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Titre : DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE DE L’INFECTION A SARS-COV-2 : EXPERIENCE DU LABORATOIRE CENTRAL DE VIROLOGIE DU CHU IBN SINA Type de document : thèse Auteurs : ZOUBIR KAOUTAR, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-COV-2 COVID 19 Diagnostic Epidémiologie Symptomatologie RT-PCR Charge virale SARS-CoV-2 COVID-19 diagnosis epidemiology symptomatology RT-PCR viral load كورونا-سارس -2 مرض كوفيد 19 ،تشخيص علم األوبئة األعراض PCR-RT الحمل الفيروسي Résumé : Introduction : Le COVID-19 est une infection respiratoire aiguë, hautement contagieuse, causée par
le SARS-CoV-2. L’impact de la pandémie sur les différents systèmes de santé était accablant.
L’objectif de notre travail est de décrire le rôle du laboratoire dans le diagnostic virologique de
l’infection par le SARS-CoV-2 ainsi que de faire une analyse épidémiologique, clinique et
virologique.
Matériels et méthodes : Il s’agit d’une étude descriptive rétrospective, intéressant une série de cas,
réalisée au Laboratoire Central de Virologie (LCV) du CHU Ibn Sina, Hôpital des spécialités, Rabat,
sur une période de 12 mois, entre Avril 2020 et Mars 2021. Le diagnostic virologique s’est basé sur
une extraction automatisée de l’ARN viral suivie d’une RT-PCR en temps réel, selon la technologie
Taqman, utilisant le kit MAScIR.
Résultats : Durant notre étude, nous avons analysé 4002 échantillons provenant du CHU avec un
résultat RT-PCR positif pour le SARS-CoV-2. La médiane d’âge était de 44 ans avec un intervalle
interquartile de [29 ; 60]. Le sexe ratio H/F était de 0,77. Le pic de cas était situé au mois de
Novembre 2020.
Les comorbidités les plus fréquentes étaient le diabète (31%) et l’hypertension artérielle (28%).
Les signes cliniques étaient dominés par la fièvre (55%), la toux (53%), les céphalées (29 %), la
dyspnée (28%), les myalgies (26%) et le mal de gorge (26%). 10% des cas étaient asymptomatiques.
Le pourcentage des asymptomatiques chez les femmes était plus élevé que chez les hommes. Les
enfants présentaient aussi plus de formes asymptomatiques. Le pourcentage des cas symptomatiques
était plus élevé parmi les patients diabétiques (99,2%) que parmi les patients non diabétiques (93,1%).
Selon les valeurs des Ct des gènes cibles, la population de l’étude a été répartie en positif fort (29%),
positif (53%) et positif faible (18%). Le pourcentage de positifs faibles était plus élevé chez les enfants
que chez les adultes. Les patients réinfectés par le SARS-CoV-2 ont présenté des charges virales plus
faibles. Les charges virales étaient plus élevées chez les patients présentant les symptômes suivants :
mal de gorge, myalgies, céphalées, anosmie, agueusie. Elles étaient plus faibles chez les patients
présentant les symptômes suivants : dyspnée et détresse respiratoire. La charge virale n’était pas
influencée par la présence ou non de symptômes, soulignant le potentiel de propagation du virus par
les cas asymptomatiques.
Conclusion : L’impact de la pandémie sur le LCV a révélé l’importance de la coordination entre de
multiples partenaires et du soutien envers les professionnels de santé qui ont dû affronter plusieurs
défis et contraintes. Cette étude a démontré une association significative entre plusieurs paramètres
épidémiologiques, cliniques et virologiques du COVID-19. Ce travail a fait ressortir, entre autres,
l’importance des mesures prophylactiques pour la lutte contre cette pandémie et pourrait servir de
référence pour des études ultérieures sur les données virologiques de l’infection à SARS-CoV-2.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2312022 Président : Abdelkader ERROUGANI Directeur : Myriame SEFFAR Juge : Hakima KABBAJ Juge : Amine Idriss LAHLOU Juge : Redouane ABOUQUAL DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE DE L’INFECTION A SARS-COV-2 : EXPERIENCE DU LABORATOIRE CENTRAL DE VIROLOGIE DU CHU IBN SINA [thèse] / ZOUBIR KAOUTAR, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : SARS-COV-2 COVID 19 Diagnostic Epidémiologie Symptomatologie RT-PCR Charge virale SARS-CoV-2 COVID-19 diagnosis epidemiology symptomatology RT-PCR viral load كورونا-سارس -2 مرض كوفيد 19 ،تشخيص علم األوبئة األعراض PCR-RT الحمل الفيروسي Résumé : Introduction : Le COVID-19 est une infection respiratoire aiguë, hautement contagieuse, causée par
le SARS-CoV-2. L’impact de la pandémie sur les différents systèmes de santé était accablant.
L’objectif de notre travail est de décrire le rôle du laboratoire dans le diagnostic virologique de
l’infection par le SARS-CoV-2 ainsi que de faire une analyse épidémiologique, clinique et
virologique.
Matériels et méthodes : Il s’agit d’une étude descriptive rétrospective, intéressant une série de cas,
réalisée au Laboratoire Central de Virologie (LCV) du CHU Ibn Sina, Hôpital des spécialités, Rabat,
sur une période de 12 mois, entre Avril 2020 et Mars 2021. Le diagnostic virologique s’est basé sur
une extraction automatisée de l’ARN viral suivie d’une RT-PCR en temps réel, selon la technologie
Taqman, utilisant le kit MAScIR.
Résultats : Durant notre étude, nous avons analysé 4002 échantillons provenant du CHU avec un
résultat RT-PCR positif pour le SARS-CoV-2. La médiane d’âge était de 44 ans avec un intervalle
interquartile de [29 ; 60]. Le sexe ratio H/F était de 0,77. Le pic de cas était situé au mois de
Novembre 2020.
Les comorbidités les plus fréquentes étaient le diabète (31%) et l’hypertension artérielle (28%).
Les signes cliniques étaient dominés par la fièvre (55%), la toux (53%), les céphalées (29 %), la
dyspnée (28%), les myalgies (26%) et le mal de gorge (26%). 10% des cas étaient asymptomatiques.
Le pourcentage des asymptomatiques chez les femmes était plus élevé que chez les hommes. Les
enfants présentaient aussi plus de formes asymptomatiques. Le pourcentage des cas symptomatiques
était plus élevé parmi les patients diabétiques (99,2%) que parmi les patients non diabétiques (93,1%).
Selon les valeurs des Ct des gènes cibles, la population de l’étude a été répartie en positif fort (29%),
positif (53%) et positif faible (18%). Le pourcentage de positifs faibles était plus élevé chez les enfants
que chez les adultes. Les patients réinfectés par le SARS-CoV-2 ont présenté des charges virales plus
faibles. Les charges virales étaient plus élevées chez les patients présentant les symptômes suivants :
mal de gorge, myalgies, céphalées, anosmie, agueusie. Elles étaient plus faibles chez les patients
présentant les symptômes suivants : dyspnée et détresse respiratoire. La charge virale n’était pas
influencée par la présence ou non de symptômes, soulignant le potentiel de propagation du virus par
les cas asymptomatiques.
Conclusion : L’impact de la pandémie sur le LCV a révélé l’importance de la coordination entre de
multiples partenaires et du soutien envers les professionnels de santé qui ont dû affronter plusieurs
défis et contraintes. Cette étude a démontré une association significative entre plusieurs paramètres
épidémiologiques, cliniques et virologiques du COVID-19. Ce travail a fait ressortir, entre autres,
l’importance des mesures prophylactiques pour la lutte contre cette pandémie et pourrait servir de
référence pour des études ultérieures sur les données virologiques de l’infection à SARS-CoV-2.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2312022 Président : Abdelkader ERROUGANI Directeur : Myriame SEFFAR Juge : Hakima KABBAJ Juge : Amine Idriss LAHLOU Juge : Redouane ABOUQUAL Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M2312022 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMed2022 Disponible Documents numériques
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Titre : INFECTIONS NEONATALES : ÉTAT DES LIEUX AU MAROC ET APPORT DU DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE ET MOLECULAIRE DANS LA PRISE EN CHARGE Type de document : thèse Auteurs : Kenza HATTOUFI, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Nouveau-né Nourrisson Rubéole Système de notification Toxoplasmose Séroprévalence Infection néonatale Pneumonie RT-PCR Newborn Infant Rubella Reporting system Toxoplasmosis Seroprevalence Neonatal infection Pneumonia RT-PCR حديثي الوالدة رضيع الحصبة األلمانية، نظام اإلبالغ داء المقوسات االنتشار المصلي عدوى حديثي
الوالدة االلتهاب الرئوي PCR-RTRésumé : Ce travail, réalisé au sein du Centre National de Référence en Néonatologie et Nutrition de
l'Hôpital d'Enfants du CHU-Rabat, met en lumière quatre maladies infectieuses qui touchent le
fœtus, le nouveau-né et le nourrisson. Il s’agit de la rubéole, de la toxoplasmose, de l’infection
néonatale bactérienne précoce et de la pneumonie.
Le premier volet de cette thèse a été consacré à la rubéole et la toxoplasmose dont les agents
pathogènes peuvent être transmis au fœtus au cours de la grossesse en causant respectivement le
syndrome de rubéole congénitale (SRC) et la toxoplasmose congénitale (TC).
Parmi les femmes ayant déjà effectué une sérologie de la rubéole, 85 % étaient immunisées.
En effet, la vaccination des femmes en âge de procréer reste le moyen préventif le plus efficace
contre le SRC. La mise en place d’un système national de notification des cas de SRC permettra
une meilleure connaissance de l’épidémiologie de la maladie, un bon suivi et une meilleure prise
en charge des cas dépistés et un contrôle rationnel de sa transmission. Concernant l’évaluation du
niveau de connaissance sur la toxoplasmose, 71 % des femmes interrogées n’avaient jamais
entendu parler de cette maladie. Parmi les 129 femmes dont le statut sérologique a été vérifié,
41 % étaient immunisées. Pour une sensibilisation accrue aux dangers de la TC, une collaboration
étroite entre professionnels de santé doit être mise en œuvre pour instaurer un programme éducatif
destiné aux femmes en âge de procréation. Il est également à prévoir un dépistage sérologique
généralisé pour la détection et le suivi des femmes séronégatives.
Le deuxième volet a été consacré aux infections néonatales bactériennes précoces. Au
cours de la période d’étude et sur 2787 hospitalisations, 1253 nouveau-nés (soit 45 %) étaient
admis pour prise en charge d’un risque infectieux. Selon les résultats de la présente étude, la
situation des infections néonatales reste inquiétante. De ce fait, le dépistage et la prise en charge
des infections néonatales représentent un défi majeur qui nécessite une coordination entre
pédiatres, obstétriciens et biologistes.
Au troisième volet, on a abordé la pneumonie du nourrisson, première cause de mortalité
par maladie infectieuse chez les enfants de moins de 5 ans au Maroc. Parmi 86 cas suspects de
pneumonie, 71 enfants (83 %) avaient au moins un agent pathogène. En utilisant un test qualitatif
de RT-PCR multiplex (RespiFinder® 22), neuf espèces virales et une espèce bactérienne ont été
identifiées. Les étiologies identifiées étaient dominées par le virus respiratoire syncytial (49 %).
Le diagnostic étiologique des pneumonies permet au praticien de prescrire le traitement approprié
et de réduire l'usage abusif d’antibiotiques.
Mots clès : Nouveau-né, Nourrisson, Rubéole, Système de notification, Toxoplasmose,
Séroprévalence, Infection néonatale, Pneumonie, RT-PCR.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0342021 Président : ZOUHDI Mimoun Directeur : KHARBACH Aicha Juge : BARKAT Amina Juge : TLIGUI Houssain Juge : CHEBABE Milouda ; OBTEL Majdouline Examinateur INFECTIONS NEONATALES : ÉTAT DES LIEUX AU MAROC ET APPORT DU DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE ET MOLECULAIRE DANS LA PRISE EN CHARGE [thèse] / Kenza HATTOUFI, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Nouveau-né Nourrisson Rubéole Système de notification Toxoplasmose Séroprévalence Infection néonatale Pneumonie RT-PCR Newborn Infant Rubella Reporting system Toxoplasmosis Seroprevalence Neonatal infection Pneumonia RT-PCR حديثي الوالدة رضيع الحصبة األلمانية، نظام اإلبالغ داء المقوسات االنتشار المصلي عدوى حديثي
الوالدة االلتهاب الرئوي PCR-RTRésumé : Ce travail, réalisé au sein du Centre National de Référence en Néonatologie et Nutrition de
l'Hôpital d'Enfants du CHU-Rabat, met en lumière quatre maladies infectieuses qui touchent le
fœtus, le nouveau-né et le nourrisson. Il s’agit de la rubéole, de la toxoplasmose, de l’infection
néonatale bactérienne précoce et de la pneumonie.
Le premier volet de cette thèse a été consacré à la rubéole et la toxoplasmose dont les agents
pathogènes peuvent être transmis au fœtus au cours de la grossesse en causant respectivement le
syndrome de rubéole congénitale (SRC) et la toxoplasmose congénitale (TC).
Parmi les femmes ayant déjà effectué une sérologie de la rubéole, 85 % étaient immunisées.
En effet, la vaccination des femmes en âge de procréer reste le moyen préventif le plus efficace
contre le SRC. La mise en place d’un système national de notification des cas de SRC permettra
une meilleure connaissance de l’épidémiologie de la maladie, un bon suivi et une meilleure prise
en charge des cas dépistés et un contrôle rationnel de sa transmission. Concernant l’évaluation du
niveau de connaissance sur la toxoplasmose, 71 % des femmes interrogées n’avaient jamais
entendu parler de cette maladie. Parmi les 129 femmes dont le statut sérologique a été vérifié,
41 % étaient immunisées. Pour une sensibilisation accrue aux dangers de la TC, une collaboration
étroite entre professionnels de santé doit être mise en œuvre pour instaurer un programme éducatif
destiné aux femmes en âge de procréation. Il est également à prévoir un dépistage sérologique
généralisé pour la détection et le suivi des femmes séronégatives.
Le deuxième volet a été consacré aux infections néonatales bactériennes précoces. Au
cours de la période d’étude et sur 2787 hospitalisations, 1253 nouveau-nés (soit 45 %) étaient
admis pour prise en charge d’un risque infectieux. Selon les résultats de la présente étude, la
situation des infections néonatales reste inquiétante. De ce fait, le dépistage et la prise en charge
des infections néonatales représentent un défi majeur qui nécessite une coordination entre
pédiatres, obstétriciens et biologistes.
Au troisième volet, on a abordé la pneumonie du nourrisson, première cause de mortalité
par maladie infectieuse chez les enfants de moins de 5 ans au Maroc. Parmi 86 cas suspects de
pneumonie, 71 enfants (83 %) avaient au moins un agent pathogène. En utilisant un test qualitatif
de RT-PCR multiplex (RespiFinder® 22), neuf espèces virales et une espèce bactérienne ont été
identifiées. Les étiologies identifiées étaient dominées par le virus respiratoire syncytial (49 %).
Le diagnostic étiologique des pneumonies permet au praticien de prescrire le traitement approprié
et de réduire l'usage abusif d’antibiotiques.
Mots clès : Nouveau-né, Nourrisson, Rubéole, Système de notification, Toxoplasmose,
Séroprévalence, Infection néonatale, Pneumonie, RT-PCR.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0342021 Président : ZOUHDI Mimoun Directeur : KHARBACH Aicha Juge : BARKAT Amina Juge : TLIGUI Houssain Juge : CHEBABE Milouda ; OBTEL Majdouline Examinateur Réservation
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