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IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS USING RNA-SEQ DATA: A CASE STUDY IN MALE AND FEMALE CHILDREN WITH MEDULLOBLASTOMA / Nihal HABIB
Titre : IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS USING RNA-SEQ DATA: A CASE STUDY IN MALE AND FEMALE CHILDREN WITH MEDULLOBLASTOMA Type de document : thèse Auteurs : Nihal HABIB, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : miRNA transcriptomics Gene Expression regulation Differential expression Medulloblastoma Cancer RNA-seq Bioinformatics RSubread DESeq2 miARN transcriptomique régulation de l'expression génique expression différentielle médulloblastome cancer RNA-seq bioinformatique RSubread DESeq2. Résumé : microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that contain approximately 22 nucleotides and they play important roles in regulating gene expression in animals, plants and some viruses. Their regulation has been implicated in the pathogenesis of a number of human pathologies including cancers. In the present work, we aimed to investigate expression profiles of micro-RNA (miRNA) in patients with Medulloblastoma cancer, which is the most common type of primary brain cancer in children. It starts in the lower back part of the brain, called the cerebellum which is involved in muscle coordination, balance and movement. . The number of methods and softwares for differential expression analysis from RNA-Seq data increased rapidly. In this comparative study, we identified and analysed Human sex-biased Micro-RNAs in infants by examining a transcriptome dataset of patients with Medulloblastoma. This was done using RSubread as a tool for mapping and its command “featurescounts” to quantify the miRNAs, and DESeq2 bioinformatics package to conduct a differential analysis of miRNAs between infant males and females. Consequently, 147 miRNAs were found differentially expressed with different abundances between the sexes.The results further highlight the applicability of miRNA expression patterns as potential markers of human Medulloblastoma cancer and most probably other cancers in children. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0372020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Hassan GHAZAL Juge : Mustapha CHAMEKH Juge : Said BARRIJAL Juge : Chohra TALBI IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS USING RNA-SEQ DATA: A CASE STUDY IN MALE AND FEMALE CHILDREN WITH MEDULLOBLASTOMA [thèse] / Nihal HABIB, Auteur . - 2020.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : miRNA transcriptomics Gene Expression regulation Differential expression Medulloblastoma Cancer RNA-seq Bioinformatics RSubread DESeq2 miARN transcriptomique régulation de l'expression génique expression différentielle médulloblastome cancer RNA-seq bioinformatique RSubread DESeq2. Résumé : microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that contain approximately 22 nucleotides and they play important roles in regulating gene expression in animals, plants and some viruses. Their regulation has been implicated in the pathogenesis of a number of human pathologies including cancers. In the present work, we aimed to investigate expression profiles of micro-RNA (miRNA) in patients with Medulloblastoma cancer, which is the most common type of primary brain cancer in children. It starts in the lower back part of the brain, called the cerebellum which is involved in muscle coordination, balance and movement. . The number of methods and softwares for differential expression analysis from RNA-Seq data increased rapidly. In this comparative study, we identified and analysed Human sex-biased Micro-RNAs in infants by examining a transcriptome dataset of patients with Medulloblastoma. This was done using RSubread as a tool for mapping and its command “featurescounts” to quantify the miRNAs, and DESeq2 bioinformatics package to conduct a differential analysis of miRNAs between infant males and females. Consequently, 147 miRNAs were found differentially expressed with different abundances between the sexes.The results further highlight the applicability of miRNA expression patterns as potential markers of human Medulloblastoma cancer and most probably other cancers in children. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0372020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Hassan GHAZAL Juge : Mustapha CHAMEKH Juge : Said BARRIJAL Juge : Chohra TALBI Réservation
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MM0372020URL THERAPIE CIBLEE PAR LES VECTEURS HYBRIDES « AAV/PHAGES» DANS LE MEDULLOBLASTOME PEDIATRIQUE. / AIT OUCHAOUI ABDERRAHIM
Titre : THERAPIE CIBLEE PAR LES VECTEURS HYBRIDES « AAV/PHAGES» DANS LE MEDULLOBLASTOME PEDIATRIQUE. Type de document : thèse Auteurs : AIT OUCHAOUI ABDERRAHIM, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Médulloblastome shARN TPA thérapie ciblée tumeur vecteur hybride spécificité, efficacité Medulloblastoma shRNA TPA targeted therapy tumour hybrid vector specificity efficacy ورم أرومي نخاعي shRNA , TPA العلاج الموجه الورم الناقل الهجين النوعية الفعالية Résumé : Le médulloblastome est la tumeur cérébrale maligne la plus fréquente chez les enfants, elle est très agressive avec un faible taux de survie. Le médulloblastome se développe à l'arrière du cerveau dans le cervelet et se propage rapidement et est difficile à traiter. Une intervention chirurgicale est nécessaire pour retirer la majeure partie de la tumeur, puis la radiothérapie et la chimiothérapie sont utilisées pour détruire et ralentir la croissance de la tumeur restante ainsi inhiber l’angiogenèse tumorale mais avec une très faible efficacité et spécificité ce qui laisse des dommages cognitifs à long terme chez les enfants. La mauvaise qualité de la vie des survivants qui souffrent des troubles cognitifs, neurologiques, hormonaux… rendre le développement d’un traitement plus efficace et plus spécifique avec peu d’effets indésirables une urgence. Le shRNA a montré une grande spécificité dans l’inhibition de la croissance cellulaire au niveau des tumeurs, mais la barrière hémato-encéphalique complique ce traitement car elle empêche l’acheminement de shRNA vers le cerveau, donc il faut développer une plateforme de délivrance ciblée de shRNA au niveau de la tumeur. Une nouvelle génération de vecteurs hybrides procaryotes-eucaryotes (AAV/Phage transmorphique) a été développée pour la délivrance des shRNA thérapeutiques en ciblant sélectivement la tumeur. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0082022 Président : OUADGHIRI Mouna Directeur : BENTAYEBI Kaoutar Juge : KANDOUSSI Ilham THERAPIE CIBLEE PAR LES VECTEURS HYBRIDES « AAV/PHAGES» DANS LE MEDULLOBLASTOME PEDIATRIQUE. [thèse] / AIT OUCHAOUI ABDERRAHIM, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Médulloblastome shARN TPA thérapie ciblée tumeur vecteur hybride spécificité, efficacité Medulloblastoma shRNA TPA targeted therapy tumour hybrid vector specificity efficacy ورم أرومي نخاعي shRNA , TPA العلاج الموجه الورم الناقل الهجين النوعية الفعالية Résumé : Le médulloblastome est la tumeur cérébrale maligne la plus fréquente chez les enfants, elle est très agressive avec un faible taux de survie. Le médulloblastome se développe à l'arrière du cerveau dans le cervelet et se propage rapidement et est difficile à traiter. Une intervention chirurgicale est nécessaire pour retirer la majeure partie de la tumeur, puis la radiothérapie et la chimiothérapie sont utilisées pour détruire et ralentir la croissance de la tumeur restante ainsi inhiber l’angiogenèse tumorale mais avec une très faible efficacité et spécificité ce qui laisse des dommages cognitifs à long terme chez les enfants. La mauvaise qualité de la vie des survivants qui souffrent des troubles cognitifs, neurologiques, hormonaux… rendre le développement d’un traitement plus efficace et plus spécifique avec peu d’effets indésirables une urgence. Le shRNA a montré une grande spécificité dans l’inhibition de la croissance cellulaire au niveau des tumeurs, mais la barrière hémato-encéphalique complique ce traitement car elle empêche l’acheminement de shRNA vers le cerveau, donc il faut développer une plateforme de délivrance ciblée de shRNA au niveau de la tumeur. Une nouvelle génération de vecteurs hybrides procaryotes-eucaryotes (AAV/Phage transmorphique) a été développée pour la délivrance des shRNA thérapeutiques en ciblant sélectivement la tumeur. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0082022 Président : OUADGHIRI Mouna Directeur : BENTAYEBI Kaoutar Juge : KANDOUSSI Ilham Réservation
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