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ANALYSE COMPARATIVE DE GENOME COMPLETE DE QUATRE SOUCHE DE LEISHMANIA MAJOR PAR NGS ET R / Fatima Zahrae El Bakri 

Public ISBD Titre : ANALYSE COMPARATIVE DE GENOME COMPLETE DE QUATRE SOUCHE DE LEISHMANIA MAJOR PAR NGS ET R Type de document : thèse Auteurs : Fatima Zahrae El Bakri, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Français (fre) Mots-clés : leishmania major  NGS  bio-informatique  la variation de somie  Appel des variant  Leishmania major  Next generation sequencing  Bioinformatics  Somy variation  SNP calling Résumé : Le séquençage du génome d’un parasite est un jalon important dans l’étude de sa biologie. Quel que soit cet organisme, les outils bio-informatiques nécessaires pour comprendre son génome et le comparer aux autres génomes séquencés seront similaires. Dans cette mémoire, l’ADN génomique de parasites Leishmania major est mis à profit afin de mieux comprendre la leishmaniose cutané. le parasite protozoaire Leishmania major est étudié par génomique comparative pour comprendre son infectivité, sa résistance aux médicaments antiparasitaire et son mode de vie dimorphique. Le génome de l’espèce Leishmania major, qui est pathogène pour l’humain, a été comparé à quatre espèces infectant l’homme. Cette étude a suivi une analyse génomique par les outils d’alignement afin de faciliter la découverte de divers diversité génétique notamment les polymorphismes mono-nucléotidique et la somie chromosomique. Dans un contexte d'hétérogénéité génétique relative, nous avons trouvé une variation importante du nombre de copies chromosomiques entre les souche. La question de savoir si ces différences sont suffisantes pour expliquer la gravité chez les patients est évidemment encore sujette à débat, mais nous pensons que des couches supplémentaires d'informations -omiques sont nécessaires pour compléter l'écran génomique afin de dresser une carte plus complète des déterminants de la gravité. Numéro (Pour les thèses) : MM0172020 Président : IBRAHIMI Azeddine Rapporteur : Meryem Lemrani Juge : Aaniz Tarik Juge : Kartti Souad ANALYSE COMPARATIVE DE GENOME COMPLETE DE QUATRE SOUCHE DE LEISHMANIA MAJOR PAR NGS ET R [thèse] / Fatima Zahrae El Bakri, Auteur . - 2020. Langues : Français (fre) Mots-clés : leishmania major  NGS  bio-informatique  la variation de somie  Appel des variant  Leishmania major  Next generation sequencing  Bioinformatics  Somy variation  SNP calling Résumé : Le séquençage du génome d’un parasite est un jalon important dans l’étude de sa biologie. Quel que soit cet organisme, les outils bio-informatiques nécessaires pour comprendre son génome et le comparer aux autres génomes séquencés seront similaires. Dans cette mémoire, l’ADN génomique de parasites Leishmania major est mis à profit afin de mieux comprendre la leishmaniose cutané. le parasite protozoaire Leishmania major est étudié par génomique comparative pour comprendre son infectivité, sa résistance aux médicaments antiparasitaire et son mode de vie dimorphique. Le génome de l’espèce Leishmania major, qui est pathogène pour l’humain, a été comparé à quatre espèces infectant l’homme. Cette étude a suivi une analyse génomique par les outils d’alignement afin de faciliter la découverte de divers diversité génétique notamment les polymorphismes mono-nucléotidique et la somie chromosomique. Dans un contexte d'hétérogénéité génétique relative, nous avons trouvé une variation importante du nombre de copies chromosomiques entre les souche. La question de savoir si ces différences sont suffisantes pour expliquer la gravité chez les patients est évidemment encore sujette à débat, mais nous pensons que des couches supplémentaires d'informations -omiques sont nécessaires pour compléter l'écran génomique afin de dresser une carte plus complète des déterminants de la gravité. Numéro (Pour les thèses) : MM0172020 Président : IBRAHIMI Azeddine Rapporteur : Meryem Lemrani Juge : Aaniz Tarik Juge : Kartti Souad

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MM0172020	WA	Thèse imprimé	Unité des Thèses et Mémoires	Mémoires de Masters	Disponible

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IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS USING RNA-SEQ DATA: A CASE STUDY IN MALE AND FEMALE CHILDREN WITH MEDULLOBLASTOMA / Nihal HABIB 

Public ISBD Titre : IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS USING RNA-SEQ DATA: A CASE STUDY IN MALE AND FEMALE CHILDREN WITH MEDULLOBLASTOMA Type de document : thèse Auteurs : Nihal HABIB, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : miRNA  transcriptomics  Gene Expression regulation  Differential expression  Medulloblastoma  Cancer  RNA-seq  Bioinformatics  RSubread  DESeq2  miARN  transcriptomique  régulation de l'expression génique  expression différentielle  médulloblastome  cancer  RNA-seq  bioinformatique  RSubread  DESeq2. Résumé : microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that contain approximately 22 nucleotides and they play important roles in regulating gene expression in animals, plants and some viruses. Their regulation has been implicated in the pathogenesis of a number of human pathologies including cancers. In the present work, we aimed to investigate expression profiles of micro-RNA (miRNA) in patients with Medulloblastoma cancer, which is the most common type of primary brain cancer in children. It starts in the lower back part of the brain, called the cerebellum which is involved in muscle coordination, balance and movement. . The number of methods and softwares for differential expression analysis from RNA-Seq data increased rapidly. In this comparative study, we identified and analysed Human sex-biased Micro-RNAs in infants by examining a transcriptome dataset of patients with Medulloblastoma. This was done using RSubread as a tool for mapping and its command “featurescounts” to quantify the miRNAs, and DESeq2 bioinformatics package to conduct a differential analysis of miRNAs between infant males and females. Consequently, 147 miRNAs were found differentially expressed with different abundances between the sexes.The results further highlight the applicability of miRNA expression patterns as potential markers of human Medulloblastoma cancer and most probably other cancers in children. Numéro (Pour les thèses) : MM0372020 Président : Azeddine IBRAHIMI Rapporteur : Hassan GHAZAL Juge : Mustapha CHAMEKH Juge : Said BARRIJAL Juge : Chohra TALBI IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS USING RNA-SEQ DATA: A CASE STUDY IN MALE AND FEMALE CHILDREN WITH MEDULLOBLASTOMA [thèse] / Nihal HABIB, Auteur . - 2020. Langues : Anglais (eng) Mots-clés : miRNA  transcriptomics  Gene Expression regulation  Differential expression  Medulloblastoma  Cancer  RNA-seq  Bioinformatics  RSubread  DESeq2  miARN  transcriptomique  régulation de l'expression génique  expression différentielle  médulloblastome  cancer  RNA-seq  bioinformatique  RSubread  DESeq2. Résumé : microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that contain approximately 22 nucleotides and they play important roles in regulating gene expression in animals, plants and some viruses. Their regulation has been implicated in the pathogenesis of a number of human pathologies including cancers. In the present work, we aimed to investigate expression profiles of micro-RNA (miRNA) in patients with Medulloblastoma cancer, which is the most common type of primary brain cancer in children. It starts in the lower back part of the brain, called the cerebellum which is involved in muscle coordination, balance and movement. . The number of methods and softwares for differential expression analysis from RNA-Seq data increased rapidly. In this comparative study, we identified and analysed Human sex-biased Micro-RNAs in infants by examining a transcriptome dataset of patients with Medulloblastoma. This was done using RSubread as a tool for mapping and its command “featurescounts” to quantify the miRNAs, and DESeq2 bioinformatics package to conduct a differential analysis of miRNAs between infant males and females. Consequently, 147 miRNAs were found differentially expressed with different abundances between the sexes.The results further highlight the applicability of miRNA expression patterns as potential markers of human Medulloblastoma cancer and most probably other cancers in children. Numéro (Pour les thèses) : MM0372020 Président : Azeddine IBRAHIMI Rapporteur : Hassan GHAZAL Juge : Mustapha CHAMEKH Juge : Said BARRIJAL Juge : Chohra TALBI

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MM0372020	WA	Thèse imprimé	Unité des Thèses et Mémoires	Mémoires de Masters	Disponible

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