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Titre : Apport du séquençage multiplex du liquide d'aspiration bronchique dans la prise en charge diagnostique des infections respiratoires chez l’enfant moins de 5 ans (à propos de 700 cas). Type de document : thèse Auteurs : AKANOU M’barek, Auteur Année de publication : 2018 Langues : Français (fre) Mots-clés : Infections Respiratoires Séquençage Multiplex Enfant Résumé : Les infections respiratoires aiguës basses sont considérées comme la majeure cause de consultation à l’Hôpital d’Enfants de Rabat durant les saisons froides. La majorité de ces infections sont d'origine virale et spontanément résolutive, mais l'infection virale est souvent difficile à distinguer de l'infection bactérienne.
L'application d'une réaction en chaîne par polymérase multiplexpour détecter les virus dans les sécrétions respiratoires est potentiellement bénéfique, car elle pourrait aider les médecins à éviter de donner des antibiotiques inutilement. Nous décrivons dans ce travail le séquençage multiplex (Test RespiFinder®), basé sur l'amplification de la sonde multiplex ligand-dépendante, ce test est capable de détecter 15 virus respiratoires en même temps et quatre bactéries atypiques dont la bactériologie classique est incapable d’identifier sur les milieux conventionnels.
Le test RespiFinder a été réalisé suréchantillonnage de 684 cas, D’après les résultats de cette étude, la majorité des agents incriminés était des virus à un taux de 93% avec une association allant de2, 3 à 4 virus en même temps. Rhinovirus se classe en premier rang (53%) suivi de Virus Syncytial (18%), Adenovirus (17%) et en dernier rang,Metapneumovirus (9%), en plus de Mycoplasmes (1.5%) et Bordetellapertussis (0.7%).
Le séquençage multiplex est une technologie qui combine la rapidité, la haute sensibilité avec un très fort débit ce qui permet une détection simultanée des pathogènes responsables de l’infection respiratoire, d’autre part cette technologie peut être utilisée aussi dans le dépistage des infections respiratoires virales asymptomatiques permettant de mieux gérer ce type d’infection et d’étudier leur pouvoir pathogène.
Numéro (Pour les thèses) : M0472018 Président de jury : ZOUHDI.M Directeur de Thèse (Ancien Rapporteur) : TLIGUI.H Juge : SEFFAR.M Juge : AIT OUAMAR.H Apport du séquençage multiplex du liquide d'aspiration bronchique dans la prise en charge diagnostique des infections respiratoires chez l’enfant moins de 5 ans (à propos de 700 cas). [thèse] / AKANOU M’barek, Auteur . - 2018.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Infections Respiratoires Séquençage Multiplex Enfant Résumé : Les infections respiratoires aiguës basses sont considérées comme la majeure cause de consultation à l’Hôpital d’Enfants de Rabat durant les saisons froides. La majorité de ces infections sont d'origine virale et spontanément résolutive, mais l'infection virale est souvent difficile à distinguer de l'infection bactérienne.
L'application d'une réaction en chaîne par polymérase multiplexpour détecter les virus dans les sécrétions respiratoires est potentiellement bénéfique, car elle pourrait aider les médecins à éviter de donner des antibiotiques inutilement. Nous décrivons dans ce travail le séquençage multiplex (Test RespiFinder®), basé sur l'amplification de la sonde multiplex ligand-dépendante, ce test est capable de détecter 15 virus respiratoires en même temps et quatre bactéries atypiques dont la bactériologie classique est incapable d’identifier sur les milieux conventionnels.
Le test RespiFinder a été réalisé suréchantillonnage de 684 cas, D’après les résultats de cette étude, la majorité des agents incriminés était des virus à un taux de 93% avec une association allant de2, 3 à 4 virus en même temps. Rhinovirus se classe en premier rang (53%) suivi de Virus Syncytial (18%), Adenovirus (17%) et en dernier rang,Metapneumovirus (9%), en plus de Mycoplasmes (1.5%) et Bordetellapertussis (0.7%).
Le séquençage multiplex est une technologie qui combine la rapidité, la haute sensibilité avec un très fort débit ce qui permet une détection simultanée des pathogènes responsables de l’infection respiratoire, d’autre part cette technologie peut être utilisée aussi dans le dépistage des infections respiratoires virales asymptomatiques permettant de mieux gérer ce type d’infection et d’étudier leur pouvoir pathogène.
Numéro (Pour les thèses) : M0472018 Président de jury : ZOUHDI.M Directeur de Thèse (Ancien Rapporteur) : TLIGUI.H Juge : SEFFAR.M Juge : AIT OUAMAR.H Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M0472018-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses ThèsesMéd2018 Disponible M0472018 WA Thèse imprimé Unité des Thèses ThèsesMéd2018 Disponible
Titre : Etude épidemio-moléculaire des virus émergents (influenza virus A(H1N1)pdm09 et West Nile Virus) dans la population marocaine (2009-2012) Type de document : thèse Auteurs : Hicham EL RHAFFOULI, Auteur Année de publication : 2015 Langues : Français (fre) Mots-clés : Virus influenza A(H1N1)pdm09, West Nile virus inhibition de l’hémagglutination séroneutralisation RT-PCR séquençage phylogénie Maroc. Résumé : Dans cette étude, nous nous sommes proposés d’étudier les caractéristiques épidémiomoléculaire
de deux virus émergents au Maroc, le virus influenza A(H1N1)pdm09 et le West
Nile virus (WNV).
Concernant la première partie de notre travail, nous avons commencé par l’étude des
caractéristiques épidémio-cliniques de l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 chez les
patients consultants à l’Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V de Rabat. Cette étude a
été complétée par une enquête sérologique dans les régions de Rabat et de Meknès par
inhibition de l’hémagglutination (IHA) ainsi que le séquençage de la partie HA1 du gène de
l’hémagglutinine d’une sélection représentative de souches marocaines. Les données du
séquençage ont également été utilisées pour réaliser l’analyse phylogénétique. Les résultats
obtenus ont montré que l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 a concerné principalement
des jeunes patients âgés de moins de 40 ans avec 76% des cas. Les signes cliniques de
l’infection étaient comparables à ceux de la grippe saisonnière avec une prédominance de la
toux (83%) et de la fièvre (81%). L’étude sérologique a démontré que La prévalence globale
des anticorps inhibant l’hémagglutination au niveau de la région de Rabat (67 %) est
significativement plus élevée que celle de Meknès (53 %). Les sujets âgés de moins de 25 ans
issus de la région de Rabat présentaient le taux d’infection le plus élevé avec un Odds Ratio
de 2,45. Le taux de vaccination anti-A(H1N1)pdm09 dans la région de Rabat est de 7 %.La
comparaison des séquences des souches a démontré que les virus qui ont circulé entre 2009 et
2011 présentent une grande homologie avec la souche vaccinale
A/California/07/2009(H1N1). L’analyse phylogénétique a révélé la co-circulation de 3
groupes génétiques bien identifiés avec des proportions de 64%, 32% et 4% pour les groupes
A/England/676/2010(H1N1), A/Astrakhan/1/2011(H1N1) et A/Christchurch/16/2010(H1N1)
respectivement.
Concernant la deuxième partie de notre travail, nous avons réalisé des enquêtes sérologiques
pour la recherche des anticorps anti-WNV par séroneutralisation chez la population humaine
au niveau de 4 régions du Maroc. Ces études ont été complétées par la mise au point de
techniques de diagnostic moléculaire par RT-PCR conventionnelle et en temps réel. Les
résultats obtenus ont confirmé la circulation du WNV chez la population marocaine avec des
prévalences variables en fonction des régions. Ainsi les prévalences les plus élevées ont été
détectées au niveau des régions de Kénitra et de Rabat avec des taux de 18,8% et de 12%
respectivement. Par contre, cette prévalence n’est que de 4,7% au niveau de l’intérieur du
pays (région de Meknès) et de 5,2% au niveau des provinces du Sud (région de Dakhla). Par
ailleurs, Les protocoles de RT-PCR développés au niveau du Laboratoire de Recherche et de
Biosécurité P3, permettent la détection des souches marocaines à partir de plusieurs types de
prélèvements et offre une bonne alternative au techniques commerciales en terme de
disponibilité, d’économie et praticité.Numéro (Pour les thèses) : D0082014 Président de jury : LOUZI.L Directeur de Thèse (Ancien Rapporteur) : LAHLOU AMINE.I Juge : FASSI FIHRI.O Juge : SEKHSOKH.Y Juge : RABHI.M Etude épidemio-moléculaire des virus émergents (influenza virus A(H1N1)pdm09 et West Nile Virus) dans la population marocaine (2009-2012) [thèse] / Hicham EL RHAFFOULI, Auteur . - 2015.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Virus influenza A(H1N1)pdm09, West Nile virus inhibition de l’hémagglutination séroneutralisation RT-PCR séquençage phylogénie Maroc. Résumé : Dans cette étude, nous nous sommes proposés d’étudier les caractéristiques épidémiomoléculaire
de deux virus émergents au Maroc, le virus influenza A(H1N1)pdm09 et le West
Nile virus (WNV).
Concernant la première partie de notre travail, nous avons commencé par l’étude des
caractéristiques épidémio-cliniques de l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 chez les
patients consultants à l’Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V de Rabat. Cette étude a
été complétée par une enquête sérologique dans les régions de Rabat et de Meknès par
inhibition de l’hémagglutination (IHA) ainsi que le séquençage de la partie HA1 du gène de
l’hémagglutinine d’une sélection représentative de souches marocaines. Les données du
séquençage ont également été utilisées pour réaliser l’analyse phylogénétique. Les résultats
obtenus ont montré que l’infection à virus influenza A(H1N1)pdm09 a concerné principalement
des jeunes patients âgés de moins de 40 ans avec 76% des cas. Les signes cliniques de
l’infection étaient comparables à ceux de la grippe saisonnière avec une prédominance de la
toux (83%) et de la fièvre (81%). L’étude sérologique a démontré que La prévalence globale
des anticorps inhibant l’hémagglutination au niveau de la région de Rabat (67 %) est
significativement plus élevée que celle de Meknès (53 %). Les sujets âgés de moins de 25 ans
issus de la région de Rabat présentaient le taux d’infection le plus élevé avec un Odds Ratio
de 2,45. Le taux de vaccination anti-A(H1N1)pdm09 dans la région de Rabat est de 7 %.La
comparaison des séquences des souches a démontré que les virus qui ont circulé entre 2009 et
2011 présentent une grande homologie avec la souche vaccinale
A/California/07/2009(H1N1). L’analyse phylogénétique a révélé la co-circulation de 3
groupes génétiques bien identifiés avec des proportions de 64%, 32% et 4% pour les groupes
A/England/676/2010(H1N1), A/Astrakhan/1/2011(H1N1) et A/Christchurch/16/2010(H1N1)
respectivement.
Concernant la deuxième partie de notre travail, nous avons réalisé des enquêtes sérologiques
pour la recherche des anticorps anti-WNV par séroneutralisation chez la population humaine
au niveau de 4 régions du Maroc. Ces études ont été complétées par la mise au point de
techniques de diagnostic moléculaire par RT-PCR conventionnelle et en temps réel. Les
résultats obtenus ont confirmé la circulation du WNV chez la population marocaine avec des
prévalences variables en fonction des régions. Ainsi les prévalences les plus élevées ont été
détectées au niveau des régions de Kénitra et de Rabat avec des taux de 18,8% et de 12%
respectivement. Par contre, cette prévalence n’est que de 4,7% au niveau de l’intérieur du
pays (région de Meknès) et de 5,2% au niveau des provinces du Sud (région de Dakhla). Par
ailleurs, Les protocoles de RT-PCR développés au niveau du Laboratoire de Recherche et de
Biosécurité P3, permettent la détection des souches marocaines à partir de plusieurs types de
prélèvements et offre une bonne alternative au techniques commerciales en terme de
disponibilité, d’économie et praticité.Numéro (Pour les thèses) : D0082014 Président de jury : LOUZI.L Directeur de Thèse (Ancien Rapporteur) : LAHLOU AMINE.I Juge : FASSI FIHRI.O Juge : SEKHSOKH.Y Juge : RABHI.M Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0082014 WA Thèse imprimé Unité des Thèses Doctorat SVS 2015 Disponible D0082014-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses Doctorat SVS 2015 Disponible 
Titre : La médecine personnalisée: du séquençage de nouvelle génération à l’édition du génome. Type de document : thèse Auteurs : BOUAZIZI Abdelhakim, Auteur Année de publication : 2018 Langues : Français (fre) Mots-clés : La médecine personnalisée génome séquençage édition CRISPR-Cas9 Résumé : La médecine personnalisée constitue une approche de la maladie et du soin centrée sur le patient, en fonction de ses caractéristiques biologiques, génétiques et épigénétiques individuelles. Elle concerne tous les stades de l’acte médical, du diagnostic moléculaire à l’aide de biomarqueurs, aux modalités thérapeutiques ciblées.
Le séquençage de l’ADN constitue une méthode dont le but est de déterminer la succession linéaire des nucléotides. L'émergence de technologies de séquençage de nouvelle génération « NGS» a permis de séquencer avec des débits qui évoluent encore aujourd'hui de façon phénoménale. NGS permet un séquençage très efficace, rapide et peu coûteux de l'ADN ou de l'ARN. L’utilisation des technologies NGS pour le diagnostic, le pronostic, et le traitement des maladies est aujourd’hui considérée comme un développement prometteur. NGS rend possible l’identification précoce des facteurs qui permet de prédire à l’avance la présence d’une maladie et ainsi d’orienter et de personnaliser le suivi thérapeutique des patients.
L’une des applications thérapeutiques de la médecine personnalisée concerne l’édition du génome, par laquelle la séquence nucléotidique est précisément modifiée à l’aide des différents outils TALEN, ZFN et CRISPR-Cas9. Ce dernier est aujourd'hui considéré comme l'outil le plus simple, le plus précis et le moins coûteux, entraînant une popularité sans précédent pour ce domaine. Ses applications sont multiples et de nombreuses preuves de concepts ont été développées. Chacune des applications correspond à un contexte scientifique mais aussi médical. Ces contextes nous permettent de comprendre l'importance, les espoirs mais aussi les risques et les limites de ces applications. Un débat éthique autour des CRISPR se cristallise principalement sur la modification d’embryons humains et la transmission à la descendance.
Numéro (Pour les thèses) : P1002018 Président de jury : EL JAOUDI.R Directeur de Thèse (Ancien Rapporteur) : IBRAHIMI.A Juge : EL HAFIDI.N Juge : HASSANI.A La médecine personnalisée: du séquençage de nouvelle génération à l’édition du génome. [thèse] / BOUAZIZI Abdelhakim, Auteur . - 2018.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : La médecine personnalisée génome séquençage édition CRISPR-Cas9 Résumé : La médecine personnalisée constitue une approche de la maladie et du soin centrée sur le patient, en fonction de ses caractéristiques biologiques, génétiques et épigénétiques individuelles. Elle concerne tous les stades de l’acte médical, du diagnostic moléculaire à l’aide de biomarqueurs, aux modalités thérapeutiques ciblées.
Le séquençage de l’ADN constitue une méthode dont le but est de déterminer la succession linéaire des nucléotides. L'émergence de technologies de séquençage de nouvelle génération « NGS» a permis de séquencer avec des débits qui évoluent encore aujourd'hui de façon phénoménale. NGS permet un séquençage très efficace, rapide et peu coûteux de l'ADN ou de l'ARN. L’utilisation des technologies NGS pour le diagnostic, le pronostic, et le traitement des maladies est aujourd’hui considérée comme un développement prometteur. NGS rend possible l’identification précoce des facteurs qui permet de prédire à l’avance la présence d’une maladie et ainsi d’orienter et de personnaliser le suivi thérapeutique des patients.
L’une des applications thérapeutiques de la médecine personnalisée concerne l’édition du génome, par laquelle la séquence nucléotidique est précisément modifiée à l’aide des différents outils TALEN, ZFN et CRISPR-Cas9. Ce dernier est aujourd'hui considéré comme l'outil le plus simple, le plus précis et le moins coûteux, entraînant une popularité sans précédent pour ce domaine. Ses applications sont multiples et de nombreuses preuves de concepts ont été développées. Chacune des applications correspond à un contexte scientifique mais aussi médical. Ces contextes nous permettent de comprendre l'importance, les espoirs mais aussi les risques et les limites de ces applications. Un débat éthique autour des CRISPR se cristallise principalement sur la modification d’embryons humains et la transmission à la descendance.
Numéro (Pour les thèses) : P1002018 Président de jury : EL JAOUDI.R Directeur de Thèse (Ancien Rapporteur) : IBRAHIMI.A Juge : EL HAFIDI.N Juge : HASSANI.A Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité P1002018 WA Thèse imprimé Unité des Thèses ThèsesPharm2018 Disponible P1002018-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses ThèsesPharm2018 Disponible Documents numériques
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Titre : Séquençage de l’ADN : Principe,indications et applications Type de document : thèse Auteurs : AGHROUCH Nada, Auteur Année de publication : 2018 Langues : Français (fre) Mots-clés : Séquençage application nouvelle génération ADN Résumé : Le séquençage de l’ADN est la détermination de la succession des nucléotides. C’est aujourd'hui une technique de routine pour les laboratoires de biologie. Cette technique utilise les connaissances qui ont été acquises depuis une trentaine d'années sur les mécanismes de la réplication de l'ADN.
Le séquençage nouvelle génération (NGS)ou à haut débit, est un terme commun utilisé pour décrire différentes technologies de séquençage moderne comme :
• Illumina®
• Roche 454
• Ion torrent:
• SOLiD
Ces technologies récentes permettent de séquencer l'ADN et l'ARN beaucoup plus rapidement que les méthodes précédentes comme le séquençage de Sanger, et comme tels ont révolutionné l'étude de la génomique et de la biologie moléculaire.
Les technologies NGS présentent trois étapes communes :
• La préparation de banques : les banques sont créées en utilisant une fragmentation aléatoire de l'ADN suivie de la liaison avec des petites séquences spécifiques
• L'amplification : la banque est amplifiée grâce à des méthodes d'amplification clonale et de PCR
• Le séquençage : l'ADN est séquencé en utilisant différentes approches en fonction de la technologie utilisée
La technologie NGS la plus utilisée est la technologie Illumina®. Cette technologie utilise l'amplification clonale et la séquençage par synthèse (SBS). Le processus permet d'identifier simultanément les bases d'ADN lorsqu'elles sont incorporées dans la chaîne d'acide nucléique. Chaque base émet un signal de fluorescence unique lorsqu'elle est ajoutée au brin en cours de synthèse, ceci est utilisé pour déterminer la séquence d'ADN.
La technologie NGS peut être utilisée pour séquencer l'ADN de n'importe quel organisme,fournissant des informations précieuses en réponse à presque n'importe quelle question biologique. En tant que technologie hautement évolutive, le séquençage de l'ADN peut être appliqué à de petites régions ciblées ou à l'ensemble du génome.
Numéro (Pour les thèses) : P1342018 Président de jury : ZOUHDI.M Directeur de Thèse (Ancien Rapporteur) : SEKHSOKH.Y Juge : GAOUZI.A Juge : EL HAMZAOUI.S Séquençage de l’ADN : Principe,indications et applications [thèse] / AGHROUCH Nada, Auteur . - 2018.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Séquençage application nouvelle génération ADN Résumé : Le séquençage de l’ADN est la détermination de la succession des nucléotides. C’est aujourd'hui une technique de routine pour les laboratoires de biologie. Cette technique utilise les connaissances qui ont été acquises depuis une trentaine d'années sur les mécanismes de la réplication de l'ADN.
Le séquençage nouvelle génération (NGS)ou à haut débit, est un terme commun utilisé pour décrire différentes technologies de séquençage moderne comme :
• Illumina®
• Roche 454
• Ion torrent:
• SOLiD
Ces technologies récentes permettent de séquencer l'ADN et l'ARN beaucoup plus rapidement que les méthodes précédentes comme le séquençage de Sanger, et comme tels ont révolutionné l'étude de la génomique et de la biologie moléculaire.
Les technologies NGS présentent trois étapes communes :
• La préparation de banques : les banques sont créées en utilisant une fragmentation aléatoire de l'ADN suivie de la liaison avec des petites séquences spécifiques
• L'amplification : la banque est amplifiée grâce à des méthodes d'amplification clonale et de PCR
• Le séquençage : l'ADN est séquencé en utilisant différentes approches en fonction de la technologie utilisée
La technologie NGS la plus utilisée est la technologie Illumina®. Cette technologie utilise l'amplification clonale et la séquençage par synthèse (SBS). Le processus permet d'identifier simultanément les bases d'ADN lorsqu'elles sont incorporées dans la chaîne d'acide nucléique. Chaque base émet un signal de fluorescence unique lorsqu'elle est ajoutée au brin en cours de synthèse, ceci est utilisé pour déterminer la séquence d'ADN.
La technologie NGS peut être utilisée pour séquencer l'ADN de n'importe quel organisme,fournissant des informations précieuses en réponse à presque n'importe quelle question biologique. En tant que technologie hautement évolutive, le séquençage de l'ADN peut être appliqué à de petites régions ciblées ou à l'ensemble du génome.
Numéro (Pour les thèses) : P1342018 Président de jury : ZOUHDI.M Directeur de Thèse (Ancien Rapporteur) : SEKHSOKH.Y Juge : GAOUZI.A Juge : EL HAMZAOUI.S Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité P1342018 WA Thèse imprimé Unité des Thèses ThèsesPharm2018 Disponible P1342018-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses ThèsesPharm2018 Disponible Documents numériques
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