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Titre : DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE DE L’INFECTION A SARS-COV-2 : EXPERIENCE DU LABORATOIRE CENTRAL DE VIROLOGIE DU CHU IBN SINA Type de document : thèse Auteurs : ZOUBIR KAOUTAR, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-COV-2 COVID 19 Diagnostic Epidémiologie Symptomatologie RT-PCR Charge virale SARS-CoV-2 COVID-19 diagnosis epidemiology symptomatology RT-PCR viral load كورونا-سارس -2 مرض كوفيد 19 ،تشخيص علم األوبئة األعراض PCR-RT الحمل الفيروسي Résumé : Introduction : Le COVID-19 est une infection respiratoire aiguë, hautement contagieuse, causée par
le SARS-CoV-2. L’impact de la pandémie sur les différents systèmes de santé était accablant.
L’objectif de notre travail est de décrire le rôle du laboratoire dans le diagnostic virologique de
l’infection par le SARS-CoV-2 ainsi que de faire une analyse épidémiologique, clinique et
virologique.
Matériels et méthodes : Il s’agit d’une étude descriptive rétrospective, intéressant une série de cas,
réalisée au Laboratoire Central de Virologie (LCV) du CHU Ibn Sina, Hôpital des spécialités, Rabat,
sur une période de 12 mois, entre Avril 2020 et Mars 2021. Le diagnostic virologique s’est basé sur
une extraction automatisée de l’ARN viral suivie d’une RT-PCR en temps réel, selon la technologie
Taqman, utilisant le kit MAScIR.
Résultats : Durant notre étude, nous avons analysé 4002 échantillons provenant du CHU avec un
résultat RT-PCR positif pour le SARS-CoV-2. La médiane d’âge était de 44 ans avec un intervalle
interquartile de [29 ; 60]. Le sexe ratio H/F était de 0,77. Le pic de cas était situé au mois de
Novembre 2020.
Les comorbidités les plus fréquentes étaient le diabète (31%) et l’hypertension artérielle (28%).
Les signes cliniques étaient dominés par la fièvre (55%), la toux (53%), les céphalées (29 %), la
dyspnée (28%), les myalgies (26%) et le mal de gorge (26%). 10% des cas étaient asymptomatiques.
Le pourcentage des asymptomatiques chez les femmes était plus élevé que chez les hommes. Les
enfants présentaient aussi plus de formes asymptomatiques. Le pourcentage des cas symptomatiques
était plus élevé parmi les patients diabétiques (99,2%) que parmi les patients non diabétiques (93,1%).
Selon les valeurs des Ct des gènes cibles, la population de l’étude a été répartie en positif fort (29%),
positif (53%) et positif faible (18%). Le pourcentage de positifs faibles était plus élevé chez les enfants
que chez les adultes. Les patients réinfectés par le SARS-CoV-2 ont présenté des charges virales plus
faibles. Les charges virales étaient plus élevées chez les patients présentant les symptômes suivants :
mal de gorge, myalgies, céphalées, anosmie, agueusie. Elles étaient plus faibles chez les patients
présentant les symptômes suivants : dyspnée et détresse respiratoire. La charge virale n’était pas
influencée par la présence ou non de symptômes, soulignant le potentiel de propagation du virus par
les cas asymptomatiques.
Conclusion : L’impact de la pandémie sur le LCV a révélé l’importance de la coordination entre de
multiples partenaires et du soutien envers les professionnels de santé qui ont dû affronter plusieurs
défis et contraintes. Cette étude a démontré une association significative entre plusieurs paramètres
épidémiologiques, cliniques et virologiques du COVID-19. Ce travail a fait ressortir, entre autres,
l’importance des mesures prophylactiques pour la lutte contre cette pandémie et pourrait servir de
référence pour des études ultérieures sur les données virologiques de l’infection à SARS-CoV-2.
Numéro (Pour les thèses) : M2312022 Président : Abdelkader ERROUGANI Rapporteur : Myriame SEFFAR Juge : Hakima KABBAJ Juge : Amine Idriss LAHLOU Juge : Redouane ABOUQUAL DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE DE L’INFECTION A SARS-COV-2 : EXPERIENCE DU LABORATOIRE CENTRAL DE VIROLOGIE DU CHU IBN SINA [thèse] / ZOUBIR KAOUTAR, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : SARS-COV-2 COVID 19 Diagnostic Epidémiologie Symptomatologie RT-PCR Charge virale SARS-CoV-2 COVID-19 diagnosis epidemiology symptomatology RT-PCR viral load كورونا-سارس -2 مرض كوفيد 19 ،تشخيص علم األوبئة األعراض PCR-RT الحمل الفيروسي Résumé : Introduction : Le COVID-19 est une infection respiratoire aiguë, hautement contagieuse, causée par
le SARS-CoV-2. L’impact de la pandémie sur les différents systèmes de santé était accablant.
L’objectif de notre travail est de décrire le rôle du laboratoire dans le diagnostic virologique de
l’infection par le SARS-CoV-2 ainsi que de faire une analyse épidémiologique, clinique et
virologique.
Matériels et méthodes : Il s’agit d’une étude descriptive rétrospective, intéressant une série de cas,
réalisée au Laboratoire Central de Virologie (LCV) du CHU Ibn Sina, Hôpital des spécialités, Rabat,
sur une période de 12 mois, entre Avril 2020 et Mars 2021. Le diagnostic virologique s’est basé sur
une extraction automatisée de l’ARN viral suivie d’une RT-PCR en temps réel, selon la technologie
Taqman, utilisant le kit MAScIR.
Résultats : Durant notre étude, nous avons analysé 4002 échantillons provenant du CHU avec un
résultat RT-PCR positif pour le SARS-CoV-2. La médiane d’âge était de 44 ans avec un intervalle
interquartile de [29 ; 60]. Le sexe ratio H/F était de 0,77. Le pic de cas était situé au mois de
Novembre 2020.
Les comorbidités les plus fréquentes étaient le diabète (31%) et l’hypertension artérielle (28%).
Les signes cliniques étaient dominés par la fièvre (55%), la toux (53%), les céphalées (29 %), la
dyspnée (28%), les myalgies (26%) et le mal de gorge (26%). 10% des cas étaient asymptomatiques.
Le pourcentage des asymptomatiques chez les femmes était plus élevé que chez les hommes. Les
enfants présentaient aussi plus de formes asymptomatiques. Le pourcentage des cas symptomatiques
était plus élevé parmi les patients diabétiques (99,2%) que parmi les patients non diabétiques (93,1%).
Selon les valeurs des Ct des gènes cibles, la population de l’étude a été répartie en positif fort (29%),
positif (53%) et positif faible (18%). Le pourcentage de positifs faibles était plus élevé chez les enfants
que chez les adultes. Les patients réinfectés par le SARS-CoV-2 ont présenté des charges virales plus
faibles. Les charges virales étaient plus élevées chez les patients présentant les symptômes suivants :
mal de gorge, myalgies, céphalées, anosmie, agueusie. Elles étaient plus faibles chez les patients
présentant les symptômes suivants : dyspnée et détresse respiratoire. La charge virale n’était pas
influencée par la présence ou non de symptômes, soulignant le potentiel de propagation du virus par
les cas asymptomatiques.
Conclusion : L’impact de la pandémie sur le LCV a révélé l’importance de la coordination entre de
multiples partenaires et du soutien envers les professionnels de santé qui ont dû affronter plusieurs
défis et contraintes. Cette étude a démontré une association significative entre plusieurs paramètres
épidémiologiques, cliniques et virologiques du COVID-19. Ce travail a fait ressortir, entre autres,
l’importance des mesures prophylactiques pour la lutte contre cette pandémie et pourrait servir de
référence pour des études ultérieures sur les données virologiques de l’infection à SARS-CoV-2.
Numéro (Pour les thèses) : M2312022 Président : Abdelkader ERROUGANI Rapporteur : Myriame SEFFAR Juge : Hakima KABBAJ Juge : Amine Idriss LAHLOU Juge : Redouane ABOUQUAL Réservation
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M2312022URL
Titre : LE GENRE BORDETELLA DE LA PHYLOGÉNIE À LA PATHOGÉNIE Type de document : thèse Auteurs : HMIDOU Fatima, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Bordetella coqueluche diagnostic épidémiologie traitement vaccins Bordetella diagnosis epidemiology treatment vaccines whooping cough بورديتلا تشخيص سعال الديكي علاج علم الأوبئة اللقاح Résumé : Le genre Bordetella comprend seize espèces, dont B. pertussis et B. parapertussis sont les
agents de la coqueluche. B. bronchiseptica provoque des maladies respiratoires chez diverses
espèces de mammifères et occasionnellement chez l'homme. Les autres espèces sont associées
à des infections humaines, à l'exception de B. pseudohinzii, B. muralis, B. tumulicolae, et B.
tumbae. Les bactéries Bordetella sont des coccobacilles à Gram négatif difficiles à isoler et à
cultiver. Ces germes synthétisent de nombreux protéines, notamment des adhésines et des
toxines, qui sont impliqués dans leur pouvoir pathogène.
La maladie la plus caractéristique du genre Bordetella est la coqueluche causée par B. pertussis
et B. parapertussis, qui est endémique à l'échelle mondiale, elle touche tous les groupes d'âge
et peut entraîner la mort chez les nourrissons. Le diagnostic biologique direct de la bactérie
Bordetella se base sur la culture, l'immunofluorescence et la PCR. Le diagnostic indirect repose
sur la sérologie, dosage d’agglutinines, dosage immuno-empreinte et immuno-enzymatique.
D’autres examens sont ajoutés pour identifier la bactérie. Le traitement des infections à
Bordetella repose principalement sur l'antibiothérapie
La coqueluche étant un problème de santé mondial, les mesures préventives utilisées dans le
monde pour lutter contre la maladie sont soit la couverture vaccinale avec des vaccins à cellules
entières ou acellulaires, soit l'application d'une chimioprophylaxie antibiotique.Numéro (Pour les thèses) : P0012022 Président : ZOUHDI MIMOUN Rapporteur : YASSINE SEKHSOUKH Juge : TELLAL SAIDA Juge : AHMED GAOUZI LE GENRE BORDETELLA DE LA PHYLOGÉNIE À LA PATHOGÉNIE [thèse] / HMIDOU Fatima, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Bordetella coqueluche diagnostic épidémiologie traitement vaccins Bordetella diagnosis epidemiology treatment vaccines whooping cough بورديتلا تشخيص سعال الديكي علاج علم الأوبئة اللقاح Résumé : Le genre Bordetella comprend seize espèces, dont B. pertussis et B. parapertussis sont les
agents de la coqueluche. B. bronchiseptica provoque des maladies respiratoires chez diverses
espèces de mammifères et occasionnellement chez l'homme. Les autres espèces sont associées
à des infections humaines, à l'exception de B. pseudohinzii, B. muralis, B. tumulicolae, et B.
tumbae. Les bactéries Bordetella sont des coccobacilles à Gram négatif difficiles à isoler et à
cultiver. Ces germes synthétisent de nombreux protéines, notamment des adhésines et des
toxines, qui sont impliqués dans leur pouvoir pathogène.
La maladie la plus caractéristique du genre Bordetella est la coqueluche causée par B. pertussis
et B. parapertussis, qui est endémique à l'échelle mondiale, elle touche tous les groupes d'âge
et peut entraîner la mort chez les nourrissons. Le diagnostic biologique direct de la bactérie
Bordetella se base sur la culture, l'immunofluorescence et la PCR. Le diagnostic indirect repose
sur la sérologie, dosage d’agglutinines, dosage immuno-empreinte et immuno-enzymatique.
D’autres examens sont ajoutés pour identifier la bactérie. Le traitement des infections à
Bordetella repose principalement sur l'antibiothérapie
La coqueluche étant un problème de santé mondial, les mesures préventives utilisées dans le
monde pour lutter contre la maladie sont soit la couverture vaccinale avec des vaccins à cellules
entières ou acellulaires, soit l'application d'une chimioprophylaxie antibiotique.Numéro (Pour les thèses) : P0012022 Président : ZOUHDI MIMOUN Rapporteur : YASSINE SEKHSOUKH Juge : TELLAL SAIDA Juge : AHMED GAOUZI Réservation
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Titre : LE TERATOME SACROCOCCYGIEN DE L’ENFANT (A PROPOS DE 26 CAS) Type de document : thèse Auteurs : Nada BOURAOUD, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Tératome sacro-coccygien Chirurgie précoce Evolution Diagnostic Neonatal Sacrococcygeal teratoma Treatment Diagnosis Prognosis حدیثي الولادة الورم المسخي العجزي العصعصي العلاج التشخیص التكھن Résumé : Nous rapportons 26 cas de TSC colligés au service de chirurgie pédiatrique du CHU Ibn Sina de Rabat,
durant une période de 22 ans, s’étalant de 1998 à 2020. Le principal objectif de notre étude rétrospective est
d’étudier ainsi que de comparer les aspects de cette pathologie sur le plan épidémiologique, clinique, biologique,
histologique, morphologique et thérapeutique entre notre étude et la littérature.
Dans notre étude, la prédominance féminine est nette avec 69,2% de filles contre 30,8% de garçons.
Le diagnostic a été évoqué en anténatal dans 1 seul cas. 12 cas ont été diagnostiqués à la naissance, 3 cas
entre 1 mois et 1 an et 10 cas après 1 an.
Aucun de nos patients ne rapporte d’antécédents familiaux de TSC ni de notion de gémellité.
L’accouchement a été effectué par voie basse chez 22 patients alors que la voie haute a été nécessaire
chez 3 patients.
La masse tumorale a été le motif de consultation dans 77% des cas suivie par la constipation dans 27%
des cas. Les manifestations neurologiques ont occupé la 3ème place avec un pourcentage de 23%. Les
manifestations urologiques à type de RAU et dysurie ont révélé la maladie dans 15.4% des cas.
L’examen clinique a objectivé des masses tumorales d’aspect normal chez 25 patients et ulcéré chez 1
patient. L’anus était dévié en avant chez 6 patients.
La taille tumorale variait entre 2,5 cm et 23 cm avec une moyenne de 8 cm.
Aucune malformation associée n’a été retrouvée dans notre étude.
L’imagerie a évoqué le diagnostic de TSC dans tous les cas sauf chez un patient où le TSC a été
initialement diagnostiqué comme étant un neuroblastome.
Le bilan d’extension est revenu positif dans 3 cas.
Le dosage de l’AFP a été effectué chez l’ensemble de nos malades avec des taux positifs dans 18 cas dont
4 supérieurs à 15 000 UI/ml.
L’abord chirurgical s’est fait par voie périnéale chez 25 malades et par voie abdomino-périnéale chez 5
malades. Le traitement chirurgical a consisté en l'exérèse complète de la tumeur avec coccygectomie chez tous
nos patients.
13 patients ont nécessité une chimiothérapie.
L’étude anatomo-pathologique est revenu en faveur d’un tératome mature chez 15 patients, d’un tératome
immature chez 5 patients et d’un tératome malin chez 6 patients dont 5 tumeurs vitellines et 1 carcinome
embryonnaire.
Le suivi postopératoire a révélé une surinfection de plaie et une fistule rectale.
L’évolution au moyen court a été favorable dans 15 cas. 2 patients ont été rapidement perdus de vue, 9
ont récidivé et 2 sont décédés.
Le suivi au long terme n’a malheureusement pas eu lieu.
Le pronostic des TSC diagnostiqués avant 2 mois est généralement bon contrairement à ceux
diagnostiqués après 2 mois à cause du risque de transformation maligne avec l’âge. Pour cela, une triple
surveillance clinique, biologique et radiologique est préconisée pendant au moins 3 ans.Numéro (Pour les thèses) : M0452022 Président : Laila HESSISSEN Rapporteur : Mounir KISRA Juge : Mohamed EL KHORASSANI Juge : Maria KABABRI Juge : KILI AMINA LE TERATOME SACROCOCCYGIEN DE L’ENFANT (A PROPOS DE 26 CAS) [thèse] / Nada BOURAOUD, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Tératome sacro-coccygien Chirurgie précoce Evolution Diagnostic Neonatal Sacrococcygeal teratoma Treatment Diagnosis Prognosis حدیثي الولادة الورم المسخي العجزي العصعصي العلاج التشخیص التكھن Résumé : Nous rapportons 26 cas de TSC colligés au service de chirurgie pédiatrique du CHU Ibn Sina de Rabat,
durant une période de 22 ans, s’étalant de 1998 à 2020. Le principal objectif de notre étude rétrospective est
d’étudier ainsi que de comparer les aspects de cette pathologie sur le plan épidémiologique, clinique, biologique,
histologique, morphologique et thérapeutique entre notre étude et la littérature.
Dans notre étude, la prédominance féminine est nette avec 69,2% de filles contre 30,8% de garçons.
Le diagnostic a été évoqué en anténatal dans 1 seul cas. 12 cas ont été diagnostiqués à la naissance, 3 cas
entre 1 mois et 1 an et 10 cas après 1 an.
Aucun de nos patients ne rapporte d’antécédents familiaux de TSC ni de notion de gémellité.
L’accouchement a été effectué par voie basse chez 22 patients alors que la voie haute a été nécessaire
chez 3 patients.
La masse tumorale a été le motif de consultation dans 77% des cas suivie par la constipation dans 27%
des cas. Les manifestations neurologiques ont occupé la 3ème place avec un pourcentage de 23%. Les
manifestations urologiques à type de RAU et dysurie ont révélé la maladie dans 15.4% des cas.
L’examen clinique a objectivé des masses tumorales d’aspect normal chez 25 patients et ulcéré chez 1
patient. L’anus était dévié en avant chez 6 patients.
La taille tumorale variait entre 2,5 cm et 23 cm avec une moyenne de 8 cm.
Aucune malformation associée n’a été retrouvée dans notre étude.
L’imagerie a évoqué le diagnostic de TSC dans tous les cas sauf chez un patient où le TSC a été
initialement diagnostiqué comme étant un neuroblastome.
Le bilan d’extension est revenu positif dans 3 cas.
Le dosage de l’AFP a été effectué chez l’ensemble de nos malades avec des taux positifs dans 18 cas dont
4 supérieurs à 15 000 UI/ml.
L’abord chirurgical s’est fait par voie périnéale chez 25 malades et par voie abdomino-périnéale chez 5
malades. Le traitement chirurgical a consisté en l'exérèse complète de la tumeur avec coccygectomie chez tous
nos patients.
13 patients ont nécessité une chimiothérapie.
L’étude anatomo-pathologique est revenu en faveur d’un tératome mature chez 15 patients, d’un tératome
immature chez 5 patients et d’un tératome malin chez 6 patients dont 5 tumeurs vitellines et 1 carcinome
embryonnaire.
Le suivi postopératoire a révélé une surinfection de plaie et une fistule rectale.
L’évolution au moyen court a été favorable dans 15 cas. 2 patients ont été rapidement perdus de vue, 9
ont récidivé et 2 sont décédés.
Le suivi au long terme n’a malheureusement pas eu lieu.
Le pronostic des TSC diagnostiqués avant 2 mois est généralement bon contrairement à ceux
diagnostiqués après 2 mois à cause du risque de transformation maligne avec l’âge. Pour cela, une triple
surveillance clinique, biologique et radiologique est préconisée pendant au moins 3 ans.Numéro (Pour les thèses) : M0452022 Président : Laila HESSISSEN Rapporteur : Mounir KISRA Juge : Mohamed EL KHORASSANI Juge : Maria KABABRI Juge : KILI AMINA Réservation
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M0452022URL
Titre : THYROGLOSSAL DUCT CYSTS IN CHILDREN : DIAGNOSTIC AND SURGICAL APPROACH Type de document : thèse Auteurs : Chiraz HASSOUN, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Thyroglossal duct cyst Diagnosis SISTRUNK technique Recurrences Robotic surgery Kyste du tractus thyréoglosse Diagnostic Technique de SISTRUNK Récidives Chirurgie robotique كیس القناة الدرقیة التشخیص تقنیة سیسترنك ظاھرة الرجعة الجراحة الروبوتیة. Résumé : Thyroglossal duct cysts (TDCs) are congenital cervical malformations. Their percentage is
found to be between 70% and 75% of the midline swellings of the neck in the pediatric
population.
The aim of our study is to evaluate the epidemiological, clinical and therapeutic data and to
try to determine the elements that may explain the occurrence of complications and
recurrences by retrospective analysis of a series of 32 patients consecutive with TDCs
managed in the Infant Surgery Department "A" at the Children's Hospital of Rabat, between
2015 and 2020.
Analysis of distribution based on age and gender shows male predominance (62,5% of cases).
The mean age of the female patients at presentation is 6,63 years with extremes ranging from
3 years to 11 years while the mean age of the male patients is 6,71 years with extremes
ranging from 1 years to 15 years. The most affected age group is between 6 to 12 years.
The usual clinical presentation is a cervical mass, movable, non-tender, sometimes elevating
during swallowing or protrusion of the tongue. In the majority of cases, the location of the
cysts is median and supra-hyoid.
Cervical ultrasound is performed in all patients, showing a typical appearance of the cyst and
verifying the normal position of the thyroid.
Surgery by the Sistrunk procedure remains the treatment of choice. However, new
recommendations for surgical techniques have been proposed in the literature such as surgical
endoscopy and robotic surgery in the management of thyroglossal duct cysts, but despite their
satisfactory results, there is a need for more multicenter studies based on a larger population
to compare head and neck robotic surgeries with other surgical techniques.Numéro (Pour les thèses) : M1232022 Président : Mounir KISRA Rapporteur : Mounir KISRA Juge : Houssain TLIGUI Juge : Hicham ZERHOUNI THYROGLOSSAL DUCT CYSTS IN CHILDREN : DIAGNOSTIC AND SURGICAL APPROACH [thèse] / Chiraz HASSOUN, Auteur . - 2022.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Thyroglossal duct cyst Diagnosis SISTRUNK technique Recurrences Robotic surgery Kyste du tractus thyréoglosse Diagnostic Technique de SISTRUNK Récidives Chirurgie robotique كیس القناة الدرقیة التشخیص تقنیة سیسترنك ظاھرة الرجعة الجراحة الروبوتیة. Résumé : Thyroglossal duct cysts (TDCs) are congenital cervical malformations. Their percentage is
found to be between 70% and 75% of the midline swellings of the neck in the pediatric
population.
The aim of our study is to evaluate the epidemiological, clinical and therapeutic data and to
try to determine the elements that may explain the occurrence of complications and
recurrences by retrospective analysis of a series of 32 patients consecutive with TDCs
managed in the Infant Surgery Department "A" at the Children's Hospital of Rabat, between
2015 and 2020.
Analysis of distribution based on age and gender shows male predominance (62,5% of cases).
The mean age of the female patients at presentation is 6,63 years with extremes ranging from
3 years to 11 years while the mean age of the male patients is 6,71 years with extremes
ranging from 1 years to 15 years. The most affected age group is between 6 to 12 years.
The usual clinical presentation is a cervical mass, movable, non-tender, sometimes elevating
during swallowing or protrusion of the tongue. In the majority of cases, the location of the
cysts is median and supra-hyoid.
Cervical ultrasound is performed in all patients, showing a typical appearance of the cyst and
verifying the normal position of the thyroid.
Surgery by the Sistrunk procedure remains the treatment of choice. However, new
recommendations for surgical techniques have been proposed in the literature such as surgical
endoscopy and robotic surgery in the management of thyroglossal duct cysts, but despite their
satisfactory results, there is a need for more multicenter studies based on a larger population
to compare head and neck robotic surgeries with other surgical techniques.Numéro (Pour les thèses) : M1232022 Président : Mounir KISRA Rapporteur : Mounir KISRA Juge : Houssain TLIGUI Juge : Hicham ZERHOUNI Réservation
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