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3 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'microbiome' 
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Titre : EXPLORING MICROBIAL DIVERSITY OF SEBOU’S RIVER USING A METAGENOMIC APPROACH Type de document : thèse Auteurs : Ikram GARBOUNI, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Sebou river Metagenomics Pollution Taxonomy profiling Biodiversity Microbiome La rivière de Sebou Métagénomique Profil taxonomique Biodiversité Microbiome Résumé : Sebou river is the second largest river in Morocco, starting from a source in the middle Atlas
at an altitude of 2800m, traversing 600Km, and draining 40,000Km 2 , and flows into the
Atlantic Ocean near the city of Kenitra . This study aims to explore the microbial
communities in the Sebou river and its variation between two seasons, Summer and Winter,
and during three consecutive years. This will help to determine the impact of pollution on
Sebou’s microbial communities, and defining any sources of pathogenic infection might
come from this river. In order to identify Operational Taxonomy Units (OTUs) from the 6
samples, the Metagenomics Micca package was used. Phyloseq bioinformatic tool has been
used to determine the alpha and beta diversities of the river samples, as well as the taxonomy
profile of each sample. Results showed that alpha diversity decreased from 2014 to 2016 in
both summer and winter. Indeed, Shanon Index for summer went from 9 (2014) to 8 (2015),
to 6.8 (2016)) while for winter, it went from 8 (2014) to 6.7 (2015), to 3 (2016). The alpha
diversity of summer’s communities was always higher than winter’s one. BOD5, COD, and
NO 3- increased from 2014 to 2016, indicating that the diversity most probably decreased due
to the high pollution levels in the river sampling areas. The taxonomic profiles of Sebou’s
river include 36 families and 58 Genera. Taxonomy profiles showed the dominance of the
Moraxellaceae family in 2016, especially the genus Acinetobacter, these are known as
pathogenic agents that might cause pneumonia, bloodstream infection, and urinary tract
infections. Such findings may contribute to characterizing Moroccan the microbial river
inventories.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0362020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : GHAZAL Hassan Juge : ALLALI Imane Juge : HAMMANI Khalil Juge : CHAHBOUNE Rajae EXPLORING MICROBIAL DIVERSITY OF SEBOU’S RIVER USING A METAGENOMIC APPROACH [thèse] / Ikram GARBOUNI, Auteur . - 2020.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Sebou river Metagenomics Pollution Taxonomy profiling Biodiversity Microbiome La rivière de Sebou Métagénomique Profil taxonomique Biodiversité Microbiome Résumé : Sebou river is the second largest river in Morocco, starting from a source in the middle Atlas
at an altitude of 2800m, traversing 600Km, and draining 40,000Km 2 , and flows into the
Atlantic Ocean near the city of Kenitra . This study aims to explore the microbial
communities in the Sebou river and its variation between two seasons, Summer and Winter,
and during three consecutive years. This will help to determine the impact of pollution on
Sebou’s microbial communities, and defining any sources of pathogenic infection might
come from this river. In order to identify Operational Taxonomy Units (OTUs) from the 6
samples, the Metagenomics Micca package was used. Phyloseq bioinformatic tool has been
used to determine the alpha and beta diversities of the river samples, as well as the taxonomy
profile of each sample. Results showed that alpha diversity decreased from 2014 to 2016 in
both summer and winter. Indeed, Shanon Index for summer went from 9 (2014) to 8 (2015),
to 6.8 (2016)) while for winter, it went from 8 (2014) to 6.7 (2015), to 3 (2016). The alpha
diversity of summer’s communities was always higher than winter’s one. BOD5, COD, and
NO 3- increased from 2014 to 2016, indicating that the diversity most probably decreased due
to the high pollution levels in the river sampling areas. The taxonomic profiles of Sebou’s
river include 36 families and 58 Genera. Taxonomy profiles showed the dominance of the
Moraxellaceae family in 2016, especially the genus Acinetobacter, these are known as
pathogenic agents that might cause pneumonia, bloodstream infection, and urinary tract
infections. Such findings may contribute to characterizing Moroccan the microbial river
inventories.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0362020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : GHAZAL Hassan Juge : ALLALI Imane Juge : HAMMANI Khalil Juge : CHAHBOUNE Rajae Réservation
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Titre : IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE Type de document : thèse Auteurs : KARTTI SOUAD, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE [thèse] / KARTTI SOUAD, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa Réservation
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Titre : LES MICROBIOTES MAMMAIRE ET INTESTINAL ET LEURS RELATIONS AVEC LE CANCER DU SEIN Type de document : thèse Auteurs : KHOULTI Kawthar, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Français (fre) Mots-clés : سرطان الثدي الميكروبيوم الميكروبات الثديية الميكروبات المعوية الإستروجين breast cancer microbiome mammary microbiota gut microbiota estrogen cancer du sein microbiome microbiote mammaire microbiote intestinal oestrogènes Résumé : Le cancer du sein fait partie des principales priorités mondiales en termes de santé publique. Il reste le plus fréquent des cancers chez les femmes et est la première cause de décès chez ce sexe.
Le risque d’atteindre ce type de cancer dépend de plusieurs facteurs : la génétique, l’environnement et d’autres facteurs qui sont mal connus dont le microbiote. Actuellement, la caractérisation du microbiome est devenue possible grâce à la métagénomique qui permettait d’étudier l’ensemble de l’information génétique en utilisant les techniques de séquençage de haut débit.
Le risque de cancer du sein pourrait être lié à la composition du microbiote mammaire et / ou intestinal. Cette hypothèse est affermie par des recherches qui suggèrent que le microbiote des femmes atteintes d'un cancer du sein diffère de celui des femmes en bonne santé.
Dans cette étude nous discutons ces différentes recherches montrant la relation entre le microbiote (mammaire et intestinal), le cancer du sein et les mécanismes d’interaction du microbiote avec le cancer du sein. De plus nous discutons que l’obésité, le vieillissement, les antibiotiques et le niveau élevé d’oestrogènes peuvent altérer le microbiote et donc augmenter le risque du cancer du sein. Il faut noter également que le régime alimentaire et les probiotiques pourraient exercer d'importants effets anti-cancérigènes dans le cancer du sein.
Ces communautés microbiennes peuvent donc servir de biomarqueurs potentiels pour le pronostic, le diagnostic et conduire au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques pour le traitement du cancer du sein.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0512020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : KARTTI Souad Juge : ZARRIK Oumaima LES MICROBIOTES MAMMAIRE ET INTESTINAL ET LEURS RELATIONS AVEC LE CANCER DU SEIN [thèse] / KHOULTI Kawthar, Auteur . - 2020.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : سرطان الثدي الميكروبيوم الميكروبات الثديية الميكروبات المعوية الإستروجين breast cancer microbiome mammary microbiota gut microbiota estrogen cancer du sein microbiome microbiote mammaire microbiote intestinal oestrogènes Résumé : Le cancer du sein fait partie des principales priorités mondiales en termes de santé publique. Il reste le plus fréquent des cancers chez les femmes et est la première cause de décès chez ce sexe.
Le risque d’atteindre ce type de cancer dépend de plusieurs facteurs : la génétique, l’environnement et d’autres facteurs qui sont mal connus dont le microbiote. Actuellement, la caractérisation du microbiome est devenue possible grâce à la métagénomique qui permettait d’étudier l’ensemble de l’information génétique en utilisant les techniques de séquençage de haut débit.
Le risque de cancer du sein pourrait être lié à la composition du microbiote mammaire et / ou intestinal. Cette hypothèse est affermie par des recherches qui suggèrent que le microbiote des femmes atteintes d'un cancer du sein diffère de celui des femmes en bonne santé.
Dans cette étude nous discutons ces différentes recherches montrant la relation entre le microbiote (mammaire et intestinal), le cancer du sein et les mécanismes d’interaction du microbiote avec le cancer du sein. De plus nous discutons que l’obésité, le vieillissement, les antibiotiques et le niveau élevé d’oestrogènes peuvent altérer le microbiote et donc augmenter le risque du cancer du sein. Il faut noter également que le régime alimentaire et les probiotiques pourraient exercer d'importants effets anti-cancérigènes dans le cancer du sein.
Ces communautés microbiennes peuvent donc servir de biomarqueurs potentiels pour le pronostic, le diagnostic et conduire au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques pour le traitement du cancer du sein.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0512020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : KARTTI Souad Juge : ZARRIK Oumaima Réservation
Réserver ce document
Exemplaires
Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0512020 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Mémoires de Masters Disponible Documents numériques
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