Accueil
A partir de cette page vous pouvez :
| Retourner au premier écran avec les dernières notices... |
Résultat de la recherche
6 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'Mutations' 
Affiner la recherche Faire une suggestionCARACTERISATION GENOMIQUE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 CIRCULANT AU MAROC / KHAYI RAJAE
Titre : CARACTERISATION GENOMIQUE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 CIRCULANT AU MAROC Type de document : thèse Auteurs : KHAYI RAJAE, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-CoV-2 Maroc Diversité génétique analyse phylogénique mutations SNP SARS-CoV-2 Morocco Genetic diversity phylogenic analysis mutations SNP سارس كوف 2 المغرب التنوع الوراثي الطفرات Résumé : La pandémie de COVID19 causée par le virus SARS-CoV-2 a gravement touché la plupart des
pays du monde y compris le Maroc. Dans ce travail de recherche, nous avons effectué une
analyse de génomique comparative des séquences du génome entier de 65 souches de SARSCoV-2 isolées au Maroc et 333 isolats de 20 autres pays pour prédire les voies de transmission
possibles de COVID19 au Maroc et voire les variations génétiques les plus fréquentes.
L'analyse phylogénétique a indiqué que les 65 séquences du Maroc appartenaient à trois clades
de GISAID : GRA, GK et O avec une forte dominance du clade GRA qui correspond au variant
Omicron.
La comparaison génomique des isolats avec la souche de référence a montré que la variabilité
génétique globale entre deux souches de Sars-Cov-2 est comprise entre 2 variants et 75 variants.
De plus, une moyenne de 53 mutations par souche été identifiée dans les séquences du SARSCoV-2 marocain, dont 50 % étaient non synonymes (faux-sens) et présents dans sept gènes (S,
M, N, E, ORF1ab, ORF3a, ORF6, ORF7b) à fréquences variables. D’autre part le changement
de nucléotide C>T était le plus répandu et la mutation la plus fréquente dans la région non
codante était 241C>T.
Cette étude fournit un aperçu global sur la diversité des isolats marocains du SARS-CoV-2 et
montre l’importance des outils génomique pour contrôler la dissémination des variants du
SARS-CoV-2 et la veille génomique.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0362022 Président : KANDOUSSI Ilham Directeur : MOUMNI Mohieddine Juge : KARTTI Souad CARACTERISATION GENOMIQUE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 CIRCULANT AU MAROC [thèse] / KHAYI RAJAE, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : SARS-CoV-2 Maroc Diversité génétique analyse phylogénique mutations SNP SARS-CoV-2 Morocco Genetic diversity phylogenic analysis mutations SNP سارس كوف 2 المغرب التنوع الوراثي الطفرات Résumé : La pandémie de COVID19 causée par le virus SARS-CoV-2 a gravement touché la plupart des
pays du monde y compris le Maroc. Dans ce travail de recherche, nous avons effectué une
analyse de génomique comparative des séquences du génome entier de 65 souches de SARSCoV-2 isolées au Maroc et 333 isolats de 20 autres pays pour prédire les voies de transmission
possibles de COVID19 au Maroc et voire les variations génétiques les plus fréquentes.
L'analyse phylogénétique a indiqué que les 65 séquences du Maroc appartenaient à trois clades
de GISAID : GRA, GK et O avec une forte dominance du clade GRA qui correspond au variant
Omicron.
La comparaison génomique des isolats avec la souche de référence a montré que la variabilité
génétique globale entre deux souches de Sars-Cov-2 est comprise entre 2 variants et 75 variants.
De plus, une moyenne de 53 mutations par souche été identifiée dans les séquences du SARSCoV-2 marocain, dont 50 % étaient non synonymes (faux-sens) et présents dans sept gènes (S,
M, N, E, ORF1ab, ORF3a, ORF6, ORF7b) à fréquences variables. D’autre part le changement
de nucléotide C>T était le plus répandu et la mutation la plus fréquente dans la région non
codante était 241C>T.
Cette étude fournit un aperçu global sur la diversité des isolats marocains du SARS-CoV-2 et
montre l’importance des outils génomique pour contrôler la dissémination des variants du
SARS-CoV-2 et la veille génomique.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0362022 Président : KANDOUSSI Ilham Directeur : MOUMNI Mohieddine Juge : KARTTI Souad Réservation
Réserver ce document
Exemplaires
Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0362022 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Mémoires de Masters Disponible Documents numériques
MM0362022URL
Titre : Détection des altérations génétiques par PCR/Séquençage du gène suppresseur de tumeur BRCA2 dans des cas de cancer du sein masculin et féminin au Maroc Type de document : thèse Auteurs : Rahali Kanza, Auteur Année de publication : 2014 Langues : Français (fre) Mots-clés : Cancer du sein Mutations PCR/séquençage BRCA2. Résumé : Dans le cadre de ma thèse, j’ai intégré un projet fédérateur, dont l’intérêt principal est la détection de mutations des gènes suppresseurs de tumeur P53, BRCA1, BRCA2, et la détection d’amplification de l’oncogène Her2/neu. Le but étant de comparer le génotypage par PCR, séquençage partiel et séquençage intégral avec le génotypage rapide par PCR en temps réel. Ce, afin d’initier le diagnostique moléculaire du cancer.
Nous avons préparé une banque de sang à partir de 200 patientes et patients, atteints de cancer du sein, dont 44 contrôles négatifs, préparé une banque d’ADN à l’aide du PureLink Genomic DNA Kits (Invitrogen®), et procédé, après analyse des séquences et conception d’amorces, à l’amplification par PCR à l’aide de l’appareil Veriti® Applied Biosystems et au séquençage des marqueurs génétiques à l’aide de l’appareil ABI 3130 genetic analyzer.
Nous avons également développé une application informatique nommée MCDB à l’aide du logiciel Visual Basic afin d’exploiter les informations de cette banque de données constituée de consentements éclairés et d’informations cliniques.
Les premières séquences obtenues concernant les exons 19-20 de BRCA2 constituent les résultats de ma thèse. L’analyse des régions exoniques et introniques séquencées, a été effectuée en utilisant les logiciels Sequence Scanner (Applied Biosystems) et CLC Sequence Viewer (Qiagen). Cette analyse a montré la présence de mutations au niveau intronique et exonique qui constituent des variantes d’épissage alternatif de la région 19-20 de BRCA2.
L’analyse comparative complète des différents marqueurs et de tous les échantillons donnera en perspective la confirmation de l’implication de ces mutations dans le déclenchement et/ou l’agressivité du cancer du sein des échantillons étudiés.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0112014 Président : CHABRAOUI.L Directeur : ALAMI-OUAHABI.N Juge : AL IBRAHIMI.A Juge : CHOKAIRI.O Détection des altérations génétiques par PCR/Séquençage du gène suppresseur de tumeur BRCA2 dans des cas de cancer du sein masculin et féminin au Maroc [thèse] / Rahali Kanza, Auteur . - 2014.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Cancer du sein Mutations PCR/séquençage BRCA2. Résumé : Dans le cadre de ma thèse, j’ai intégré un projet fédérateur, dont l’intérêt principal est la détection de mutations des gènes suppresseurs de tumeur P53, BRCA1, BRCA2, et la détection d’amplification de l’oncogène Her2/neu. Le but étant de comparer le génotypage par PCR, séquençage partiel et séquençage intégral avec le génotypage rapide par PCR en temps réel. Ce, afin d’initier le diagnostique moléculaire du cancer.
Nous avons préparé une banque de sang à partir de 200 patientes et patients, atteints de cancer du sein, dont 44 contrôles négatifs, préparé une banque d’ADN à l’aide du PureLink Genomic DNA Kits (Invitrogen®), et procédé, après analyse des séquences et conception d’amorces, à l’amplification par PCR à l’aide de l’appareil Veriti® Applied Biosystems et au séquençage des marqueurs génétiques à l’aide de l’appareil ABI 3130 genetic analyzer.
Nous avons également développé une application informatique nommée MCDB à l’aide du logiciel Visual Basic afin d’exploiter les informations de cette banque de données constituée de consentements éclairés et d’informations cliniques.
Les premières séquences obtenues concernant les exons 19-20 de BRCA2 constituent les résultats de ma thèse. L’analyse des régions exoniques et introniques séquencées, a été effectuée en utilisant les logiciels Sequence Scanner (Applied Biosystems) et CLC Sequence Viewer (Qiagen). Cette analyse a montré la présence de mutations au niveau intronique et exonique qui constituent des variantes d’épissage alternatif de la région 19-20 de BRCA2.
L’analyse comparative complète des différents marqueurs et de tous les échantillons donnera en perspective la confirmation de l’implication de ces mutations dans le déclenchement et/ou l’agressivité du cancer du sein des échantillons étudiés.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0112014 Président : CHABRAOUI.L Directeur : ALAMI-OUAHABI.N Juge : AL IBRAHIMI.A Juge : CHOKAIRI.O Réservation
Réserver ce document
Exemplaires
Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité P0112014 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2014 Disponible P0112014-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2014 Disponible
Titre : DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC Type de document : thèse Année de publication : 2020 Langues : Français (fre) Mots-clés : séquençage SARS-CoV2 mutations D614G sequencing SARS-CoV2 mutations D614G Résumé : La pandémie de COVID-19 causée par l'agent pathogène : le SRAS-CoV-2, a entraîné des millions d'infections et de décès dans le monde, le Maroc n’en était pas épargné. Le virus est-il le même que celui originaire de Wuhan ou y a-t-il des variations ?
Trente et deux échantillons d’ARN provenant des patients au Maroc ont été recueillis, convertis en ADNc puis séquencés à l’aide de l’Ion GeneStudio S5. La séquence a ensuite été aligné avec la séquence de référence de Wuhan. Quatre échantillons parmi les trente et deux ont été pris du lot pour étudier de près les variations. Ils comportent quatre et vingt mutations, situées sur les gènes ORF1ab, ORF3a, ORF8, ORF10 et les gènes des protéines structurales S, M et N. Deux types de mutations ont été observés, il s’agit du SNP (Single Nucleotide polymorphism) et du MNP (Multiple Nucleotide Polymorphism. Ces mutations peuvent être silencieuse, mutation faux sens et mutation touchant l’extrémité 5’ et 3’ du génome. L’effet de ces mutations peuvent être classé en trois niveaux : modéré, faible et modificateur . Nos échantillons présentent la mutation D614G, détectée à la position 23 403 (A›G), remplaçant l’acide aspartique par la glycine .Trois autres mutations : une mutation C en T en 5 ’UTR (position 241 par rapport à la séquence de référence de Wuhan), une mutation silencieuse C ›T en position 3 037 ;et une mutation de C›T en position 14 408 entraînant un changement d'acide aminé dans l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp P323L) ont également été observées. La souche de SARS-CoV-2 isolé au Maroc est différente de la souche référence de Wuhan. La présence du D614G suggère que la souche est probablement d'origine européenne, le D614G étant la forme la plus répandue en Europe.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0422020 Président : Azeddine Ibrahimi Directeur : Mouna Ouadghiri Juge : AANNIZ TARIK DETECTION DES VARIATIONS AU NIVEAU DU SARS-COV-2 ISOLE DES PATIENTS AU MAROC [thèse] . - 2020.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : séquençage SARS-CoV2 mutations D614G sequencing SARS-CoV2 mutations D614G Résumé : La pandémie de COVID-19 causée par l'agent pathogène : le SRAS-CoV-2, a entraîné des millions d'infections et de décès dans le monde, le Maroc n’en était pas épargné. Le virus est-il le même que celui originaire de Wuhan ou y a-t-il des variations ?
Trente et deux échantillons d’ARN provenant des patients au Maroc ont été recueillis, convertis en ADNc puis séquencés à l’aide de l’Ion GeneStudio S5. La séquence a ensuite été aligné avec la séquence de référence de Wuhan. Quatre échantillons parmi les trente et deux ont été pris du lot pour étudier de près les variations. Ils comportent quatre et vingt mutations, situées sur les gènes ORF1ab, ORF3a, ORF8, ORF10 et les gènes des protéines structurales S, M et N. Deux types de mutations ont été observés, il s’agit du SNP (Single Nucleotide polymorphism) et du MNP (Multiple Nucleotide Polymorphism. Ces mutations peuvent être silencieuse, mutation faux sens et mutation touchant l’extrémité 5’ et 3’ du génome. L’effet de ces mutations peuvent être classé en trois niveaux : modéré, faible et modificateur . Nos échantillons présentent la mutation D614G, détectée à la position 23 403 (A›G), remplaçant l’acide aspartique par la glycine .Trois autres mutations : une mutation C en T en 5 ’UTR (position 241 par rapport à la séquence de référence de Wuhan), une mutation silencieuse C ›T en position 3 037 ;et une mutation de C›T en position 14 408 entraînant un changement d'acide aminé dans l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp P323L) ont également été observées. La souche de SARS-CoV-2 isolé au Maroc est différente de la souche référence de Wuhan. La présence du D614G suggère que la souche est probablement d'origine européenne, le D614G étant la forme la plus répandue en Europe.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0422020 Président : Azeddine Ibrahimi Directeur : Mouna Ouadghiri Juge : AANNIZ TARIK Réservation
Réserver ce document
Exemplaires
Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0422020 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Mémoires de Masters Disponible Documents numériques
MM0422020URL
Titre : DIAGNOSTIC MOLÉCULAIRE DES CHONDRODYSPLASIES NON LÉTALES LIÉES AUX MUTATIONS DU GÈNE FGFR3: À PROPOS D'UNE SÉRIE DE 32 CAS Type de document : thèse Auteurs : EL KHATIB Mouna, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Achondroplasie Hypochondroplasie FGFR3 Mutations Diagnostic moléculaire Achondroplasia Hypochondroplasia FGFR3 mutations molecular
diagnosis الطفرات، التشخی ص الجزیئي الودانة نق ص التنسج الغضروفيRésumé : Les chondrodysplasies non létales associées aux mutations du gèneFGFR3 comprennent
l’achondroplasie(ACH), l’hypochondroplasie(HCH), et l’achondroplasie sévère avec retard de
développement et acanthosis nigricans(SADDAN). Elles résultent de mutations différentes
réparties au niveau de ce gène. L’étude moléculaire est importante pour la confirmation du
diagnostic et le conseil génétique.
Nous rapportons dans cette étude rétrospective, sur une période de 10 ans et demi, 32cas de
chondrodysplasies appartenant à 29familles, dont 31atteints d’ACH et 1d’HCH suivis au Département
de Génétique Médicale(DGM) de l’Institut National d’Hygiène(INH), dans le but d’analyser leurs
données épidémiologiques, cliniques, radiologiques, et moléculaires. Il s’agit de 22garçons et 10filles
âgés en moyenne de 5ans, dont 27cas sporadiques et 5cas familiaux. L’âge paternel élevé étant un
facteur de risque des mutations du FGFR3, sa moyenne était de 41,08ans dans notre étude.
Cliniquement, les patients présentaient tous un retard statural allant de -3DSà-5DS. Les autres
manifestations cliniques les plus fréquentes étaient la dysmorphie faciale, la macrocranie et la
rhizomélie. L’intelligence était normale chez tous les patients sauf un. Les patients ayant bénéficié
d’explorations radiographiques avaient tous des résultats compatibles avec le diagnostic d’ACH ou
d’HCH selon les cas. L’analyse moléculaire par PCR suivie d’un séquençage Sanger a révélé la
présence des mutations récurrentes suivantes:c.1138G>A(p.Gly380Arg) chez 29patients appartenant à
26familles et c.1138G>C(p.Gly380Arg) chez 2patients non apparentés pour l’ACH, et la mutation
c.1620C>A(p.Asn540Lys) chez le patient atteint d’HCH. Tous ces patients et leurs familles ont
bénéficié d’un conseil génétique lors de la consultation de génétique du DGM à l’INH.
L’étude génétique est d’une importance majeure pour conforter le diagnostic suspecté,
prédire le pronostic et fournir un conseil génétique approprié. Le diagnostic prénatal semble
pertinent surtout pour le dépistage des formes homozygotes létales d’ACH.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M1172023 Président : Ahmed GAOUZI Directeur : Ilham RATBI Juge : Nazik ALLALI Juge : Amal THIMOU IZGUA Juge : Zouhair EL ALAMI DIAGNOSTIC MOLÉCULAIRE DES CHONDRODYSPLASIES NON LÉTALES LIÉES AUX MUTATIONS DU GÈNE FGFR3: À PROPOS D'UNE SÉRIE DE 32 CAS [thèse] / EL KHATIB Mouna, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Achondroplasie Hypochondroplasie FGFR3 Mutations Diagnostic moléculaire Achondroplasia Hypochondroplasia FGFR3 mutations molecular
diagnosis الطفرات، التشخی ص الجزیئي الودانة نق ص التنسج الغضروفيRésumé : Les chondrodysplasies non létales associées aux mutations du gèneFGFR3 comprennent
l’achondroplasie(ACH), l’hypochondroplasie(HCH), et l’achondroplasie sévère avec retard de
développement et acanthosis nigricans(SADDAN). Elles résultent de mutations différentes
réparties au niveau de ce gène. L’étude moléculaire est importante pour la confirmation du
diagnostic et le conseil génétique.
Nous rapportons dans cette étude rétrospective, sur une période de 10 ans et demi, 32cas de
chondrodysplasies appartenant à 29familles, dont 31atteints d’ACH et 1d’HCH suivis au Département
de Génétique Médicale(DGM) de l’Institut National d’Hygiène(INH), dans le but d’analyser leurs
données épidémiologiques, cliniques, radiologiques, et moléculaires. Il s’agit de 22garçons et 10filles
âgés en moyenne de 5ans, dont 27cas sporadiques et 5cas familiaux. L’âge paternel élevé étant un
facteur de risque des mutations du FGFR3, sa moyenne était de 41,08ans dans notre étude.
Cliniquement, les patients présentaient tous un retard statural allant de -3DSà-5DS. Les autres
manifestations cliniques les plus fréquentes étaient la dysmorphie faciale, la macrocranie et la
rhizomélie. L’intelligence était normale chez tous les patients sauf un. Les patients ayant bénéficié
d’explorations radiographiques avaient tous des résultats compatibles avec le diagnostic d’ACH ou
d’HCH selon les cas. L’analyse moléculaire par PCR suivie d’un séquençage Sanger a révélé la
présence des mutations récurrentes suivantes:c.1138G>A(p.Gly380Arg) chez 29patients appartenant à
26familles et c.1138G>C(p.Gly380Arg) chez 2patients non apparentés pour l’ACH, et la mutation
c.1620C>A(p.Asn540Lys) chez le patient atteint d’HCH. Tous ces patients et leurs familles ont
bénéficié d’un conseil génétique lors de la consultation de génétique du DGM à l’INH.
L’étude génétique est d’une importance majeure pour conforter le diagnostic suspecté,
prédire le pronostic et fournir un conseil génétique approprié. Le diagnostic prénatal semble
pertinent surtout pour le dépistage des formes homozygotes létales d’ACH.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M1172023 Président : Ahmed GAOUZI Directeur : Ilham RATBI Juge : Nazik ALLALI Juge : Amal THIMOU IZGUA Juge : Zouhair EL ALAMI Réservation
Réserver ce document
Exemplaires
Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M1172023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2023 Disponible
Titre : INTERET DE LA VEILLE GENOMIQUE EN CAS DE LA PANDEMIE: COVID 19 Type de document : thèse Auteurs : CHAHED SALMA, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-COV-2 variants analyse génomique mutations protéine spike SARS-COV-2 variants genomic analysis mutations spike protein سارس-كوف - 2 المتغيرات التحليل الجينومي الطفرات بروتين سبايك Résumé : Coronavirus (COVID19) est une maladie infectieuse due au virus SARS-CoV-2, découverte à Wuhan en décembre 2019, il s’agit d’une maladie infectieuse extrêmement contagieuse et très réactive. La première apparition de cas et de symptômes en dehors du chine est en Thaïlande le 13 janvier 2020, celà est après deux semaines de la première apparition (début de l’épidémie), le virus est transporté par une voyageuse chinoise. Le premier cas importé a été détecté au Maroc le 02 Mars 2020, alors que le premier cas de transmission locale a été enregistré le 13 Mars 2020. Le nombre de cas confirmés a augmenté peu à peu, et la propagation du virus s’est augmentée de plus en plus. Le virus a une nature changeante, ce qui lui a poussé à donner de nouvelles variantes plus dangereuses. Ce changement nécessite une étude génomique approfondie des différentes lignées disponibles, afin de trouver la solution. Alors, en raison de l'évolution constante du virus, il est très productif de disposer de séquences continues du génome, La plupart des pays ont donc mis en place des réseaux de séquençage génomique pour aider à accomplir cette mission, le Maroc est parmi ces pays, et cela pour la détection et la confirmation de la circulation des variants et de sa propagation dans toutes les régions du royaume, Dans cette étude nous avons fait une analyse génomique des quatre variants, Alpha, Delta, Mu et Omicron, en passant par plusieurs étapes, commençant par le contrôle qualité, jusqu’au analyse et identification des lignées en utilisons plusieurs outils et plusieurs commandes. Le résultat était l’identification de plusieurs mutations propre à chaque variant. Ces mutations sont responsables de la sévérité des variants, la propagation du virus, et la gravité de la maladie en affectant des gènes responsables de l’infection et la défense immunitaire. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0152022 Président : LOUATI SARA Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : AANIZ TARIK Examinateur INTERET DE LA VEILLE GENOMIQUE EN CAS DE LA PANDEMIE: COVID 19 [thèse] / CHAHED SALMA, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : SARS-COV-2 variants analyse génomique mutations protéine spike SARS-COV-2 variants genomic analysis mutations spike protein سارس-كوف - 2 المتغيرات التحليل الجينومي الطفرات بروتين سبايك Résumé : Coronavirus (COVID19) est une maladie infectieuse due au virus SARS-CoV-2, découverte à Wuhan en décembre 2019, il s’agit d’une maladie infectieuse extrêmement contagieuse et très réactive. La première apparition de cas et de symptômes en dehors du chine est en Thaïlande le 13 janvier 2020, celà est après deux semaines de la première apparition (début de l’épidémie), le virus est transporté par une voyageuse chinoise. Le premier cas importé a été détecté au Maroc le 02 Mars 2020, alors que le premier cas de transmission locale a été enregistré le 13 Mars 2020. Le nombre de cas confirmés a augmenté peu à peu, et la propagation du virus s’est augmentée de plus en plus. Le virus a une nature changeante, ce qui lui a poussé à donner de nouvelles variantes plus dangereuses. Ce changement nécessite une étude génomique approfondie des différentes lignées disponibles, afin de trouver la solution. Alors, en raison de l'évolution constante du virus, il est très productif de disposer de séquences continues du génome, La plupart des pays ont donc mis en place des réseaux de séquençage génomique pour aider à accomplir cette mission, le Maroc est parmi ces pays, et cela pour la détection et la confirmation de la circulation des variants et de sa propagation dans toutes les régions du royaume, Dans cette étude nous avons fait une analyse génomique des quatre variants, Alpha, Delta, Mu et Omicron, en passant par plusieurs étapes, commençant par le contrôle qualité, jusqu’au analyse et identification des lignées en utilisons plusieurs outils et plusieurs commandes. Le résultat était l’identification de plusieurs mutations propre à chaque variant. Ces mutations sont responsables de la sévérité des variants, la propagation du virus, et la gravité de la maladie en affectant des gènes responsables de l’infection et la défense immunitaire. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0152022 Président : LOUATI SARA Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : AANIZ TARIK Examinateur Réservation
Réserver ce document
Exemplaires
Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0152022 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMed2022 Disponible Documents numériques
MM0152022URL
Titre : SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS MAY IMPACT SARS-COV-2 INFECTIVITY AND THE DEVELOPMENT OF DRUGS AND VACCINES IN THE NEAR FUTURE. Type de document : thèse Auteurs : Laila EL MASSARI, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : COVID-19 SARS-CoV-2 Genomic variation Mutations SNPs COVID-19 SARS-CoV-2 Variation génomique Mutations SNPs Résumé : General Introduction
Following its immergence in late December 2019, the recent Coronavirus (COVID-19) outbreak in Wuhan China has spread around the whole planet, touching millions of people in more than 220 countries and territories leading to more than 59 million infection cases and 1 404 542 deaths as of November 25, 2020 making it the largest Coronavirus pandemic in both scale and geographical region to date.
Introduction to the Problematic
In order to develop an effective treatment for the novel SARS-Cov-2, studying the genomic variation and the virus evolution over time becomes a priority in the eradication of the virus.
Objective
To study and follow the appearance and accumulation of mutations or SNPs in SARS-CoV-2 in order to understand the virus’s changes causing increase in continuing mortality and morbidity and that may affect the developing and effectiveness of drugs and vaccines in the near future.
Materials and Methods
In this study, a total 1050 sequences of the SARS-Cov-2 full-length genome obtained from 4 countries during the first eight months after the onset of this virus were used to study the genomic variation of SARS-Cov-2.
Results and Conclusion Using genomic analysis we identified a total of 6 SNPs in different vital proteins of SARS-Cov-2. 4 common mutations were frequent between Morocco, USA, Italy and France. The first common SNP in the SARS-CoV-2 genome is the D614G mutation on the spike protein. It results from an adenine to guanine (A to G) mutation at position 23403 and causes a flap on the tip of one spike to pop open, allowing the virus to infect cells more efficiently but also creating a pathway to the virus' vulnerable core. The D614G change is almost always accompanied by three other mutations; C-to-T mutation in the 5’UTR at position 241, which lies in the leader sequence of the SARS-CoV-2 viral genome and has been implicated to higher mortality and/ or infectivity of the virus. Silent C-to-T mutation in the nsp3 at position 3037 and C-to-T mutation at position 14408 in an amino acid change in RNA-dependent
Master in Medical Biotechnology Page 5
RNA polymerase (RdRp). Combined, these four co-mutations probably can confer increased transmissibility of the virus and may also be correlated with the critical condition in Italy and US. Also, many nucleotide deletions and insertions have been noticed in the genome as well. These results are of great importance for the assessment of enhanced antiviral virulence and efficacy, and give rise to potential causes of overwhelming SARS-CoV-2 mutations.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0272020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Abdelmounim ESSABAR Juge : Kaoutar EL KHATTABI Juge : Souad KARTTI SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS MAY IMPACT SARS-COV-2 INFECTIVITY AND THE DEVELOPMENT OF DRUGS AND VACCINES IN THE NEAR FUTURE. [thèse] / Laila EL MASSARI, Auteur . - 2020.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : COVID-19 SARS-CoV-2 Genomic variation Mutations SNPs COVID-19 SARS-CoV-2 Variation génomique Mutations SNPs Résumé : General Introduction
Following its immergence in late December 2019, the recent Coronavirus (COVID-19) outbreak in Wuhan China has spread around the whole planet, touching millions of people in more than 220 countries and territories leading to more than 59 million infection cases and 1 404 542 deaths as of November 25, 2020 making it the largest Coronavirus pandemic in both scale and geographical region to date.
Introduction to the Problematic
In order to develop an effective treatment for the novel SARS-Cov-2, studying the genomic variation and the virus evolution over time becomes a priority in the eradication of the virus.
Objective
To study and follow the appearance and accumulation of mutations or SNPs in SARS-CoV-2 in order to understand the virus’s changes causing increase in continuing mortality and morbidity and that may affect the developing and effectiveness of drugs and vaccines in the near future.
Materials and Methods
In this study, a total 1050 sequences of the SARS-Cov-2 full-length genome obtained from 4 countries during the first eight months after the onset of this virus were used to study the genomic variation of SARS-Cov-2.
Results and Conclusion Using genomic analysis we identified a total of 6 SNPs in different vital proteins of SARS-Cov-2. 4 common mutations were frequent between Morocco, USA, Italy and France. The first common SNP in the SARS-CoV-2 genome is the D614G mutation on the spike protein. It results from an adenine to guanine (A to G) mutation at position 23403 and causes a flap on the tip of one spike to pop open, allowing the virus to infect cells more efficiently but also creating a pathway to the virus' vulnerable core. The D614G change is almost always accompanied by three other mutations; C-to-T mutation in the 5’UTR at position 241, which lies in the leader sequence of the SARS-CoV-2 viral genome and has been implicated to higher mortality and/ or infectivity of the virus. Silent C-to-T mutation in the nsp3 at position 3037 and C-to-T mutation at position 14408 in an amino acid change in RNA-dependent
Master in Medical Biotechnology Page 5
RNA polymerase (RdRp). Combined, these four co-mutations probably can confer increased transmissibility of the virus and may also be correlated with the critical condition in Italy and US. Also, many nucleotide deletions and insertions have been noticed in the genome as well. These results are of great importance for the assessment of enhanced antiviral virulence and efficacy, and give rise to potential causes of overwhelming SARS-CoV-2 mutations.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0272020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Abdelmounim ESSABAR Juge : Kaoutar EL KHATTABI Juge : Souad KARTTI Réservation
Réserver ce document
Exemplaires
Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0272020 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Mémoires de Masters Disponible Documents numériques
MM0272020URL
