analyse des lectures par rapport à une séquence de référence à l'aide d'outils spécialisés pour identifier les variants génétiques.
D'autre part, Le séquençage de troisième génération (TGS), tel que celui de PacBio, repose sur le séquençage de molécules individuelles sans amplification clonale préalable. Cette méthode utilise une ADN polymérase continue qui incorpore des dNTP marqués par fluorescence, produisant des lectures longues et très précises (HiFi reads) via la technologie Iso-Seq.
En conclusion, Cette étude montre l'efficacité supérieure du séquençage de troisième génération (TGS) par rapport aux méthodes classiques pour détecter des variants génétiques rares liés à la thalassémie, notamment dans les gènes HBA1 et HBA2. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est validé comme une méthode prometteuse pour le dépistage des porteurs. Bien que NGS et TGS soient efficaces, la PCR reste nécessaire dans les cas complexes. Une approche multidisciplinaire combinant données cliniques, hématologiques et génomiques, avec une infrastructure bioinformatique solide, est essentielle pour garantir des résultats fiables. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | M2752024 | | Président : | Souad BENKIRANE | | Directeur : | Azlarab MASRAR | | Juge : | Azlarab MASRAR | | Juge : | Hafid ZAHID |
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