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Affiner la recherche Faire une suggestionANALYSE COMPARATIVE DE GENOME COMPLETE DE QUATRE SOUCHE DE LEISHMANIA MAJOR PAR NGS ET R / Fatima Zahrae El Bakri
Titre : ANALYSE COMPARATIVE DE GENOME COMPLETE DE QUATRE SOUCHE DE LEISHMANIA MAJOR PAR NGS ET R Type de document : thèse Auteurs : Fatima Zahrae El Bakri, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Français (fre) Mots-clés : leishmania major NGS bio-informatique la variation de somie Appel des variant Leishmania major Next generation sequencing Bioinformatics Somy variation SNP calling Résumé : Le séquençage du génome d’un parasite est un jalon important dans l’étude de sa biologie. Quel que soit cet organisme, les outils bio-informatiques nécessaires pour comprendre son génome et le comparer aux autres génomes séquencés seront similaires. Dans cette mémoire, l’ADN génomique de parasites Leishmania major est mis à profit afin de mieux comprendre la leishmaniose cutané.
le parasite protozoaire Leishmania major est étudié par génomique comparative pour comprendre son infectivité, sa résistance aux médicaments antiparasitaire et son mode de vie dimorphique.
Le génome de l’espèce Leishmania major, qui est pathogène pour l’humain, a été comparé à quatre espèces infectant l’homme. Cette étude a suivi une analyse génomique par les outils d’alignement afin de faciliter la découverte de divers diversité génétique notamment les polymorphismes mono-nucléotidique et la somie chromosomique. Dans un contexte d'hétérogénéité génétique relative, nous avons trouvé une variation importante du nombre de copies chromosomiques entre les souche.
La question de savoir si ces différences sont suffisantes pour expliquer la gravité chez les patients est évidemment encore sujette à débat, mais nous pensons que des couches supplémentaires d'informations -omiques sont nécessaires pour compléter l'écran génomique afin de dresser une carte plus complète des déterminants de la gravité.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0172020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : Meryem Lemrani Juge : Aaniz Tarik Juge : Kartti Souad ANALYSE COMPARATIVE DE GENOME COMPLETE DE QUATRE SOUCHE DE LEISHMANIA MAJOR PAR NGS ET R [thèse] / Fatima Zahrae El Bakri, Auteur . - 2020.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : leishmania major NGS bio-informatique la variation de somie Appel des variant Leishmania major Next generation sequencing Bioinformatics Somy variation SNP calling Résumé : Le séquençage du génome d’un parasite est un jalon important dans l’étude de sa biologie. Quel que soit cet organisme, les outils bio-informatiques nécessaires pour comprendre son génome et le comparer aux autres génomes séquencés seront similaires. Dans cette mémoire, l’ADN génomique de parasites Leishmania major est mis à profit afin de mieux comprendre la leishmaniose cutané.
le parasite protozoaire Leishmania major est étudié par génomique comparative pour comprendre son infectivité, sa résistance aux médicaments antiparasitaire et son mode de vie dimorphique.
Le génome de l’espèce Leishmania major, qui est pathogène pour l’humain, a été comparé à quatre espèces infectant l’homme. Cette étude a suivi une analyse génomique par les outils d’alignement afin de faciliter la découverte de divers diversité génétique notamment les polymorphismes mono-nucléotidique et la somie chromosomique. Dans un contexte d'hétérogénéité génétique relative, nous avons trouvé une variation importante du nombre de copies chromosomiques entre les souche.
La question de savoir si ces différences sont suffisantes pour expliquer la gravité chez les patients est évidemment encore sujette à débat, mais nous pensons que des couches supplémentaires d'informations -omiques sont nécessaires pour compléter l'écran génomique afin de dresser une carte plus complète des déterminants de la gravité.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0172020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : Meryem Lemrani Juge : Aaniz Tarik Juge : Kartti Souad Réservation
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Titre : ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON Type de document : thèse Auteurs : LAHLOU Lamiaa, Auteur Année de publication : 2019 Langues : Français (fre) Mots-clés : Bio-informatique séquençage de nouvelle génération génomique transcriptomique Tuberculose Maladie de Parkinson Résistance microRNAs biomarqueurs Résumé : Le séquençage de nouvelle génération des acides nucléiques génère une grande quantité de données brutes en un temps record. Le besoin d’analyse de ces big data a entrainé le développement de la bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire permettant de transformer le matériel biologique issu du monde médical, en smart data, ce qui rend la bio-informatique incontournable pour le développement de la médecine de précision. Deux approches ont été utilisées dans le contexte de deux pathologies complexes, l’approche génomique pour la tuberculose et l’approche transcriptomique pour la MP. Des souches de M.Tuberculosis de quatre patients marocains atteints de la tuberculose ont été isolées, séquencées et analysées en utilisant un pipeline spécifique afin d’identifier les éléments génétiques. L’analyse génomique réalisée a permis d’identifier des mutations différentes au niveau du gène rpoB associé à la Rifampicine et du gène katG lié à l’isoniazide pour les quatre souches, ainsi que des mutations des gènes gyrA, gyrB associés à la fluoroquinolone et des mutations du gène tlyA associé au Capreomycine connues comme résistances de deuxième ligne. Une approche transcriptomique a été utilisée pour déterminer les mécanismes moléculaires de la MP et d’identifier des biomarqueurs associés en étudiant l’expression de différents microRNAs chez deux modèles animaux de la maladie. Les résultats obtenus ont permis de valider les deux modèles sur le plan comportemental et lésionnel en se basant sur l’analyse biochimique des monoamines dans différentes structures cérébrales. Ensuite, en utilisant un pipeline d’analyse transcriptomique spécifique pour l’identification et la validation des miRNAs, nous avons identifié quelques miRNAs impliqués dans la MP, dont le miR-34b et miR-34c qui jouent deux rôles différents. D'autre part, miR-34b et miR-34c ciblent directement l'α-syn en inhibant son expression et sa formation d'agrégation. Les miRNAs identifiés vont permettre de prédire de nouveau biomarqueurs associés à cette pathologie.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0012019 Président : DAKKA.T Directeur : IBRAHIMI.A ;BENAZZOUZ.A ; FAVEREAUX.A Juge : EL JAOUDI.R Juge : REGRAGUI.W Juge : SBABOU.L ANALYSES BIO-INFORMATIQUE DE DONNEES GENOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES DANS DEUX PATHOLOGIES : TUBERCULOSE ET MALADIE DE PARKINSON [thèse] / LAHLOU Lamiaa, Auteur . - 2019.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Bio-informatique séquençage de nouvelle génération génomique transcriptomique Tuberculose Maladie de Parkinson Résistance microRNAs biomarqueurs Résumé : Le séquençage de nouvelle génération des acides nucléiques génère une grande quantité de données brutes en un temps record. Le besoin d’analyse de ces big data a entrainé le développement de la bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire permettant de transformer le matériel biologique issu du monde médical, en smart data, ce qui rend la bio-informatique incontournable pour le développement de la médecine de précision. Deux approches ont été utilisées dans le contexte de deux pathologies complexes, l’approche génomique pour la tuberculose et l’approche transcriptomique pour la MP. Des souches de M.Tuberculosis de quatre patients marocains atteints de la tuberculose ont été isolées, séquencées et analysées en utilisant un pipeline spécifique afin d’identifier les éléments génétiques. L’analyse génomique réalisée a permis d’identifier des mutations différentes au niveau du gène rpoB associé à la Rifampicine et du gène katG lié à l’isoniazide pour les quatre souches, ainsi que des mutations des gènes gyrA, gyrB associés à la fluoroquinolone et des mutations du gène tlyA associé au Capreomycine connues comme résistances de deuxième ligne. Une approche transcriptomique a été utilisée pour déterminer les mécanismes moléculaires de la MP et d’identifier des biomarqueurs associés en étudiant l’expression de différents microRNAs chez deux modèles animaux de la maladie. Les résultats obtenus ont permis de valider les deux modèles sur le plan comportemental et lésionnel en se basant sur l’analyse biochimique des monoamines dans différentes structures cérébrales. Ensuite, en utilisant un pipeline d’analyse transcriptomique spécifique pour l’identification et la validation des miRNAs, nous avons identifié quelques miRNAs impliqués dans la MP, dont le miR-34b et miR-34c qui jouent deux rôles différents. D'autre part, miR-34b et miR-34c ciblent directement l'α-syn en inhibant son expression et sa formation d'agrégation. Les miRNAs identifiés vont permettre de prédire de nouveau biomarqueurs associés à cette pathologie.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0012019 Président : DAKKA.T Directeur : IBRAHIMI.A ;BENAZZOUZ.A ; FAVEREAUX.A Juge : EL JAOUDI.R Juge : REGRAGUI.W Juge : SBABOU.L Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0012019 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2019 Disponible D0012019-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2019 Disponible Documents numériques
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Titre : ANALYSES BIO-INFORMATIQUES DES DONNEES GENOMIQUES, TRANSCRIPTOMIQUES ET EPIGENETIQUES DES GLIOMES GRADE II ET III Type de document : thèse Auteurs : Mohammed Amine BENDAHOU, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Français (fre) Mots-clés : Génomique Transcriptomique Épigénétique Bio-informatique Gliome de bas grade Résumé : L’utilisation des approches omiques a révolutionné la biologie et elle a conduit à l’émergence d’approches
systémiques y compris la génomique, la transcriptomique et l’épigénétique. Dans le premier chapitre, nous
avons ciblé des mutations impliquées dans les gliomes, suivi d’une analyse bio-informatique pour étudier
l’impact de ces mutations sur la structure et la fonction des 3 protéines IDH1, IDH2 et p53. Nous avons
obtenu une mutation qui a un effet sur le site catalytique de la protéine IDH1 comme R132H. D’autres
mutations de la p53 ont été identifiées comme K305N, qui est une mutation pathogène ; R175H, qui est une
mutation bénigne ; et R158G, qui perturbe la conformation structurelle de la protéine suppresseur de tumeur.
Dans le 2ème chapitre, on a identifié des biomarqueurs spécifiques pour les gliomes en analysant des données
génomiques et épigénomiques. La prévalence des mutations IDH dans le gliome de bas grade nous a guidé à
cibler leurs conséquences épigénomiques en aval, telles que G-CIMP. On a trouvé que les astrocytomes sont
caractérisés par une hyperméthylation au niveau du gène MYT1L, et les oligodendrogliomes au niveau du
gène PLCG1. Dans le 3eme chapitre, on a identifié les gènes et les miRNAs différentiellement exprimés au
niveau des gliomes. Ces biomarqueurs sont sélectionnés sur la base d’une combinaison de seuil de
changement d’expression et de seuil de score, et nous avons proposé un nouveau réseau de miARNs qui
combinent à la fois des gènes et des lncARNs spécifique pour les gliomes de bas grade. Dans le chapitre 4
on a démontré que les gliomes présentent également des altérations épigénétiques, parmi eux on trouve la
méthylation de l’ADN et leur interaction avec les modifications d’histones. Enfin, on a réussi a caractérisé
les gliomes de bas grade en analysant les diffèrents donnés omiques et on a mis en place un workflow bioinformatique précis et efficace pour analyser ces données et avoir une stratégie prometteuse pour mieux
comprendre le développement du gliomeNuméro (Thèse ou Mémoire) : D0022020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : BADOU Abdallah Juge : OUADGHIRI Mouna Juge : SBABOU Laila-BENKABBOU Amine-BOUTARBOUH Mahjouba ANALYSES BIO-INFORMATIQUES DES DONNEES GENOMIQUES, TRANSCRIPTOMIQUES ET EPIGENETIQUES DES GLIOMES GRADE II ET III [thèse] / Mohammed Amine BENDAHOU, Auteur . - 2021.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Génomique Transcriptomique Épigénétique Bio-informatique Gliome de bas grade Résumé : L’utilisation des approches omiques a révolutionné la biologie et elle a conduit à l’émergence d’approches
systémiques y compris la génomique, la transcriptomique et l’épigénétique. Dans le premier chapitre, nous
avons ciblé des mutations impliquées dans les gliomes, suivi d’une analyse bio-informatique pour étudier
l’impact de ces mutations sur la structure et la fonction des 3 protéines IDH1, IDH2 et p53. Nous avons
obtenu une mutation qui a un effet sur le site catalytique de la protéine IDH1 comme R132H. D’autres
mutations de la p53 ont été identifiées comme K305N, qui est une mutation pathogène ; R175H, qui est une
mutation bénigne ; et R158G, qui perturbe la conformation structurelle de la protéine suppresseur de tumeur.
Dans le 2ème chapitre, on a identifié des biomarqueurs spécifiques pour les gliomes en analysant des données
génomiques et épigénomiques. La prévalence des mutations IDH dans le gliome de bas grade nous a guidé à
cibler leurs conséquences épigénomiques en aval, telles que G-CIMP. On a trouvé que les astrocytomes sont
caractérisés par une hyperméthylation au niveau du gène MYT1L, et les oligodendrogliomes au niveau du
gène PLCG1. Dans le 3eme chapitre, on a identifié les gènes et les miRNAs différentiellement exprimés au
niveau des gliomes. Ces biomarqueurs sont sélectionnés sur la base d’une combinaison de seuil de
changement d’expression et de seuil de score, et nous avons proposé un nouveau réseau de miARNs qui
combinent à la fois des gènes et des lncARNs spécifique pour les gliomes de bas grade. Dans le chapitre 4
on a démontré que les gliomes présentent également des altérations épigénétiques, parmi eux on trouve la
méthylation de l’ADN et leur interaction avec les modifications d’histones. Enfin, on a réussi a caractérisé
les gliomes de bas grade en analysant les diffèrents donnés omiques et on a mis en place un workflow bioinformatique précis et efficace pour analyser ces données et avoir une stratégie prometteuse pour mieux
comprendre le développement du gliomeNuméro (Thèse ou Mémoire) : D0022020 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : BADOU Abdallah Juge : OUADGHIRI Mouna Juge : SBABOU Laila-BENKABBOU Amine-BOUTARBOUH Mahjouba Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0022020 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2020 Disponible D0022020-1 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2020 Disponible Documents numériques
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Titre : L'APPRENTISSAGE PAR RENFORCEMENT COMME OUTIL D'ALIGNEMENT DE SEQUENCES MULTIPLESMémoire de Master Type de document : thèse Auteurs : BOUSKRI MEHDI, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Français (fre) Mots-clés : Bio-informatique Apprentissage par renforcement Alignement de séquences multiples Option 602 Résumé : L’alignement de séquences multiples (MSA) est prouvé qu’il s’agit d’un problème NP-Complet, ce qui implique que toutes les solutions informatiques sont des approximations à des solutions exactes. Bien que la solution exacte du problème de MSA peut être trouvée manuellement, mais c’est impossible pour un grand nombre de séquences. On a essayé dans ce projet d'imiter ce processus manuel en utilisant l’algorithme Actor-Critic with Experience Replay (ACER), un algorithme d'apprentissage par renforcement, qui a permis à un modèle entraîné d'atteindre des alignements optimaux égaux ou supérieurs aux alignements de ClustalW2 dans la plupart des cas, avec des dimensions supérieures aux alignements utilisés dans l'entraînement. On a pu créer une application bureau pour utiliser le modèle entraîné, mais elle est limitée à trois séquences d'ADN avec moins de cent nucléotides en raison de la diminution de performance et un long temps d'exécution dans les séquences d'ADN et de protéines de grande taille. En plus de la validation du fait que les algorithmes d'apprentissage par renforcement peuvent résoudre le problème de MSA sans l'aide d'autres algorithmes, les résultats de ce projet montrent aussi qu'il y a encore une marge d'amélioration dans l'interaction de l'algorithme avec les alignements afin d'obtenir une meilleure performance.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0112020 Président : AANNIZ TARIK Directeur : IBRAHIMI AZEDDINE L'APPRENTISSAGE PAR RENFORCEMENT COMME OUTIL D'ALIGNEMENT DE SEQUENCES MULTIPLESMémoire de Master [thèse] / BOUSKRI MEHDI, Auteur . - 2020.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Bio-informatique Apprentissage par renforcement Alignement de séquences multiples Option 602 Résumé : L’alignement de séquences multiples (MSA) est prouvé qu’il s’agit d’un problème NP-Complet, ce qui implique que toutes les solutions informatiques sont des approximations à des solutions exactes. Bien que la solution exacte du problème de MSA peut être trouvée manuellement, mais c’est impossible pour un grand nombre de séquences. On a essayé dans ce projet d'imiter ce processus manuel en utilisant l’algorithme Actor-Critic with Experience Replay (ACER), un algorithme d'apprentissage par renforcement, qui a permis à un modèle entraîné d'atteindre des alignements optimaux égaux ou supérieurs aux alignements de ClustalW2 dans la plupart des cas, avec des dimensions supérieures aux alignements utilisés dans l'entraînement. On a pu créer une application bureau pour utiliser le modèle entraîné, mais elle est limitée à trois séquences d'ADN avec moins de cent nucléotides en raison de la diminution de performance et un long temps d'exécution dans les séquences d'ADN et de protéines de grande taille. En plus de la validation du fait que les algorithmes d'apprentissage par renforcement peuvent résoudre le problème de MSA sans l'aide d'autres algorithmes, les résultats de ce projet montrent aussi qu'il y a encore une marge d'amélioration dans l'interaction de l'algorithme avec les alignements afin d'obtenir une meilleure performance.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0112020 Président : AANNIZ TARIK Directeur : IBRAHIMI AZEDDINE Réservation
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Titre : CANCER DE LA PROSTATE : ETUDE EPIDEMIO-CLINIQUE ET EVALUATION MOLECULAIRE AVEC VALIDATION BIO-INFORMATIQUE DES BIOMARQUEURS rs1256049 ESR-β ET DES microARN-93/205 Type de document : thèse Auteurs : GAZZAZ HASSANE, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Cancer de la prostate Evaluation moléculaire Bio-informatique Rs1256049 ESR-β MicroARN-93/205 Résumé : Cette thèse porte sur une étude rétrospectivede la symptomatologie et l’agressivité du cancer de la prostate (CaP) chez une population marocaine et une évaluation de l’aspect moléculaire du polymorphisme rs1256049 et des microARN-93/205 dans ce cancer.
L'analyse statistique de l’étude clinique a été effectuée à l'aide de SPSSv23 avec le test du Chi 2 de Pearson à deux queues et le test t indépendant à deux queues. L'âge moyen au diagnostic était de 68 ans. Les patients avaient des taux moyens élevés de PSA, volume prostatique et de PSAd. Seuls 21,2% ont été identifiés par dépistage systématique. Les patients symptomatiques ont montré des associations significatives avec l'âge et les résultats anormaux du toucher rectal.
Une méta-analyse du polymorphisme rs1256049 ESR-β n'a révélé aucune association significative avec le CaP. Cependant, une diminution du risque chez les asiatiques a été observée dans les modèles hétérozygotes et dominants. En revanche, les Caucasiens ont montré un risque accru dans les modèles alléliques, hétérozygotes et dominants. Une méta-analyse de miR-93 a révélé une significativesurexpression par rapport au tissu normal. L'analyse bio-informatique a indiqué l'impact de miR-93 sur les gènes cibles et les voies de signalisation telles que SMAD7 et MAPK. Une sous-expression de miR-205 a été trouvé significative dans l’analyse globale et notamment l’agressivité de ce cancer dont la régulation de YAP1 et la voie de signalisation Hippo par ce miR a été suggéré par l'approche bio-informatique.
En conclusion, les hommes marocains atteints de CaP présentent des caractéristiques diagnostiques et pronostiques distinctes. Le polymorphisme ESR-β r1256049 peut avoir des effets différentiels dans différents groupes ethniques. Nos résultats soulignent également l'importance des microARN-93/205 comme biomarqueurs non invasifs dans la prise en charge du CaP, offrant des avancées potentielles dans le diagnostic, le pronostic et éventuellement les stratégies thérapeutiques
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0332023 Président : SEKHSOKH YASSINE Directeur : DAMI ABDELLAH Juge : TELLAL SAIDA Juge : ZAHID HAFID Juge : HIMMI BANACER ; EL MEZOUARI EL MOSTAFA CANCER DE LA PROSTATE : ETUDE EPIDEMIO-CLINIQUE ET EVALUATION MOLECULAIRE AVEC VALIDATION BIO-INFORMATIQUE DES BIOMARQUEURS rs1256049 ESR-β ET DES microARN-93/205 [thèse] / GAZZAZ HASSANE, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Cancer de la prostate Evaluation moléculaire Bio-informatique Rs1256049 ESR-β MicroARN-93/205 Résumé : Cette thèse porte sur une étude rétrospectivede la symptomatologie et l’agressivité du cancer de la prostate (CaP) chez une population marocaine et une évaluation de l’aspect moléculaire du polymorphisme rs1256049 et des microARN-93/205 dans ce cancer.
L'analyse statistique de l’étude clinique a été effectuée à l'aide de SPSSv23 avec le test du Chi 2 de Pearson à deux queues et le test t indépendant à deux queues. L'âge moyen au diagnostic était de 68 ans. Les patients avaient des taux moyens élevés de PSA, volume prostatique et de PSAd. Seuls 21,2% ont été identifiés par dépistage systématique. Les patients symptomatiques ont montré des associations significatives avec l'âge et les résultats anormaux du toucher rectal.
Une méta-analyse du polymorphisme rs1256049 ESR-β n'a révélé aucune association significative avec le CaP. Cependant, une diminution du risque chez les asiatiques a été observée dans les modèles hétérozygotes et dominants. En revanche, les Caucasiens ont montré un risque accru dans les modèles alléliques, hétérozygotes et dominants. Une méta-analyse de miR-93 a révélé une significativesurexpression par rapport au tissu normal. L'analyse bio-informatique a indiqué l'impact de miR-93 sur les gènes cibles et les voies de signalisation telles que SMAD7 et MAPK. Une sous-expression de miR-205 a été trouvé significative dans l’analyse globale et notamment l’agressivité de ce cancer dont la régulation de YAP1 et la voie de signalisation Hippo par ce miR a été suggéré par l'approche bio-informatique.
En conclusion, les hommes marocains atteints de CaP présentent des caractéristiques diagnostiques et pronostiques distinctes. Le polymorphisme ESR-β r1256049 peut avoir des effets différentiels dans différents groupes ethniques. Nos résultats soulignent également l'importance des microARN-93/205 comme biomarqueurs non invasifs dans la prise en charge du CaP, offrant des avancées potentielles dans le diagnostic, le pronostic et éventuellement les stratégies thérapeutiques
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0332023 Président : SEKHSOKH YASSINE Directeur : DAMI ABDELLAH Juge : TELLAL SAIDA Juge : ZAHID HAFID Juge : HIMMI BANACER ; EL MEZOUARI EL MOSTAFA Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0332023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2023 Disponible
Titre : DU GÈNE À LA PROTÉINE : APPROCHES "MULTI-OMIQUES" EN PRATIQUE MÉDICALE Type de document : thèse Auteurs : DRISSI KAMILI MARIA, Auteur Année de publication : 2024 Langues : Français (fre) Mots-clés : Multi-omique omics génomique épigénomique bio-informatique Multi-omics omics genomics epigenomics bioinformatics علم الأوميكس المتعدد علم الأوميكس علم الجينوم ؛ علم البجينوم ؛ المعلوماتية الحيوية ؛ Résumé : Objectif : Description de douze disciplines « omiques » et présentation de la « multi-omique » comme approche d’analyse novatrice dans l’étude du cancer.
Méthodes et résultats : Mise en pratique d'une méthodologie rigoureuse pour la recherche de références bibliographiques portant sur les chapitres à traiter. Celle-ci a abouti à la sélection de 433 références.
Discussion et conclusion : Les progrès des technologies à haut débit ont rendu possible la mesure de plusieurs paramètres d'un système biologique, comme les données de la séquence d'ADN (génomique), les niveaux d'expression de l'ARN (transcriptomique), les protéines exprimées (protéomique) et les taux de différents métabolites (métabolomique, glycomique, lipidomique) pour ne citer que cela. Les données obtenues sont traitées via la bio-informatique afin de les interpréter de manière biologiquement significative.
Ces mégadonnées « omiques » sont intégrées dans des études dites « multi-omiques » pour comprendre les fondements moléculaires de maladies complexes comme le cancer. Elles sont intégrées au moyen d'approches statistiques ou d'apprentissage automatique avancées. Néanmoins, l'analyse intégrative de ces ensembles de données se révèle complexe en raison de la quantité, de l’hétérogénéité des données et de l’absence de protocoles d’analyse normalisés.
L'approche « multi-omique » traite différentes problématiques biologiques, à savoir la classification des pathologies à partir de profils « multi-omiques », la mise en évidence de biomarqueurs diagnostiques, l'identification de gènes et de molécules associés à des pathologies spécifiques et la compréhension de la physiopathologie des maladies grâce aux interactions « inter-omiques ». Ainsi, l'objectif de la « multi-omique » est d'améliorer le pronostic, le diagnostic et le traitement des maladies.
De ce fait, l'approche « omique » et l'analyse bio-informatique des données biologiques permettront de mieux comprendre les pathologies complexes et, à terme, de développer la médecine personnalisée de demain.Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0592024 Président : Balouch Lhoucine Directeur : Bouabdellah Mounya Juge : Nouini Yassine Juge : El Jaoudi Rachid Juge : Benkirane Souad DU GÈNE À LA PROTÉINE : APPROCHES "MULTI-OMIQUES" EN PRATIQUE MÉDICALE [thèse] / DRISSI KAMILI MARIA, Auteur . - 2024.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Multi-omique omics génomique épigénomique bio-informatique Multi-omics omics genomics epigenomics bioinformatics علم الأوميكس المتعدد علم الأوميكس علم الجينوم ؛ علم البجينوم ؛ المعلوماتية الحيوية ؛ Résumé : Objectif : Description de douze disciplines « omiques » et présentation de la « multi-omique » comme approche d’analyse novatrice dans l’étude du cancer.
Méthodes et résultats : Mise en pratique d'une méthodologie rigoureuse pour la recherche de références bibliographiques portant sur les chapitres à traiter. Celle-ci a abouti à la sélection de 433 références.
Discussion et conclusion : Les progrès des technologies à haut débit ont rendu possible la mesure de plusieurs paramètres d'un système biologique, comme les données de la séquence d'ADN (génomique), les niveaux d'expression de l'ARN (transcriptomique), les protéines exprimées (protéomique) et les taux de différents métabolites (métabolomique, glycomique, lipidomique) pour ne citer que cela. Les données obtenues sont traitées via la bio-informatique afin de les interpréter de manière biologiquement significative.
Ces mégadonnées « omiques » sont intégrées dans des études dites « multi-omiques » pour comprendre les fondements moléculaires de maladies complexes comme le cancer. Elles sont intégrées au moyen d'approches statistiques ou d'apprentissage automatique avancées. Néanmoins, l'analyse intégrative de ces ensembles de données se révèle complexe en raison de la quantité, de l’hétérogénéité des données et de l’absence de protocoles d’analyse normalisés.
L'approche « multi-omique » traite différentes problématiques biologiques, à savoir la classification des pathologies à partir de profils « multi-omiques », la mise en évidence de biomarqueurs diagnostiques, l'identification de gènes et de molécules associés à des pathologies spécifiques et la compréhension de la physiopathologie des maladies grâce aux interactions « inter-omiques ». Ainsi, l'objectif de la « multi-omique » est d'améliorer le pronostic, le diagnostic et le traitement des maladies.
De ce fait, l'approche « omique » et l'analyse bio-informatique des données biologiques permettront de mieux comprendre les pathologies complexes et, à terme, de développer la médecine personnalisée de demain.Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0592024 Président : Balouch Lhoucine Directeur : Bouabdellah Mounya Juge : Nouini Yassine Juge : El Jaoudi Rachid Juge : Benkirane Souad Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité P0592024 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2024 Disponible
Titre : RECHERCHE BIO-INFORMATIQUE D’INHIBITEURS DE LA PROTEASE PRINCIPALE 3CLPRO DU SARS-COV-2 Type de document : thèse Auteurs : Youssef ABERCHA, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Apprentissage profond Bio-informatique Inhibiteurs Protéase principale – Résumé : La pandémie de COVID-19 est parmi les événements les plus marquants de notre histoire
récente, cette dernière a suscité une vague de recherche des thérapies et des vaccins anti-SARSCov-2. Dans le présent travail, une recherche bio-informatique d’inhibiteurs de la protéase
principale 3CLPro du SARS-Cov-2 est réalisée. Dans un premier temps, la technique de
l’apprentissage profond est utilisée afin de trouver des molécules actives. Cela consiste à
construire un réseau de neurones de convolution profond (Deep Convolutional Network) qui
est entraîné à distinguer les molécules actives de celles qui ne le sont pas sur les éléments de la
base de données AID1706 après leur augmentation par la méthode DUD-E. Pendant la
deuxième étape, 1.3 millions molécules de appartenant à la base de données ZINC15 sont
introduites dans le modèle, sur cet ensemble les prédictions sont effectuées et 389 molécules
sont trouvées et considérées comme active contre la protéine cible. Après cette étape de
screening, les molécules retenues subissent un processus d’amarrage moléculaire en tandem qui
consiste à retenir les molécules les plus affines envers la protéase principale du SARS-Cov-2,
cette phase a réduit l’ensemble initial de 389 molécules à seulement 9. Ensuite, les 9 composés
retenus subissent une analyse pharmacocinétique et toxicologique en se basant sur la méthode
pkCSM, cette dernière analyse a culminé dans la molécule ZINC000189488212 comme étant
approprié à l’utilisation humaine par voie orale. Finalement, une évaluation de la stabilité du
complexe ligand-cible est accomplie par la simulation de la dynamique moléculaire par
GROMACS et de la mécanique moléculaire par MM-GBSA. Cette étude a démontré la stabilité
du complexe en solution pendant le temps de la simulation.Numéro (Thèse ou Mémoire) : P1082022 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : EL JAOUDI Rachid Juge : OUADGHIRI Mouna Juge : RAHALI Youne Juge : EL HAFIDI Naima RECHERCHE BIO-INFORMATIQUE D’INHIBITEURS DE LA PROTEASE PRINCIPALE 3CLPRO DU SARS-COV-2 [thèse] / Youssef ABERCHA, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Apprentissage profond Bio-informatique Inhibiteurs Protéase principale – Résumé : La pandémie de COVID-19 est parmi les événements les plus marquants de notre histoire
récente, cette dernière a suscité une vague de recherche des thérapies et des vaccins anti-SARSCov-2. Dans le présent travail, une recherche bio-informatique d’inhibiteurs de la protéase
principale 3CLPro du SARS-Cov-2 est réalisée. Dans un premier temps, la technique de
l’apprentissage profond est utilisée afin de trouver des molécules actives. Cela consiste à
construire un réseau de neurones de convolution profond (Deep Convolutional Network) qui
est entraîné à distinguer les molécules actives de celles qui ne le sont pas sur les éléments de la
base de données AID1706 après leur augmentation par la méthode DUD-E. Pendant la
deuxième étape, 1.3 millions molécules de appartenant à la base de données ZINC15 sont
introduites dans le modèle, sur cet ensemble les prédictions sont effectuées et 389 molécules
sont trouvées et considérées comme active contre la protéine cible. Après cette étape de
screening, les molécules retenues subissent un processus d’amarrage moléculaire en tandem qui
consiste à retenir les molécules les plus affines envers la protéase principale du SARS-Cov-2,
cette phase a réduit l’ensemble initial de 389 molécules à seulement 9. Ensuite, les 9 composés
retenus subissent une analyse pharmacocinétique et toxicologique en se basant sur la méthode
pkCSM, cette dernière analyse a culminé dans la molécule ZINC000189488212 comme étant
approprié à l’utilisation humaine par voie orale. Finalement, une évaluation de la stabilité du
complexe ligand-cible est accomplie par la simulation de la dynamique moléculaire par
GROMACS et de la mécanique moléculaire par MM-GBSA. Cette étude a démontré la stabilité
du complexe en solution pendant le temps de la simulation.Numéro (Thèse ou Mémoire) : P1082022 Président : IBRAHIMI Azeddine Directeur : EL JAOUDI Rachid Juge : OUADGHIRI Mouna Juge : RAHALI Youne Juge : EL HAFIDI Naima Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité P1082022 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesPharm2022 Disponible
