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4 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'Métagénomique' 
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Titre : LA CULTUROMIQUE, UNE NOUVELLE METHODE D’ETUDE DU MICROBIOTE INTESTINAL Type de document : thèse Auteurs : HARKATI Salma, Auteur Année de publication : 2019 Langues : Français (fre) Mots-clés : Culturomique Dysbiose Métagénomique Microbiote intestinal Transplantation fécale Résumé : Le microbiote intestinal est l’ensemble des microorganismes - principalement des bactéries - qui colonisent notre tube digestif. Un être humain héberge 1014 bactéries dans son tractus digestif soit dix fois plus que de cellules eucaryotes. L’étude du microbiote intestinal est un domaine exploratoire de grande importance qui a dévoilé le rôle fondamental qu’il joue dans la physiologie intestinale mais aussi dans la santé humaine de façon plus générale.
Les humains peuvent être considérés comme des supra-organismes composés, d’une part, de leurs cellules humaines et, d’autre part, d’une grande diversité de micro-organismes qui colonisent tous les organes du corps en contact avec le compartiment extérieur. La perturbation de ce dialogue entre les bactéries et les cellules humaines constitue un facteur de risque, voire la cause de différentes maladies. La restauration de ce dialogue par la transplantation fécale ou la prise de probiotiques- prébiotiques et symbiotiques, constitue une nouvelle approche thérapeutique.
L’étude du microbiote intestinal a été rendue possible grâce à l’avènement des techniques de séquençage à haut débit des flores microbiennes normales et pathologiques, et par une approche basée sur l’utilisation de plus de 200 conditions de cultures différentes nécessitant l’identification de milliers de colonies par l’utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF : la culturomique.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0212019 Président : NAZIH.M Directeur : SEKHSOKH.Y Juge : TELLAL.S Juge : NEJJARI.R LA CULTUROMIQUE, UNE NOUVELLE METHODE D’ETUDE DU MICROBIOTE INTESTINAL [thèse] / HARKATI Salma, Auteur . - 2019.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Culturomique Dysbiose Métagénomique Microbiote intestinal Transplantation fécale Résumé : Le microbiote intestinal est l’ensemble des microorganismes - principalement des bactéries - qui colonisent notre tube digestif. Un être humain héberge 1014 bactéries dans son tractus digestif soit dix fois plus que de cellules eucaryotes. L’étude du microbiote intestinal est un domaine exploratoire de grande importance qui a dévoilé le rôle fondamental qu’il joue dans la physiologie intestinale mais aussi dans la santé humaine de façon plus générale.
Les humains peuvent être considérés comme des supra-organismes composés, d’une part, de leurs cellules humaines et, d’autre part, d’une grande diversité de micro-organismes qui colonisent tous les organes du corps en contact avec le compartiment extérieur. La perturbation de ce dialogue entre les bactéries et les cellules humaines constitue un facteur de risque, voire la cause de différentes maladies. La restauration de ce dialogue par la transplantation fécale ou la prise de probiotiques- prébiotiques et symbiotiques, constitue une nouvelle approche thérapeutique.
L’étude du microbiote intestinal a été rendue possible grâce à l’avènement des techniques de séquençage à haut débit des flores microbiennes normales et pathologiques, et par une approche basée sur l’utilisation de plus de 200 conditions de cultures différentes nécessitant l’identification de milliers de colonies par l’utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF : la culturomique.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0212019 Président : NAZIH.M Directeur : SEKHSOKH.Y Juge : TELLAL.S Juge : NEJJARI.R Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité P0212019 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2019 Disponible P0212019-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2019 Disponible Documents numériques
P0212019URL
Titre : EXPLORING MICROBIAL DIVERSITY OF SEBOU’S RIVER USING A METAGENOMIC APPROACH Type de document : thèse Auteurs : Ikram GARBOUNI, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Sebou river Metagenomics Pollution Taxonomy profiling Biodiversity Microbiome La rivière de Sebou Métagénomique Profil taxonomique Biodiversité Microbiome Résumé : Sebou river is the second largest river in Morocco, starting from a source in the middle Atlas
at an altitude of 2800m, traversing 600Km, and draining 40,000Km 2 , and flows into the
Atlantic Ocean near the city of Kenitra . This study aims to explore the microbial
communities in the Sebou river and its variation between two seasons, Summer and Winter,
and during three consecutive years. This will help to determine the impact of pollution on
Sebou’s microbial communities, and defining any sources of pathogenic infection might
come from this river. In order to identify Operational Taxonomy Units (OTUs) from the 6
samples, the Metagenomics Micca package was used. Phyloseq bioinformatic tool has been
used to determine the alpha and beta diversities of the river samples, as well as the taxonomy
profile of each sample. Results showed that alpha diversity decreased from 2014 to 2016 in
both summer and winter. Indeed, Shanon Index for summer went from 9 (2014) to 8 (2015),
to 6.8 (2016)) while for winter, it went from 8 (2014) to 6.7 (2015), to 3 (2016). The alpha
diversity of summer’s communities was always higher than winter’s one. BOD5, COD, and
NO 3- increased from 2014 to 2016, indicating that the diversity most probably decreased due
to the high pollution levels in the river sampling areas. The taxonomic profiles of Sebou’s
river include 36 families and 58 Genera. Taxonomy profiles showed the dominance of the
Moraxellaceae family in 2016, especially the genus Acinetobacter, these are known as
pathogenic agents that might cause pneumonia, bloodstream infection, and urinary tract
infections. Such findings may contribute to characterizing Moroccan the microbial river
inventories.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0362020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : GHAZAL Hassan Juge : ALLALI Imane Juge : HAMMANI Khalil Juge : CHAHBOUNE Rajae EXPLORING MICROBIAL DIVERSITY OF SEBOU’S RIVER USING A METAGENOMIC APPROACH [thèse] / Ikram GARBOUNI, Auteur . - 2020.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Sebou river Metagenomics Pollution Taxonomy profiling Biodiversity Microbiome La rivière de Sebou Métagénomique Profil taxonomique Biodiversité Microbiome Résumé : Sebou river is the second largest river in Morocco, starting from a source in the middle Atlas
at an altitude of 2800m, traversing 600Km, and draining 40,000Km 2 , and flows into the
Atlantic Ocean near the city of Kenitra . This study aims to explore the microbial
communities in the Sebou river and its variation between two seasons, Summer and Winter,
and during three consecutive years. This will help to determine the impact of pollution on
Sebou’s microbial communities, and defining any sources of pathogenic infection might
come from this river. In order to identify Operational Taxonomy Units (OTUs) from the 6
samples, the Metagenomics Micca package was used. Phyloseq bioinformatic tool has been
used to determine the alpha and beta diversities of the river samples, as well as the taxonomy
profile of each sample. Results showed that alpha diversity decreased from 2014 to 2016 in
both summer and winter. Indeed, Shanon Index for summer went from 9 (2014) to 8 (2015),
to 6.8 (2016)) while for winter, it went from 8 (2014) to 6.7 (2015), to 3 (2016). The alpha
diversity of summer’s communities was always higher than winter’s one. BOD5, COD, and
NO 3- increased from 2014 to 2016, indicating that the diversity most probably decreased due
to the high pollution levels in the river sampling areas. The taxonomic profiles of Sebou’s
river include 36 families and 58 Genera. Taxonomy profiles showed the dominance of the
Moraxellaceae family in 2016, especially the genus Acinetobacter, these are known as
pathogenic agents that might cause pneumonia, bloodstream infection, and urinary tract
infections. Such findings may contribute to characterizing Moroccan the microbial river
inventories.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0362020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : GHAZAL Hassan Juge : ALLALI Imane Juge : HAMMANI Khalil Juge : CHAHBOUNE Rajae Réservation
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Titre : GENOMIQUE ET METAGENOMQUE: IMPORTANCE ET APPLICATION DANS LES INFECTIONS BACTERIENNES Type de document : thèse Auteurs : TOUIJER GHIZLAN, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Français (fre) Mots-clés : Génomique Infection Métagénomique Résistance Séquençage Résumé :
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est une nouvelle méthode qui a pour but l’amélioration de la capacité du diagnostic, l’interrogation et le suivi des maladies infectieuses, il a développé l’analyse génomique par l’inauguration de nouveau moyen de détection des agents pathogènes, surtout que la plupart de ces agents contiennent des génomes d’ADN ou d’ARN.
D’une part, La métagénomique est une technique indépendante de la culture, basée sur les progrès récents dans le domaine des NGS, son avantage réside dans sa capacité à détecter directement le microbe pathogène responsable dans un échantillon humain clinique ainsi que de détecter de nouveaux agents pathogènes. Son efficacité était affirmée dans l’identification du COVID-19 par séquençage métagénomique viral dans les laboratoires de diagnostic sans avoir besoin d’amorces PCR spécifiques aux agents pathogènes.
D’une autre part, l’adaptation génomique et protéique des bactéries ont causé la résistance aux antibiotiques dont la surveillance représente une contribution essentielle pour la santé publique. Pourtant, la génomique était la source pour identifier exhaustivement et rapidement les facteurs de virulence et/ou les déterminants de la résistance aux antibiotiques d’une souche pathogène. Prochainement, il serait peut être possible de séquencer le génome de toute bactérie engendrant une infection sévère afin de faire des prises en charge personnalisées
Pour conclure, l’objectif de cette thèse est l’application du séquençage métagénomique de nouvelle génération au diagnostic clinique des maladies infectieuses, surtout l’infection par coronavirus, les infections bactériennes et la résistance aux antibiotiques.
"
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0452021 Président : ZOUHDI MIMOUN Directeur : SEKHSOKH YASSINE Juge : CHADLI MARIAMA Juge : GAOUZI AHMED GENOMIQUE ET METAGENOMQUE: IMPORTANCE ET APPLICATION DANS LES INFECTIONS BACTERIENNES [thèse] / TOUIJER GHIZLAN, Auteur . - 2021.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Génomique Infection Métagénomique Résistance Séquençage Résumé :
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est une nouvelle méthode qui a pour but l’amélioration de la capacité du diagnostic, l’interrogation et le suivi des maladies infectieuses, il a développé l’analyse génomique par l’inauguration de nouveau moyen de détection des agents pathogènes, surtout que la plupart de ces agents contiennent des génomes d’ADN ou d’ARN.
D’une part, La métagénomique est une technique indépendante de la culture, basée sur les progrès récents dans le domaine des NGS, son avantage réside dans sa capacité à détecter directement le microbe pathogène responsable dans un échantillon humain clinique ainsi que de détecter de nouveaux agents pathogènes. Son efficacité était affirmée dans l’identification du COVID-19 par séquençage métagénomique viral dans les laboratoires de diagnostic sans avoir besoin d’amorces PCR spécifiques aux agents pathogènes.
D’une autre part, l’adaptation génomique et protéique des bactéries ont causé la résistance aux antibiotiques dont la surveillance représente une contribution essentielle pour la santé publique. Pourtant, la génomique était la source pour identifier exhaustivement et rapidement les facteurs de virulence et/ou les déterminants de la résistance aux antibiotiques d’une souche pathogène. Prochainement, il serait peut être possible de séquencer le génome de toute bactérie engendrant une infection sévère afin de faire des prises en charge personnalisées
Pour conclure, l’objectif de cette thèse est l’application du séquençage métagénomique de nouvelle génération au diagnostic clinique des maladies infectieuses, surtout l’infection par coronavirus, les infections bactériennes et la résistance aux antibiotiques.
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Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0452021 Président : ZOUHDI MIMOUN Directeur : SEKHSOKH YASSINE Juge : CHADLI MARIAMA Juge : GAOUZI AHMED Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M0452021 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2021 Disponible M0452021-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2021 Disponible Documents numériques
M0452021URL
Titre : IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE Type de document : thèse Auteurs : KARTTI SOUAD, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE [thèse] / KARTTI SOUAD, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0122023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2023 Disponible
