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Titre : MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AND SARS-COV-2 GENOMIC ANALYSIS: INPUT INTO OUTBREAKS AND SURVEILLANCE INVESTIGATIONS Type de document : thèse Auteurs : Mariem LAAMARTI, Auteur Année de publication : 2021 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Genomic analysis Phylogeny drug resistance phylodynamic sequencing Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Analyse genomique Phylogenie resistance aux antibiotique , phylodynamique sequencage التحلیل الجینومي النشوء والتطور المقاومة الدینامیكا النباتیة SARS-CoV- المتفطرة السلیة 2 التسلسل Résumé : Comparative microbial genomics is increasingly used for high-resolution epidemiological
investigation of infectious agents' sources, transmission dynamics and antimicrobial
resistance.
In Chapter II, We performed the sequencing and genomic characterization of M.
Tuberculosis strains from Morocco to get insight into their genomic diversity, drug resistance,
population structure and identify potential mutations associated with drug resistance.
We conducted a whole-genome analysis of nine Morrocan M. tuberculosis isolates;
we identi ed 25 known mutations and 14 novel mutations in drug-associated genes and
provided experimental support for them. We found that all resistance and susceptible
strains clustered with LAM9 and Haarlem, respectively, belonging to the Euro-American
clade. The modelling of GyrA/GyrB mutations showed a decrease in the binding anity
with levo
oxacin.
Chapter III addresses the comparative genomic of SARS-CoV-2 from Morocco to
identify genetic variants as a crucial step in evaluating the spread in Morocco. This
study revealed 108 mutations in their genomes. The analysis haplotype network suggests
di erent sources of SARS-CoV-2 infection in Morocco.
In Chapter IV, we collected SARS-CoV-2 genomes isolated from 80 countries.The results
showed genotypes speci c to geographic location. Moreover, evolution over time has
demonstrated a mechanism of mutation co-accumulation, which might a ect the severity
and spread of the SARS-CoV-2 suggesting that a universal vaccine is more likely to be
ecient for all strains.
On the other hand, the selective pressure analysis revealed negatively selected residues
that could be considered therapeutic targets. We have also created an inclusive uni ed
database that lists all of the genetic variants of the SARS-CoV-2 genomes found in this
study.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0112021 Président : Abdallah BADOU Directeur : Azeddine IBRAHIMI ; Samir SIAH Juge : Rachid ELJAOUDI Juge : Laila SBABOU ; Mohammed EL AZAMI EL IDRISSI ; Juge : Lahcen BELYAMANI ; Mouna OUAD MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AND SARS-COV-2 GENOMIC ANALYSIS: INPUT INTO OUTBREAKS AND SURVEILLANCE INVESTIGATIONS [thèse] / Mariem LAAMARTI, Auteur . - 2021.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Genomic analysis Phylogeny drug resistance phylodynamic sequencing Mycobacterium Tuberculosis SARS-Cov-2 Analyse genomique Phylogenie resistance aux antibiotique , phylodynamique sequencage التحلیل الجینومي النشوء والتطور المقاومة الدینامیكا النباتیة SARS-CoV- المتفطرة السلیة 2 التسلسل Résumé : Comparative microbial genomics is increasingly used for high-resolution epidemiological
investigation of infectious agents' sources, transmission dynamics and antimicrobial
resistance.
In Chapter II, We performed the sequencing and genomic characterization of M.
Tuberculosis strains from Morocco to get insight into their genomic diversity, drug resistance,
population structure and identify potential mutations associated with drug resistance.
We conducted a whole-genome analysis of nine Morrocan M. tuberculosis isolates;
we identi ed 25 known mutations and 14 novel mutations in drug-associated genes and
provided experimental support for them. We found that all resistance and susceptible
strains clustered with LAM9 and Haarlem, respectively, belonging to the Euro-American
clade. The modelling of GyrA/GyrB mutations showed a decrease in the binding anity
with levo
oxacin.
Chapter III addresses the comparative genomic of SARS-CoV-2 from Morocco to
identify genetic variants as a crucial step in evaluating the spread in Morocco. This
study revealed 108 mutations in their genomes. The analysis haplotype network suggests
di erent sources of SARS-CoV-2 infection in Morocco.
In Chapter IV, we collected SARS-CoV-2 genomes isolated from 80 countries.The results
showed genotypes speci c to geographic location. Moreover, evolution over time has
demonstrated a mechanism of mutation co-accumulation, which might a ect the severity
and spread of the SARS-CoV-2 suggesting that a universal vaccine is more likely to be
ecient for all strains.
On the other hand, the selective pressure analysis revealed negatively selected residues
that could be considered therapeutic targets. We have also created an inclusive uni ed
database that lists all of the genetic variants of the SARS-CoV-2 genomes found in this
study.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0112021 Président : Abdallah BADOU Directeur : Azeddine IBRAHIMI ; Samir SIAH Juge : Rachid ELJAOUDI Juge : Laila SBABOU ; Mohammed EL AZAMI EL IDRISSI ; Juge : Lahcen BELYAMANI ; Mouna OUAD Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0112021 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2021 Disponible Documents numériques
D0112021URL
Titre : PROFIL ÉPIDÉMIOLOGIQUE, CLINIQUE, THÉRAPEUTIQUE ET ÉVOLUTIF DES INFECTIONS URINAIRES A PROPOS D’UNE SÉRIE DE 66 PATIENTS COLLIGÉES AU NIVEAU DU CENTRE DE VIROLOGIE, MALADIE INFECTIEUSE ET TROPICALES À L’HMIMV Type de document : thèse Auteurs : HORMAT ALLAH ALI, Auteur Année de publication : 2024 Langues : Français (fre) Mots-clés : Infection urinaire Antibiotique Résistance BLSE Antibiotic Resistance ESBL Urinary tract infection ﻋﺪوى اﻟﻤﺴﺎﻟﻚ اﻟﺒﻮﻟﯿﺔ اﻟﻤﻀﺎدات اﻟﺤﯿﻮﯾﺔ اﻟﻤﻘﺎوﻣﺔ ESBL Résumé : Introduction : L'infection urinaire (IU) est une cause fréquente d'hospitalisation, allant de la
bactériurie asymptomatique à la pyélonéphrite. Les femmes sont plus vulnérables, et la
résistance aux antibiotiques est un problème croissant.
Matériels et méthodes : Il s’agit d’une étude rétrospective colligeant 66 cas durant une période
de 07 ans s’étalant entre Mars 2016 et Mai 2023, mené en service de Virologie, Maladies
Infectieuses et Tropicales de l’HMIMV Rabat (Maroc), ayant comme objectif d’évaluer le
profil (épidémiologique/clinique/paraclinique/thérapeutique et évolutif) et la sensibilité des
germes en cause aux antibiotiques.
Résultats et Analyse : La moyenne d’âge des patients était de 53 ans avec sexe ratio F/H de
1,13. Les facteurs de risque de complication ont été dominés par l’Immunodépression dans
80%, Le sexe masculin et la prise de Fluoroquinolones dans les 6 mois précédents. Les ECBU
étaient positifs dans 87%, dont Ils ont révélé une prédominance marquée d'Escherichia Coli
48% (E.Coli), suivi de Klebsiella Pneumoniae (K.P) 26%, Enterobacter Cloaceae, Enteroccocus
Foecalis, Acinetobacter Baumanii, Pseudomonas Aeruginosa et Candida. Escherichia Coli a
montré des taux élevés de résistance à plusieurs antibiotiques, avec une sensibilité plus élevée
aux carbapénèmes. Les entérobactéries productrices de bétalactamases à spectre élargi (BLSE)
ont été isolées dans 59% des cas, avec une prédominance d’E.Coli, suivie de Klebsiella
Pneumoniae et d’Enterobacter Cloacae. L'antibiothérapie a été administrée en monothérapie
dans 64% des cas, en bithérapie dans 41% des cas, et en trithérapie dans 12% des cas.
Discussion et conclusion : Cette étude confirme la persistance d'E.Coli en tant que principal
agent pathogène des IU, soulignant l'importance d’adapter les antibiotiques à l’écologie locale.
La sensibilisation du public est cruciale pour éviter l'automédication, L'amélioration de
l'hygiène hospitalière est essentielle pour prévenir les infections nosocomiales et la résistance
aux antibiotiques nécessite une bonne gestion pour maintenir l'efficacité thérapeutique.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M1132024 Président : ENNIBI KHALID Directeur : EL QATNI MOHAMED Juge : REGGAD AHMED Juge : ABI RACHID Juge : CHADLI MARIAMA PROFIL ÉPIDÉMIOLOGIQUE, CLINIQUE, THÉRAPEUTIQUE ET ÉVOLUTIF DES INFECTIONS URINAIRES A PROPOS D’UNE SÉRIE DE 66 PATIENTS COLLIGÉES AU NIVEAU DU CENTRE DE VIROLOGIE, MALADIE INFECTIEUSE ET TROPICALES À L’HMIMV [thèse] / HORMAT ALLAH ALI, Auteur . - 2024.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Infection urinaire Antibiotique Résistance BLSE Antibiotic Resistance ESBL Urinary tract infection ﻋﺪوى اﻟﻤﺴﺎﻟﻚ اﻟﺒﻮﻟﯿﺔ اﻟﻤﻀﺎدات اﻟﺤﯿﻮﯾﺔ اﻟﻤﻘﺎوﻣﺔ ESBL Résumé : Introduction : L'infection urinaire (IU) est une cause fréquente d'hospitalisation, allant de la
bactériurie asymptomatique à la pyélonéphrite. Les femmes sont plus vulnérables, et la
résistance aux antibiotiques est un problème croissant.
Matériels et méthodes : Il s’agit d’une étude rétrospective colligeant 66 cas durant une période
de 07 ans s’étalant entre Mars 2016 et Mai 2023, mené en service de Virologie, Maladies
Infectieuses et Tropicales de l’HMIMV Rabat (Maroc), ayant comme objectif d’évaluer le
profil (épidémiologique/clinique/paraclinique/thérapeutique et évolutif) et la sensibilité des
germes en cause aux antibiotiques.
Résultats et Analyse : La moyenne d’âge des patients était de 53 ans avec sexe ratio F/H de
1,13. Les facteurs de risque de complication ont été dominés par l’Immunodépression dans
80%, Le sexe masculin et la prise de Fluoroquinolones dans les 6 mois précédents. Les ECBU
étaient positifs dans 87%, dont Ils ont révélé une prédominance marquée d'Escherichia Coli
48% (E.Coli), suivi de Klebsiella Pneumoniae (K.P) 26%, Enterobacter Cloaceae, Enteroccocus
Foecalis, Acinetobacter Baumanii, Pseudomonas Aeruginosa et Candida. Escherichia Coli a
montré des taux élevés de résistance à plusieurs antibiotiques, avec une sensibilité plus élevée
aux carbapénèmes. Les entérobactéries productrices de bétalactamases à spectre élargi (BLSE)
ont été isolées dans 59% des cas, avec une prédominance d’E.Coli, suivie de Klebsiella
Pneumoniae et d’Enterobacter Cloacae. L'antibiothérapie a été administrée en monothérapie
dans 64% des cas, en bithérapie dans 41% des cas, et en trithérapie dans 12% des cas.
Discussion et conclusion : Cette étude confirme la persistance d'E.Coli en tant que principal
agent pathogène des IU, soulignant l'importance d’adapter les antibiotiques à l’écologie locale.
La sensibilisation du public est cruciale pour éviter l'automédication, L'amélioration de
l'hygiène hospitalière est essentielle pour prévenir les infections nosocomiales et la résistance
aux antibiotiques nécessite une bonne gestion pour maintenir l'efficacité thérapeutique.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M1132024 Président : ENNIBI KHALID Directeur : EL QATNI MOHAMED Juge : REGGAD AHMED Juge : ABI RACHID Juge : CHADLI MARIAMA Réservation
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Titre : PROFIL EPIDEMIOLOGIQUE DE LA TUBERCULOSE AU NIVEAU DE LA PREFECTURE DE SKHIRAT-TEMARA ENTRE 2014 ET 2019 Type de document : thèse Auteurs : MALKI ZAKARIA, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Tuberculose Mycobacterium Tuberculosis Epidémiologie MDR Observance thérapeutique Tuberculosis TB Mycobacterium tuberculosis Epidemiology Antituberculosis
drugs Multidrug resistant TB MDR Therapeutic compliance Lost to follow-up السل المتفطرة السلية الوبائيات األدوية المضادة للسل المقاومة االمتثال العالجي الحاالت
المفقودة من التتبع.Résumé : La tuberculose est une maladie évitable et curable, qui demeure un défi majeur pour la santé
publique à l'échelle mondiale, en particulier dans les pays en développement tel que le Maroc.
C’est une infection bactérienne, due à une mycobactérie du complexe tuberculosis, qui peut se
présenter sous diverses formes cliniques. Le traitement est bien codifié, toutefois, l’émergence des
souches multi-résistantes constitue une réelle menace.
L’objectif de ce travail est d’établir et d’analyser le profil épidémiologique de la tuberculose
dans la préfecture de Skhirat-Témara.
Il s’agit d’une étude rétrospective descriptive et analytique, étalée sur une période de 6ans
(2014-2019), concernant l’état et le devenir de 3411 cas de tuberculose déclarés et pris en charge
au sein du CDTMR de la préfecture de Skhirat-Témara.
Le taux d’incidence annuel moyen est de 91,6 cas pour 100000 habitants. L´atteinte
pulmonaire était plus fréquente que l´atteinte extrapulmonaire (52,1% vs 47,9%). Le sexe masculin
était plus touché que le sexe féminin (58,9% vs 41,1%). La majorité des cas recensés (66%)
correspondent à la tranche d’âge comprise entre 15 et 44 ans.
Le taux de succès thérapeutique enregistré dans notre étude était de 90,1%, alors que le taux
de létalité était de 3 %. Ainsi 0,5% des cas présentaient une tuberculose pharmacorésistante.
Le taux de patients perdus de vue (PDV) était de 4,28%, la majorité de ces patients (62%) sont
du sexe masculin et âgés de 15 à 40 ans. On note aussi que la grande part des PDV (76%) présentait
une TPM+.
La tuberculose demeure un problème de santé publique dans la préfecture de Skhirat-Témara,
où l'incidence est concentrée dans les quartiers défavorisés. La non-observance thérapeutique
entrave les progrès. D'importants efforts, à tous les niveaux, restent encore à déployer afin que le
pays puisse atteindre son objectif d´éradication de la maladie à l'horizon de 2030.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2632023 Président : Mimoun ZOUHDI Directeur : Mariama CHADLI Juge : Ahmed GAOUZI Juge : Saida TELLAL Juge : Hafida NAOUI PROFIL EPIDEMIOLOGIQUE DE LA TUBERCULOSE AU NIVEAU DE LA PREFECTURE DE SKHIRAT-TEMARA ENTRE 2014 ET 2019 [thèse] / MALKI ZAKARIA, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Tuberculose Mycobacterium Tuberculosis Epidémiologie MDR Observance thérapeutique Tuberculosis TB Mycobacterium tuberculosis Epidemiology Antituberculosis
drugs Multidrug resistant TB MDR Therapeutic compliance Lost to follow-up السل المتفطرة السلية الوبائيات األدوية المضادة للسل المقاومة االمتثال العالجي الحاالت
المفقودة من التتبع.Résumé : La tuberculose est une maladie évitable et curable, qui demeure un défi majeur pour la santé
publique à l'échelle mondiale, en particulier dans les pays en développement tel que le Maroc.
C’est une infection bactérienne, due à une mycobactérie du complexe tuberculosis, qui peut se
présenter sous diverses formes cliniques. Le traitement est bien codifié, toutefois, l’émergence des
souches multi-résistantes constitue une réelle menace.
L’objectif de ce travail est d’établir et d’analyser le profil épidémiologique de la tuberculose
dans la préfecture de Skhirat-Témara.
Il s’agit d’une étude rétrospective descriptive et analytique, étalée sur une période de 6ans
(2014-2019), concernant l’état et le devenir de 3411 cas de tuberculose déclarés et pris en charge
au sein du CDTMR de la préfecture de Skhirat-Témara.
Le taux d’incidence annuel moyen est de 91,6 cas pour 100000 habitants. L´atteinte
pulmonaire était plus fréquente que l´atteinte extrapulmonaire (52,1% vs 47,9%). Le sexe masculin
était plus touché que le sexe féminin (58,9% vs 41,1%). La majorité des cas recensés (66%)
correspondent à la tranche d’âge comprise entre 15 et 44 ans.
Le taux de succès thérapeutique enregistré dans notre étude était de 90,1%, alors que le taux
de létalité était de 3 %. Ainsi 0,5% des cas présentaient une tuberculose pharmacorésistante.
Le taux de patients perdus de vue (PDV) était de 4,28%, la majorité de ces patients (62%) sont
du sexe masculin et âgés de 15 à 40 ans. On note aussi que la grande part des PDV (76%) présentait
une TPM+.
La tuberculose demeure un problème de santé publique dans la préfecture de Skhirat-Témara,
où l'incidence est concentrée dans les quartiers défavorisés. La non-observance thérapeutique
entrave les progrès. D'importants efforts, à tous les niveaux, restent encore à déployer afin que le
pays puisse atteindre son objectif d´éradication de la maladie à l'horizon de 2030.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : M2632023 Président : Mimoun ZOUHDI Directeur : Mariama CHADLI Juge : Ahmed GAOUZI Juge : Saida TELLAL Juge : Hafida NAOUI Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M2632023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2023 Disponible
Titre : LA PYÉLONÉPHRITE AIGUE À BACTÉRIE MULTIRÉSISTANTE CHEZ L'ENFANT:EXPÉRIENCE DU SERVICE DE P2 À L'HÔPITAL D'ENFANT DE RABAT Type de document : thèse Auteurs : BENSOUDA KHADIJA, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Pyélonéphrite Aigue Enfant Résistance pyelonephritis acute child antibiotic resistance التھاب الحویضة والكلیة الحاد الطفل المقاومة Résumé : Introduction :
L’augmentation de l’incidence des infections urinaires fébriles à bactéries multirésistantes est une
préoccupation mondiale, en particulier dans le milieu pédiatrique.
Objectif : Etayer les particularités épidémiologiques, cliniques, bactériologiques, thérapeutiques et
évolutives des observations des pyélonéphrites aigues à bactérie multirésistante, et réaliser une comparaison avec
les bactéries sensibles. Identifier les facteurs de risque de PNA à BMR.
Matériel et méthodes : étude rétrospective, descriptive et analytique des patients hospitalisés au service
de P2 à l’hôpital d’enfant de Rabat pour pyélonéphrite aigue à bactérie identifiée du 1er janvier 2019 au 31 août
2021.
Résultats :
32 patients (Population A) ont été hospitalisés pour pyélonéphrite aigue bactérienne .10 (31.25%) d’entre
eux (Population B) avaient une infection urinaire à bactérie multirésistante.
Concernant la population B :
Le sexe ratio est de 1.
Médiane d’âge de 7mois.
Malformation de l’arbre urinaire retrouvée chez 40% des cas.
Autres malformations associées : 1 cas de malformation anorectale ,1 cas de spina bifida occulta, 1
cas de syndrome de Prune Belly ,1 cas de dolichocôlon.
56.25% des bactéries isolées étaient productrices de bétalactamases à spectre élargi.
Les bactéries identifiées sont : Klebsiella pneumoniae (62.5%), Escherichia coli (37.5%).
L’antibiothérapie a été adaptée selon l’antibiogramme.
Les récidives ont été retrouvées chez 60% des patients.
Les associations retrouvées en rapport avec la multirésistance : l’antibioprophylaxie, l’antécédent
d’infection urinaire à répétition, et l’antécédent d’hospitalisation.
Conclusion : le traitement des pyélonéphrites aigues bactériennes devient un défi à cause de
l’antibiorésistance croissante. Ceci souligne l’importance des mesures préventives pour réduire l’incidence de
ces affections.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0432023 Président : Ahmed GAOUZI Directeur : Asmaa MDAGHRI ALAOUI Juge : Hassan AIT OUAMAR Juge : Mohamed RAMI Juge : Karim SOULY LA PYÉLONÉPHRITE AIGUE À BACTÉRIE MULTIRÉSISTANTE CHEZ L'ENFANT:EXPÉRIENCE DU SERVICE DE P2 À L'HÔPITAL D'ENFANT DE RABAT [thèse] / BENSOUDA KHADIJA, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Pyélonéphrite Aigue Enfant Résistance pyelonephritis acute child antibiotic resistance التھاب الحویضة والكلیة الحاد الطفل المقاومة Résumé : Introduction :
L’augmentation de l’incidence des infections urinaires fébriles à bactéries multirésistantes est une
préoccupation mondiale, en particulier dans le milieu pédiatrique.
Objectif : Etayer les particularités épidémiologiques, cliniques, bactériologiques, thérapeutiques et
évolutives des observations des pyélonéphrites aigues à bactérie multirésistante, et réaliser une comparaison avec
les bactéries sensibles. Identifier les facteurs de risque de PNA à BMR.
Matériel et méthodes : étude rétrospective, descriptive et analytique des patients hospitalisés au service
de P2 à l’hôpital d’enfant de Rabat pour pyélonéphrite aigue à bactérie identifiée du 1er janvier 2019 au 31 août
2021.
Résultats :
32 patients (Population A) ont été hospitalisés pour pyélonéphrite aigue bactérienne .10 (31.25%) d’entre
eux (Population B) avaient une infection urinaire à bactérie multirésistante.
Concernant la population B :
Le sexe ratio est de 1.
Médiane d’âge de 7mois.
Malformation de l’arbre urinaire retrouvée chez 40% des cas.
Autres malformations associées : 1 cas de malformation anorectale ,1 cas de spina bifida occulta, 1
cas de syndrome de Prune Belly ,1 cas de dolichocôlon.
56.25% des bactéries isolées étaient productrices de bétalactamases à spectre élargi.
Les bactéries identifiées sont : Klebsiella pneumoniae (62.5%), Escherichia coli (37.5%).
L’antibiothérapie a été adaptée selon l’antibiogramme.
Les récidives ont été retrouvées chez 60% des patients.
Les associations retrouvées en rapport avec la multirésistance : l’antibioprophylaxie, l’antécédent
d’infection urinaire à répétition, et l’antécédent d’hospitalisation.
Conclusion : le traitement des pyélonéphrites aigues bactériennes devient un défi à cause de
l’antibiorésistance croissante. Ceci souligne l’importance des mesures préventives pour réduire l’incidence de
ces affections.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M0432023 Président : Ahmed GAOUZI Directeur : Asmaa MDAGHRI ALAOUI Juge : Hassan AIT OUAMAR Juge : Mohamed RAMI Juge : Karim SOULY Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité M0432023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires ThèsesMéd2023 Disponible
